v0.1.4

v0.1.4 — 研究脉络全线 + MCP 写面对齐 + UI 视觉修复

研究脉络（v0.1.0-v0.1.3 首次发布）：
- 证据链目标→实验→结论→新目标，lineflow 横向流程图 + 悬浮详情面板
- 存档挂目标（goal_id/new_goal）、多目标挂载、断链保留
- observation 观察节点（数据层+MCP）+ UI 词条/弹窗支持
- MCP get_research_context 全证据聚合（支持实验/观察/开放目标）

MCP：新增 save_conclusion / attach_goal 写工具（共 19 工具），
system_prompt 工作流与真实工具面对齐；attach_goal 幂等

UI 修复：表格中文表头对齐（mono CJK 行盒/排序三角折行/uppercase 破坏 ε·Da）；
选中框左缘被悬垂线遮罩吃掉（遮罩 +7px）；表头 white-space:nowrap

v0.0.11

v0.0.11 (tools) — 数据重挂 + 详情页载入计算工具 + WAL 并发硬化

自 v0.0.10 以来的工具线更新：
- 酶活存档加 raw 快照（原时间序列不可变落库，可复算）
- 酶活 raw 兜底 _json_safe 清 NaN
- MCP save_experiment 业务级 ValueError → -32602
- 数据重挂：酶活/BLI/AKTA 存档可选挂载到已有实验（覆盖 results + 追加 raw）
- 详情页「载入计算工具」：一键把实验载回计算 tab 重分析
- SQLite 并发硬化：WAL + busy_timeout 30s + 备份前 checkpoint

v0.0.10

docs: 记录 v0.0.10（酶活分组/宽格式作图Excel/评审修复），README 版本表更新

v0.0.9 — AKTA 峰图整理 + BLI 分析增强

v0.0.9

AKTA 峰图整理

• akta.py 标准库原生解析 Unicorn zip（无 pycorn 依赖）——嵌套 zip 截断 + .NET float32 解码
• 峰检测（SG 平滑 + 5% 分位基线 + scipy find_peaks）/ 峰标注 / Fraction 事件 / 峰表 Excel 导出（3 sheet，含多样品作图数据）
• 保存为实验（raw→experiment_raw akta_traces，results 带 AKTA_ANALYSIS_VERSION）
• 复制从快照恢复 + 参数回填 + 峰图 PNG 下载 + 总图 frac 阴影

BLI 分析增强

• 曲线复选列表决定哪些曲线进入数据（active_curves，总复选三态）
• 单样本拟合按钮，5 方法 KD 单卡片结果
• 默认截去结合起点前基线（trim_start）；相界检测对齐 REF 脚本（平滑 argmax + 基线+5σ）

修复

• _smooth 偶窗边界守卫（len==window 时 +1 越界崩溃）
• 峰标注 normalize 模式不再标错误绝对 mAU；基线守卫；fill_smooth 提出峰循环

v0.0.7

v0.0.7 数据存储地基——版本化迁移框架 + experiment_raw 不可变快照 + MCP 读写契约

架构升级（2026-08）：
- 统一实验写入入口 services.create_experiment（手动/from-calculation/MCP 三条路径归拢）
- 酶活计算纯函数化（sub_blank/align_wells/snap_ylim/correct_slopes），速率级阴性扣除后端单写
- JSON 反序列化收归 models 层（exp_get/exp_list 返回 dict），删除 app.py 补丁
- 校正语义修正：背景只扣阴性（空白是基线，不混入背景均值）
- exp_type 类型清单收敛单一来源 models.EXP_TYPES

v0.0.7 数据存储地基：
- schema 迁移框架：PRAGMA user_version + 有序 MIGRATIONS，逐步原子提交；老库非破坏升级
- experiment_raw 不可变快照表：只写一次、从不 UPDATE；删实验不删 raw（FK ON DELETE SET NULL）
- 迁移前自动备份 pre-migration_*.db（保留 5 份）
- MCP 读写契约：唯一写工具 save_experiment，读工具零写库（测试断言强制）
- CI 构建前跑 test_models + test_bli 回归
- 测试：test_models 14 节 + test_bli 全绿

v0.0.5

v0.0.5 — 浓度单位管理 + 酶活模块增强 + BLI 模块（2026-08-12）

v0.0.4

fix(ci): 声明 permissions: contents: write — softprops 创建 Release 需要写权限

v0.0.3 — 蛋白库批量改标签 + Weblogo 增强

v0.0.3 更新内容

蛋白库

• 批量改标签：选中多条蛋白添加/移除标签（不覆盖已有标签）
• 点击表头按 MW、消光系数排序

Weblogo 增强

• 长序列自动分块换行（每块 50 位，编号连续）
• 位点区间：start/end 裁剪（1-based 闭区间）
• 多聚体裁剪：multimer=N 自动裁剪为单亚基
• 保存 weblogo 生成参数（便于从实验复制回填）

其他

• 移除顶部独立 Weblogo 导航（与计算工具 tab 合并，消除重复入口）
• 新增独立工作区 CLAUDE.md + 独立 .mcp.json（仅含 protein-lab）

修复

• weblogo 参数防御解析（非法 start/end/multimer 不再报 500）
• 循环变量命名规范化
• 补删遗留 weblogo.html

v0.0.2 — 酶活计算工具 + 实验管理增强

v0.0.2 更新内容

新增：酶活计算工具

• TECAN Spark xlsx 上传解析 → 96 孔板 UI
• 每孔独立命名/设浓度（ng/mL ↔ μM 自动换算，用蛋白库 MW）
• 批量选择 + 等比设浓度 + 参考孔标记（空白/阴性/阳性）
• 线性拟合 → ΔOD/min、R²、U/mL
• 阴性/空白自动扣除
• 动力学曲线 + Michaelis-Menten 曲线
• 对齐起始/终止选项

新增：实验管理增强

• 实验详情子页面（浓度/BLI/酶活/Weblogo 分类型渲染）
• 从实验复制：卡片式 UI + 类型过滤 + 搜索
• 复制实验路由到对应计算工具 Tab
• 批量删除 + 全部删除 + 撤销操作
• 蛋白库标签系统（筛选/编辑）
• Weblogo 集成到计算工具

修复

• 消光系数切换到 Biopython ProtParam（Pace et al. 1995，业界标准）
• 作图中文乱码（SimHei 字体）
• 实验数据 JSON 双编码修复
• 酶活曲线图 IndexError
• 阴性扣除滞后计算 bug
• 酶活蛋白搜索无法加载
• Excel 导出支持酶活实验

技术

• 数据库启动自动备份（保留 10 份）
• 默认还原态（游离巯基）计算

v0.0.1 — Protein Lab 首次发布

功能

• 蛋白库 — 手动添加 / FASTA 批量导入 / 搜索匹配
• 计算工具 — Beer-Lambert 浓度计算（Pace 1995 消光系数，与 Expasy ProtParam 一致）
• BLI 梯度稀释规划 — 递推稀释 + 统一体积 + 100 μL 取整
• 实验归档 — 从计算工具一键保存 / 单条导出 Excel / 历史实验回填
• MCP 服务器 — 7 个工具供 AI 调用

启动

双击 启动.bat，浏览器自动打开 http://127.0.0.1:5000。

依赖

pip install -r requirements.txt

完整提交记录

https://github.com/QINGMINGMIKU/protein-lab/commits/v0.0.1