面向 AI 辅助科研的开放共建仓库
收集和沉淀科研全流程中的 agents、skills、workflows、tools 与最佳实践
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🧪 全流程 • 🔭 方向扫描 • 📚 文献研究 • 🧩 方法设计 • ⚗️ 实验执行 • 📊 可视化 • ✍️ 写作 • 📦 复现发布 • 📡 传播 • 🤝 贡献
我们关注能在科研工作中反复复用、能被同行验证、能逐步演化、表现最优的 AI 辅助能力。
本仓库从「与 Agent 共事做研究」系列沙龙出发,希望把 speaker 的实践经验、观众的使用反馈、开源项目与可复用流程沉淀成一个社区可维护的知识库。
下表是我们对科研生命周期的 9 阶段拆分。每个阶段列出了"典型问题"和"可沉淀的 AI 辅助组件类型"。正文按阶段展开条目表,收录已知最好的项目、skill、workflow。
💡 如果你觉得某个阶段的条目缺失或可以补充——直接在对应表格中添加一行。
| 阶段 | 典型问题 | 范围 |
|---|---|---|
| 🔄 0.全流程 | 覆盖以下多个环节和问题 | — |
| 🔭 1. 方向扫描和问题定义 | 这个领域最近发生了什么?什么问题值得做、可做、能验证? | trend scanner、paper radar、venue tracker;idea generator、novelty checker、hypothesis workflow |
| 📚 2. 文献研究 | 相关工作怎么找、读、比、写? | literature review workflow、paper reading skill、citation graph agent |
| 🧩 3. 方法设计 | 方案、实验和评价指标如何设计? | experiment design skill、ablation planner、protocol checker |
| ⚗️ 4. 实验执行与分析 | 如何写代码、跑实验、记录失败?结果是否可信,误差来自哪里? | experiment runner、statistical analysis skill、failure analysis workflow、robustness checker |
| 📊 5. 可视化 | 图表是否讲清楚了科学问题? | figure generation agent、visualization critique skill |
| ✍️ 6. 论文写作 | 如何组织论文、引用、补实验? | paper writing workflow、citation verifier、rebuttal assistant |
| 📦 7. 复现发布 | 如何让别人复现和使用? | artifact packaging workflow、model card、data card、reproducibility checklist |
| 📡 8. 传播影响 | 论文发表后如何追踪影响?如何构造自己的学术影响力 | impact analysis tool、social summary skill、citation monitor |
覆盖从想法到论文的端到端系统。跨三个以上阶段的 agent 放这里,单阶段工具请放到对应阶段。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| AI-Scientist | 端到端自动科学发现系统,覆盖想法生成、实验、论文和同行评审 | agent | ⭐ 14k | GitHub | - | Nature 2024 |
| AI-Scientist-v2 | 基于 agentic tree search 的自动科研系统,不依赖人类模板,面向更通用的 ML 研究探索 | agent | ⭐ 6.6k | GitHub | - | arXiv 2025 |
| EvoScientist | 多 agent AI scientist 系统,强调持久记忆、技能演化和端到端科研协作 | agent | ⭐ 3.6k | GitHub | Demo | arXiv 2025 |
| nature-skills | 符合 nature 论文学术表达和科研绘图的 Skill | skill | ⭐ 21.1k | GitHub · 魔搭 Skills | - | - |
| AutoResearchClaw | 自主、自进化的多阶段研究流水线,从研究想法推进到论文产物 | agent | ⭐ 13.5k | GitHub | Demo | arXiv 2025 |
| autoresearch | Andrej Karpathy 的自主 ML 研究代理,在单 GPU 上自动运行实验并改进模型 | agent | ⭐ 87.6k | GitHub | - | - |
| Auto Claude Code Research in Sleep | 自动化 Claude Code 科研工作流项目,面向自动实验与代码执行 | skill | ⭐ 12.3k | GitHub | - | - |
| AgentLaboratory | 端到端的自主研究工作流程,由 LLM 驱动的专业代理支持完成从文献综述到报告撰写的全流程 | agent | ⭐ 5.7k | GitHub | - | - |
| Aether | 基于 OpenCode 的开源项目,面向科研人员提供 web 与桌面端统一的 AI 研究工作环境 | agent/应用 | ⭐ 65 | GitHub | - | - |
| EurekAgent | 环境工程驱动的自主科研系统,面向可度量任务协调 Claude Code 会话提出方案、实现代码、隔离评测并迭代优化 | agent | ⭐ 55 | GitHub | - | arXiv 2026 |
趋势追踪、选题灵感、新颖性验证、假说生成。与文献检索有交叉时,以"产出一个可做的研究问题"为核心判断归属。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| SciAgentsDiscovery | MIT 开源的科学发现多智能体系统,结合知识图谱与 agent 协作用于跨学科假说生成 | agent | ⭐ 615 | GitHub | - | arXiv 2024 |
| AutoDiscovery | AllenAI 开源的开放式科学发现框架,通过 Bayesian Surprise 从数据中发现可验证假说 | benchmark/workflow | ⭐ 186 | GitHub | - | NeurIPS 2024 |
文献搜索、RAG 问答、自动综述生成、引用图谱分析。纯写作润色类放 6。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| STORM | 斯坦福开源知识整理系统,通过多视角问题生成和检索生成带引用报告 | agent | ⭐ 28.6k | GitHub | Demo | NAACL 2024 |
| paperseek | 面向研究者的文献发现工具,支持自然语言检索、自动迭代查询、扩展候选论文 | agent/skill | ⭐ 42 | GitHub | 魔搭创空间 | - |
| Lune | 通过 MCP 提供顶会 Paper 的 agentic search 能力,支持学术文献与科研最佳实践的 grounding | agent/tool | ⭐ 2 | GitHub | Demo | - |
| PaperQA2 | 面向科学文献的高准确 RAG 问答系统,支持基于论文证据生成带引用回答 | python 包 | ⭐ 8.7k | GitHub | - | - |
| OpenScholar | 检索增强的科学文献综合系统,用开放语料和检索结果生成引用支撑的 scholarly answer | agent/model | ⭐ 1.5k | GitHub | - | arXiv 2024 |
| paper-search-mcp | 面向 agent 的论文检索 MCP/CLI/Skill,支持 arXiv、PubMed、bioRxiv、Semantic Scholar、OpenAlex 等来源 | tool/skill | ⭐ 1.9k | GitHub | - | - |
| Zotero-GPT | Zotero 内的 AI 文献阅读插件,支持在文献库中进行摘要、问答、标签和笔记辅助 | plugin | ⭐ 7.2k | GitHub | - | - |
实验方案、评价指标设计、ablation 规划、protocol 检查。纯代码实现与跑实验放 4。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Curie | 自动化且强调严谨性的科学实验 agent,从假说澄清到实验执行、分析和报告 | agent/workflow | ⭐ 363 | GitHub | - | arXiv 2025 |
代码编写、实验运行、统计分析、失败分析、鲁棒性检查。数据集构建放 3 或 2,可视化放 5。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| RD-Agent | 实现数据与模型高价值通用研发流程的自动化,让 AI 驱动数据驱动型 AI | agent | ⭐ 13.5k | GitHub | - | arXiv 2025 |
| EurekAgent | 面向可度量科研任务的实验执行环境,支持 Claude Code 会话自动实现方案、Docker 隔离评测、日志追踪和迭代优化 | agent | ⭐ 55 | GitHub | - | arXiv 2026 |
出版级图表、示意图生成、数据 dashboard。幻灯/海报放 8。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PaperBanana | 多 agent 学术插图自动化生成框架,从文本描述生成出版级图表和统计图 | agent | ⭐ 6.6k | GitHub | Demo | arXiv 2025 |
起草、润色、引用验证、LaTeX 辅助、rebuttal、审稿。综述生成类放 2。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Academic Research Skills | 覆盖学术写作、润色、投稿检查和发表流程的 Claude Code skill 套件,也覆盖文献调研 | skill | ⭐ 32.8k | GitHub | - | - |
| RefChecker | 学术参考文献验证工具,可检查引用真实性、元数据错误和疑似伪造引用 | tool | ⭐ 406 | GitHub | - | - |
代码复现、demo 体验、模型 & 数据集发布。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | 链接 | 使用指引 |
|---|---|---|---|---|
| ModelScope 创空间 | 承载科研 demo 复现、发布和体验 | platform | ModelScope Studio | 文档 |
| ModelScope Notebook | 免费的云端 Jupyter 环境,自带 GPU、持久化存储和 AI 编程辅助 | platform | Gallery | 指引 |
| ModelScope 科学智能 | 汇集开源 AI for Science 模型,覆盖生命/地球/物质/社会科学等方向 | platform | Nexa Models | 文档 |
| Paper2Code | 多智能体系统,将学术论文自动转化为可运行的代码仓库 | agent | GitHub | Quick Start |
| data-to-paper | 多 AI 智能体自主协作,从原始数据完成完整科研并生成可验证论文 | python 包 | GitHub | - |
幻灯、海报、博文、社交传播、引用分析、学术影响力工具。
| 项目名称 | 描述 | 类型 | Stars | 链接 | Demo/实践经验 | Paper |
|---|---|---|---|---|---|---|
| CitationClaw | 用 agent 挖掘可解释的论文影响力,适合论文发表后的引用画像和传播分析 | tool | ⭐ 308 | GitHub | ModelScope Studio | - |
| ModelScope AI 超级简历 | 科研个人主页建设,用于沉淀模型、数据集、paper、demo 和学术影响力 | platform | - | ModelScope | 示例:VoyagerX · 陈谐 | - |
| 标题 | 实践简介 | 文章 | Demo |
|---|---|---|---|
| DIY 你的蛋白质 — AlphaFold3 推理 | 用 AlphaFold3 在魔搭上做蛋白质结构推理的实操教程 | 魔搭研习社 | 创空间 |
| AI Ready 遥感:从开放数据到开源生态实践 | AI Ready 数据简介,以及 ModelScope 如何提升遥感研究的 AI 就绪程度 | 魔搭研习社 | - |
| Open Source GeoAI Practise with ModelScope | APGARSS 教程合集:基于 ModelScope 的开源地理人工智能实践 | 魔搭研习社 | - |
| PaperSeek - 使用自然语言检索文献 | 用自然语言进行文献检索、自动扩展查询并生成候选论文列表的实践流程 | 魔搭研习社 | 创空间 |
我们收录的标准:
- ✅ 明确面向科研场景(非通用 AI 助手)
- ✅ 有可运行代码或可复用流程
- ✅ 项目仍在维护(最近 6 个月有更新)
- ✅ 文档或 README 清晰可上手
- ✅ 解决科研痛点有实际案例
- ✅ 开源或有免费可用版本
加分项:有论文支撑 · 有在线 demo · 被科研社区引用 · 已在实际项目中验证
除了推荐已有的开源项目,我们更鼓励沉淀自己在科研中实际跑通的 AI 辅助流程。
贡献形态:
- 🔗 推荐 Resource:推荐一个你用过的工具/论文/agent/skill…门槛:在对应阶段表格加一行,写一句话说明你用在什么场景。
- 📝 分享最佳实践:分享你自己写的可复用流程,示例:
- 真实科研任务场景("我用它做了 XXX 方向的文献综述,节省了约 X 小时")
- 失败案例与边界("在 Y 场景下表现不好,原因是 Z")
贡献方式: 直接在对应阶段的表格末尾添加一行,在 "Demo/实践经验" 列填入链接。建议发布在 魔搭研习社 并带上 tag #vibe-research,让同行更容易发现;如果已发布在其他平台,也欢迎直接填外链。如果你的实践横跨多个阶段,先放进最核心的那个阶段,在描述里注明"也覆盖 x 阶段"。
关于 Stars 列:
- Stars 数量由 GitHub Action 自动维护,PR 合并后每日自动更新
- 首次添加项目时,在
Stars列按以下格式填写:例如:`<!--stars:OWNER/REPO-->⭐ updating<!--/stars-->`| DeepScientist | 本地优先的自主研究工作室... | agent | <!--stars:ResearAI/DeepScientist-->⭐ 3.1k<!--/stars--> | [GitHub](...) | [Demo](...) | [arXiv 2025](...) |
感谢所有贡献者的参与和分享!
