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Releases: Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader
Releases · Gaoyuan-0423/biomedical-paper-reader
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v0.2.0
语言、阅读模式与可追溯证据
- 默认中文完整精读,新增明确请求的英文和中英双语输出;语言切换保留相同证据标准与不确定性。
- 支持完整精读、速读、指定图/方法解析,分别定义实际读取范围、必要核查和输出结构。
- 在报告中展示核心证据记录:来源版本与定位、比较对象、样本/分母和统计单位、实际核查方式、冲突及支持边界。
- 按研究类型启用嵌套样本、公开数据子集与验证角色、样本重叠状态和机制逐边检查,让实验建议对应具体证据缺口。
- 精简入口与参考文件职责,复用已完成的提取及图像核查,明确问题驱动回查、停止条件和阶段更新。
- 保留本地补充材料优先、仅在用户明确要求补取时下载的策略,不增加技能运行的强制工具或付费依赖。
验证与边界
新增原创合成多面板图及补充材料更新案例。9 个案例、11 份实际报告,当前 8 个通过、1 个部分通过。英文方法专题的首次顺序错误已修订并独立复验通过,原失败保留;短单图速读仍保留选择性证据不足的判定。
官方技能校验、218 个本地引用、文件哈希与评分引文检查、3 个完整性自测、PNG 解码及同环境重建均通过。
本轮未重跑两篇历史真实论文,未重分析原始数据,未验证 Wisp/DeepSeekHarness 的计划界面或测量跨客户端速度,不声明量化提速。不同试读阶段的指令版本分别记录,有限案例通过不代表全部论文的准确率。
已安装的本地技能副本需要同步更新,才能使用新版规则。
v0.1.2
阅读流程优化
- 移除 MarkItDown 优先转换要求,复用现有工具提取的合格文本,不强制生成 Markdown 底稿。
- 首次通读建立图组索引,后续按未解问题回查正文、图注与方法。
- 全部主图先概览;核心结论、必要对照、阴性结果与冲突按需放大,不设固定面板数量上限。
- 同一图组集中准备裁图并复用核查记录,保留标签、坐标轴和图例。
- 补充材料仍默认只分析本地已有的对应文件。
本次为流程规则更新,未重跑完整论文精读或测量端到端耗时,不声明量化提速。已安装的副本需同步更新才能采用新流程。
v0.1.1
- 补充材料改为默认只使用上传、论文同目录或用户指定目录中的对应文件;用户明确要求时才下载。
- 增加可选的 MarkItDown PDF 转换步骤,将
article.md阅读底稿与report.md分开,并保留 PDF 核查。 - 材料状态改变后同步所有相关判断,交付前复查过期措辞,区分“下载完成”和“已读取/核查”。
- 增加宿主适配的下载调度、残包处理、文本写入、面板裁剪及本地链接核对说明。
- 本轮为工作流与文档修订;未重新运行原五个阅读案例,既有验收结果仅对应 v0.1.0。
v0.1.0
更新记录
v0.1.0 — 2026-09-27
首个公开版本。
- 提供单篇生物医学论文的中文精读流程、报告模板与证据规则。
- 每个图组解释研究动机、方法、设计与结果、逻辑、证据边界及原图来源。
- 按实际证据选择人群、机制、组学、空间、时间/谱系或算法检查点。
- 加入正式更正核对、短材料压缩、统计单位与因果强度检查。
- 完成两篇真实论文试读及三份虚构材料的适配验收,公开后三份的输入和输出。
- 使用 MIT 许可证;第三方论文资源按各自许可处理。