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NIBB GITC 2025 春 RNA-seq入門

基礎生物学研究所 ゲノムインフォマティクス・トレーニングコース 2025年3月 RNA-seq入門

「RNA-seq入門 ： RNA-seq解析パイプライン」

公式HP@NIBB

聴講参加のための環境構築について

• 聴講環境の構築
  • (03/05 11:00追記) 必見：パッケージインストール方法 Rのパッケージインストール方法についてまとめ直しました

宿題

参加者の皆さんは以下の宿題を終わらせてトレーニングコースにのぞんで下さい。

• 宿題

日程

• program

講義資料

(03/05 09:50追記) 0. Introductionの資料をアップロードしました。
(03/03 10:20追記) 2. NGS 基本ツール：IGVで使用するデータを追加しました。
(02/28 13:10追記) 3,4,6の資料をアップロードしました。
(02/28 09:00追記) 0,3,4,6を除く資料をアップロードしました。残り資料については現在調整中です。

カラー版PDF(正常に表示されない場合はダウンロードしてご覧ください)

• 演習環境への移動(Move to an exercise environment)
• 0. Introduction
• 1. NGS 基本フォーマットとツール (NGS Basic Formats and Tools, reviewing the last lecture + supplement)
• 2. NGS 基本ツール：IGV (NGS basic tools: IGV)
  • (3/03 10:20追記) サンプルデータに不足がありました。こちらのデータを gitc/data/KY/IVGの下に保存してください。
• 3. RNA-seq の解析パイプライン：基礎 (RNA-seq analysis pipeline: Basics)
• 4. RNA-seq：トランスクリプトベース (RNA-seq analysis pipeline: Transcript-based)
• 5. RNA-seq：ゲノムベース (RNA-seq analysis pipeline: Genome-based)
• 6. RNA-seq：de novo & single cell (RNA-seq analysis pipeline: de novo)
• 7. 多変量解析 (Multivariate analysis)
• 8. Gene Ontology 解析

講義資料、サンプルデータおよびZoomでの講義動画についての注意事項

• 使用する講義資料、サンプルデータおよび講義動画の著作権は基礎生物学研究所に帰属します。
  引用等のお問い合わせは重信教授まで (shige@nibb.ac.jp)
  The copyright of the lecture materials belongs to the National Institute for Basic Biology, Japan.
  Unauthorized reproduction or commercial use is prohibited.
  For inquiries such as quotations, please contact Professor Shigenobu (shige@nibb.ac.jp).
• 使用する講義資料、サンプルデータおよび講義動画は個人的な使用範囲内でお使いいただけますが、営利目的での使用、複製、加工、転載、販売、再配布は一切禁止致します。
  Lecture materials, sample data and lecture videos to be used can be used within the scope of personal use, but use, duplication, processing, reprinting, sale, and redistribution for commercial purposes are strictly prohibited.
• ダウンロードした講義資料、サンプルデータおよび講義動画に関連して参加者に直接的または間接的に発生する一切の損害（ハードウェア、ソフトウェアの破損、不具合等を含む。また、通常損害、特別損害、結果損害を問わない）および第三者からなされる請求について、基礎生物学研究所はその責任を一切負いません。
  Any direct or indirect damages (including hardware, software damage, defects, etc.) related to downloaded lecture materials, sample data and lecture videos. (regardless of damages) and claims made by third parties, NIBB does not take any responsibility.

練習問題・実戦演習

• Exercise

サンプルデータ

• sample_data

よくある質問

• FAQ

Errata

• Errata

テキストの修正個所が見つかればここに記します。練習問題はwikiを直接修正します。

その他

Tips

アンケート

トレーニングコース終了後、アンケートにご協力ください

• 受講生
• 聴講生

参考

NGS解析入門

• NIBB GITC 2025年02月 NGS解析入門

UNIX 環境の構築に関する資料

• Mac UNIX環境構築ガイド
• Windows10 UNIX環境構築ガイド
• Windows11 UNIX環境構築ガイド

Web links

計算科学研究センター

• RCCSホームページ

NGS Informatics

• [samtools] (http://www.htslib.org)
• [bowtie2] (http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml)
• [RSEM] (http://deweylab.biostat.wisc.edu/rsem/)
• [bedtools] (https://github.com/arq5x/bedtools2)
• [IGV] (http://www.broadinstitute.org/software/igv/)
• [JBrowse] (http://jbrowse.org/)
• [HISAT2] (https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml)
• [StringTie] (http://www.ccb.jhu.edu/software/stringtie/)
• [Trinity] (https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki)
• [Salmon] (https://combine-lab.github.io/salmon/)
• [SRAtoolkit] (https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std)
• [cutadapt] (https://cutadapt.readthedocs.io/en/stable/)
• [seqkit] (https://bioinf.shenwei.me/seqkit/)

R

• [R home] (https://www.r-project.org/)
• [Bioconductor] (http://www.bioconductor.org/)
  • [edgeR] (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html)

Programing

• [BioRuby] (http://bioruby.open-bio.org/)
• [BioPerl] (http://bioperl.org)
• [BioPython] (http://biopython.org/wiki/Main_Page)

Gene Ontology

• Gene Ontology Consortium

NGS Informatics (Obsolete)

• [eXpress] (http://bio.math.berkeley.edu/eXpress/overview.html)
• [tophat2] (https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml)
• [cufflinks] (http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/)

参考図書

自習の参考に。

新Ｌｉｎｕｘ／ＵＮＩＸ入門　改訂（ソフトバンククリエイティブ） 林晴比古　[ISBN: 9784797327427]

バイオサイエンスの統計学―正しく活用するための実践理論(南江堂) 市原清志 [ISBN: 978-4-524-22036-6]

Rの基礎とプログラミング技法(丸善出版) U.リゲス著　石田基広訳 [ISBN: 978-4-621-06131-2]