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Pessoal, o código postado anteriormente tinha um problema: matrizes quadrátricas com tamanho superior a 9 não eram lidas corretamente do arquivo input.msp. Isso aconteceu porque, enquanto eu produzia o código, eu estava lendo a primeira linha do .mps em um char, e depois convertendo este char para um inteiro. Acontece que, dessa forma, um número superior a 9 ocuparia 2 chars, e isso por si só inviabilizaria todo o resto do código. Para resolver isso, fiz algumas alterações e agora tudo deve estar funcionando corretamente.