用Multi-Threads 以及 SIMD 加速運算 Smith-Waterman algorithm

2024 平行化程式設計期末Project 第七組
主要目標 加快Smith-Waterman演算法
testfile 僅為寫code時的測試版可以忽略

環境

課堂提供的Server即可

使用方法

Row based pthread

p.s 我們的方法是用2個threads所以不用改數字2

make clean
make METHOD=sw_row_pthread
srun ./sw 2

Row based SIMD

make clean
make METHOD=sw_row_simd
srun ./sw

Diag based openMP

-c N是threads數量

make clean
make METHOD=sw_diag_openmp
srun -c N ./sw

Diag based SIMD

make clean
make METHOD=sw_diag_simd
srun ./sw