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Installation with Docker JP

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Hiromichi Yokoyama edited this page Aug 5, 2026 · 3 revisions

Installation with Docker

このページは Docker で moleditpy を実行する方法を扱います。ほとんどのユーザーには moleditpy-installer（Installation for Windows / macOS / Linux を参照）を使うシンプルな方法をおすすめします。Docker は、ホスト環境に Python の依存関係をインストールせずに、隔離された再現性のある環境が欲しい場合の代替手段です。

moleditpy のようなGUIアプリケーションは、グラフィックス、ウィンドウシステム、キーボード入力など、多くの複雑なシステムライブラリに依存しています。Dockerを使用することで、これらの依存関係がすべて含まれたコンテナが作成されるため、お使いの環境を汚すことなく、簡単かつ確実にアプリケーションを起動できます。

前提条件

インストールを開始する前に、お使いのシステムに以下のソフトウェアがインストールされていることを確認してください。

  • Git: リポジトリをクローンするために必要です。

  • Docker: お使いのOSに合ったDockerをインストールしてください。

  • X11 Server (GUI表示に必須): コンテナ内のGUIをデスクトップに表示するために必要です。

    • Linux: 通常、デスクトップ環境に標準で含まれています。追加のインストールは不要です。
    • macOS: XQuartz をインストールし、起動しておいてください。
    • Windows: VcXsrv などをインストールし、起動しておいてください。(WSL2とWSLgを利用する場合は不要なことがあります)

インストール手順

ステップ1: リポジトリをクローン

まず、このリポジトリをローカルマシンにクローンします。

git clone https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor_docker.git
cd python_molecular_editor_docker/

ステップ2: Dockerイメージをビルド

リポジトリのルートディレクトリ（Dockerfile がある場所）で、以下のコマンドを実行してDockerイメージをビルドします。

docker build -t moleditpy-app .
  • -t moleditpy-app は、作成するイメージに moleditpy-app という名前を付けています。
  • 最後の . は、カレントディレクトリの Dockerfile を使用することを意味します。
  • 初回ビルドには数分かかることがあります。

ステップ3: アプリケーションを実行

お使いのOSに応じて、以下のコマンドを実行してコンテナを起動し、moleditpy を実行します。

Linux

  1. （初回のみ）ホストPCでターミナルを開き、コンテナからの接続を許可します。

    xhost +local:docker

  2. コンテナを起動します。

    docker run --rm -it \
    -e DISPLAY=$DISPLAY \
    -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix \
    -v moleditpy-data:/data \
    -v moleditpy-setting:/root/.moleditpy \
    moleditpy-app

macOS

  1. XQuartzを起動します。 XQuartzの設定で、「セキュリティ」タブの「ネットワークからの接続を許可」にチェックが入っていることを確認してください。

  2. ホストPCのターミナルで、コンテナからの接続を許可します。

    xhost + 127.0.0.1

  3. コンテナを起動します。

    docker run --rm -it \
       -e DISPLAY=host.docker.internal:0 \
       moleditpy-app

Windows（VcXsrv を使用）

  1. VcXsrvを起動します。 起動時に "Disable access control" のチェックボックスをオンにすることをおすすめします。

  2. ホストPCのIPアドレスを確認します。 コマンドプロンプトやPowerShellで ipconfig を実行し、お使いのネットワークアダプタのIPv4アドレスを調べます。

  3. コンテナを起動します。 <your-ip-address> の部分を、ステップ2で調べたIPアドレスに置き換えてください。

    docker run --rm -it \
       -e DISPLAY=<your-ip-address>:0.0 \
       moleditpy-app

トラブルシューティング

  • Error: cannot open display というエラーが出る場合:

    • X11 Server (XQuartz, VcXsrv) が起動しているか確認してください。
    • xhost コマンドが正しく実行されているか確認してください。
    • -e DISPLAY 環境変数の値が、お使いの環境に対して正しいか確認してください。

  • Cannot connect to the Docker daemon というエラーが出る場合:

    • Docker DesktopまたはDockerサービスが起動していることを確認してください。

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