Where are the cell-specific barcodes located in the FASTQ files.

[zhaoxiaofei]

Hello, I am doing a PhD in bioinformatics. I have read your article at https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)00926-2 and found it to be really useful.

I would like to use CNV calling results from the scDNA-seq data to benchmark the performance of calling CNVs from scRNA-seq data.
To do so, I have to partition both scDNA-seq and scRNA-seq data by cell so that each sequenced cell is assigned to its own cell-specific data. Therefore, I have to find the cell IDs: molecular barcodes from the FASTQ files (i.e., raw sequencing data).

Hence, I looked at the FASTQ files at PRJNA1088478 and GSE261713. Unfortunately, I did not find any such barcode. (e.g., I did not find the barcode CGTACTAGAAGGAGTA, which is shown in the Seurat object shown in the code below).

Therefore, I am wondering how to extract the cell barcodes from the FASTQ files?

P.S.

The file at https://github.com/navinlabcode/wellDR-seq/blob/main/pre_load_data/wafer_match_list.csv seems to be related to the scDNA-seq data at PRJNA1086561.

However, PRJNA1086561 contains more than 40,000 sra files, whereas the wafer_match_list.csv contains less than 6000 lines of matching info.
And the RNA-seq data at PRJNA1088478 (corresponding to GSE261713) do not seem to contain any barcode info.

> d <-readRDS('/mnt/c/Users/zhaoxiaofei/Downloads/GSM8149395_MDA231_MD_231_QC_WellDR1.rds') # Downloaded from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSM8149395
> counts_matrix <- GetAssayData(
  object = d,
  assay = "RNA",       # Your active assay (matches d's metadata: Active assay: RNA)
  layer = "counts"      # "counts" = raw UMI counts; "data" = normalized; "scale.data" = scaled
> head(counts_matrix)
6 x 894 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  [[ suppressing 894 column names ‘nanowell1_CGTACTAGAAGGAGTA’, ‘nanowell1_CGTACTAGTCGACTAG’, ‘nanowell1_CGTACTAGCCTAGAGT’ ... ]]

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . 1 . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   1 . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2 . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . 1 . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . 1 1 . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . 1 . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . . . . . . 1 . 1 . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . 1 . . . . . 2 . . . 1 . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . 6 . . . . . 1 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3 . . . . . . . . .

MIR1302-10   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
FAM138A      . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
OR4F5        . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.7 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
RP11-34P13.8 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
AL627309.1   . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 . . . . . . .

MIR1302-10   . . .
FAM138A      . . .
OR4F5        . . .
RP11-34P13.7 . . .
RP11-34P13.8 . . .
AL627309.1   . . .