phyluce（UCE 系统发育基因组学工具包）的 Rust 移植版本：命令集与旧脚本名称保持一致，编译为单一静态二进制文件，无需 Python 或 conda 环境。
原版 phyluce 由 74 个独立的 Python 脚本组成，各自依赖 Biopython、DendroPy 等
完整 Python 环境。本仓库将其全部功能移植为单一 Rust 二进制 phyluce，按
<domain> <command> 分组调用：
phyluce align convert-degen-bases --alignments in --output out旧脚本名称仍可使用：以旧名称建立符号链接或复制可执行文件，调用时会自动映射至
新命令，例如 phyluce_align_convert_degen_bases 等价于
phyluce align convert-degen-bases。完整映射表见
rust-command-compatibility.md。
外部程序（MAFFT、LASTZ、SPAdes 等）仍按需调用，路径由 phyluce.conf 配置；
原始 reads 的接头与质量清理须在进入本 CLI 前完成，此点与原版一致。
行为差异（影响输出或使用方式）：
match-contigs-to-barcodes不执行 BOLD 数据库网络查询，改为本地 LASTZ 切片，须传入--no-bold。- bootstrap replicate 采用纯文本格式，而非原版的 Python
pickle；两种实现 产生的中间文件不可混用。 prep-uce-align-files-for-ncbi（对应原版phyluce_ncbi_prep_uce_align_files_for_ncbi）在现代 Biopython 环境下因Bio.Alphabet模块已被移除而无法导入运行；本版本按其预期行为实现，而非 复现该运行时错误。- 涉及随机或并列选择的逻辑（如 tie-breaking、抽样）改为确定性规则或显式随机 种子，避免原版因不可控随机状态导致结果不可复现。
- 部分历史遗留的 alignment 输出格式与 genetree 树文件格式尚未移植，相关选项 会明确报错，不会静默改变行为。
新增命令（原版没有）：
probe get-full-probes：从原版 probe FASTA 生成 GeneMiner2 逐-locus 参考目录。probe easy-stampy：以 probebwa 替代教程中手动调用的stampy.py，一条命令完成建索引、建哈希表、比对三 步；索引已存在时自动跳过重建，--bam直接输出 BAM，无需再手动调用samtools view。merge-multiple-gzip-files --trimmed与rename-tree-leaves --reroot： 原版存在对应选项但功能缺失，本版本已补全。
性能优化详见下文性能优化一节。
crates/phyluce-cli：phyluce可执行文件与命令行入口。crates/phyluce-align：比对文件的解析、写出、修剪、拼接与位点统计。crates/phyluce-assembly：assembly 与 match-count 相关共享逻辑。crates/phyluce-io：FASTA/FASTQ、LASTZ、2bit 及 SQL 辅助函数。crates/phyluce-config：phyluce.conf查找与$CONDA/$WORKFLOWS展开。crates/phyluce-external：外部命令执行封装。crates/phyluce-genetrees：gene tree 相关辅助逻辑。tests/compat：兼容性与回归测试脚本。
文档入口见 docs/index.md，完整中文手册见 docs/user-manual-zh.md（构建配置、端到端 UCE 流程、各命令域示例、故障排查）；已知差异的完整列表见 rust-command-compatibility.md。
指导原则：仅在有实测数据支持时引入优化，且优化不改变任何命令的输出内容。 下表所列优化均有具体数字支撑，方法细节见对应代码中的 benchmark 注释与提交 历史。
| 优化点 | 方法 | 实测提升 |
|---|---|---|
contig/probe 名称匹配（默认 --regex） |
手写扫描替代通用正则引擎（fast_extract） |
~2.7x |
concatenate 等命令的 taxon 匹配 |
O(n²) 线性扫描改为哈希查找 | 消除二次方增长 |
| 逐行 SQLite INSERT（3 处命令） | 补充显式事务 | 最多 ~700x |
| 并发任务调度 | 改用 rayon |
~1.8x–4.4x |
| FASTA/FASTQ 解析 | 消除逐行重复扫描；FASTQ 改用字节级 read_until |
FASTA ~1.3x，FASTQ 长度提取 ~1.2x、计数 ~3.3x |
| 2bit 解码 | 逐 base 查表改为逐字节查 256 项表 | ~3x（约 3.5 Gbases/秒） |
| 编译配置与内存分配器 | LTO + codegen-units=1，改用 mimalloc |
- |
cargo build -p phyluce-cli --release
target/release/phyluce --version
target/release/phyluce --help
target/release/phyluce config inspectphyluce probe get-full-probes \
--input probes.fasta \
--output ref_uce输入须为原版 probe FASTA，header 中包含 local/global 坐标，序列仅含 A/C/G/T。 命令按坐标拼接重叠 probe，每组保留最长有效连续序列，并在输出目录中为每个 locus 写一个 FASTA 文件。输出目录须不存在或为空。不使用 MUSCLE 或 MAFFT。
cargo check -p phyluce-cli
cargo test -p phyluce-io -p phyluce-assembly -p phyluce-cli
cargo clippy -p phyluce-cli --all-targets -- -D warnings
cargo build -p phyluce-cli兼容性测试（仅使用仓库内置 fixture，可在独立克隆中运行）：
python3 tests/compat/run_fixtures.py target/debug/phyluce如需包含原版 Python 及外部工具的完整对照测试，设置
PHYLUCE_PYTHON_REPO=/path/to/phyluce 后运行
python3 tests/compat/run_all.py target/debug/phyluce。
本仓库（Rust 移植版本）的著作权归 GUIBA-EX 所有，采用 GPLv3
（GPL-3.0-or-later） 许可；原版 Python phyluce 的著作权归 Brant C.
Faircloth 所有（BSD-3-Clause）——原始版权声明按其许可证要求保留于
LICENSE 文件中。
若在论文中使用本软件，请引用本仓库；对应的 bioRxiv 预印本正在准备中，发布 后将更新此处的引用信息。机器可读的引用元数据见 CITATION.cff。