simple-bioplot Skill

simple-bioplot 是一个面向生物医学常规实验的轻量级 AI Skill。用户提供实验说明和原始 TXT/CSV/孔板信息后，AI 会先整理标准化输入 CSV，再调用内置 R 引擎生成统一风格的统计柱状图。

目前支持：

• qPCR
• Western blot（WB）
• simple_bar

主要功能

• 保留原始数据，不覆盖源文件
• 自动整理标准输入 CSV
• 按实验日期归类 input 和 output
• 默认生成多基因总览图
• bar = mean，error bar = SEM，并叠加 individual dots
• 两组默认使用双侧 Welch t-test
• 三组及以上默认使用 one-way ANOVA + Tukey HSD
• 默认只输出 600 dpi PNG
• 在对话中给出实验概要和 96 孔板示意图

安装

1. 安装 R for Windows。
2. 下载或克隆本仓库。
3. 将完整的 simple-bioplot 文件夹放入 AI 可发现的 Skills 目录。
4. 首次使用时运行：

scripts\install_windows.bat

该脚本会把 R 依赖安装到 Skill 自己的 .Rlib，不会要求单独安装一个 R 项目。

调用示例

显式调用：

请调用 $simple-bioplot 分析 C:\work\experiment\20260718_qpcr.txt。
这是 WT 与 KO 的 MLEC qPCR，WT 是对照，HPRT 是内参。
technical replicates 暂时按独立重复绘制预实验多基因图。

也可以直接说：

请用 simple-bioplot 整理这份原始 qPCR 数据，生成标准 CSV、统计结果和多基因 PNG，并给出实验总结和 96 孔板示意图。

默认目录

独立 Skill 运行时：

原始数据目录/
└── simple-bioplot-output/
    ├── input/YYYY-MM-DD/标准化输入.csv
    └── figures/YYYY-MM-DD/结果.png

无法识别日期时，图片会进入 figures/undated/。推荐在文件名或 experiment 中使用 YYYY-MM-DD 或 YYYYMMDD。

重要说明

• 本仓库不包含真实实验数据或历史实验结果。
• technical replicate 临时作为独立重复时，p 值和显著性星号只能用于探索性预览。
• HPRT 是项目既往 qPCR 的主要内参；其他实验仍应根据样本类型和实验设计验证内参稳定性。
• 公开仓库不等于自动授予代码再分发许可；如需开放许可，请由仓库所有者另行添加 LICENSE。

详细输入格式、归一化公式和绘图规则见 SKILL.md 与 references/input_and_rules.md。