SeqSearch

引物探针序列占比分析工具

概述

基于KMP和Hamming算法计算引物或探针序列在reads中的占比

使用

• 克隆仓库

git clone https://github.com/51cat/SeqSearch.git
cd SeqSearch
./psearch -h

• 基本命令

./psearch \
    -input ./test_data/test.fastq \
    -format fastq \
    -target_fa ./test_data/target.fa \
    -out ./test_data/test_out.tsv \
    -mismatch 2 \
    -mode first

详细使用步骤

./psearch -h

测试脚本

./test.sh