magus は内部で ym-common という別のリポジトリを submodule として使っています. magus をただ git clone で持ってきた場合には ym-common が空のディレクトリになっていますので
$ git submodule init
$ git submodule updateで ym-common の中身を持ってくるようにしてください.
magus は論理回路の検証・合成アルゴリズムの研究・開発のためのプログラムです. 内部で YmTools と YmTclpp のライブラリ群を使っています. ビルドに関しては BUILDING.md ファイルを参照してください.