simple mesh editor

.vtp / .vtk サーフェスメッシュ、または単一ラベルの .nii.gz segmentation を読み込み、局所 cut と hole fill を行うためのデスクトップ GUI です。

Requirements

• Python 3.10 以上
• Poetry
• macOS / Linux / Windows

Install

リポジトリのルートで実行します。

poetry install

仮想環境に入らずにそのまま起動できます。

Run

poetry run python scripts/pv_mesh_editor.py

起動時に .vtp / .vtk、または単一ラベルの .nii.gz segmentation を直接指定することもできます。

poetry run python scripts/pv_mesh_editor.py path/to/mesh.vtp
poetry run python scripts/pv_mesh_editor.py path/to/mesh.vtk
poetry run python scripts/pv_mesh_editor.py path/to/segmentation.nii.gz

UI Overview

• 左パネル: ファイル操作、ツール選択、各ツールのコマンド
• 右側: 3D メッシュビュー
• 下部ステータスバー: 現在ツール、制御点数、loop 状態、実行結果

File Operations

• Open Mesh...: .vtp / .vtk、または単一ラベルの .nii.gz segmentation を読み込む
• Save: 現在の保存先へ保存
• Save As...: 別名で .vtp / .vtk を選んで保存
• Reset View: カメラを初期位置に戻す
• Show edges: エッジ表示のオン/オフ

Geodesic Cutter

Tool Selector で Geodesic Cutter を選びます。

Mouse Controls

• Right Click: メッシュ頂点にスナップして制御点を追加
• Shift + Right Click: ループを閉じる
• Cmd + Right Click: 直前の点を削除
• Ctrl + Right Click: macOS 以外でも Cmd 相当として扱う

Commands

• Delete Smallest Region: ループで囲われた候補のうち最小面積側を削除
• Delete Largest Region: ループで囲われた候補のうち最大面積側を削除
• Undo Last Cut: 直前の cut を取り消す

Cut Workflow

1. .vtp / .vtk、または .nii.gz segmentation を開く
2. 右クリックで 3 点以上追加する
3. Shift + Right Click でループを閉じる
4. Delete Smallest Region または Delete Largest Region を実行する
5. 必要なら Undo Last Cut を使う

Fill Holes

Tool Selector で Fill Holes を選びます。

Parameter

• Max Hole Size: この値以下の穴を埋める

Commands

• Fill Holes: 穴埋めを実行
• Undo Fill: 直前の fill を取り消す

Fill Workflow

1. Max Hole Size を設定する
2. Fill Holes を実行する
3. 必要なら Undo Fill を使う

fill 後は三角形セルに整形された状態で保存されます。

Notes

• 編集対象は単一の .vtp / .vtk サーフェスメッシュです
• .nii.gz は segmentation 入力としてのみ扱い、非ゼロラベルが 1 種類だけのときに読み込めます
• .nii.gz を開いた場合も、保存形式は .vtp / .vtk のみです
• NIfTI の spacing / origin / orientation を反映してメッシュ化します
• cut と fill の Undo はそれぞれ独立しています
• 他ツール実行後に前ツールの Undo をまたぐ運用は想定していません