FASTA与FASTQ

FASTA与FASTQ

更新：2026-10-13；状态：可用；验证范围：文档核对；操作需按所用环境验证。

FASTA 保存序列及标题，FASTQ 还保存逐碱基质量信息，二者服务于不同分析阶段。

怎样识别

FASTA 的记录以 > 标题行开始，后接一行或多行序列。FASTQ 的常见形式以 @ 标题行开始，随后是序列、+ 分隔和质量字符串。不要只凭扩展名判定内容。

FASTQ 中序列长度应与质量字符串长度对应。双端数据的两个文件还要检查读段标识和记录顺序。真实解析器需要处理格式边界；简单把总行数除以四，只适用于已经确认的四行记录格式。

使用场景

测序读段通常从 FASTQ 开始；参考序列、蛋白序列和数据库检索输入常用 FASTA。FASTA 不保留原始逐碱基质量，不能转换回原始 FASTQ 的测量信息。

质量解释见测序深度覆盖度与质量分数；检索实践见BLAST本地检索实践。格式细节参考 NCBI FASTA 说明和 SAMtools FASTQ 文档。

测序技术与上游输入

测序数据格式与原始信号区分信号、已识别碱基与比对结果；FASTQ常见Phred+33编码也需按数据来源确认，格式转换不能恢复未保留的原始信号。