Skip to content

mizuno-group/Docking_method

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

1 Commit
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

template-dev

研究開発用テンプレート

AI/MLプロジェクトを開始するための標準開発テンプレート。 日常の研究開発における効率性とコードの整理しやすさの両立を目的とする。

特徴

  • pyproject.toml による依存関係の一元管理
  • 安全な src レイアウトの採用
  • 編集可能インストール (pip install -e .) によるスムーズな開発

ディレクトリ構成

.
├── data/             # データ格納ディレクトリ
├── notebooks/        # 試行錯誤用Jupyter Notebook
├── src/
│   └── my_project/   # Pythonパッケージのソースコード
│       └── __init__.py
├── .gitignore
├── pyproject.toml    # プロジェクト定義ファイル
└── README.md         # 説明書

利用手順

1. リポジトリの作成

GitHub上で "Use this template" ボタンを押し, 新規リポジトリを作成する。

2. 環境のセットアップ

ローカルにクローン後, 以下のコマンドを実行する。

# clone
git clone -b {branch名} {URL}
cd {repository名}

基本インストール (開発環境が整っているコンテナではこれでOK)。

# 編集可能モードでインストールすることでsrc以下の編集が即座に反映される
pip install -e "."

開発用ツールも含めたフルインストールの場合は以下 (詳細はtoml参照)

pip install -e ".[dev]"

3. プロジェクト名の設定

  1. pyproject.toml 内の name を変更する。
  2. src/my_project ディレクトリ名を pyproject.tomlname と一致させる。

開発フロー

  1. 再利用可能なコードは src/ 以下に記述する。
  2. 実験や分析は notebooks/ で行う。
  3. ノートブックからは, from my_project import ... のように自作モジュールを直接インポートして使用できる。



▼ テンプレート利用時は上記を全て削除し, 以下をプロジェクトに合わせて編集する ▼


{project_name}

short description

Note

This repository is under construction and will be officially released by Mizuno group.
Please contact tadahaya[at]gmail.com before publishing your paper using the contents of this repository.

Directory Structure

.
├── data/             # data directory
├── notebooks/        # Jupyter Notebook
├── src/
│   └── my_project/   # reusable codes
│       └── __init__.py
├── .gitignore
├── pyproject.toml
└── README.md

Authors

  • [YOUR NAME](LINK OF YOUR GITHUB PAGE)
    • main contributor
  • Tadahaya Mizuno
    • correspondence

Contact

If you have any questions or comments, please feel free to create an issue on github here, or email us:

  • YOUR ADDRESS
  • tadahaya[at]gmail.com
    • lead contact

About

This repository summarizes docking software required for virtual screening and discusses their improvements.

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

 
 
 

Contributors

Languages

Generated from mizuno-group/template-dev