Quantis-v0.6

Файлы релиза подходят для запуска только на Windows

Основные изменения

• Добавлен новый формат входных данных: MS1searchpy: данные можно обработать с помощью diffacto
• Переработаны аргументы запроса к StringDB: добавлен Required score, улучшена работа выбора другого вида по NCBI ID
• Добавлены описания каждого типа входных файлов
• Добавлено уведомление об ошибках, возникающих в процессе анализа, в интерфейс

Исправления

• Ошибки запроса к StringDB из промежуточных версий исправлены
• При динамическом вычислении порогов FC и p-value, полученные пороги отображаются в полях ввода порогов
• Исправлена ошибка, возникающая при использовании Drop импутации
• Заблокированные опции теперь возвращаются к своим стандартным значением, во избежание непредсказуемого поведения
• Размеры заголовков менее важных разделов уменьшены

Планируемые изменения

• Возможность динамического вычисления порогов дифференциальной экспрессии с помощью GO анализа
• Возможность запуска Quantis с помощью CLI, с передачей стартовых значений пользовательских аргументов
• Возможность альтернативного запуска Quantis как пакета и в браузере
• Поддержка Linux
• Больше параметров оформления volcano-plot

Quantis-v0.5

Файлы релиза подходят для запуска на Windows 10+
Треований к предустановленному ПО нет.

Новое в этой версии:
‣ Добавлена поддержка файлов MaxQuant
‣ Добавлена поддержка файлов diffacto
‣ Снят верхний лимит на запрос к StringDB API, карта будет появляться заметно чаще
‣ Добавлено условное форматирование для Fold Change — UP и DOWN регулированные белки окрашиваются разными цветами
‣ Добавлен переход в Uniprot по нажатию на белок в таблице дифференциально-экспрессированных белков (если формат названия белка подходит)
‣ Обновлены всплывающие аннотации для volcano-plot, теперь они содержат название белка
‣ Исправлено несколько небольших ошибок:
‣ Иногда анализ запускается до нажатия на кнопку запуска ✓
‣ Поправки множественных сравнений двигают p-value вместо границы экспрессии, что может приводить к некрасиво сжатым графикам ✓
‣ Заголовок столбика Fold Change окрашивается в красный ✓
‣ На секции Style Parameters остаётся плашка (WIP) (Work in progress) ✓
‣ Невыбор файла добавляет пустую строку ✓

Известные проблемы: (будут исправлены)
‣ Выбор столбиков для файлов MaxQuant нет возможности сохранить, поэтому их приходится выбирать каждый раз заново вручную
‣ Функция выбора организма по NCBI ID выглядит сыро и работает не как ожидается