论文不是自助餐：本地装了 80 个 Skill，不代表每个都要舀一勺。
paper-menu 会先盘点你本地已经安装的科研 Skills，分析重复、冲突、缺口和适用阶段，给出一份完整的调用菜单。你点头以后，它才会询问项目放在哪里、文件夹叫什么，然后创建固定目录并开始干活。
换句话说：先讨论怎么做，再问项目住哪儿。不会刚见面就搬你家。
flowchart LR
A["扫描本地 Skills<br/>先看看冰箱里有什么"] --> B["去重、查冲突<br/>坏掉的调料先别下锅"]
B --> C["生成论文调用菜单<br/>每一步写清输入与输出"]
C --> D{"你批准吗？"}
D -->|"还不行"| E["修改菜单"]
E --> C
D -->|"批准"| F["询问父目录和项目名"]
F --> G["创建固定六目录"]
G --> H["按证据推进论文"]
H --> I["交付 LaTeX + PDF + Word"]
它主要解决四个问题：
- **Skill 太多，不知道先用谁。**先盘点，再排序，不靠感觉抓阄。
- **不同 Skill 容易互相打架。**同名版本、能力重叠和外部副作用都会列出来。
- **论文文件越做越像杂物间。**固定六目录，代码、图、表按结果编号归位。
- **草稿很容易被叫成“最终版”。**没有通过引用、结果和交付审计，就不能提前敲锣打鼓。
$skillsRoot = if ($env:CODEX_HOME) { Join-Path $env:CODEX_HOME 'skills' } else { Join-Path $env:USERPROFILE '.codex\skills' }
New-Item -ItemType Directory -Force -Path $skillsRoot | Out-Null
git clone https://github.com/siyunhao2025-beep/paper-menu.git (Join-Path $skillsRoot 'paper-menu')SKILLS_ROOT="${CODEX_HOME:-$HOME/.codex}/skills"
mkdir -p "$SKILLS_ROOT"
git clone https://github.com/siyunhao2025-beep/paper-menu.git "$SKILLS_ROOT/paper-menu"安装后，重新打开 Codex 或刷新 Skills 列表。若目标目录已经存在，先确认它是不是旧版本；不要用一条覆盖命令把自己的修改顺手扬了。
你也可以下载仓库 ZIP，解压后把整个文件夹放入 Codex 的 Skills 目录。关键检查点是：
<Skills目录>/paper-menu/SKILL.md
只复制 SKILL.md 不够，scripts/ 和 references/ 也得一起带上。只带菜单、不带厨房，多少有点为难厨师。
在 Codex 中发送：
使用 $paper-menu 帮我从零启动一篇关于“XXXXX”的科研论文。
请先盘点我本地所有科研论文相关 Skills，检查重复、冲突和能力缺口，
然后给出完整的调用顺序、每一步的输入输出和风险。
在我批准之前，不要创建项目文件夹。
paper-menu 的第一次回复应该包含：
- 扫描了哪些 Skill 位置；
- 找到多少个 Skills；
- 哪些与科研论文相关；
- 哪些同名、重复或存在版本冲突；
- 每个论文阶段准备使用哪个主 Skill；
- 哪些 Skill 被排除，以及为什么；
- 哪些环节需要联网、账号、外部写入或较长计算时间；
- 一句明确的问题：是否批准这份调用菜单？
这时它还不会创建文件夹。是的，它忍住了。
如果菜单没问题，回复：
我批准这个调用顺序，请继续。
然后 paper-menu 才会询问两件事：
- 新科研项目的父目录在哪里；
- 新项目文件夹叫什么名字。
例如：
父目录：D:\科研项目
项目名：城市热岛预测
它会先预演目标路径，确认不会覆盖旧目录，再创建：
城市热岛预测/
├── .paper-menu.json
├── 1_数据/
├── 2_代码/
├── 3_图片/
├── 4_表格/
├── 5_参考文献/
└── 6_最终Latex代码+PDF+Word/
└── 0_论文执行台账.md
六个业务目录固定不动。某个专业 Skill 如果想另起一套“我有自己的想法”目录，paper-menu 会先尝试映射；实在映射不了，必须回来找你批准。
同一个研究结果，在代码、图片和表格之间共享编号：
2_代码/1_得到描述性统计结果.py
3_图片/1_得到描述性统计结果.png
4_表格/1_得到描述性统计结果.xlsx
2_代码/2_得到处理效应估计结果.R
3_图片/2_得到处理效应估计结果.pdf
4_表格/2_得到处理效应估计结果.csv
这样看到图 2，就能顺藤摸瓜找到代码 2 和表格 2。论文出了问题，不必在 final_v2_真的最终版_这次不改了.py 里考古。
结果标签必须保持中性：
- ✅
得到处理效应估计结果 - ❌
得到处理显著提升结果
还没计算，就别先替结果庆功。统计学可能会记仇。
实际流程会根据你安装的 Skills、论文类型、已有材料和目标期刊动态调整，通常覆盖：
- 研究问题与证据边界；
- 文献发现、筛选和引用核验；
- 数据与材料审计；
- 研究设计和分析计划；
- 建模、实验或理论推导；
- 统计诊断和稳健性分析；
- 科研图片和表格；
- 论文结构与初稿；
- 主张—证据和引用完整性审计；
- 同行评审式检查与修订；
- 期刊格式和语言适配；
- LaTeX、PDF、Word 编译与交付审计。
每个阶段只选择一个主 Skill。需要时可以增加一个辅助或备用 Skill，但不会把五个写作 Skill 同时请进来抢方向盘。
最终目录至少需要：
6_最终Latex代码+PDF+Word/
├── 0_论文执行台账.md
├── 1_论文正文.tex
├── 2_论文正文.pdf
└── 3_论文正文.docx
只有文件存在还不算完成。最终审计还会检查：
- 六个固定目录是否完整；
- 代码、图、表是否符合编号契约；
- 登记路径有没有跑出项目目录；
- 结果编号是否连续，标签是否一致；
- 参考文献记录是否存在；
- LaTeX 是否具备基本文档结构；
- PDF 是否是可识别的 PDF 文件；
- Word 是否具备有效的文档结构；
- PDF 和 Word 是否比最终 LaTeX 源更旧；
- 未解决的研究限制是否已明确披露。
真正的 LaTeX 编译、PDF 视觉检查和 Word 语义一致性仍需实际工具验证。改个扩展名不叫格式转换，那叫文件乔装。
它会把我安装的所有 Skills 都执行一遍吗？
不会。它会枚举全部 Skills，完整分析科研论文相关候选，但只调用对当前论文有明确价值的最小集合。其余 Skills 会列出排除原因。
把全部 Skills 都跑一遍，不叫充分利用资源，叫技能自助餐失控。
没有数据，也能直接写出一篇有显著结果的论文吗？
不能。缺少数据、实验或可核验证据时，它只能报告缺口、调整论文类型，或帮助制定获取材料的方案。它不会凭空制造显著性、DOI、样本量和审稿意见。
魔术归魔术，科研归科研。
为什么非要先批准菜单？不能一键全自动吗？
研究问题、数据边界、外部数据库、计算成本和目标期刊都会改变工作流。先看菜单，可以避免做到第八步才发现第一步理解错了。
论文不是抽盲盒，尤其不建议拿毕业时间抽。
它会覆盖我已有的项目吗？
默认不会。创建脚本发现目标目录已经存在时会直接停止。若要迁移旧项目，应先明确提出迁移需求并审计现有文件，而不是让新框架骑着压路机进场。
本地没有某个专业 Skill 怎么办？
调用菜单会把能力缺口标出来，并说明可使用的通用工具、人工步骤或替代路线。缺少能力时会说缺少，不会给空气贴上“已安装”的标签。
- 需要能够读取本地 Skills 和写入用户批准的项目目录。
- 配套脚本使用 Python 3 标准库，不强制安装第三方 Python 包。
- 文献数据库、外部参考文献管理器、远程计算资源和上传操作可能需要额外授权。
- 若需要真实生成 PDF 和 Word，应具备相应的 LaTeX、文档转换或办公文档工具。
paper-menu能管理流程、目录和证据链，但不能保证论文录用。审稿人的心，暂时还没有稳定 API。
paper-menu/
├── SKILL.md # 总控流程与硬性规则
├── README.md # 你正在看的这份中文菜单
├── agents/openai.yaml # Codex 界面信息和中文启动提示
├── references/
│ ├── orchestration.md # Skill 编排、阶段门和回退规则
│ └── project-contract.md # 六目录与产物命名契约
└── scripts/
├── discover_research_skills.py # 盘点本地 Skills
├── create_paper_project.py # 安全创建项目
├── plan_result_paths.py # 分配共享结果编号
└── audit_paper_project.py # 审计项目与最终交付
需要了解代理真正遵守的规则，请阅读 SKILL.md。想研究它为什么这么爱踩刹车，请继续阅读 references/orchestration.md。
Paper Menu：先把科研这桌菜点明白，再开火。