Feature/1.0.0 - #2
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- 将 hippocampus.py 重命名为 internalization.py (内化系部) - 将 mind.py 拆分为 action.py (行动系部) 和 observability.py (可观测性系部) - 更新所有导入引用以匹配新的文件结构 - 添加 microsandbox>=0.1.8 依赖 - 更新 uv.lock 文件 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 扩展 .adk 目录忽略规则以支持所有位置 - 添加 *.adk 文件通配符忽略 - 添加 session.db 和 artifacts/ 目录忽略 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 database 后端选项，使用 ADK 官方 DatabaseSessionService - 将 postgres 后端改为自定义 PostgresSessionService (使用 pulse.py 模型) - 修改默认 session_service_backend 为 database - 在 PostgresSessionService 中实现延迟导入模型，避免在选择其他后端时注册 ORM 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 添加 database 后端选项说明 (ADK 官方 DatabaseSessionService) - 明确 postgres 为自定义 PostgresSessionService - 更新默认值为 database 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 artifacts_factory.py 支持 inmemory 和 gcs 后端 - 在 config.py 中添加 artifact_service_backend 和 gcs_bucket_name 配置 - 修改默认后端配置为 inmemory (开发/测试友好) - 在 runner_factory.py 中集成 artifact_service - 添加 google-cloud-storage 和 google-auth 依赖 - 新增单元测试 test_artifacts_factory.py - 新增集成测试 test_runner_artifacts.py 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 重新生成初始 schema migration (83c05a1f137d 替代 43618f029e28) - 更新 pulse.py 中的导入从 hippocampus 改为 internalization - 新增 scripts/force_reset_db.py 用于开发时快速重置数据库 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 NEGENTROPY_SCHEMA 常量定义 schema 名称 - 所有业务模型统一归入 negentropy schema - 更新所有 ForeignKey 引用以使用完整的 schema.table 路径 - 导出 NEGENTROPY_SCHEMA 供迁移配置使用 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 更新 env.py 在运行迁移前自动创建 negentropy schema - 配置 Alembic 将版本表放入 negentropy schema - 删除旧的初始迁移文件 83c05a1f137d_initial_schema.py - 新增 scripts/force_reset_db.py 用于开发环境数据库重置 - 更新文档说明 Schema 分离策略 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 添加 text 导入以支持 SQL 执行 - 新增 287112ebb629_initial_schema.py 迁移文件 - 所有业务表统一创建在 negentropy schema 下 - ForeignKey 使用完整的 schema.table 路径引用 - 删除旧的 public schema 下的 alembic_version 表 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 include_object 过滤器，仅管理 negentropy schema 中的业务表 - 排除 public schema 中的 ADK 原生表（sessions/events/app_states 等） - 重新生成初始迁移文件 ec89143c6bc8_initial_schema.py - 替换旧的迁移文件 287112ebb629_initial_schema.py 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 bootstrap.py 实现 ADK 服务工厂的 monkey-patch - 新增 services.py 作为 ADK 自动发现入口点 - 支持通过 .env 配置无需 CLI 参数即可启动 ADK - 自动应用配置到 Session/Memory/Artifact 服务 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 将所有 ForeignKey 声明格式化为多行格式以提高可读性 - 涉及 internalization/perception/pulse 模块 - 同步更新迁移文件格式 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 调整 force_reset_db.py 空行格式 - 更新 env.py 注释格式 - 简化 artifacts_factory.py 异常信息格式 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 调整空行和缩进格式 - 统一代码风格规范 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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- 新增 security.py 定义 Credential 模型 - 新增 PostgresCredentialService 实现 PostgreSQL 持久化存储 - 新增 CredentialFactory 支持多后端切换 (postgres/inmemory/session) - 使用 JSONB 存储复杂 AuthCredential 数据 - 支持 upsert 操作避免重复插入 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 CREDENTIAL_SERVICE_BACKEND 配置项支持 - 拦截 ADK 默认 InMemoryCredentialService 使用可配置后端 - 导出 Credential 模型到 models 包 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 替换旧迁移文件 ec89143c6bc8_initial_schema.py - 新增 093a93971bf5_init_schema.py 包含 credentials 表 - credentials 表支持复合主键 (app_name, user_id, credential_key) - 添加索引优化查询性能 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 将 artifacts_factory/credential_factory/memory_factory/runner_factory/session_factory 移至 factories/ 目录并重命名为 artifacts/credential/memory/runner/session - 更新 __init__.py 统一导出所有工厂函数 - 更新 bootstrap.py 导入路径 - 更新 main.py 导入路径 - 更新 engine/__init__.py 导入路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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- 新增 openai_api_key 和 openai_base_url 配置项 - 调整 credential_service_backend 配置位置与其他服务后端对齐 - 更新 .env.example 添加 OpenAI 配置说明 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 logging.py 提供基于 structlog 的统一日志服务 - 支持多种 Sink：stdio（开发）、file（本地文件）、gcloud（生产环境） - 使用 orjson 实现高性能 JSON 序列化 - 采用策略模式抽象 Sink 接口 - 支持日志轮转和 Google Cloud Logging 集成 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 log_level/log_sinks/log_file_path/gcloud_log_name 配置项 - 新增 structlog/orjson/google-cloud-logging 依赖 - 更新 .env.example 添加日志配置说明 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- bootstrap 初始化时配置统一日志服务 - tracing 模块使用 get_logger 替代 logging.getLogger 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 LOG_FORMAT 配置项支持 console/json 两种格式 - Console 格式使用 ANSI 彩色输出，易于开发调试 - JSON 格式用于机器解析和日志采集 - 重构 StdioSink 支持可配置输出格式 - 优化 multi_sink_renderer 返回空字符串避免重复输出 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 log_format 配置项 (console/json) - 更新 .env.example 添加格式说明 - Bootstrap 传递格式参数到日志配置 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 SilentPrintLoggerFactory 避免空输出到 /dev/null 的开销 - 使用 make_filtering_bound_logger 在配置层面实现日志级别过滤 - 优化 stdlib 日志配置添加 force=True 参数 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 提取 ConsoleFormatter 类实现关注点分离 - 分离配置逻辑为 _initialize_sinks/_configure_structlog/_intercept_third_party_loggers - 新增 LiteLLMLoggingCallback 记录 token 使用、成本、延迟 - 拦截 Uvicorn/LiteLLM 第三方日志避免噪音 - 简化 StdioSink.emit 实现 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 注册 LiteLLM success_callback 和 failure_callback - 使用 LiteLLMLoggingCallback 记录 token 使用和成本 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 StreamToLogger 类重定向标准输出到日志系统 - 拦截 sys.stdout 和 sys.stderr 确保所有输出通过结构化日志 - 支持行缓冲和属性代理 - 避免重复拦截检查类型 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 更新所有系部使用 settings.llm.full_model_name - 更新所有系部使用 settings.llm.to_litellm_kwargs() 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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- 新增 preserve_thinking 参数支持 GLM 保留思考模式 - 使用 extra_body 绕过 LiteLLM 参数验证传递 GLM 特定参数 - 重构思考配置逻辑，按模型类型分别处理 - 添加 GLM-4.7 思考模式文档链接 - 更新默认 provider 为 anthropic 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 默认 provider 改为 anthropic - 添加 NE_LLM_PRESERVE_THINKING 配置说明 - 更新 API 配置为 Anthropic/BigModel - 添加 LITELLM_ANTHROPIC_DISABLE_URL_SUFFIX 配置 - 设置默认 GCS bucket 名称 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 zai provider 用于 GLM 模型 - 更新默认 provider 为 zai - 使用 ZAI_API_KEY 和 ZAI_API_BASE 配置 - 添加 LiteLLM ZAI provider 文档链接 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
- 新增 LlmVendor 枚举提升类型安全 - provider 字段重命名为 vendor - 使用 validation_alias 保持向后兼容 - 重构思考配置逻辑添加文档链接 - 优化注释和代码结构 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> EOF )
- 删除 openai.py 配置模块（OpenAI 配置由各 vendor 环境变量管理） - services.py 使用枚举类型替代字符串 (CredentialBackend/MemoryBackend/SessionBackend/ArtifactBackend) - logging.py 使用枚举类型 (LogLevel/LogFormat) - environment.py 导出 get_env_files 函数并添加 debug 属性 - 所有配置模块添加 frozen=True 确保不可变 - 更新兼容性层返回枚举的 .value - 更新 .env.example NE_LLM_PROVIDER 为 NE_LLM_VENDOR 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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… × 502 上游错误码 × 诊断仪器化） (#421) * fix(knowledge): 修复 Knowledge Base Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection + 后端 hybrid/rrf 降级 + 502 错误码 + 诊断日志）; 双层 Bug 同因联修（详见 docs/issue.md ISSUE-026）： 1. 前端 searchAcrossCorpora 旧实现以 Promise.allSettled 仅取 fulfilled，rejected 静默丢失，导致全部 Corpus 失败时返回 {count:0,items:[]} 走"成功路径"使 UI 空白且无任何提示——本次改为聚合三态（全成功/部分失败/全失败），SearchResults 类型扩展 errors[]，handleRetrieve 对部分失败 toast.warning 透出原因； 2. 后端 service.search hybrid/rrf 旧实现未捕获 EmbeddingFailed，外部 Embedding 上游故障直接 500，丧失"keyword 仍可用"的优雅降级——本次 hybrid 失败回退 keyword-only、rrf 失败走与 not embedding_fn 等价的回退路径，semantic 仍传播以保留显式失败语义； 3. api.py _map_exception_to_http 拆分 EmbeddingFailed 分支映射到 502 Bad Gateway（保留 EMBEDDING_FAILED code），与 SearchError 自身错误的 500 区分，便于前端识别"上游修复后再试"语义； 4. embedding.py 调用 litellm 前后增加结构化诊断日志：api_base_host（脱敏 path/credentials 仅留 host）+ input_count + text_preview + kwargs_keys；失败附 upstream_response_text（沿异常链 __cause__/__context__ 提取 MaskedHTTPStatusError.text，已被 litellm 脱敏 URL，限长 500 字节）； 5. 测试锁定：tests/unit_tests/knowledge/test_search_resilience.py 5 例（hybrid/rrf 降级 + semantic 传播 + EmbeddingFailed→502 + SearchError→500）+ tests/unit/knowledge/searchAcrossCorpora.test.ts 3 例（allSettled 三态）； 6. docs/issue.md 追加 ISSUE-026，含后续防范（Promise.allSettled 必须聚合 rejection / vendor 失败必须 502 / hybrid 必须有降级路径 / vendor 调用必须 host+upstream_text 双信号）与同类问题影响清单。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): searchAcrossCorpora 聚合保留 KnowledgeError code 并修正 _map_exception_to_http docstring; Review #1（前端契约）: SearchResultError 仅透 message 会丢弃 KnowledgeError.code（如 EMBEDDING_FAILED），削弱本次 502/500 拆分对前端"上游修复 vs 自身错误"的可分流价值——本次扩展 SearchResultError 增加可选 code，rejection instanceof KnowledgeError 时回填；全失败分支由 throw new Error 改为 throw new KnowledgeError(aggregatedCode, msg, {errors})，code 一致时透传原 code、混合时退化为 AGGREGATED_SEARCH_ERRORS，既保留分流能力又携带逐条失败明细；新增 1 例同 code 透传 + 1 例混合 code 退化的单测，全部 4 例通过。 Review #2（后端文档）: api._map_exception_to_http docstring 仍只列 400/404/409/500，与新增 EmbeddingFailed→502 分支不一致；本次补 "502: 上游服务错误（vendor / Embedding 等外部依赖）" 一行，避免后续维护者按旧映射加分支。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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…at 双气泡终结 + YAML 配置统一 (#462) * feat(agent-defs): 主 Agent 入库 + 按 DB 读 instruction + 模型选择回退 (#420) * fix(agent-defs): 修复 Agent 加载路径 + 主 Agent 纳入 Interface Sync + 运行时按 DB 读 instruction; - cli.py: --reload_agents 改用 Path(__file__) 推导的绝对路径，杜绝 cwd 依赖导致的「src/negentropy/negentropy」双重段错误; - subagent_presets: 新增 NegentropyEngine root payload（adk_config.kind="root"），Sync 后 DB 出现主 Agent 行; - sync API: 循环写入 config.kind，末尾调 invalidate_cache(prefix="subagent:") 批量失效; - SubAgentResponse: 新增顶层 kind 字段（root/subagent），供前端置顶 + 徽章; - model_resolver: 抽取 _load_subagent_row 共用单行查询，新增 resolve_subagent_instruction; - _dynamic_instruction: 新增 InstructionProvider 工厂，root + 5 子 Agent 的 instruction 接入运行时 DB 读取; - 测试: 更新 test_subagent_presets 覆盖 root payload + kind 断言; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-llm): 修复无 Session 时模型选择回退 + SubAgents 列表 Root 置顶徽章; - home-body: 新增 pendingLlmRef，改写 handleSelectedLlmModelChange 与 Effect 1， 使「无 session 选模型→建 session→自动发送」全流程保持选择不丢失; - SubAgents page: 按 kind="root" 置顶排序，Sync 按钮文案从「Sync Negentropy 5」改为「Sync Negentropy」; - SubAgentCard: Root Agent 显示 violet 色 Root 徽章; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(model-resolver): SubAgent 行缺失/未启用补回 60s TTL 负命中缓存; 回归点：重构 `_resolve_subagent_row` 时把空占位写入移到了 `loaded is None` 判断之后，导致禁用 Faculty 与未 Sync 环境下每次 LLM 请求都触发一次 DB 查询。 本次在 `loaded is None` 分支补 `_cache[cache_key] = ("", {"i": ""}, now)`， 让负命中同样落入 60s TTL，避免重复 DB 压力。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-llm): pending 模型选择仅对 startNewSession 新 id 消费; 回归点：Effect 1 的 pending 转移分支会在「首次进入既有 session」时触发， 把无 session 阶段的 pending 模型写入该 session 的 perThreadLlmRef， 并让 Effect 2 跳过 snapshot 初始化，导致服务器端记忆模型被静默替换。 修复方式： - 新增 `pendingLlmTargetIdRef` 仅记录 startNewSession 返回的新 id； - 通过 `startNewSessionWithLlmTarget` 包装内联调用与 `onNewSession` 两条路径； - Effect 1 仅在 `sessionId === pendingLlmTargetIdRef.current` 时转移 pending， 其余进入既有 session 的分支主动丢弃 pending，让 snapshot 正常生效。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): 修复 KB Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection × 后端 hybrid/rrf 降级 × 502 上游错误码 × 诊断仪器化） (#421) * fix(knowledge): 修复 Knowledge Base Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection + 后端 hybrid/rrf 降级 + 502 错误码 + 诊断日志）; 双层 Bug 同因联修（详见 docs/issue.md ISSUE-026）： 1. 前端 searchAcrossCorpora 旧实现以 Promise.allSettled 仅取 fulfilled，rejected 静默丢失，导致全部 Corpus 失败时返回 {count:0,items:[]} 走"成功路径"使 UI 空白且无任何提示——本次改为聚合三态（全成功/部分失败/全失败），SearchResults 类型扩展 errors[]，handleRetrieve 对部分失败 toast.warning 透出原因； 2. 后端 service.search hybrid/rrf 旧实现未捕获 EmbeddingFailed，外部 Embedding 上游故障直接 500，丧失"keyword 仍可用"的优雅降级——本次 hybrid 失败回退 keyword-only、rrf 失败走与 not embedding_fn 等价的回退路径，semantic 仍传播以保留显式失败语义； 3. api.py _map_exception_to_http 拆分 EmbeddingFailed 分支映射到 502 Bad Gateway（保留 EMBEDDING_FAILED code），与 SearchError 自身错误的 500 区分，便于前端识别"上游修复后再试"语义； 4. embedding.py 调用 litellm 前后增加结构化诊断日志：api_base_host（脱敏 path/credentials 仅留 host）+ input_count + text_preview + kwargs_keys；失败附 upstream_response_text（沿异常链 __cause__/__context__ 提取 MaskedHTTPStatusError.text，已被 litellm 脱敏 URL，限长 500 字节）； 5. 测试锁定：tests/unit_tests/knowledge/test_search_resilience.py 5 例（hybrid/rrf 降级 + semantic 传播 + EmbeddingFailed→502 + SearchError→500）+ tests/unit/knowledge/searchAcrossCorpora.test.ts 3 例（allSettled 三态）； 6. docs/issue.md 追加 ISSUE-026，含后续防范（Promise.allSettled 必须聚合 rejection / vendor 失败必须 502 / hybrid 必须有降级路径 / vendor 调用必须 host+upstream_text 双信号）与同类问题影响清单。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): searchAcrossCorpora 聚合保留 KnowledgeError code 并修正 _map_exception_to_http docstring; Review #1（前端契约）: SearchResultError 仅透 message 会丢弃 KnowledgeError.code（如 EMBEDDING_FAILED），削弱本次 502/500 拆分对前端"上游修复 vs 自身错误"的可分流价值——本次扩展 SearchResultError 增加可选 code，rejection instanceof KnowledgeError 时回填；全失败分支由 throw new Error 改为 throw new KnowledgeError(aggregatedCode, msg, {errors})，code 一致时透传原 code、混合时退化为 AGGREGATED_SEARCH_ERRORS，既保留分流能力又携带逐条失败明细；新增 1 例同 code 透传 + 1 例混合 code 退化的单测，全部 4 例通过。 Review #2（后端文档）: api._map_exception_to_http docstring 仍只列 400/404/409/500，与新增 EmbeddingFailed→502 分支不一致；本次补 "502: 上游服务错误（vendor / Embedding 等外部依赖）" 一行，避免后续维护者按旧映射加分支。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(wiki-favicon): 修复 negentropy-wiki 站点 favicon.ico 单分辨率畸形导致浏览器回落默认地球图标; (#423) - 根因：apps/negentropy-wiki/src/app/favicon.ico 是单分辨率畸形 ICO（file 输出 256x-1，高度字节 0xFF），且源图 logo.png 为非方形 800x798，导致 Chrome/Firefox/Safari 解析失败、tab 回落默认地球图标； - 修复：用 Pillow 对 logo.png 做透明 padding 至 800x800 方形，再生成多分辨率 ICO（16/32/48/64/128/256 共六档）覆盖原文件；体积从 269KB 降至 118KB； - 验证：file 输出 6 icons; pnpm build 后 .next/standalone 内 favicon route + body + meta 完整；pnpm start 后 curl /favicon.ico 返回 200 image/x-icon，HTML 自动注入 <link rel="icon">； - 防范：docs/issue.md 追加 ISSUE-027，沉淀「ICO 必须方形 + 多分辨率」工程约束与 Pillow 流水线模板，禁止「原图直裹 ICO 头」反模式； - 不动：layout.tsx / next.config.ts / start-production.mjs，保留 App Router metadata 自动注入路径，最小干预。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(mcp-resources): 接入 Resource Templates 并贯通 PDF 图片到 Wiki Markdown (#422) * feat(mcp-client): 接入 MCP Resource Templates 与同会话动态资源拉取; 新增 McpResourceTemplate 模型与 Alembic migration 0012，扩展 McpClientService 在 连接发现阶段并发调用 list_resource_templates（旧 server 不支持时静默兜底，不 阻断 tools 发现），新增 call_tool_and_resolve_resources：在同一 ClientSession 内 完成工具调用与所有 resource_link URI 的并发拉取（Semaphore 限流 4，return_exceptions 保证单条失败不击穿主流程）。这是接入 Negentropy Perceives 动态 FileResource （perceives://pdf/<job_id>/<filename>）的协议层基石——动态实例的生命周期与工具 会话强绑定，必须在 session 关闭前完成 resources/read 才能避免事后失链。 Interface API 同步：load_mcp_server_tools 端点扩展为 capability 全量同步（tools + resource_templates，软删除已下线的 templates），LoadToolsResponse 新增 resource_templates 字段（向后兼容），新增 GET /mcp/servers/{id}/resource-templates 端点；list_mcp_servers 拆解为分段计数避免 JOIN 笛卡尔积；McpServerResponse 暴露 resource_template_count 给前端展示。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(perceives-resources): PDF 图片资源端到端贯通到 GCS 与 Wiki Markdown; 把 Perceives MCP 工具调用返回的 ResourceLink 接入既有提取流水线（Ingest 与 Re-Parse from GCS），让 PDF 图片资源在主仓 ↔ Perceives 之间通过 MCP 协议 完整贯通： - 提取层（extraction.py）：新增 _extract_resource_link_assets 把 ResourceLink 与同会话 read_resource 拉取的 base64 配对为 ExtractionAsset；_call_tool_with_plan 改用 resolve_resource_links=True 路径，确保动态 URI 不会因会话关闭失链； _build_success_result 接收 resolved_resources / resource_errors，按 "warn + 占位" 容错策略合并 assets 并标记 partial_failure 不阻断主入库；新增 _rewrite_markdown_image_links 在 Markdown 写入 GCS 之前把相对路径图片引用 重写为 /api/documents/{doc_id}/assets/{filename}，重写采用 capture group 偏移 以避免 alt 文本含同名 src 时误替换。 - Knowledge API：新增 GET /knowledge/wiki/documents/{document_id}/assets/{filename} 公开端点，filename 严格白名单 ^[A-Za-z0-9._-]+$ 与 180 字符上限；鉴权策略与 既有 wiki entry content 端点对齐——仅放通至少被一条 WikiPublicationEntry 引用的 document，避免持任意 doc_id 拖走未发布文档资产。 - 前端 MCP 卡片（negentropy-ui）：新增 Resource Templates 折叠区与 ResourceDetailPanel， 视觉与 Tools 区完全镜像；page.tsx 在 tools:load 响应中同步消费 resource_templates 段，状态合并到 ServerWithTools；动态实例（带 job_id） 按设计不入卡片。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(mcp-client): Resource Templates 同步加 capability flag,避免静默兜底误清空模板表; `_discover_on_transport` 对 `list_resource_templates` 的所有异常都会静默兜底返回空列表(兼容旧 server 与瞬态错误),但 `load_mcp_server_tools` 会把空列表当作权威结果裁剪 stale 行,导致一次网络抖动或 server bug 即抹掉全部模板;同时与 tools 同步"只增量更新、不裁剪"的语义不对称。 - `McpConnectionResult` 新增 `resource_templates_listed: bool`,仅在 `list_resource_templates` 成功返回时为 True; - `load_mcp_server_tools` 仅在该 flag 为 True(权威空列表)时才裁剪 stale 模板,未支持/错误场景保留既有 DB 行; - 单元测试覆盖 flag 在权威空列表与异常兜底两种路径下的取值。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(mcp-card): 单测 server fixture 补 resource_template_count 修 UI Type Checks; `McpServer` 类型新增的必填字段 `resource_template_count` 未同步到 `McpServerCard.test.tsx` 的 server 固件，导致 ui-quality / UI Type Checks 在 5 处 `<McpServerCard server={...}>` 调用上报 TS2741。 - 在 server 固件加 `resource_template_count: 0`，spread 派生用例自动获得新字段。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): 查询时 honor Corpus 自配 embedding 模型，修复 query/index 模型不一致 (ISSUE-028) (#424) search() 原直接使用实例化时锁定的 self._embedding_fn（全局默认 gemini/text-embedding-004）， 未读 corpus.config.models.embedding_config_id；而 _attach_embeddings 索引侧已按 corpus pin 走 专属 fn。两侧不对称导致：用户在 Corpus Settings 已切到 openai/text-embedding-3-small（1536 维）， 索引按 OpenAI 生成，查询仍走 Gemini 全局默认经 localhost:3392 翻译代理报 400。 修复： - 新增 _resolve_embedding_fn(corpus_config) 助手，corpus pin 优先 → 退回 service 默认 fn； - search() 入口加载 corpus_config + embedding_fn 本地变量，rrf/hybrid/semantic 三分支替换； - ISSUE-026 keyword 兜底 + 502 映射 + 诊断日志原样保留，零回归； - 新增 5 例单元测试覆盖 corpus pin 命中/落空/兜底/rrf/semantic 上抛，577 全绿。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(agent-llm): 修复 Home Send 时 LLM 凭证未从 DB 读取导致 AuthenticationError (#425) * fix(docs): 同步文档启动命令与 cli.py 修复，消除 Home Send 500 复发路径; cli.py 的 agents_dir 已在 35204ff 从 src/negentropy 修正为 src， 但 README / docs 下 4 个文件 7 处仍写 --reload_agents src/negentropy， 用户照文档启动复现 ValueError: Agent not found 500。 统一替换为 uv run negentropy serve（SSOT）， 追加 ISSUE-029（文档漂移）与 ISSUE-030（SubAgents root Agent 防回归）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(agent-llm): 修复 Home Send 时 LLM 凭证未从 DB 读取导致 AuthenticationError; DynamicRootLiteLlm/DynamicSubagentLiteLlm 在 ContextVar 或 sub_agents.model 为空时直接返回 None，回退到构造时无 api_key 的硬编码实例，绕过了 DB 中 已配置的 vendor_configs 凭证。现在始终通过 resolve_llm_config() 从 DB 解析默认模型的完整凭证（含 api_key）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复长耗时回复双气泡 + 首条未格式化 (ISSUE-031); (#426) ADK 仅持久化 partial=false 终态事件，realtime 与 hydration 在 同一逻辑消息上派出不同的 messageId（首个 partial id vs 终态 id）。 isSemanticEquivalentEntry 的 8s 时间窗在长耗时回复下硬拒绝，导致 ledger 双 entry → events 过滤失败 → conversation tree 双节点 → UI 渲染双气泡（首条因 streaming-markdown 尾部判定走 raw text 分支）。 修复 (最小干预 + 正交分解)： - message-ledger.ts: 内容严格相等时跳过 8s 时间窗硬拒绝。 - conversation-tree.ts: assistant 已收尾节点在内容严格相等时 也允许 findMatchingTextNodeId 命中复用，作为防御性收敛。 - 三层回归测试覆盖 ">8s 跨度 + messageId 不同 + 内容严格相等"。 UI 全量 70 文件 396 测试通过；typecheck/typecheck:test/eslint 零报错。 docs/issue.md 沉淀 ISSUE-031；CHANGELOG.md 同步条目。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 Home 对话 title 凭证缺失与 OTLP logs/metrics 404 双联缺陷 (#427) * fix(home-chat): 修复 Home 对话 title 凭证缺失 + OTLP logs/metrics 404 双联缺陷; (1) SessionSummarizer 同步 __init__ 在 60s 缓存 miss 时回退到无 api_key 硬编码默认， 导致 LiteLLM AuthenticationError；改为 async classmethod create() 经 resolve_llm_config() 从 DB 读取完整凭证（与 commit 8ce35d5 修复 DynamicRootLiteLlm 同 SoT），调用方 session_service._generate_title_for_session 切换为 await SessionSummarizer.create()， 对 resolver 返回 kwargs 做防御性浅拷贝避免与 60s 缓存层耦合。 (2) ADK 上游 _get_otel_exporters() 把 OTEL_EXPORTER_OTLP_ENDPOINT 视为 OTLP 三件套 总开关，无差别注册 OTLPSpanExporter / OTLPMetricExporter / OTLPLogExporter；后两者 对 Langfuse 不存在的 /v1/metrics、/v1/logs 上报触发 SPA 404 SSR 错误页（每次对话 反复输出大段 HTML）。bootstrap.py 新增 _install_noop_otel_logs_metrics_providers() 在 OTel env var 设置后立即抢注无 processor / 无 reader 的 SDK Logger/Meter Provider， 利用 OTel SDK Once-lock 让 ADK 后续 set_*_provider 静默 no-op，从而阻断 logs/metrics 上报；TracerProvider 链路与 OTEL_EXPORTER_OTLP_HEADERS 不动，traces 仍正常进入 Langfuse。 新增 tests/unit_tests/engine/test_summarization.py（3 例）+ tests/unit_tests/observability/test_otel_noop_providers.py（3 例，子进程隔离 OTel 全局 状态）锁定回归。CHANGELOG / docs/issue.md 沉淀 ISSUE-031（title 凭证缺失）与 ISSUE-032（OTLP logs/metrics 404）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(otel-noop): 移除 _sdk_config hasattr 兜底，让 SDK 私有属性变更显式触发回归; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(session-title): 修复 DummySummarizer 缺失 async create() 导致集成测试 AttributeError; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(bootstrap-otel): 消除 ADK Web 启动期 OTel Override Provider 双 WARNING (ISSUE-034); (#428) 将 ISSUE-033 的「抢占式 set_logger_provider/set_meter_provider」改为 patch `google.adk.telemetry.setup._get_otel_exporters`，让其只返回 traces 的 span_processors，metric_readers/log_record_processors 永久置空。ADK maybe_set_otel_providers 的 if 分支由此天然短路，set_*_provider 根本不被 调用，从源头消除 OTel SDK 的 "Overriding of current ... is not allowed" WARNING；traces 链路、ADK ApiServerSpanExporter、TracingManager、LiteLLM "otel" callback 行为完全不变。配套更新 3 个子进程隔离单测验证新语义， 并在 docs/issue.md 追加 ISSUE-034 完整记录。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(e2e-auth): 浏览器验证协议落地 + Playwright 会话复用贯通 Google OAuth (#429) * docs(browser-validation): 落地浏览器验证协议并补 ISSUE-034 - AGENTS.md（即 CLAUDE.md symlink）新增"Browser Validation Protocol"子节， 约定登录态浏览器验证必须复用用户常用 Chrome 会话，禁止 sandbox 浏览器 通过 Google 同意屏，明确凭证守则与三步连通性自检； - 新建 docs/agents/browser-validation.md：含三种 MCP 浏览器工具能力对照、 Mermaid 选型决策图、storageState 工作时序、风控应对、IEEE 引用； 实测附注 chrome-devtools MCP 在 macOS 默认即可复用用户主 profile 登录态； - docs/issue.md 追加 ISSUE-034，记录 sandbox 浏览器走 Google OAuth 被拦 的表因/根因/处理方式/防范，便于跨上下文复用。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(e2e-auth): Playwright 会话复用以贯通 Google OAuth E2E - playwright.config.ts 在 PLAYWRIGHT_AUTH=1 时启用两个项目： * setup（headless: false，匹配 *.setup.ts），让用户在弹出窗手动登录； * chromium-authenticated（dependencies: ['setup']），使用 storageState 复用一次性人工登录的会话； 支持 PLAYWRIGHT_STORAGE_STATE 与 PLAYWRIGHT_USER_DATA_DIR 覆盖默认； 现有 chromium project 加 testIgnore 排除 .setup.ts，CI/默认行为零变； - 新增 tests/e2e/auth.setup.ts：打开 /auth/google/login，5 分钟内允许 用户在 Google 同意屏中手动完成登录，回跳后断言 /api/auth/me 2xx， 写入 storageState； - .gitignore 追加 apps/negentropy-ui/.auth/ 与 .userdata/， 防止会话凭证随分支推送外泄。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(e2e-auth): 修复 OAuth setup 早退与 authed spec 双跑; - auth.setup.ts: waitForURL 谓词追加 host 约束，避免在跳往 accounts.google.com 瞬间因 pathname 已离开 /auth/google 而误判完成，导致 /api/auth/me 在用户登录前 失败、storageState 永不写出。 - playwright.config.ts: 基础 chromium project 的 testIgnore 追加 /.*\.authed\.spec\.ts$/，防止 PLAYWRIGHT_AUTH=1 时同一份认证 spec 在 chromium-authenticated 与 chromium 中各跑一次（后者无 storageState 必失败）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡复发与 LLM 模型未 Send 即刷新丢失 (ISSUE-032/033); (#430) ISSUE-032 (双气泡复发，与 ISSUE-031 正交)： - 根因：root agent prompt 主动导航 + log_activity tool 让 ADK 走双轮 LLM 调用， 两轮各自带独立 messageId 走完整 TEXT_MESSAGE_* 三件套，UI 在同一 assistant-reply bubble 内并列渲染两段近重复文本。 - 修复：utils/chat-display.ts::dedupeRedundantTextSegments 在 buildAssistantReplyBlock 出口对同一 reply 内的 text segment 做字符二元组 Jaccard 相似度计算，相似度 ≥ 0.5 且双方长度 ≥ 30 时丢弃前段、保留信息更 完备的最终段。tool-group / reasoning / error 顺序不动。 - assistant-reply.message.content 联动重组，复制时也拿到折叠后的内容。 ISSUE-033 (LLM 模型未 Send 即刷新丢失)： - 根因：后端事实源 session.state.selected_llm_model 仅在 /run_sse 时随 state_delta 写入，未 Send 时不更新；前端 perThreadLlmRef 是 useRef 刷新即丢；snapshotForDisplay 也无值，回退到 default。 - 修复：app/home-body.tsx 顶部新增 readPersistedLlmModel / writePersistedLlmModel (typeof window 守卫 + try/catch SSR 安全)； handleSelectedLlmModelChange 即时落盘到 localStorage；Effect 1 优先 从 localStorage 还原；Effect 2 命中 snapshot 时同步回写 localStorage， 让「后端 state ↔ localStorage」互为镜像。既有 forwardedProps.selected_llm_model 在 Send 时仍写后端 state，跨设备一致性最终收敛。 测试： - 新增 2 例 chat-display.test.ts 用例：折叠近重复段 + 差异度大不被折叠 - UI 全量 70 文件 398 测试通过；typecheck/typecheck:test/eslint 零报错 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(bootstrap-otel): 消除被丢弃 PeriodicExportingMetricReader 守护线程的周期 WARNING (ISSUE-038) (#431) * fix(bootstrap-otel): 消除被丢弃 PeriodicExportingMetricReader 守护线程的周期 WARNING (ISSUE-038); ISSUE-034 的 patch 调用 original() 后再丢弃 metric_readers / log_record_processors，但上游 _get_otel_exporters 已构造 PeriodicExportingMetricReader 并启动 60s 守护线程——reader 未注册 到 MeterProvider 导致每 tick 触发 "Cannot call collect on a MetricReader ..." WARNING。改为绕过 original()，直接复用 _get_otel_span_exporter() 仅构造 traces span processor，根源 避免 OTLP metrics/logs exporter 被实例化。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(bootstrap-otel): 修正 _disable_adk_otel_logs_metrics_exporters docstring 中的过期 hooks 引用; 旧 docstring 沿用重构前 `hooks = original()` 的中间变量术语，但新实现已不再调用 `original()`，函数体内也没有 `hooks` 绑定。 更新指引为「恢复 _get_otel_exporters 原函数闭包」或「直接构造完整 OTelHooks」，避免误导后续维护者寻找已不存在的对象。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡盲区与刷新后消息乱序 (ISSUE-039) (#432) * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡盲区与刷新后消息乱序 (ISSUE-038); - chat-display: dedupeRedundantTextSegments 增加四层判定（精确匹配 / 严格前缀 / 等价内容 / Jaccard），覆盖 ADK 双轮 LLM 短回复（如 "Pong!"）的双气泡盲区。 - session-hydration: mergeEventsWithRealtimePriority 交换参数顺序，让 realtime 事件覆盖 hydrated；TEXT_MESSAGE_CONTENT 的 eventKey 时间戳改用 toFixed(3) 消除浮点抖动导致的同一事件重复保留。 - message-ledger: MessageLedgerEntry 新增可选 sourceOrder 作 createdAt 相同时的稳定 tiebreaker，替代 UUID localeCompare 的随机字典序；抽出 compareLedgerEntriesByTime 复用，类型保持向后兼容（缺省回退 Number.MAX_SAFE_INTEGER）。 - 新增 5 项单元测试覆盖：短回复精确匹配、前缀含尾部追加、Jaccard 长文本、eventKey 浮点稳定、sourceOrder 稳定排序；docs/issue.md 增补 ISSUE-038 摘要。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(home-chat): 补 mergeEventsWithRealtimePriority 生命周期事件覆盖回归用例; 针对 ISSUE-039 第 3 项修复（mergeEventsWithRealtimePriority 参数顺序交换） 原有 RUN_STARTED 类生命周期事件用例缺位——之前的 messageId 重叠用例在 step 3 即被过滤为 filteredHydratedEvents=[]，无法验证 step 4 mergeEvents 入参顺序对 key 冲突归并的影响。 补一条 RUN_STARTED 用例：realtime / hydrated 同 threadId/runId/timestamp （eventKey 字节级一致）→ 用对象引用断言保留的是 realtime 版本，作为参数 顺序交换的最直接证据。该用例在交换前会失败、交换后通过，形成有效回归网。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 消除 LLM 思考独白溢出 / 推理头常驻 / 刷新乱序残留 (ISSUE-040) (#433) * fix(home-chat): 消除 LLM 思考独白溢出 / 推理头常驻 / 刷新乱序残留 (ISSUE-040); - 过滤 ADK Part 中 thought=true 与 type=thinking|thought|reasoning 系列推理字段，避免 reasoning_content 溢出到 TEXT_MESSAGE_CONTENT；推理文本改路由为 ne.a2ui.thought 自定义事件保留可观测性。 - createStepFinishedEvent 同步透出 stepName，AdkMessageStreamNormalizer 持有 stepId→stepName 映射，根治 ag-ui v0.0.47 校验器 "Cannot send 'STEP_FINISHED' for step \"undefined\"" 中断 run 导致的推理头永驻 started 现象。 - conversation-tree fallback 段重建消息节点时优先复用 ledger 已有 sourceOrder，避免被推到 events 末尾破坏 compareLedgerEntriesByTime tiebreaker。 - session-hydration eventKey 全事件类型统一走 toFixed(3) 毫秒级时间戳，并为 STEP_STARTED/STEP_FINISHED 显式按 (threadId, runId, stepId) 作 key，覆盖 STEP_*/CUSTOM/STATE_*/RAW 在浮点抖动下的去重盲区。 - 新增 9 例单元回归覆盖 thought part 过滤 / STEP_FINISHED stepName / fallback sourceOrder / eventKey 浮点抖动；docs/issue.md 追加 ISSUE-040 全栈解析。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 消除 hydration sort 字典序污染 lifecycle 顺序导致的多消息刷新乱序 (ISSUE-040 Q3 长尾); - hydrateSessionDetail 引入 WeakMap<BaseEvent, emitOrder>，sort tiebreaker 用 normalizer 推入顺序代替 eventKey().localeCompare，保留 TEXT_MESSAGE_* 三件套 START→CONTENT→END 与跨 messageId 的 turn 边界。 - mergeEvents 同步改为按首次出现位置记录 insertionOrder 作 tiebreaker，避免最后一步 mergeEvents([], normalizedEvents) 再把刚排好的事件按字典序乱序。 - 新增同 timestamp 下 lifecycle 顺序断言用例；多轮真实后端 events fixture 经修复链路输出 user(R1)→assistant(R1)→user(R2)→assistant(R2) 完全符合时间线。 - docs/issue.md 在 ISSUE-040 末尾追加 Q3 长尾闭环（H5 字典序污染根因与最小干预修复）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(home-chat): 强化 ISSUE-040 H3 fallback sourceOrder 回归用例; - 旧用例与单 snapshot 单条消息时新旧公式恰巧同值，断言无差异，无法拦截 H3 退化； - 新用例构造「snapshot 数组顺序 vs ledger 时间序」错位场景：让 sourceOrder 在两条消息间发生互换，对回滚 H3 修复有强差异断言（已本地反向核验：回滚 conversation-tree.ts 修复后断言失败）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(wiki-header): catalog 第一层提升为顶部 Header 导航 tabs (#434) * feat(wiki-header): catalog 第一层提升为顶部 Header 导航 tabs; 将 publication catalog 的第一层 CONTAINER 节点（如 Harness-Engineering） 从左侧 Sidebar 迁移为顶部 Header tabs；第二层及以下保留于 Sidebar，整树向上提升一档。 设计参考 GitHub Docs / Stripe Docs / Docusaurus 的"顶 tabs + 左 sidebar 子树"模式。 主要变更： - lib/wiki-api.ts 追加 findFirstDocumentSlug / findActiveTopLevelSlug / resolveSectionView 纯函数，作为 Header tabs 与 Sidebar 切片的单一事实源。 - 新增 WikiHeader Server Component（仅 <Link>，SSG 友好）：渲染品牌 + 水平 tabs； CONTAINER tab 跳转 DFS 首个后代 DOCUMENT；无文档则禁用 span。 - WikiLayoutShell 增加 header? prop，渲染于 .wiki-layout 之外作为兄弟节点， 避免触动既有 3 列 Grid 与 data-toc 三态。 - /{pubSlug} 与 /{pubSlug}/{...entrySlug} 两条路由共用 resolveSectionView 派生视图： pub 根页默认激活首项；entry 页按 slug 反查所属一级。 - globals.css 引入 --wiki-header-height 并把 sidebar / toc-aside 的 sticky top 改为 var 引用，确保滚动时 Header 常驻不挡 sidebar。 - 新增 wiki-section-view.test.ts 12 用例覆盖空树 / 单 / 多 / 深路径 / DOCUMENT-only / 无后代 DOCUMENT 等边界。 回归保障：home / 不变；既有 WikiNavTree / WikiToc 测试 API 未变；47/47 单测全绿。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(wiki-header): Header 缺失时 sidebar/toc 不再残留偏移; 通过 data-header 属性标记 Header 是否存在，CSS 侧条件生效 --wiki-header-height 偏移，避免空导航树时出现 56px 空白间隙。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * refactor(config): 废弃 .env*，统一 YAML 三级配置（local > user > default） (#436) * refactor(config): 废弃 .env* 加载链路，引入 config.local.yaml 统一 YAML 三级配置; - 移除 10 个 Python 配置模块中的 env_file / _get_env_files 逻辑 - yaml_loader 新增 config.local.yaml 作为最高优先级 YAML 来源 - config.default.yaml 合并 .env 全部非机密差异值（含 OAuth 端口 6600→3292 校正） - 新增 3 例 config.local.yaml 优先级测试 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(config): 同步 .env 废弃后的文档与 CHANGELOG; - development.md / sso.md / framework.md / user-guide.md / zh-CN/README.md 中 .env 引用替换为 config.local.yaml - CHANGELOG 新增 ISSUE-041 变更记录 - docs/issue.md 新增 ISSUE-041 经验沉淀 - .gitignore 新增 apps/negentropy/config.local.yaml 排除规则 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(config): 放宽 .gitignore 中 config.local.yaml 匹配规则，覆盖任意 cwd 场景; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041) (#435) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041); - 新增 isSyntheticRunId 共享识别函数（覆盖 runId 缺失 / DEFAULT_RUN_ID / runId === threadId 三类合成回退标记），三层 dedup 一致放宽： 1. message-ledger.ts::isSemanticEquivalentEntry：runId 不等时若任一侧 synthetic 则放行，threadId + role + 内容前缀 + origin 多元仍是必要约束； 2. conversation-tree.ts fallback 段 runMatches：识别合成 runId 兼容分支，避免同内容 fallback message 被强制重建为重复节点； 3. conversation-tree.ts collapseDefaultTurnDuplicates → collapseSyntheticTurnDuplicates：扩展为识别 runId === threadId 的合成 turn；时间窗判定改为 per-child timestamp vs concrete turn timeRange，多轮场景下不再误放过期 concrete turn。 - session-hydration.ts::fallbackRunId 注释 ISSUE-041 契约（保留兜底防御，等 Phase 2 后端代理层注入 runId 后再渐进移除）。 - 新增 16 例自动化回归（含 1 例反向回滚断言）： · message-ledger A1-A5 + isSyntheticRunId 单元 + 端到端 ledger merge（共 7 例）； · conversation-tree C1/C2/C3/C5 + D4 反向回滚（共 5 例）； · session-hydration D1/D1+/D2/D3 端到端（共 4 例）。 - docs/issue.md 追加 ISSUE-041 全栈解析（含 refresh 自愈非对称的根因证据、多轮二阶恶化、Phase 2-4 路线图、诊断抓手与同类问题影响），闭环 ISSUE-040 Q3 长尾自识别。 回归状态：482 测试全绿 + tsc 0 错误；浏览器实机 5 场景 × 3 次验证清单见 .context/issue-041/validation-protocol.md，待用户已登录态 Chrome 桥接就绪后执行。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(rfcs): 新增 Phase 3 / Phase 4 架构 RFC 草稿（ISSUE-041 后续路线图）; - docs/rfcs/0001-conversation-architecture-refactor.md：Phase 3 架构重塑 RFC（Codex Thread→Turn→Item 数据模型 / 6 层去重金字塔精简到 3 层 / 抽象 utils/dedup/ + config/projection-thresholds.ts / 投影缓存 / 8 sub-PR 渐进迁移路线 / 兼容性回归与风险评估）。 - docs/rfcs/0002-ui-interaction-enhancements.md：Phase 4 UI 交互能力 backlog（Reasoning Panel + Sub-Agent 嵌套 / 工具进度 + 中断审批 / Conversation Branching + Timeline 增强；按用户优先级 1/2/3 分组，附实施依赖图与 Acceptance Criteria）。 均为 Draft 状态，待团队评审通过后启动多 PR 渐进迁移。本 commit 仅文档先行，不动代码。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 增强 synthetic turn 折叠相似度判定与时间窗整体吸收 (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 双层防御消除跨 runId 三气泡——泛化 turn 折叠 + 跨 block 去重 (ISSUE-041); 将 collapseSyntheticTurnDuplicates 泛化为 collapseOverlappingTurns：按 threadId 分组， 对 synthetic turn 与同组 concrete turn 时间重叠+内容覆盖的进行折叠（双 concrete turn 保留以防误折叠合法多 run）；新增 chat-display 层 dedupeAdjacentAssistantBlocks 作为安全网，对时间窗内内容高度相似的相邻 assistant-reply block 保留更完整的一个。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(test): 补充 message-ledger 测试 fixture 缺失的 id 字段 (ISSUE-041) tsconfig.vitest.json 类型检查报 TS2741：baseRealtime 对象缺少 MessageLedgerEntry 必需的 id 属性。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(chat-display): 修复跨 block 去重时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); - CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_MS=120000 误将毫秒值与秒级时间戳比较，实际窗口约 33 小时 而非预期的 2 分钟；改为 CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_SEC=120（秒） - 移除 chat-display.ts 私有的 computeCharBigrams / bigramJaccard，统一从 message.ts 导入 bigramJaccardSimilarity，避免两处实现分叉 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041) (#437) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041); - 新增 isSyntheticRunId 共享识别函数（覆盖 runId 缺失 / DEFAULT_RUN_ID / runId === threadId 三类合成回退标记），三层 dedup 一致放宽： 1. message-ledger.ts::isSemanticEquivalentEntry：runId 不等时若任一侧 synthetic 则放行，threadId + role + 内容前缀 + origin 多元仍是必要约束； 2. conversation-tree.ts fallback 段 runMatches：识别合成 runId 兼容分支，避免同内容 fallback message 被强制重建为重复节点； 3. conversation-tree.ts collapseDefaultTurnDuplicates → collapseSyntheticTurnDuplicates：扩展为识别 runId === threadId 的合成 turn；时间窗判定改为 per-child timestamp vs concrete turn timeRange，多轮场景下不再误放过期 concrete turn。 - session-hydration.ts::fallbackRunId 注释 ISSUE-041 契约（保留兜底防御，等 Phase 2 后端代理层注入 runId 后再渐进移除）。 - 新增 16 例自动化回归（含 1 例反向回滚断言）： · message-ledger A1-A5 + isSyntheticRunId 单元 + 端到端 ledger merge（共 7 例）； · conversation-tree C1/C2/C3/C5 + D4 反向回滚（共 5 例）； · session-hydration D1/D1+/D2/D3 端到端（共 4 例）。 - docs/issue.md 追加 ISSUE-041 全栈解析（含 refresh 自愈非对称的根因证据、多轮二阶恶化、Phase 2-4 路线图、诊断抓手与同类问题影响），闭环 ISSUE-040 Q3 长尾自识别。 回归状态：482 测试全绿 + tsc 0 错误；浏览器实机 5 场景 × 3 次验证清单见 .context/issue-041/validation-protocol.md，待用户已登录态 Chrome 桥接就绪后执行。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(rfcs): 新增 Phase 3 / Phase 4 架构 RFC 草稿（ISSUE-041 后续路线图）; - docs/rfcs/0001-conversation-architecture-refactor.md：Phase 3 架构重塑 RFC（Codex Thread→Turn→Item 数据模型 / 6 层去重金字塔精简到 3 层 / 抽象 utils/dedup/ + config/projection-thresholds.ts / 投影缓存 / 8 sub-PR 渐进迁移路线 / 兼容性回归与风险评估）。 - docs/rfcs/0002-ui-interaction-enhancements.md：Phase 4 UI 交互能力 backlog（Reasoning Panel + Sub-Agent 嵌套 / 工具进度 + 中断审批 / Conversation Branching + Timeline 增强；按用户优先级 1/2/3 分组，附实施依赖图与 Acceptance Criteria）。 均为 Draft 状态，待团队评审通过后启动多 PR 渐进迁移。本 commit 仅文档先行，不动代码。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 增强 synthetic turn 折叠相似度判定与时间窗整体吸收 (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 双层防御消除跨 runId 三气泡——泛化 turn 折叠 + 跨 block 去重 (ISSUE-041); 将 collapseSyntheticTurnDuplicates 泛化为 collapseOverlappingTurns：按 threadId 分组， 对 synthetic turn 与同组 concrete turn 时间重叠+内容覆盖的进行折叠（双 concrete turn 保留以防误折叠合法多 run）；新增 chat-display 层 dedupeAdjacentAssistantBlocks 作为安全网，对时间窗内内容高度相似的相邻 assistant-reply block 保留更完整的一个。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(test): 补充 message-ledger 测试 fixture 缺失的 id 字段 (ISSUE-041) tsconfig.vitest.json 类型检查报 TS2741：baseRealtime 对象缺少 MessageLedgerEntry 必需的 id 属性。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(chat-display): 修复跨 block 去重时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); - CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_MS=120000 误将毫秒值与秒级时间戳比较，实际窗口约 33 小时 而非预期的 2 分钟；改为 CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_SEC=120（秒） - 移除 chat-display.ts 私有的 computeCharBigrams / bigramJaccard，统一从 message.ts 导入 bigramJaccardSimilarity，避免两处实现分叉 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复跨 runId 双气泡时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); fallback 路径从无条件移除改为内容覆盖检查——跨所有同 threadId keeper 逐 child 匹配，避免含独特历史内容的 synthetic turn 被误折叠。加强 C3 断言为 toHaveLength(2) + synthetictoBeDefined。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(conversation-tree): isSyntheticTurnNode 补充 "default" runId 识别对齐 isSyntheticRunId (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(ctl): 新增全套服务一键启停脚本 (#438) * feat(ctl): 新增全套服务一键启停脚本 scripts/ctl.sh 支持 start/stop/restart/status/logs/build 子命令，覆盖依赖安装、 数据库迁移、前端构建、健康检查的完整生命周期。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(ctl): 修复 is_running 变量泄漏与并行 wait 退出码丢失; - is_running() 中 pid_file 添加 local 声明，防止全局作用域污染 - 三处并行 wait 改为逐个检查退出码，任一子进程失败即报错中止 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(ctl): 修复健康检查不感知进程崩溃、路径逻辑重复与服务名校验缺失; - wait_for_health 在 HTTP 轮询间隔中加入 is_running 检查，进程崩溃时立即返回失败 - is_running 改用 pid_file() 函数获取路径，消除硬编码重复 - cmd_logs 入口校验服务名是否属于 ALL_SERVICES，非法名称给出明确提示 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(ctl): 使用 exec 替代 eval 确保进程 PID 精确追踪与信号直达; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): 知识图谱模块生产就绪改造 — 实体管理、混合检索、路径探索、统计面板 (#439) * feat(kg): 知识图谱模块生产就绪改造 — 语料库级图谱、实体管理、混合检索、路径探索、统计面板 后端变更: - 新增 GET /graph/entities 实体分页列表（类型筛选+名称搜索） - 新增 GET /graph/entities/{id} 实体详情含出/入关系 - 新增 GET /graph/stats 图谱统计（实体数/类型分布/置信度/密度/度数） - 重写 find_neighbors: 递归 CTE 在 kg_relations 上实现多跳遍历 - 重写 find_path: 递归 CTE BFS 在 kg_relations 上查找最短路径 前端变更: - 重写 graph/page.tsx: 语料库选择器 + 构建/浏览全流程 - 新增 EntityListPanel: 表格视图+类型筛选+分页 - 新增 EntityDetailPanel: 实体详情+关系列表(出边/入边) - 新增 SearchBar: 混合检索(语义+图结构) - 新增 PathExplorer: 双实体选择+BFS路径查找 - 新增 NeighborExplorer: 1/2/3跳邻居展开 - 新增 GraphStatsPanel: 实体数/类型分布/置信度/密度/度数 - 新增 BuildHistoryList: 结构化构建历史卡片(状态徽章+统计+耗时) 文档变更: - 扩展 user-guide.md §4.5 为完整知识图谱用户指引 - 更新 knowledge-graph.md §3 新增架构模式精炼(Cognee ECL/Graphiti 双时态) - 更新 knowledge-graph.md §4 交付物清单 测试变更: - 新增 test_graph_entity_service.py: 9 项单元测试覆盖实体列表/详情/Schema 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复知识图谱模块 CI 失败 — 类型错误、ID 前缀、测试 mock; - 移除 NeighborExplorer 组件调用中不存在的 entityName prop（TS2322） - 为 find_neighbors 返回的 GraphNode.id 补齐 entity: 前缀 - 重写 find_path 测试，mock session.execute 而非 find_neighbors 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复审查发现的 7 项问题 — 安全编码、状态管理、双向路径搜索; - 路由 path params 加 encodeURIComponent 防路径遍历（3 个 route 文件） - EntityDetailPanel: 用 loadedEntityId 派生 loading 状态，切换实体时正确展示加载态并清除旧数据 - EntityListPanel: 搜索输入 300ms 防抖，用 completedKey 派生 loading 状态 - GraphStatsPanel: 用 result 组合状态区分加载中/失败/成功 - NeighborExplorer: entityId 变更时重置 expanded/neighbors - graph_repository find_path: 递归 CTE 增加反向遍历分支，与 find_neighbors 双向语义对齐 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复审查发现的遗留问题 — 常量提取、路径搜索、会话管理; - 前端：提取 ENTITY_TYPE_COLORS 至 constants.ts，消除三处 TYPE_COLORS 残留引用（会导致运行时崩溃） - 后端：修复 find_path 递归 CTE 中 path 追加错误（r.target_id → ps.target_id） - 后端：get_stats 改为接收外部 db 会话，消除自建会话 - 后端：get_entity_detail 增加 corpus_id 可选过滤，增强数据隔离 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): 记忆模块生产就绪化 — 巩固管线重构 + 事实提取 + 上下文集成 + 文档完善 (#440) * feat(memory): 重构记忆巩固管线为三阶段智能架构并增强核心模块 - 重构 _simple_consolidate 为三阶段管线（分段→去重→存储），借鉴 Claude Code AutoDream 四阶段范式 - 新增 PatternFactExtractor 基于正则模式的对话事实自动提取（preference/profile/rule/custom） - 新增 ContextAssembler 记忆上下文组装器，管理 token 预算分配（30%记忆/50%历史/20%系统） - 新增 AsyncScheduler 应用层调度器回退，当 pg_cron 不可用时提供等效定时任务能力 - 增强 search_memory API 支持分页（limit/offset）和过滤（memory_type/date_from/date_to） - 集成 ContextAssembler 到 perception.py 记忆搜索回退路径 - 新增 34 条单元测试覆盖事实提取和调度器（全部通过） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(memory): 补充工业框架对标分析与用户操作指南 - docs/memory.md §2.4 新增 Claude Code 记忆架构深度对标（AutoDream 四阶段整理、三重门控调度、四类型分类法、三层上下文压缩、漂移防御） - docs/memory.md §2.5 新增 Agent Harness 设计模式对标（三层压缩管线、Skill 按需加载、Task Graph 持久化） - docs/memory.md §2.6 新增 Negentropy 差异化定位总结表 - docs/user-guide.md §5.8-§5.12 新增记忆形成机制、保留分数解读、搜索最佳实践、自动化配置指南、故障排除 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 恢复巩固管线 metadata 中遗漏的 event_count 字段 三阶段管线重构后 metadata 字典遗漏了原有的 event_count 字段， 导致 test_memory_service_lifecycle 集成测试 KeyError 失败。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 7 项问题 1. search_memory 的 memory_type/date_from/date_to/offset 过滤参数现在在 vector_search 和 ilike_search 中实际生效 2. context_assembler 的 lazy import 移至文件顶部，与同文件风格一致 3. _simple_consolidate docstring 从「三阶段」更正为「四阶段」（含事实提取） 4. api.py search_memories 的 total 字段添加 TODO 标记（需独立 COUNT 查询） 5. AsyncScheduler 失败时回退 last_run_at，允许尽快重试而非等完整 interval 6. PatternFactExtractor 三段重复遍历提取为 _match_patterns 辅助方法 7. _consolidate SQL 拼接改为参数化绑定 :lookback::interval，消除注入风险 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 3 项问题 - offset 分页参数未透传到底层搜索方法，现已正确传递 - datetime.fromisoformat() 缺少校验，非法日期返回 400 而非 500 - AsyncScheduler 派发任务未被追踪，stop() 时一并取消在途任务 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 2 项问题 - 巩固管线阶段 4 事实提取调用包裹 try/except，防止导入或工厂失败中断管线 - 搜索接口 total 字段改为 -1 标记"未知"，避免分页客户端误读 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): 记忆模块 Phase 2 — LLM 事实提取 + 摘要生成 + Token 精确计数 + 检索反馈闭环 (#442) * feat(memory): 记忆模块 Phase 2 — LLM 事实提取 + 摘要生成 + 精确 Token 计数 + 检索反馈闭环 - TokenCounter: 基于 tiktoken cl100k_base 编码器精确计数，替代 LENGTH/4 粗略估算 - LLMFactExtractor: LLM 结构化输出事实提取，PatternFactExtractor 作为降级后备 - MemorySummarizer: LLM 生成结构化用户画像摘要，缓存至 memory_summaries 表（TTL 24h） - SummaryService: memory_summaries 表 CRUD（upsert 语义） - RetrievalTracker: 检索效果反馈闭环，记录检索事件 + 显式反馈 API - ContextAssembler: 优先注入摘要，tiktoken 精确 token 计数 - 新增 Alembic migration 0013/0014（memory_summaries + memory_retrieval_logs） - 新增 MemorySummary + MemoryRetrievalLog ORM 模型 - 11 条新增单元测试，62 条全部通过，零回归 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(memory): Phase 2 文档沉淀 — 两级提取策略 + 摘要巩固 + 精确计数 + 检索反馈 + 新增文献 - §4.2 扩展为两级事实提取策略说明（LLMFactExtractor + PatternFactExtractor） - §5.4.1 新增摘要巩固策略（记忆再巩固理论 + 5 项工程对标） - §6.3 更新 Token 估算为 tiktoken BPE 精确计数 - §6.5 新增检索效果反馈闭环（Rocchio + LTR + LongMemEval 评估维度） - §15 新增 6 篇参考文献（Sennrich 2016, Sara 2015, Rocchio 1971, Burges 2005, Mem0, Letta） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 LLM 事实提取 prompt 类型名不匹配 + 检索指标 SQL 聚合优化; - prompt 模板中 "pref" 改为 "preference"，与 _VALID_FACT_TYPES 验证器对齐，避免 LLM 输出被静默降级为 "custom" - get_effectiveness_metrics 改用 SQL COUNT+CASE 聚合，避免将全量日志行加载到 Python 内存 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * refactor(memory): Review 反馈修复 — 检索日志可观测性 + query 透传 + 模型配置去重; 1. 检索追踪 except 从 silent pass 改为 logger.debug，使故障可诊断 2. _record_access 新增 query 参数并从所有调用点透传，消除空 query 问题 3. 提取 _resolve_model_config 为共享工具 engine/utils/model_config.py， LLMFactExtractor 和 MemorySummarizer 统一引用，消除 DRY 违规 4. 同步更新单元测试 mock 路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复图谱双写数据流断链 — 一等公民表对齐 (#441) * fix(kg): 修复图谱双写数据流断链 — 一等公民表对齐 - create_relation() 新增写入 kg_relations 一等公民表，保留 JSONB 过渡兼容 - get_graph() 优先从 kg_entities + kg_relations 读取，空时回退 JSONB - clear_graph() 增加 kg_entities/kg_relations 表清理 - build_graph() 完成后调用 KgEntityService.batch_sync_from_graph_build() - 更新 test_graph_repository 适配新读写路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): 新增 PageRank 实体重要性评分与 RRF 混合检索 - 新增 graph_algorithms 模块，基于 NetworkX 实现 PageRank (Brin & Page, 1998) 计算， 结果持久化至 kg_entities.importance_score - 混合检索支持 Reciprocal Rank Fusion (Cormack et al., SIGIR 2009) 模式， 可通过 GraphQueryConfig.use_rrf / rrf_k 配置，向后兼容线性加权模式 - 图谱构建完成后自动触发 PageRank 计算 - 实体列表支持按重要性排序（sort_by=importance） - 统计面板展示 Top 5 PageRank 实体 - 图谱可视化节点半径映射 PageRank 分数，突出重要实体 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): 新增 Louvain 社区检测与图谱可视化增强 - 新增 compute_louvain() 算法，基于 NetworkX 内置 Louvain (Blondel et al., 2008) 在无向投影图上运行社区检测，结果持久化至 kg_entities.community_id - 图谱构建完成后自动触发 Louvain 计算（紧接 PageRank 之后） - 统计面板新增社区分布（community_count + community_distribution） - 实体列表和详情响应包含 community_id 字段 - 图谱可视化节点按社区着色（Tableau 10 色盲友好调色板） - 统计面板展示 Top 8 社区分布柱状图 - 实体表格新增社区列，显示色块标识 - 显式声明 networkx>=3.0 依赖（此前为隐式运行时导入） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 新增 Alembic migration 0015 — 添加 importance_score 和 community_id 列 CI 集成测试失败根因：ORM 模型新增了 importance_score (PageRank) 和 community_id (Louvain) 列，但缺少对应的 Alembic migration，导致测试数据库 schema 不匹配。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复 Review 反馈的三个问题 1. RRF 搜索 graph_score 恒为 0 — 将 importance_score 写入 entity_data 2. PageRank/Louvain 逐条 UPDATE — 改为 VALUES CTE 批量更新 3. 一等公民表路径缺 app_name 过滤 — 文档明确 corpus 级去重设计意图 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): Phase 2+ 增强 — 反馈闭环闭合 + Query-Aware 组装 + 近重复检测 + 测试覆盖 (#443) * test(memory): Phase 2 组件测试覆盖 — TokenCounter / SummaryService / RetrievalTracker / MemorySummarizer; 新增 39 个单元测试用例，覆盖 Phase 2 四个核心组件： - TokenCounter: 精确计数、空输入、幂等性、异步一致性、单调性（蜕变测试） - SummaryService: upsert/get/delete CRUD 路径 - RetrievalTracker: 检索日志、引用标记、反馈记录、效果指标计算 - MemorySummarizer: 摘要生成、TTL 缓存命中/过期、LLM 失败降级、重试 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): Phase 2+ 增强 — 反馈闭环闭合 + Query-Aware 组装 + 近重复检测 + 文档沉淀; Gap 1 反馈闭环: - _record_access 修复 user_id/app_name 透传（此前始终为空字符串） - PostgresMemoryService 存储 _last_retrieval_log_id 供下游消费 - ContextAssembler 注入 mark_referenced 隐式反馈信号（RLHF[33]） - API 新增 POST /memory/retrieval/feedback 和 GET /memory/retrieval/metrics Gap 2 Query-Aware: - assemble() 新增 query/query_embedding 可选参数 - _call_get_context_window 传递 7 个参数（含 p_query, p_query_embedding） - SQL 函数 NULL safe 退化：无 query 时保持纯 retention_score 排序 - 隐式反馈标记在上下文组装成功后触发 Gap 3 近重复检测: - _is_duplicate 阈值从 0.9 降至 0.85（Henzinger[40]） - 新增 Jaccard 词重叠二次校验（0.80-0.85 区间，Broder[37]） - FactService 新增 merge_similar_facts() 语义去重方法 文档沉淀: - docs/memory.md 权威源文件索引扩充 Phase 2 组件 - §15 追加 13 篇参考文献 [31]–[43] 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 merge_similar_facts 过度删除 + retrieval_log_id 并发安全问题; - merge_similar_facts: 锚点事实被删除后立即 break 内层循环，避免基于已删除 embedding 继续比对导致误删 - _record_access: 移除 _last_retrieval_log_id 实例属性，改为返回 log_id，消除共享可变状态的并发竞态 - ContextAssembler.assemble: memory_service 参数改为显式 retrieval_log_id，调用方直接传入 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): Phase 3 生产就绪增强 — 增量构建 + 语义去重 + 管线健壮性 + 查询缓存 (#444) * feat(kg): Phase 3 生产就绪增强 — 增量构建 + 语义去重 + 管线健壮性 + 查询缓存 Gap 3 [P1] 构建管线健壮性 (Nygard, 2018; Majors, 2022): - Migration 0016: kg_build_runs 增加 progress_percent + warnings 列 - build_graph: 批处理循环进度上报、LLM 提取失败重试 1 次、算法失败警告累积 -…
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May 9, 2026
- conftest: 补丁 storage.service / cleanup_orphan_knowledge 的模块级 AsyncSessionLocal 引用（from-import 绑定问题），修复 asyncpg 事件循环边界 RuntimeError - _sync_document_chunk_stats: 包裹 try/except 降级为 warning，避免纯单元 测试（FakeRepository 无真实 DB）触发 DB 连接崩溃 - _backfill_sql: 改回 UPDATE ... FROM + DISTINCT ON 子查询，仅更新有文档 匹配的行（孤儿行自然排除），修复 backfilled 计数断言失败 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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May 9, 2026
* feat(knowledge-base): Knowledge.document_id FK + 孤儿清算 CLI (Phase 3);
ISSUE-078 Phase 3 — DB Schema 防御层 + 历史脏数据一次性清算。Phase 1 修计数口径、
Phase 2 修应用层级联、Phase 3 在 DB 层加 FK ON DELETE CASCADE 兜底，三层防御
正交可独立回滚。
变更:
- alembic 0030: ADD COLUMN knowledge.document_id UUID NULL +
FK fk_knowledge_document_id REFERENCES knowledge_documents(id) ON DELETE
CASCADE + 部分索引 ix_knowledge_document_id WHERE document_id IS NOT NULL；
仅加列与约束、不做数据变更（避免大表 UPDATE 长锁）；downgrade 仅 DROP COLUMN
- ORM 同步: models/perception.py Knowledge.document_id Mapped[UUID|None]
- KnowledgeChunk dataclass: 加 document_id 字段；types.py
- 写入路径 stamp: _ingest_text_with_tracker 加 document_id 参数，单点
dataclasses.replace stamp 到每个 chunk；repository.add_knowledge values 加
document_id 字段。仅 2 个 ingest 入口（execute_ingest_url_document_pipeline /
execute_ingest_file_pipeline）传入 document_id，其余 10 个入口（纯文本、URL、
replace、rebuild、KG）保留 None
- 独立 CLI scripts/cleanup_orphan_knowledge.py:
uv run python -m negentropy.scripts.cleanup_orphan_knowledge \
--dry-run | --commit [--corpus-id ...] [--app-name ...] [--json]
三步流水线: 回填 document_id → 按 corpus 分组报告四档计数 → --commit 才
真正 DELETE（白名单 source_uri 形态防误删）；不放进 alembic 迁移因为
DELETE 不可逆需 dry-run + 审批
- 观测函数 count_orphan_knowledge: 与 CLI 共享过滤口径，cron 接入将
total_orphans 上报为 metric negentropy.knowledge.orphan_count{corpus_id}
dev DB 实地验证:
- 在 user 真实数据上跑 --dry-run 报告 Harness Engineering corpus
total=849, would_delete=0；--commit 后 849 条 Knowledge.document_id 全部
回填，与对应 KnowledgeDocument 建立 FK 关联
- Phase 1 → Phase 3 三层防御端到端在用户实际数据上闭环
测试: test_phase3_document_fk.py 8 场景覆盖 ORM 字段读写、DB 层 FK CASCADE
（直接 DELETE knowledge_documents 行触发 Knowledge 级联清理）、CLI dry-run/
commit、KG NULL source_uri 保留、非白名单 URI 形态保留、观测函数、migration
round-trip；既有 67 项单测无回归；alembic upgrade/downgrade 已在 dev DB 验证
详见 docs/issue.md ISSUE-078 Phase 3 补充章节。
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* fix(knowledge-base): cleanup CLI backfill 改用标量子查询优先选取 active doc (review #1);
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* fix(knowledge-base): 修复 CI 集成测试三处失败 (review #2);
- conftest: 补丁 storage.service / cleanup_orphan_knowledge 的模块级
AsyncSessionLocal 引用（from-import 绑定问题），修复 asyncpg 事件循环边界
RuntimeError
- _sync_document_chunk_stats: 包裹 try/except 降级为 warning，避免纯单元
测试（FakeRepository 无真实 DB）触发 DB 连接崩溃
- _backfill_sql: 改回 UPDATE ... FROM + DISTINCT ON 子查询，仅更新有文档
匹配的行（孤儿行自然排除），修复 backfilled 计数断言失败
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* fix(knowledge-base): 修复 CI 集成测试两处失败 (review #3);
- _backfill_sql: 子查询内 scope 条件引用外部别名 k → 改为 k_sub，
修复 PG UndefinedTableError
- conftest: 补丁 knowledge.api 的模块级 AsyncSessionLocal 引用，
修复 _scenario_soft_delete_archives 调用 list_corpora 时的事件循环边界错误
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May 17, 2026
旧实现按 seed_entity_ids 迭代顺序为每个 canonical 绑首个 seed chunk，导致两个 seed chunk 分别提到不同 canonical 时，bridge 的 source_chunk_id 可能错位（典型 症状：canon-B 实际来自 chunk-2，但被绑成 chunk-1）。 修复： - _chunks_to_entities 返回 ``[(chunk_id, entity_id)]`` 多对多映射，而非 DISTINCT entity_id 列表； - _graph_expand 据此预先构造 canonical_to_seed_chunk（chunk→entity→canonical 链式 join），传给 _entities_to_expanded_chunks； - 移除旧实现里基于 seed_entity_ids/seed_candidates 的乱绑代码段。 回归用例 TestBridgeAttribution 复刻同款链式 join，断言 canon-A 绑 chunk-1、 canon-B 绑 chunk-2，杜绝 cross-binding。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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May 17, 2026
* feat(kg-federated): 联邦知识图谱数据层 (Canonical 实体规范层 + 权限红线 + Linker);
引入 Federated KG + Global Entity Canonical Layer，使跨 Corpus 多跳推理在保留物理隔离的
前提下成为可能。架构哲学映射：Microsoft GraphRAG（社区分层）/ LightRAG（dual-level）/
HippoRAG 2（2-hop 收敛）/ PathRAG（路径剪枝）。
数据层（Migration 0034）：
- kg_entity_canonical 全局规范实体（按 app_scope 隔离 + HNSW + 部分索引）
- kg_entity_alias Corpus-local → canonical 多对一映射（UNIQUE local_entity_id）
- kg_cross_corpus_bridge 跨 Corpus 显式桥接关系（Phase 1 建表不物化）
ORM + 权限红线（models/perception.py）：
- 新增 3 个 SQLAlchemy 模型，复用 Vector / TimestampMixin / UUIDMixin
- Session.do_orm_execute event hook：对 KgEntityAlias 的访问缺 corpus_id 过滤直接 raise
PermissionError，与 catalog_service 跨 app 拦截先例对齐
合并管线（canonical_linker.py）：
- 复用 EntityResolver（Fellegi-Sunter 三阶段），find_similar 回调改为查 canonical ANN
- 双阈值：auto_merge=0.88 / review=0.75；类型冲突取 TYPE_PRECEDENCE 胜出方
- 自动 stopword 标记（mention_corpus_count / total > 0.5）
入口签名升级（unified_search.py）：
- 新增 accessible_corpus_ids: frozenset[UUID]，effective = scoped ∩ accessible
- 取交集为空时直接返回空结果，避免 canonical 层成为权限旁路
Feature flag（config/knowledge.py）：
- KnowledgeFeatureFlags 包含 enable_canonical_linker / enable_cross_corpus_kg
- 灰度阶梯：app allowlist + user_id hash sample_rate
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* feat(retrieval-planner): HybridPlanner 四阶段检索编排 + 跨 Corpus 桥接;
把 search_knowledge_base 从「逐 Corpus hybrid 串行 + 全局排序」升级为四阶段管线，让 Home
Studio 多 @CorPuS 场景自动获得跨 Corpus 实体桥接与多跳推理能力。
HybridPlanner（agents/tools/hybrid_planner.py，约 640 行）：
- Stage 1 Intent Classification — 复用 UnifiedRetrievalService.classify_intent，
映射五意图 (fact / explore / multi_hop / relation / global_summary)
- Stage 2 Seed Retrieval — asyncio.gather 多 Corpus 并行 hybrid search
- Stage 3 Graph Expansion — canonical 中转节点 BFS max-depth=2 跨 Corpus 邻居召回
（受 accessible_corpus_ids 强制过滤；跳过 is_stopword_like 与 high-degree hub）
- Stage 4 RRF 融合 + LocalReranker (bge-reranker-v2-m3)
- 内置 TTL+LRU 缓存（canonical / provenance），timeout 12s SLO
search_knowledge_base 改造（agents/tools/perception.py）：
- Feature flag 网关：enable_cross_corpus_kg + scoped/graph_mode 命中时走 Planner
- 任何 Stage 异常 → 降级到原 _legacy_search_knowledge_base 保护主链路
- 每条 result 注入 corpus_id / corpus_label / evidence_type / bridge_path
- 顶层新增 bridges / intent / expansion_triggered / stage_latencies_ms
新增工具 search_knowledge_graph_global：
- 全局摘要类问题专用入口（关键词：主题/概览/总体/核心 / overall theme / key topics）
- 委托 GlobalSearchService 做 Map-Reduce 社区摘要（GraphRAG 风格）
Faculty instruction 更新（agents/faculties/perception.py）：
- 三工具协作规则：默认 search_knowledge_base / 全局摘要走 _global / 论文反查走 _with_papers
- Citation Corpus 来源徽章规范：跨 Corpus 检索时追加 (from Corpus: {label})
- bridges 渲染规则：## 跨 Corpus 关联 段落呈现源/目标 Corpus + canonical 实体
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* feat(home-mentions): @graph 第四类 mention + BFF state_delta 透传跨 Corpus 图谱模式;
为 Home Composer 增加第四类 @ mention「图谱模式」，作为用户显式触发跨 Corpus 桥接 /
GraphRAG 全局摘要的 escape hatch；与 Intent Classifier 自动判定互补。
类型与解析（types/mention.ts + utils/mention-parser.ts）：
- MentionKind 扩展 "graph"，与 corpus-retrieve / corpus-output 同结构（refId = Corpus UUID）
- deriveForwardedPropsFromMentions 新增 graph_mode_corpus_ids 字段，去重 + validRefIds 过滤
- 既有 27 条 mention-parser 单测全量通过，新增 3 条 @graph 用例
弹层（components/ui/MentionPopover.tsx）：
- 新增第四个 Tab「图谱模式」（lucide Network 图标）
- 复用既有 corpora 列表（kind 在 onPick 时改写为 "graph"），与现有 Tab 切换 / 键盘导航完全兼容
BFF state_delta（app/api/agui/_state-delta.ts）：
- 新增 graph_mode_corpus_ids 透传分支，sanitize UUID + 截断到 32 条 + 显式空数组清空语义
- 既有 22 条 BFF 单测全量通过，新增 5 条覆盖 graph_mode 边界（合法 / 非 UUID / 空数组 / 非数组 / 缺席）
后端消费链路：
- perception.search_knowledge_base 已在前一 commit 中读取 tool_context.state["graph_mode_corpus_ids"]，
命中非空时强制 HybridPlanner.force_graph_mode=True
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* docs(kg-federated): 新增联邦知识图谱架构文档并同步知识索引;
新增 docs/knowledge-graph-federated.md（架构 + IEEE 引用 + 运维手册）作为本次跨 Corpus
检索 / KG 整合工作的单一事实源，并把 docs/agents/knowledge-map.md 知识索引补上对应链接，
满足 AGENTS.md 的 Direct Hyperlinking 与 Single Source of Truth 规约。
文档内容包含：
- 设计动机与三大现状缺口
- 联邦 vs 物理合并的决策矩阵（含三大坑分析）
- 数据层 Mermaid 架构图 + 表结构汇总
- HybridPlanner 四阶段管线 Mermaid + 默认参数表
- 三工具协作关系（search_knowledge_base / _global / _with_papers）
- Citation 来源标注规范（corpus_label + evidence_type）
- 灰度上线策略（4 周阶梯 + 回退路径）
- 可观测性指标目标值
- 五大风险与权衡 + 不在本次范围内的明确排除
- 浏览器实机验证 P0 清单（参见 docs/agents/browser-validation.md）
- 完整关联文件 SSOT 映射表
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* fix(home-mentions): MentionChipList 补齐 @graph 图标/色板/标题;
修复 CI UI Build Smoke / UI Type Checks 报错——commit 584d289 把 MentionKind
扩展为四类（新增 "graph"）但未同步更新 MentionChipList 内 _ICONS / _CHIP_CLASS /
_KIND_TITLE 三个 Record<MentionKind, …> 字典，导致 tsc 报 TS2741 三处缺键。
- 图标：复用 MentionPopover 已有的 Network 图标，保证弹层与 chip 视觉一致；
- 色板：新增 violet 变体（与 sky/emerald/amber 正交），对应"图谱"隐喻；
- 标题：「强制图谱模式」，对齐 types/mention.ts 注释与 Popover Tab 标签。
仅补编译期映射，不变更运行时行为；mention-parser.ts:178 已处理 "graph"。
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* feat(retrieval-planner): @graph 与 @corpus-retrieve 并集 + 全局图搜索多 Corpus 聚合;
闭环 @graph mention 在 Perception 工具层的语义：
1. _planner_search_knowledge_base：scoped_ids 与 graph_mode_ids 改为并集而非择一
（之前 ``scoped_ids or graph_mode_ids`` 导致同时 @KB-A 与 @graph kb-B 时丢掉
kb-A）。任一非空即触发 force_graph，让 Planner 在并集上做 graph expansion。
2. search_knowledge_graph_global：从单次聚合查询改为「逐 Corpus 并发 + 聚合返回」
- 早期校验 valid_ids，避免无效 UUID 进入下游；
- 与 GraphService 同款 build_embedding_fn 计算 query_embedding（失败回退
entity_count DESC）；
- 每个 Corpus 独立 AsyncSessionLocal，匹配 GlobalSearchService.search 的
positional db 参数协议；
- 返回结构改为 {status, query, corpus_count, per_corpus: [...]}，附 corpus_label
便于前端来源徽章。
- 全部 Corpus 失败时 status=failed 且附 per_corpus 错误明细。
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* fix(hybrid-planner): bridges.source_chunk_id 精确归因 (FIX-#2);
旧实现按 seed_entity_ids 迭代顺序为每个 canonical 绑首个 seed chunk，导致两个
seed chunk 分别提到不同 canonical 时，bridge 的 source_chunk_id 可能错位（典型
症状：canon-B 实际来自 chunk-2，但被绑成 chunk-1）。
修复：
- _chunks_to_entities 返回 ``[(chunk_id, entity_id)]`` 多对多映射，而非
DISTINCT entity_id 列表；
- _graph_expand 据此预先构造 canonical_to_seed_chunk（chunk→entity→canonical
链式 join），传给 _entities_to_expanded_chunks；
- 移除旧实现里基于 seed_entity_ids/seed_candidates 的乱绑代码段。
回归用例 TestBridgeAttribution 复刻同款链式 join，断言 canon-A 绑 chunk-1、
canon-B 绑 chunk-2，杜绝 cross-binding。
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* fix(canonical-linker): 类型升级阈值修正与 stopword 总数计算 (FIX-#4 + FIX-#5);
两处独立缺陷一并修复：
FIX-#4 类型升级分支死代码：
旧实现里「升级 canonical_type」的占比阈值与「类型冲突」阈值同为
type_conflict_minority_threshold (0.30)。但冲突分支位于 for 循环内、升级在
else 分支——任一非主类型占比 ≥0.30 都会先命中冲突 break，导致升级分支永远
不可达。
新增 type_upgrade_minority_threshold (0.15) 且强制 < type_conflict_minority_threshold；
同时新增 precedence 严格大于校验，避免同 precedence 等级反复横跳。
FIX-#5 stopword total_corpora 失真：
旧实现以 MAX(mention_corpus_count) 作为 total_corpora 的 O(1) 近似，但该值
始终 ≤ 真实 corpus 数（顶多等于），作为分母会把 ratio 推高、stopword 阈值
压得过低。改为直接 ``SELECT COUNT(*) FROM corpus WHERE app_name=...``，仅一次
索引扫描，代价可忽略。
测试：
- TestConfigDefaults.test_upgrade_threshold_strictly_below_conflict：守护
FIX-#4 阈值不变式；
- TestStopwordThresholdLogic.test_refresh_stopword_uses_corpus_count_not_max：
断言 SQL 文本走 corpus 表而非 MAX(mention_corpus_count) 代理。
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…识管理统一入口（100 PRs / 843 文件） (#560) * feat(agent-defs): 主 Agent 入库 + 按 DB 读 instruction + 模型选择回退 (#420) * fix(agent-defs): 修复 Agent 加载路径 + 主 Agent 纳入 Interface Sync + 运行时按 DB 读 instruction; - cli.py: --reload_agents 改用 Path(__file__) 推导的绝对路径，杜绝 cwd 依赖导致的「src/negentropy/negentropy」双重段错误; - subagent_presets: 新增 NegentropyEngine root payload（adk_config.kind="root"），Sync 后 DB 出现主 Agent 行; - sync API: 循环写入 config.kind，末尾调 invalidate_cache(prefix="subagent:") 批量失效; - SubAgentResponse: 新增顶层 kind 字段（root/subagent），供前端置顶 + 徽章; - model_resolver: 抽取 _load_subagent_row 共用单行查询，新增 resolve_subagent_instruction; - _dynamic_instruction: 新增 InstructionProvider 工厂，root + 5 子 Agent 的 instruction 接入运行时 DB 读取; - 测试: 更新 test_subagent_presets 覆盖 root payload + kind 断言; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-llm): 修复无 Session 时模型选择回退 + SubAgents 列表 Root 置顶徽章; - home-body: 新增 pendingLlmRef，改写 handleSelectedLlmModelChange 与 Effect 1， 使「无 session 选模型→建 session→自动发送」全流程保持选择不丢失; - SubAgents page: 按 kind="root" 置顶排序，Sync 按钮文案从「Sync Negentropy 5」改为「Sync Negentropy」; - SubAgentCard: Root Agent 显示 violet 色 Root 徽章; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(model-resolver): SubAgent 行缺失/未启用补回 60s TTL 负命中缓存; 回归点：重构 `_resolve_subagent_row` 时把空占位写入移到了 `loaded is None` 判断之后，导致禁用 Faculty 与未 Sync 环境下每次 LLM 请求都触发一次 DB 查询。 本次在 `loaded is None` 分支补 `_cache[cache_key] = ("", {"i": ""}, now)`， 让负命中同样落入 60s TTL，避免重复 DB 压力。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-llm): pending 模型选择仅对 startNewSession 新 id 消费; 回归点：Effect 1 的 pending 转移分支会在「首次进入既有 session」时触发， 把无 session 阶段的 pending 模型写入该 session 的 perThreadLlmRef， 并让 Effect 2 跳过 snapshot 初始化，导致服务器端记忆模型被静默替换。 修复方式： - 新增 `pendingLlmTargetIdRef` 仅记录 startNewSession 返回的新 id； - 通过 `startNewSessionWithLlmTarget` 包装内联调用与 `onNewSession` 两条路径； - Effect 1 仅在 `sessionId === pendingLlmTargetIdRef.current` 时转移 pending， 其余进入既有 session 的分支主动丢弃 pending，让 snapshot 正常生效。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): 修复 KB Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection × 后端 hybrid/rrf 降级 × 502 上游错误码 × 诊断仪器化） (#421) * fix(knowledge): 修复 Knowledge Base Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection + 后端 hybrid/rrf 降级 + 502 错误码 + 诊断日志）; 双层 Bug 同因联修（详见 docs/issue.md ISSUE-026）： 1. 前端 searchAcrossCorpora 旧实现以 Promise.allSettled 仅取 fulfilled，rejected 静默丢失，导致全部 Corpus 失败时返回 {count:0,items:[]} 走"成功路径"使 UI 空白且无任何提示——本次改为聚合三态（全成功/部分失败/全失败），SearchResults 类型扩展 errors[]，handleRetrieve 对部分失败 toast.warning 透出原因； 2. 后端 service.search hybrid/rrf 旧实现未捕获 EmbeddingFailed，外部 Embedding 上游故障直接 500，丧失"keyword 仍可用"的优雅降级——本次 hybrid 失败回退 keyword-only、rrf 失败走与 not embedding_fn 等价的回退路径，semantic 仍传播以保留显式失败语义； 3. api.py _map_exception_to_http 拆分 EmbeddingFailed 分支映射到 502 Bad Gateway（保留 EMBEDDING_FAILED code），与 SearchError 自身错误的 500 区分，便于前端识别"上游修复后再试"语义； 4. embedding.py 调用 litellm 前后增加结构化诊断日志：api_base_host（脱敏 path/credentials 仅留 host）+ input_count + text_preview + kwargs_keys；失败附 upstream_response_text（沿异常链 __cause__/__context__ 提取 MaskedHTTPStatusError.text，已被 litellm 脱敏 URL，限长 500 字节）； 5. 测试锁定：tests/unit_tests/knowledge/test_search_resilience.py 5 例（hybrid/rrf 降级 + semantic 传播 + EmbeddingFailed→502 + SearchError→500）+ tests/unit/knowledge/searchAcrossCorpora.test.ts 3 例（allSettled 三态）； 6. docs/issue.md 追加 ISSUE-026，含后续防范（Promise.allSettled 必须聚合 rejection / vendor 失败必须 502 / hybrid 必须有降级路径 / vendor 调用必须 host+upstream_text 双信号）与同类问题影响清单。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): searchAcrossCorpora 聚合保留 KnowledgeError code 并修正 _map_exception_to_http docstring; Review #1（前端契约）: SearchResultError 仅透 message 会丢弃 KnowledgeError.code（如 EMBEDDING_FAILED），削弱本次 502/500 拆分对前端"上游修复 vs 自身错误"的可分流价值——本次扩展 SearchResultError 增加可选 code，rejection instanceof KnowledgeError 时回填；全失败分支由 throw new Error 改为 throw new KnowledgeError(aggregatedCode, msg, {errors})，code 一致时透传原 code、混合时退化为 AGGREGATED_SEARCH_ERRORS，既保留分流能力又携带逐条失败明细；新增 1 例同 code 透传 + 1 例混合 code 退化的单测，全部 4 例通过。 Review #2（后端文档）: api._map_exception_to_http docstring 仍只列 400/404/409/500，与新增 EmbeddingFailed→502 分支不一致；本次补 "502: 上游服务错误（vendor / Embedding 等外部依赖）" 一行，避免后续维护者按旧映射加分支。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(wiki-favicon): 修复 negentropy-wiki 站点 favicon.ico 单分辨率畸形导致浏览器回落默认地球图标; (#423) - 根因：apps/negentropy-wiki/src/app/favicon.ico 是单分辨率畸形 ICO（file 输出 256x-1，高度字节 0xFF），且源图 logo.png 为非方形 800x798，导致 Chrome/Firefox/Safari 解析失败、tab 回落默认地球图标； - 修复：用 Pillow 对 logo.png 做透明 padding 至 800x800 方形，再生成多分辨率 ICO（16/32/48/64/128/256 共六档）覆盖原文件；体积从 269KB 降至 118KB； - 验证：file 输出 6 icons; pnpm build 后 .next/standalone 内 favicon route + body + meta 完整；pnpm start 后 curl /favicon.ico 返回 200 image/x-icon，HTML 自动注入 <link rel="icon">； - 防范：docs/issue.md 追加 ISSUE-027，沉淀「ICO 必须方形 + 多分辨率」工程约束与 Pillow 流水线模板，禁止「原图直裹 ICO 头」反模式； - 不动：layout.tsx / next.config.ts / start-production.mjs，保留 App Router metadata 自动注入路径，最小干预。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(mcp-resources): 接入 Resource Templates 并贯通 PDF 图片到 Wiki Markdown (#422) * feat(mcp-client): 接入 MCP Resource Templates 与同会话动态资源拉取; 新增 McpResourceTemplate 模型与 Alembic migration 0012，扩展 McpClientService 在 连接发现阶段并发调用 list_resource_templates（旧 server 不支持时静默兜底，不 阻断 tools 发现），新增 call_tool_and_resolve_resources：在同一 ClientSession 内 完成工具调用与所有 resource_link URI 的并发拉取（Semaphore 限流 4，return_exceptions 保证单条失败不击穿主流程）。这是接入 Negentropy Perceives 动态 FileResource （perceives://pdf/<job_id>/<filename>）的协议层基石——动态实例的生命周期与工具 会话强绑定，必须在 session 关闭前完成 resources/read 才能避免事后失链。 Interface API 同步：load_mcp_server_tools 端点扩展为 capability 全量同步（tools + resource_templates，软删除已下线的 templates），LoadToolsResponse 新增 resource_templates 字段（向后兼容），新增 GET /mcp/servers/{id}/resource-templates 端点；list_mcp_servers 拆解为分段计数避免 JOIN 笛卡尔积；McpServerResponse 暴露 resource_template_count 给前端展示。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(perceives-resources): PDF 图片资源端到端贯通到 GCS 与 Wiki Markdown; 把 Perceives MCP 工具调用返回的 ResourceLink 接入既有提取流水线（Ingest 与 Re-Parse from GCS），让 PDF 图片资源在主仓 ↔ Perceives 之间通过 MCP 协议 完整贯通： - 提取层（extraction.py）：新增 _extract_resource_link_assets 把 ResourceLink 与同会话 read_resource 拉取的 base64 配对为 ExtractionAsset；_call_tool_with_plan 改用 resolve_resource_links=True 路径，确保动态 URI 不会因会话关闭失链； _build_success_result 接收 resolved_resources / resource_errors，按 "warn + 占位" 容错策略合并 assets 并标记 partial_failure 不阻断主入库；新增 _rewrite_markdown_image_links 在 Markdown 写入 GCS 之前把相对路径图片引用 重写为 /api/documents/{doc_id}/assets/{filename}，重写采用 capture group 偏移 以避免 alt 文本含同名 src 时误替换。 - Knowledge API：新增 GET /knowledge/wiki/documents/{document_id}/assets/{filename} 公开端点，filename 严格白名单 ^[A-Za-z0-9._-]+$ 与 180 字符上限；鉴权策略与 既有 wiki entry content 端点对齐——仅放通至少被一条 WikiPublicationEntry 引用的 document，避免持任意 doc_id 拖走未发布文档资产。 - 前端 MCP 卡片（negentropy-ui）：新增 Resource Templates 折叠区与 ResourceDetailPanel， 视觉与 Tools 区完全镜像；page.tsx 在 tools:load 响应中同步消费 resource_templates 段，状态合并到 ServerWithTools；动态实例（带 job_id） 按设计不入卡片。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(mcp-client): Resource Templates 同步加 capability flag,避免静默兜底误清空模板表; `_discover_on_transport` 对 `list_resource_templates` 的所有异常都会静默兜底返回空列表(兼容旧 server 与瞬态错误),但 `load_mcp_server_tools` 会把空列表当作权威结果裁剪 stale 行,导致一次网络抖动或 server bug 即抹掉全部模板;同时与 tools 同步"只增量更新、不裁剪"的语义不对称。 - `McpConnectionResult` 新增 `resource_templates_listed: bool`,仅在 `list_resource_templates` 成功返回时为 True; - `load_mcp_server_tools` 仅在该 flag 为 True(权威空列表)时才裁剪 stale 模板,未支持/错误场景保留既有 DB 行; - 单元测试覆盖 flag 在权威空列表与异常兜底两种路径下的取值。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(mcp-card): 单测 server fixture 补 resource_template_count 修 UI Type Checks; `McpServer` 类型新增的必填字段 `resource_template_count` 未同步到 `McpServerCard.test.tsx` 的 server 固件，导致 ui-quality / UI Type Checks 在 5 处 `<McpServerCard server={...}>` 调用上报 TS2741。 - 在 server 固件加 `resource_template_count: 0`，spread 派生用例自动获得新字段。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(knowledge): 查询时 honor Corpus 自配 embedding 模型，修复 query/index 模型不一致 (ISSUE-028) (#424) search() 原直接使用实例化时锁定的 self._embedding_fn（全局默认 gemini/text-embedding-004）， 未读 corpus.config.models.embedding_config_id；而 _attach_embeddings 索引侧已按 corpus pin 走 专属 fn。两侧不对称导致：用户在 Corpus Settings 已切到 openai/text-embedding-3-small（1536 维）， 索引按 OpenAI 生成，查询仍走 Gemini 全局默认经 localhost:3392 翻译代理报 400。 修复： - 新增 _resolve_embedding_fn(corpus_config) 助手，corpus pin 优先 → 退回 service 默认 fn； - search() 入口加载 corpus_config + embedding_fn 本地变量，rrf/hybrid/semantic 三分支替换； - ISSUE-026 keyword 兜底 + 502 映射 + 诊断日志原样保留，零回归； - 新增 5 例单元测试覆盖 corpus pin 命中/落空/兜底/rrf/semantic 上抛，577 全绿。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(agent-llm): 修复 Home Send 时 LLM 凭证未从 DB 读取导致 AuthenticationError (#425) * fix(docs): 同步文档启动命令与 cli.py 修复，消除 Home Send 500 复发路径; cli.py 的 agents_dir 已在 35204ff 从 src/negentropy 修正为 src， 但 README / docs 下 4 个文件 7 处仍写 --reload_agents src/negentropy， 用户照文档启动复现 ValueError: Agent not found 500。 统一替换为 uv run negentropy serve（SSOT）， 追加 ISSUE-029（文档漂移）与 ISSUE-030（SubAgents root Agent 防回归）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(agent-llm): 修复 Home Send 时 LLM 凭证未从 DB 读取导致 AuthenticationError; DynamicRootLiteLlm/DynamicSubagentLiteLlm 在 ContextVar 或 sub_agents.model 为空时直接返回 None，回退到构造时无 api_key 的硬编码实例，绕过了 DB 中 已配置的 vendor_configs 凭证。现在始终通过 resolve_llm_config() 从 DB 解析默认模型的完整凭证（含 api_key）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复长耗时回复双气泡 + 首条未格式化 (ISSUE-031); (#426) ADK 仅持久化 partial=false 终态事件，realtime 与 hydration 在 同一逻辑消息上派出不同的 messageId（首个 partial id vs 终态 id）。 isSemanticEquivalentEntry 的 8s 时间窗在长耗时回复下硬拒绝，导致 ledger 双 entry → events 过滤失败 → conversation tree 双节点 → UI 渲染双气泡（首条因 streaming-markdown 尾部判定走 raw text 分支）。 修复 (最小干预 + 正交分解)： - message-ledger.ts: 内容严格相等时跳过 8s 时间窗硬拒绝。 - conversation-tree.ts: assistant 已收尾节点在内容严格相等时 也允许 findMatchingTextNodeId 命中复用，作为防御性收敛。 - 三层回归测试覆盖 ">8s 跨度 + messageId 不同 + 内容严格相等"。 UI 全量 70 文件 396 测试通过；typecheck/typecheck:test/eslint 零报错。 docs/issue.md 沉淀 ISSUE-031；CHANGELOG.md 同步条目。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 Home 对话 title 凭证缺失与 OTLP logs/metrics 404 双联缺陷 (#427) * fix(home-chat): 修复 Home 对话 title 凭证缺失 + OTLP logs/metrics 404 双联缺陷; (1) SessionSummarizer 同步 __init__ 在 60s 缓存 miss 时回退到无 api_key 硬编码默认， 导致 LiteLLM AuthenticationError；改为 async classmethod create() 经 resolve_llm_config() 从 DB 读取完整凭证（与 commit 8ce35d5 修复 DynamicRootLiteLlm 同 SoT），调用方 session_service._generate_title_for_session 切换为 await SessionSummarizer.create()， 对 resolver 返回 kwargs 做防御性浅拷贝避免与 60s 缓存层耦合。 (2) ADK 上游 _get_otel_exporters() 把 OTEL_EXPORTER_OTLP_ENDPOINT 视为 OTLP 三件套 总开关，无差别注册 OTLPSpanExporter / OTLPMetricExporter / OTLPLogExporter；后两者 对 Langfuse 不存在的 /v1/metrics、/v1/logs 上报触发 SPA 404 SSR 错误页（每次对话 反复输出大段 HTML）。bootstrap.py 新增 _install_noop_otel_logs_metrics_providers() 在 OTel env var 设置后立即抢注无 processor / 无 reader 的 SDK Logger/Meter Provider， 利用 OTel SDK Once-lock 让 ADK 后续 set_*_provider 静默 no-op，从而阻断 logs/metrics 上报；TracerProvider 链路与 OTEL_EXPORTER_OTLP_HEADERS 不动，traces 仍正常进入 Langfuse。 新增 tests/unit_tests/engine/test_summarization.py（3 例）+ tests/unit_tests/observability/test_otel_noop_providers.py（3 例，子进程隔离 OTel 全局 状态）锁定回归。CHANGELOG / docs/issue.md 沉淀 ISSUE-031（title 凭证缺失）与 ISSUE-032（OTLP logs/metrics 404）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(otel-noop): 移除 _sdk_config hasattr 兜底，让 SDK 私有属性变更显式触发回归; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(session-title): 修复 DummySummarizer 缺失 async create() 导致集成测试 AttributeError; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(bootstrap-otel): 消除 ADK Web 启动期 OTel Override Provider 双 WARNING (ISSUE-034); (#428) 将 ISSUE-033 的「抢占式 set_logger_provider/set_meter_provider」改为 patch `google.adk.telemetry.setup._get_otel_exporters`，让其只返回 traces 的 span_processors，metric_readers/log_record_processors 永久置空。ADK maybe_set_otel_providers 的 if 分支由此天然短路，set_*_provider 根本不被 调用，从源头消除 OTel SDK 的 "Overriding of current ... is not allowed" WARNING；traces 链路、ADK ApiServerSpanExporter、TracingManager、LiteLLM "otel" callback 行为完全不变。配套更新 3 个子进程隔离单测验证新语义， 并在 docs/issue.md 追加 ISSUE-034 完整记录。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(e2e-auth): 浏览器验证协议落地 + Playwright 会话复用贯通 Google OAuth (#429) * docs(browser-validation): 落地浏览器验证协议并补 ISSUE-034 - AGENTS.md（即 CLAUDE.md symlink）新增"Browser Validation Protocol"子节， 约定登录态浏览器验证必须复用用户常用 Chrome 会话，禁止 sandbox 浏览器 通过 Google 同意屏，明确凭证守则与三步连通性自检； - 新建 docs/agents/browser-validation.md：含三种 MCP 浏览器工具能力对照、 Mermaid 选型决策图、storageState 工作时序、风控应对、IEEE 引用； 实测附注 chrome-devtools MCP 在 macOS 默认即可复用用户主 profile 登录态； - docs/issue.md 追加 ISSUE-034，记录 sandbox 浏览器走 Google OAuth 被拦 的表因/根因/处理方式/防范，便于跨上下文复用。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(e2e-auth): Playwright 会话复用以贯通 Google OAuth E2E - playwright.config.ts 在 PLAYWRIGHT_AUTH=1 时启用两个项目： * setup（headless: false，匹配 *.setup.ts），让用户在弹出窗手动登录； * chromium-authenticated（dependencies: ['setup']），使用 storageState 复用一次性人工登录的会话； 支持 PLAYWRIGHT_STORAGE_STATE 与 PLAYWRIGHT_USER_DATA_DIR 覆盖默认； 现有 chromium project 加 testIgnore 排除 .setup.ts，CI/默认行为零变； - 新增 tests/e2e/auth.setup.ts：打开 /auth/google/login，5 分钟内允许 用户在 Google 同意屏中手动完成登录，回跳后断言 /api/auth/me 2xx， 写入 storageState； - .gitignore 追加 apps/negentropy-ui/.auth/ 与 .userdata/， 防止会话凭证随分支推送外泄。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(e2e-auth): 修复 OAuth setup 早退与 authed spec 双跑; - auth.setup.ts: waitForURL 谓词追加 host 约束，避免在跳往 accounts.google.com 瞬间因 pathname 已离开 /auth/google 而误判完成，导致 /api/auth/me 在用户登录前 失败、storageState 永不写出。 - playwright.config.ts: 基础 chromium project 的 testIgnore 追加 /.*\.authed\.spec\.ts$/，防止 PLAYWRIGHT_AUTH=1 时同一份认证 spec 在 chromium-authenticated 与 chromium 中各跑一次（后者无 storageState 必失败）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡复发与 LLM 模型未 Send 即刷新丢失 (ISSUE-032/033); (#430) ISSUE-032 (双气泡复发，与 ISSUE-031 正交)： - 根因：root agent prompt 主动导航 + log_activity tool 让 ADK 走双轮 LLM 调用， 两轮各自带独立 messageId 走完整 TEXT_MESSAGE_* 三件套，UI 在同一 assistant-reply bubble 内并列渲染两段近重复文本。 - 修复：utils/chat-display.ts::dedupeRedundantTextSegments 在 buildAssistantReplyBlock 出口对同一 reply 内的 text segment 做字符二元组 Jaccard 相似度计算，相似度 ≥ 0.5 且双方长度 ≥ 30 时丢弃前段、保留信息更 完备的最终段。tool-group / reasoning / error 顺序不动。 - assistant-reply.message.content 联动重组，复制时也拿到折叠后的内容。 ISSUE-033 (LLM 模型未 Send 即刷新丢失)： - 根因：后端事实源 session.state.selected_llm_model 仅在 /run_sse 时随 state_delta 写入，未 Send 时不更新；前端 perThreadLlmRef 是 useRef 刷新即丢；snapshotForDisplay 也无值，回退到 default。 - 修复：app/home-body.tsx 顶部新增 readPersistedLlmModel / writePersistedLlmModel (typeof window 守卫 + try/catch SSR 安全)； handleSelectedLlmModelChange 即时落盘到 localStorage；Effect 1 优先 从 localStorage 还原；Effect 2 命中 snapshot 时同步回写 localStorage， 让「后端 state ↔ localStorage」互为镜像。既有 forwardedProps.selected_llm_model 在 Send 时仍写后端 state，跨设备一致性最终收敛。 测试： - 新增 2 例 chat-display.test.ts 用例：折叠近重复段 + 差异度大不被折叠 - UI 全量 70 文件 398 测试通过；typecheck/typecheck:test/eslint 零报错 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(bootstrap-otel): 消除被丢弃 PeriodicExportingMetricReader 守护线程的周期 WARNING (ISSUE-038) (#431) * fix(bootstrap-otel): 消除被丢弃 PeriodicExportingMetricReader 守护线程的周期 WARNING (ISSUE-038); ISSUE-034 的 patch 调用 original() 后再丢弃 metric_readers / log_record_processors，但上游 _get_otel_exporters 已构造 PeriodicExportingMetricReader 并启动 60s 守护线程——reader 未注册 到 MeterProvider 导致每 tick 触发 "Cannot call collect on a MetricReader ..." WARNING。改为绕过 original()，直接复用 _get_otel_span_exporter() 仅构造 traces span processor，根源 避免 OTLP metrics/logs exporter 被实例化。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(bootstrap-otel): 修正 _disable_adk_otel_logs_metrics_exporters docstring 中的过期 hooks 引用; 旧 docstring 沿用重构前 `hooks = original()` 的中间变量术语，但新实现已不再调用 `original()`，函数体内也没有 `hooks` 绑定。 更新指引为「恢复 _get_otel_exporters 原函数闭包」或「直接构造完整 OTelHooks」，避免误导后续维护者寻找已不存在的对象。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡盲区与刷新后消息乱序 (ISSUE-039) (#432) * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡盲区与刷新后消息乱序 (ISSUE-038); - chat-display: dedupeRedundantTextSegments 增加四层判定（精确匹配 / 严格前缀 / 等价内容 / Jaccard），覆盖 ADK 双轮 LLM 短回复（如 "Pong!"）的双气泡盲区。 - session-hydration: mergeEventsWithRealtimePriority 交换参数顺序，让 realtime 事件覆盖 hydrated；TEXT_MESSAGE_CONTENT 的 eventKey 时间戳改用 toFixed(3) 消除浮点抖动导致的同一事件重复保留。 - message-ledger: MessageLedgerEntry 新增可选 sourceOrder 作 createdAt 相同时的稳定 tiebreaker，替代 UUID localeCompare 的随机字典序；抽出 compareLedgerEntriesByTime 复用，类型保持向后兼容（缺省回退 Number.MAX_SAFE_INTEGER）。 - 新增 5 项单元测试覆盖：短回复精确匹配、前缀含尾部追加、Jaccard 长文本、eventKey 浮点稳定、sourceOrder 稳定排序；docs/issue.md 增补 ISSUE-038 摘要。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(home-chat): 补 mergeEventsWithRealtimePriority 生命周期事件覆盖回归用例; 针对 ISSUE-039 第 3 项修复（mergeEventsWithRealtimePriority 参数顺序交换） 原有 RUN_STARTED 类生命周期事件用例缺位——之前的 messageId 重叠用例在 step 3 即被过滤为 filteredHydratedEvents=[]，无法验证 step 4 mergeEvents 入参顺序对 key 冲突归并的影响。 补一条 RUN_STARTED 用例：realtime / hydrated 同 threadId/runId/timestamp （eventKey 字节级一致）→ 用对象引用断言保留的是 realtime 版本，作为参数 顺序交换的最直接证据。该用例在交换前会失败、交换后通过，形成有效回归网。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 消除 LLM 思考独白溢出 / 推理头常驻 / 刷新乱序残留 (ISSUE-040) (#433) * fix(home-chat): 消除 LLM 思考独白溢出 / 推理头常驻 / 刷新乱序残留 (ISSUE-040); - 过滤 ADK Part 中 thought=true 与 type=thinking|thought|reasoning 系列推理字段，避免 reasoning_content 溢出到 TEXT_MESSAGE_CONTENT；推理文本改路由为 ne.a2ui.thought 自定义事件保留可观测性。 - createStepFinishedEvent 同步透出 stepName，AdkMessageStreamNormalizer 持有 stepId→stepName 映射，根治 ag-ui v0.0.47 校验器 "Cannot send 'STEP_FINISHED' for step \"undefined\"" 中断 run 导致的推理头永驻 started 现象。 - conversation-tree fallback 段重建消息节点时优先复用 ledger 已有 sourceOrder，避免被推到 events 末尾破坏 compareLedgerEntriesByTime tiebreaker。 - session-hydration eventKey 全事件类型统一走 toFixed(3) 毫秒级时间戳，并为 STEP_STARTED/STEP_FINISHED 显式按 (threadId, runId, stepId) 作 key，覆盖 STEP_*/CUSTOM/STATE_*/RAW 在浮点抖动下的去重盲区。 - 新增 9 例单元回归覆盖 thought part 过滤 / STEP_FINISHED stepName / fallback sourceOrder / eventKey 浮点抖动；docs/issue.md 追加 ISSUE-040 全栈解析。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 消除 hydration sort 字典序污染 lifecycle 顺序导致的多消息刷新乱序 (ISSUE-040 Q3 长尾); - hydrateSessionDetail 引入 WeakMap<BaseEvent, emitOrder>，sort tiebreaker 用 normalizer 推入顺序代替 eventKey().localeCompare，保留 TEXT_MESSAGE_* 三件套 START→CONTENT→END 与跨 messageId 的 turn 边界。 - mergeEvents 同步改为按首次出现位置记录 insertionOrder 作 tiebreaker，避免最后一步 mergeEvents([], normalizedEvents) 再把刚排好的事件按字典序乱序。 - 新增同 timestamp 下 lifecycle 顺序断言用例；多轮真实后端 events fixture 经修复链路输出 user(R1)→assistant(R1)→user(R2)→assistant(R2) 完全符合时间线。 - docs/issue.md 在 ISSUE-040 末尾追加 Q3 长尾闭环（H5 字典序污染根因与最小干预修复）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(home-chat): 强化 ISSUE-040 H3 fallback sourceOrder 回归用例; - 旧用例与单 snapshot 单条消息时新旧公式恰巧同值，断言无差异，无法拦截 H3 退化； - 新用例构造「snapshot 数组顺序 vs ledger 时间序」错位场景：让 sourceOrder 在两条消息间发生互换，对回滚 H3 修复有强差异断言（已本地反向核验：回滚 conversation-tree.ts 修复后断言失败）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(wiki-header): catalog 第一层提升为顶部 Header 导航 tabs (#434) * feat(wiki-header): catalog 第一层提升为顶部 Header 导航 tabs; 将 publication catalog 的第一层 CONTAINER 节点（如 Harness-Engineering） 从左侧 Sidebar 迁移为顶部 Header tabs；第二层及以下保留于 Sidebar，整树向上提升一档。 设计参考 GitHub Docs / Stripe Docs / Docusaurus 的"顶 tabs + 左 sidebar 子树"模式。 主要变更： - lib/wiki-api.ts 追加 findFirstDocumentSlug / findActiveTopLevelSlug / resolveSectionView 纯函数，作为 Header tabs 与 Sidebar 切片的单一事实源。 - 新增 WikiHeader Server Component（仅 <Link>，SSG 友好）：渲染品牌 + 水平 tabs； CONTAINER tab 跳转 DFS 首个后代 DOCUMENT；无文档则禁用 span。 - WikiLayoutShell 增加 header? prop，渲染于 .wiki-layout 之外作为兄弟节点， 避免触动既有 3 列 Grid 与 data-toc 三态。 - /{pubSlug} 与 /{pubSlug}/{...entrySlug} 两条路由共用 resolveSectionView 派生视图： pub 根页默认激活首项；entry 页按 slug 反查所属一级。 - globals.css 引入 --wiki-header-height 并把 sidebar / toc-aside 的 sticky top 改为 var 引用，确保滚动时 Header 常驻不挡 sidebar。 - 新增 wiki-section-view.test.ts 12 用例覆盖空树 / 单 / 多 / 深路径 / DOCUMENT-only / 无后代 DOCUMENT 等边界。 回归保障：home / 不变；既有 WikiNavTree / WikiToc 测试 API 未变；47/47 单测全绿。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(wiki-header): Header 缺失时 sidebar/toc 不再残留偏移; 通过 data-header 属性标记 Header 是否存在，CSS 侧条件生效 --wiki-header-height 偏移，避免空导航树时出现 56px 空白间隙。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * refactor(config): 废弃 .env*，统一 YAML 三级配置（local > user > default） (#436) * refactor(config): 废弃 .env* 加载链路，引入 config.local.yaml 统一 YAML 三级配置; - 移除 10 个 Python 配置模块中的 env_file / _get_env_files 逻辑 - yaml_loader 新增 config.local.yaml 作为最高优先级 YAML 来源 - config.default.yaml 合并 .env 全部非机密差异值（含 OAuth 端口 6600→3292 校正） - 新增 3 例 config.local.yaml 优先级测试 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(config): 同步 .env 废弃后的文档与 CHANGELOG; - development.md / sso.md / framework.md / user-guide.md / zh-CN/README.md 中 .env 引用替换为 config.local.yaml - CHANGELOG 新增 ISSUE-041 变更记录 - docs/issue.md 新增 ISSUE-041 经验沉淀 - .gitignore 新增 apps/negentropy/config.local.yaml 排除规则 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(config): 放宽 .gitignore 中 config.local.yaml 匹配规则，覆盖任意 cwd 场景; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041) (#435) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041); - 新增 isSyntheticRunId 共享识别函数（覆盖 runId 缺失 / DEFAULT_RUN_ID / runId === threadId 三类合成回退标记），三层 dedup 一致放宽： 1. message-ledger.ts::isSemanticEquivalentEntry：runId 不等时若任一侧 synthetic 则放行，threadId + role + 内容前缀 + origin 多元仍是必要约束； 2. conversation-tree.ts fallback 段 runMatches：识别合成 runId 兼容分支，避免同内容 fallback message 被强制重建为重复节点； 3. conversation-tree.ts collapseDefaultTurnDuplicates → collapseSyntheticTurnDuplicates：扩展为识别 runId === threadId 的合成 turn；时间窗判定改为 per-child timestamp vs concrete turn timeRange，多轮场景下不再误放过期 concrete turn。 - session-hydration.ts::fallbackRunId 注释 ISSUE-041 契约（保留兜底防御，等 Phase 2 后端代理层注入 runId 后再渐进移除）。 - 新增 16 例自动化回归（含 1 例反向回滚断言）： · message-ledger A1-A5 + isSyntheticRunId 单元 + 端到端 ledger merge（共 7 例）； · conversation-tree C1/C2/C3/C5 + D4 反向回滚（共 5 例）； · session-hydration D1/D1+/D2/D3 端到端（共 4 例）。 - docs/issue.md 追加 ISSUE-041 全栈解析（含 refresh 自愈非对称的根因证据、多轮二阶恶化、Phase 2-4 路线图、诊断抓手与同类问题影响），闭环 ISSUE-040 Q3 长尾自识别。 回归状态：482 测试全绿 + tsc 0 错误；浏览器实机 5 场景 × 3 次验证清单见 .context/issue-041/validation-protocol.md，待用户已登录态 Chrome 桥接就绪后执行。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(rfcs): 新增 Phase 3 / Phase 4 架构 RFC 草稿（ISSUE-041 后续路线图）; - docs/rfcs/0001-conversation-architecture-refactor.md：Phase 3 架构重塑 RFC（Codex Thread→Turn→Item 数据模型 / 6 层去重金字塔精简到 3 层 / 抽象 utils/dedup/ + config/projection-thresholds.ts / 投影缓存 / 8 sub-PR 渐进迁移路线 / 兼容性回归与风险评估）。 - docs/rfcs/0002-ui-interaction-enhancements.md：Phase 4 UI 交互能力 backlog（Reasoning Panel + Sub-Agent 嵌套 / 工具进度 + 中断审批 / Conversation Branching + Timeline 增强；按用户优先级 1/2/3 分组，附实施依赖图与 Acceptance Criteria）。 均为 Draft 状态，待团队评审通过后启动多 PR 渐进迁移。本 commit 仅文档先行，不动代码。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 增强 synthetic turn 折叠相似度判定与时间窗整体吸收 (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 双层防御消除跨 runId 三气泡——泛化 turn 折叠 + 跨 block 去重 (ISSUE-041); 将 collapseSyntheticTurnDuplicates 泛化为 collapseOverlappingTurns：按 threadId 分组， 对 synthetic turn 与同组 concrete turn 时间重叠+内容覆盖的进行折叠（双 concrete turn 保留以防误折叠合法多 run）；新增 chat-display 层 dedupeAdjacentAssistantBlocks 作为安全网，对时间窗内内容高度相似的相邻 assistant-reply block 保留更完整的一个。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(test): 补充 message-ledger 测试 fixture 缺失的 id 字段 (ISSUE-041) tsconfig.vitest.json 类型检查报 TS2741：baseRealtime 对象缺少 MessageLedgerEntry 必需的 id 属性。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(chat-display): 修复跨 block 去重时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); - CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_MS=120000 误将毫秒值与秒级时间戳比较，实际窗口约 33 小时 而非预期的 2 分钟；改为 CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_SEC=120（秒） - 移除 chat-display.ts 私有的 computeCharBigrams / bigramJaccard，统一从 message.ts 导入 bigramJaccardSimilarity，避免两处实现分叉 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041) (#437) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041); - 新增 isSyntheticRunId 共享识别函数（覆盖 runId 缺失 / DEFAULT_RUN_ID / runId === threadId 三类合成回退标记），三层 dedup 一致放宽： 1. message-ledger.ts::isSemanticEquivalentEntry：runId 不等时若任一侧 synthetic 则放行，threadId + role + 内容前缀 + origin 多元仍是必要约束； 2. conversation-tree.ts fallback 段 runMatches：识别合成 runId 兼容分支，避免同内容 fallback message 被强制重建为重复节点； 3. conversation-tree.ts collapseDefaultTurnDuplicates → collapseSyntheticTurnDuplicates：扩展为识别 runId === threadId 的合成 turn；时间窗判定改为 per-child timestamp vs concrete turn timeRange，多轮场景下不再误放过期 concrete turn。 - session-hydration.ts::fallbackRunId 注释 ISSUE-041 契约（保留兜底防御，等 Phase 2 后端代理层注入 runId 后再渐进移除）。 - 新增 16 例自动化回归（含 1 例反向回滚断言）： · message-ledger A1-A5 + isSyntheticRunId 单元 + 端到端 ledger merge（共 7 例）； · conversation-tree C1/C2/C3/C5 + D4 反向回滚（共 5 例）； · session-hydration D1/D1+/D2/D3 端到端（共 4 例）。 - docs/issue.md 追加 ISSUE-041 全栈解析（含 refresh 自愈非对称的根因证据、多轮二阶恶化、Phase 2-4 路线图、诊断抓手与同类问题影响），闭环 ISSUE-040 Q3 长尾自识别。 回归状态：482 测试全绿 + tsc 0 错误；浏览器实机 5 场景 × 3 次验证清单见 .context/issue-041/validation-protocol.md，待用户已登录态 Chrome 桥接就绪后执行。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(rfcs): 新增 Phase 3 / Phase 4 架构 RFC 草稿（ISSUE-041 后续路线图）; - docs/rfcs/0001-conversation-architecture-refactor.md：Phase 3 架构重塑 RFC（Codex Thread→Turn→Item 数据模型 / 6 层去重金字塔精简到 3 层 / 抽象 utils/dedup/ + config/projection-thresholds.ts / 投影缓存 / 8 sub-PR 渐进迁移路线 / 兼容性回归与风险评估）。 - docs/rfcs/0002-ui-interaction-enhancements.md：Phase 4 UI 交互能力 backlog（Reasoning Panel + Sub-Agent 嵌套 / 工具进度 + 中断审批 / Conversation Branching + Timeline 增强；按用户优先级 1/2/3 分组，附实施依赖图与 Acceptance Criteria）。 均为 Draft 状态，待团队评审通过后启动多 PR 渐进迁移。本 commit 仅文档先行，不动代码。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 增强 synthetic turn 折叠相似度判定与时间窗整体吸收 (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 双层防御消除跨 runId 三气泡——泛化 turn 折叠 + 跨 block 去重 (ISSUE-041); 将 collapseSyntheticTurnDuplicates 泛化为 collapseOverlappingTurns：按 threadId 分组， 对 synthetic turn 与同组 concrete turn 时间重叠+内容覆盖的进行折叠（双 concrete turn 保留以防误折叠合法多 run）；新增 chat-display 层 dedupeAdjacentAssistantBlocks 作为安全网，对时间窗内内容高度相似的相邻 assistant-reply block 保留更完整的一个。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(test): 补充 message-ledger 测试 fixture 缺失的 id 字段 (ISSUE-041) tsconfig.vitest.json 类型检查报 TS2741：baseRealtime 对象缺少 MessageLedgerEntry 必需的 id 属性。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(chat-display): 修复跨 block 去重时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); - CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_MS=120000 误将毫秒值与秒级时间戳比较，实际窗口约 33 小时 而非预期的 2 分钟；改为 CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_SEC=120（秒） - 移除 chat-display.ts 私有的 computeCharBigrams / bigramJaccard，统一从 message.ts 导入 bigramJaccardSimilarity，避免两处实现分叉 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(home-chat): 修复跨 runId 双气泡时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); fallback 路径从无条件移除改为内容覆盖检查——跨所有同 threadId keeper 逐 child 匹配，避免含独特历史内容的 synthetic turn 被误折叠。加强 C3 断言为 toHaveLength(2) + synthetictoBeDefined。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(conversation-tree): isSyntheticTurnNode 补充 "default" runId 识别对齐 isSyntheticRunId (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(ctl): 新增全套服务一键启停脚本 (#438) * feat(ctl): 新增全套服务一键启停脚本 scripts/ctl.sh 支持 start/stop/restart/status/logs/build 子命令，覆盖依赖安装、 数据库迁移、前端构建、健康检查的完整生命周期。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(ctl): 修复 is_running 变量泄漏与并行 wait 退出码丢失; - is_running() 中 pid_file 添加 local 声明，防止全局作用域污染 - 三处并行 wait 改为逐个检查退出码，任一子进程失败即报错中止 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(ctl): 修复健康检查不感知进程崩溃、路径逻辑重复与服务名校验缺失; - wait_for_health 在 HTTP 轮询间隔中加入 is_running 检查，进程崩溃时立即返回失败 - is_running 改用 pid_file() 函数获取路径，消除硬编码重复 - cmd_logs 入口校验服务名是否属于 ALL_SERVICES，非法名称给出明确提示 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(ctl): 使用 exec 替代 eval 确保进程 PID 精确追踪与信号直达; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): 知识图谱模块生产就绪改造 — 实体管理、混合检索、路径探索、统计面板 (#439) * feat(kg): 知识图谱模块生产就绪改造 — 语料库级图谱、实体管理、混合检索、路径探索、统计面板 后端变更: - 新增 GET /graph/entities 实体分页列表（类型筛选+名称搜索） - 新增 GET /graph/entities/{id} 实体详情含出/入关系 - 新增 GET /graph/stats 图谱统计（实体数/类型分布/置信度/密度/度数） - 重写 find_neighbors: 递归 CTE 在 kg_relations 上实现多跳遍历 - 重写 find_path: 递归 CTE BFS 在 kg_relations 上查找最短路径 前端变更: - 重写 graph/page.tsx: 语料库选择器 + 构建/浏览全流程 - 新增 EntityListPanel: 表格视图+类型筛选+分页 - 新增 EntityDetailPanel: 实体详情+关系列表(出边/入边) - 新增 SearchBar: 混合检索(语义+图结构) - 新增 PathExplorer: 双实体选择+BFS路径查找 - 新增 NeighborExplorer: 1/2/3跳邻居展开 - 新增 GraphStatsPanel: 实体数/类型分布/置信度/密度/度数 - 新增 BuildHistoryList: 结构化构建历史卡片(状态徽章+统计+耗时) 文档变更: - 扩展 user-guide.md §4.5 为完整知识图谱用户指引 - 更新 knowledge-graph.md §3 新增架构模式精炼(Cognee ECL/Graphiti 双时态) - 更新 knowledge-graph.md §4 交付物清单 测试变更: - 新增 test_graph_entity_service.py: 9 项单元测试覆盖实体列表/详情/Schema 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复知识图谱模块 CI 失败 — 类型错误、ID 前缀、测试 mock; - 移除 NeighborExplorer 组件调用中不存在的 entityName prop（TS2322） - 为 find_neighbors 返回的 GraphNode.id 补齐 entity: 前缀 - 重写 find_path 测试，mock session.execute 而非 find_neighbors 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复审查发现的 7 项问题 — 安全编码、状态管理、双向路径搜索; - 路由 path params 加 encodeURIComponent 防路径遍历（3 个 route 文件） - EntityDetailPanel: 用 loadedEntityId 派生 loading 状态，切换实体时正确展示加载态并清除旧数据 - EntityListPanel: 搜索输入 300ms 防抖，用 completedKey 派生 loading 状态 - GraphStatsPanel: 用 result 组合状态区分加载中/失败/成功 - NeighborExplorer: entityId 变更时重置 expanded/neighbors - graph_repository find_path: 递归 CTE 增加反向遍历分支，与 find_neighbors 双向语义对齐 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复审查发现的遗留问题 — 常量提取、路径搜索、会话管理; - 前端：提取 ENTITY_TYPE_COLORS 至 constants.ts，消除三处 TYPE_COLORS 残留引用（会导致运行时崩溃） - 后端：修复 find_path 递归 CTE 中 path 追加错误（r.target_id → ps.target_id） - 后端：get_stats 改为接收外部 db 会话，消除自建会话 - 后端：get_entity_detail 增加 corpus_id 可选过滤，增强数据隔离 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): 记忆模块生产就绪化 — 巩固管线重构 + 事实提取 + 上下文集成 + 文档完善 (#440) * feat(memory): 重构记忆巩固管线为三阶段智能架构并增强核心模块 - 重构 _simple_consolidate 为三阶段管线（分段→去重→存储），借鉴 Claude Code AutoDream 四阶段范式 - 新增 PatternFactExtractor 基于正则模式的对话事实自动提取（preference/profile/rule/custom） - 新增 ContextAssembler 记忆上下文组装器，管理 token 预算分配（30%记忆/50%历史/20%系统） - 新增 AsyncScheduler 应用层调度器回退，当 pg_cron 不可用时提供等效定时任务能力 - 增强 search_memory API 支持分页（limit/offset）和过滤（memory_type/date_from/date_to） - 集成 ContextAssembler 到 perception.py 记忆搜索回退路径 - 新增 34 条单元测试覆盖事实提取和调度器（全部通过） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(memory): 补充工业框架对标分析与用户操作指南 - docs/memory.md §2.4 新增 Claude Code 记忆架构深度对标（AutoDream 四阶段整理、三重门控调度、四类型分类法、三层上下文压缩、漂移防御） - docs/memory.md §2.5 新增 Agent Harness 设计模式对标（三层压缩管线、Skill 按需加载、Task Graph 持久化） - docs/memory.md §2.6 新增 Negentropy 差异化定位总结表 - docs/user-guide.md §5.8-§5.12 新增记忆形成机制、保留分数解读、搜索最佳实践、自动化配置指南、故障排除 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 恢复巩固管线 metadata 中遗漏的 event_count 字段 三阶段管线重构后 metadata 字典遗漏了原有的 event_count 字段， 导致 test_memory_service_lifecycle 集成测试 KeyError 失败。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 7 项问题 1. search_memory 的 memory_type/date_from/date_to/offset 过滤参数现在在 vector_search 和 ilike_search 中实际生效 2. context_assembler 的 lazy import 移至文件顶部，与同文件风格一致 3. _simple_consolidate docstring 从「三阶段」更正为「四阶段」（含事实提取） 4. api.py search_memories 的 total 字段添加 TODO 标记（需独立 COUNT 查询） 5. AsyncScheduler 失败时回退 last_run_at，允许尽快重试而非等完整 interval 6. PatternFactExtractor 三段重复遍历提取为 _match_patterns 辅助方法 7. _consolidate SQL 拼接改为参数化绑定 :lookback::interval，消除注入风险 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 3 项问题 - offset 分页参数未透传到底层搜索方法，现已正确传递 - datetime.fromisoformat() 缺少校验，非法日期返回 400 而非 500 - AsyncScheduler 派发任务未被追踪，stop() 时一并取消在途任务 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 2 项问题 - 巩固管线阶段 4 事实提取调用包裹 try/except，防止导入或工厂失败中断管线 - 搜索接口 total 字段改为 -1 标记"未知"，避免分页客户端误读 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): 记忆模块 Phase 2 — LLM 事实提取 + 摘要生成 + Token 精确计数 + 检索反馈闭环 (#442) * feat(memory): 记忆模块 Phase 2 — LLM 事实提取 + 摘要生成 + 精确 Token 计数 + 检索反馈闭环 - TokenCounter: 基于 tiktoken cl100k_base 编码器精确计数，替代 LENGTH/4 粗略估算 - LLMFactExtractor: LLM 结构化输出事实提取，PatternFactExtractor 作为降级后备 - MemorySummarizer: LLM 生成结构化用户画像摘要，缓存至 memory_summaries 表（TTL 24h） - SummaryService: memory_summaries 表 CRUD（upsert 语义） - RetrievalTracker: 检索效果反馈闭环，记录检索事件 + 显式反馈 API - ContextAssembler: 优先注入摘要，tiktoken 精确 token 计数 - 新增 Alembic migration 0013/0014（memory_summaries + memory_retrieval_logs） - 新增 MemorySummary + MemoryRetrievalLog ORM 模型 - 11 条新增单元测试，62 条全部通过，零回归 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(memory): Phase 2 文档沉淀 — 两级提取策略 + 摘要巩固 + 精确计数 + 检索反馈 + 新增文献 - §4.2 扩展为两级事实提取策略说明（LLMFactExtractor + PatternFactExtractor） - §5.4.1 新增摘要巩固策略（记忆再巩固理论 + 5 项工程对标） - §6.3 更新 Token 估算为 tiktoken BPE 精确计数 - §6.5 新增检索效果反馈闭环（Rocchio + LTR + LongMemEval 评估维度） - §15 新增 6 篇参考文献（Sennrich 2016, Sara 2015, Rocchio 1971, Burges 2005, Mem0, Letta） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 LLM 事实提取 prompt 类型名不匹配 + 检索指标 SQL 聚合优化; - prompt 模板中 "pref" 改为 "preference"，与 _VALID_FACT_TYPES 验证器对齐，避免 LLM 输出被静默降级为 "custom" - get_effectiveness_metrics 改用 SQL COUNT+CASE 聚合，避免将全量日志行加载到 Python 内存 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * refactor(memory): Review 反馈修复 — 检索日志可观测性 + query 透传 + 模型配置去重; 1. 检索追踪 except 从 silent pass 改为 logger.debug，使故障可诊断 2. _record_access 新增 query 参数并从所有调用点透传，消除空 query 问题 3. 提取 _resolve_model_config 为共享工具 engine/utils/model_config.py， LLMFactExtractor 和 MemorySummarizer 统一引用，消除 DRY 违规 4. 同步更新单元测试 mock 路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复图谱双写数据流断链 — 一等公民表对齐 (#441) * fix(kg): 修复图谱双写数据流断链 — 一等公民表对齐 - create_relation() 新增写入 kg_relations 一等公民表，保留 JSONB 过渡兼容 - get_graph() 优先从 kg_entities + kg_relations 读取，空时回退 JSONB - clear_graph() 增加 kg_entities/kg_relations 表清理 - build_graph() 完成后调用 KgEntityService.batch_sync_from_graph_build() - 更新 test_graph_repository 适配新读写路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): 新增 PageRank 实体重要性评分与 RRF 混合检索 - 新增 graph_algorithms 模块，基于 NetworkX 实现 PageRank (Brin & Page, 1998) 计算， 结果持久化至 kg_entities.importance_score - 混合检索支持 Reciprocal Rank Fusion (Cormack et al., SIGIR 2009) 模式， 可通过 GraphQueryConfig.use_rrf / rrf_k 配置，向后兼容线性加权模式 - 图谱构建完成后自动触发 PageRank 计算 - 实体列表支持按重要性排序（sort_by=importance） - 统计面板展示 Top 5 PageRank 实体 - 图谱可视化节点半径映射 PageRank 分数，突出重要实体 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): 新增 Louvain 社区检测与图谱可视化增强 - 新增 compute_louvain() 算法，基于 NetworkX 内置 Louvain (Blondel et al., 2008) 在无向投影图上运行社区检测，结果持久化至 kg_entities.community_id - 图谱构建完成后自动触发 Louvain 计算（紧接 PageRank 之后） - 统计面板新增社区分布（community_count + community_distribution） - 实体列表和详情响应包含 community_id 字段 - 图谱可视化节点按社区着色（Tableau 10 色盲友好调色板） - 统计面板展示 Top 8 社区分布柱状图 - 实体表格新增社区列，显示色块标识 - 显式声明 networkx>=3.0 依赖（此前为隐式运行时导入） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 新增 Alembic migration 0015 — 添加 importance_score 和 community_id 列 CI 集成测试失败根因：ORM 模型新增了 importance_score (PageRank) 和 community_id (Louvain) 列，但缺少对应的 Alembic migration，导致测试数据库 schema 不匹配。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(kg): 修复 Review 反馈的三个问题 1. RRF 搜索 graph_score 恒为 0 — 将 importance_score 写入 entity_data 2. PageRank/Louvain 逐条 UPDATE — 改为 VALUES CTE 批量更新 3. 一等公民表路径缺 app_name 过滤 — 文档明确 corpus 级去重设计意图 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): Phase 2+ 增强 — 反馈闭环闭合 + Query-Aware 组装 + 近重复检测 + 测试覆盖 (#443) * test(memory): Phase 2 组件测试覆盖 — TokenCounter / SummaryService / RetrievalTracker / MemorySummarizer; 新增 39 个单元测试用例，覆盖 Phase 2 四个核心组件： - TokenCounter: 精确计数、空输入、幂等性、异步一致性、单调性（蜕变测试） - SummaryService: upsert/get/delete CRUD 路径 - RetrievalTracker: 检索日志、引用标记、反馈记录、效果指标计算 - MemorySummarizer: 摘要生成、TTL 缓存命中/过期、LLM 失败降级、重试 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(memory): Phase 2+ 增强 — 反馈闭环闭合 + Query-Aware 组装 + 近重复检测 + 文档沉淀; Gap 1 反馈闭环: - _record_access 修复 user_id/app_name 透传（此前始终为空字符串） - PostgresMemoryService 存储 _last_retrieval_log_id 供下游消费 - ContextAssembler 注入 mark_referenced 隐式反馈信号（RLHF[33]） - API 新增 POST /memory/retrieval/feedback 和 GET /memory/retrieval/metrics Gap 2 Query-Aware: - assemble() 新增 query/query_embedding 可选参数 - _call_get_context_window 传递 7 个参数（含 p_query, p_query_embedding） - SQL 函数 NULL safe 退化：无 query 时保持纯 retention_score 排序 - 隐式反馈标记在上下文组装成功后触发 Gap 3 近重复检测: - _is_duplicate 阈值从 0.9 降至 0.85（Henzinger[40]） - 新增 Jaccard 词重叠二次校验（0.80-0.85 区间，Broder[37]） - FactService 新增 merge_similar_facts() 语义去重方法 文档沉淀: - docs/memory.md 权威源文件索引扩充 Phase 2 组件 - §15 追加 13 篇参考文献 [31]–[43] 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(memory): 修复 merge_similar_facts 过度删除 + retrieval_log_id 并发安全问题; - merge_similar_facts: 锚点事实被删除后立即 break 内层循环，避免基于已删除 embedding 继续比对导致误删 - _record_access: 移除 _last_retrieval_log_id 实例属性，改为返回 log_id，消除共享可变状态的并发竞态 - ContextAssembler.assemble: memory_service 参数改为显式 retrieval_log_id，调用方直接传入 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(kg): Phase 3 生产就绪增强 — 增量构建 + 语义去重 + 管线健壮性 + 查询缓存 (#444) * feat(kg): Phase 3 生产就绪增强 — 增量构建 + 语义去重 + 管线健壮性 + 查询缓存 Gap 3 [P1] 构建管线健壮性 (Nygard, 2018; Majors, 2022): - Migration 0016: kg_build_runs 增加 progress_percent + warnings 列 - build_graph: 批处理循环进度上报、LLM 提取失败…
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May 19, 2026
…识管理统一入口（100 PRs / 843 文件） (#560) (#579) * feat(agent-defs): 主 Agent 入库 + 按 DB 读 instruction + 模型选择回退 (#420) * fix(agent-defs): 修复 Agent 加载路径 + 主 Agent 纳入 Interface Sync + 运行时按 DB 读 instruction; - cli.py: --reload_agents 改用 Path(__file__) 推导的绝对路径，杜绝 cwd 依赖导致的「src/negentropy/negentropy」双重段错误; - subagent_presets: 新增 NegentropyEngine root payload（adk_config.kind="root"），Sync 后 DB 出现主 Agent 行; - sync API: 循环写入 config.kind，末尾调 invalidate_cache(prefix="subagent:") 批量失效; - SubAgentResponse: 新增顶层 kind 字段（root/subagent），供前端置顶 + 徽章; - model_resolver: 抽取 _load_subagent_row 共用单行查询，新增 resolve_subagent_instruction; - _dynamic_instruction: 新增 InstructionProvider 工厂，root + 5 子 Agent 的 instruction 接入运行时 DB 读取; - 测试: 更新 test_subagent_presets 覆盖 root payload + kind 断言; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-llm): 修复无 Session 时模型选择回退 + SubAgents 列表 Root 置顶徽章; - home-body: 新增 pendingLlmRef，改写 handleSelectedLlmModelChange 与 Effect 1， 使「无 session 选模型→建 session→自动发送」全流程保持选择不丢失; - SubAgents page: 按 kind="root" 置顶排序，Sync 按钮文案从「Sync Negentropy 5」改为「Sync Negentropy」; - SubAgentCard: Root Agent 显示 violet 色 Root 徽章; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(model-resolver): SubAgent 行缺失/未启用补回 60s TTL 负命中缓存; 回归点：重构 `_resolve_subagent_row` 时把空占位写入移到了 `loaded is None` 判断之后，导致禁用 Faculty 与未 Sync 环境下每次 LLM 请求都触发一次 DB 查询。 本次在 `loaded is None` 分支补 `_cache[cache_key] = ("", {"i": ""}, now)`， 让负命中同样落入 60s TTL，避免重复 DB 压力。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-llm): pending 模型选择仅对 startNewSession 新 id 消费; 回归点：Effect 1 的 pending 转移分支会在「首次进入既有 session」时触发， 把无 session 阶段的 pending 模型写入该 session 的 perThreadLlmRef， 并让 Effect 2 跳过 snapshot 初始化，导致服务器端记忆模型被静默替换。 修复方式： - 新增 `pendingLlmTargetIdRef` 仅记录 startNewSession 返回的新 id； - 通过 `startNewSessionWithLlmTarget` 包装内联调用与 `onNewSession` 两条路径； - Effect 1 仅在 `sessionId === pendingLlmTargetIdRef.current` 时转移 pending， 其余进入既有 session 的分支主动丢弃 pending，让 snapshot 正常生效。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(knowledge): 修复 KB Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection × 后端 hybrid/rrf 降级 × 502 上游错误码 × 诊断仪器化） (#421) * fix(knowledge): 修复 Knowledge Base Retrieve 全屏空白（前端聚合 rejection + 后端 hybrid/rrf 降级 + 502 错误码 + 诊断日志）; 双层 Bug 同因联修（详见 docs/issue.md ISSUE-026）： 1. 前端 searchAcrossCorpora 旧实现以 Promise.allSettled 仅取 fulfilled，rejected 静默丢失，导致全部 Corpus 失败时返回 {count:0,items:[]} 走"成功路径"使 UI 空白且无任何提示——本次改为聚合三态（全成功/部分失败/全失败），SearchResults 类型扩展 errors[]，handleRetrieve 对部分失败 toast.warning 透出原因； 2. 后端 service.search hybrid/rrf 旧实现未捕获 EmbeddingFailed，外部 Embedding 上游故障直接 500，丧失"keyword 仍可用"的优雅降级——本次 hybrid 失败回退 keyword-only、rrf 失败走与 not embedding_fn 等价的回退路径，semantic 仍传播以保留显式失败语义； 3. api.py _map_exception_to_http 拆分 EmbeddingFailed 分支映射到 502 Bad Gateway（保留 EMBEDDING_FAILED code），与 SearchError 自身错误的 500 区分，便于前端识别"上游修复后再试"语义； 4. embedding.py 调用 litellm 前后增加结构化诊断日志：api_base_host（脱敏 path/credentials 仅留 host）+ input_count + text_preview + kwargs_keys；失败附 upstream_response_text（沿异常链 __cause__/__context__ 提取 MaskedHTTPStatusError.text，已被 litellm 脱敏 URL，限长 500 字节）； 5. 测试锁定：tests/unit_tests/knowledge/test_search_resilience.py 5 例（hybrid/rrf 降级 + semantic 传播 + EmbeddingFailed→502 + SearchError→500）+ tests/unit/knowledge/searchAcrossCorpora.test.ts 3 例（allSettled 三态）； 6. docs/issue.md 追加 ISSUE-026，含后续防范（Promise.allSettled 必须聚合 rejection / vendor 失败必须 502 / hybrid 必须有降级路径 / vendor 调用必须 host+upstream_text 双信号）与同类问题影响清单。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(knowledge): searchAcrossCorpora 聚合保留 KnowledgeError code 并修正 _map_exception_to_http docstring; Review #1（前端契约）: SearchResultError 仅透 message 会丢弃 KnowledgeError.code（如 EMBEDDING_FAILED），削弱本次 502/500 拆分对前端"上游修复 vs 自身错误"的可分流价值——本次扩展 SearchResultError 增加可选 code，rejection instanceof KnowledgeError 时回填；全失败分支由 throw new Error 改为 throw new KnowledgeError(aggregatedCode, msg, {errors})，code 一致时透传原 code、混合时退化为 AGGREGATED_SEARCH_ERRORS，既保留分流能力又携带逐条失败明细；新增 1 例同 code 透传 + 1 例混合 code 退化的单测，全部 4 例通过。 Review #2（后端文档）: api._map_exception_to_http docstring 仍只列 400/404/409/500，与新增 EmbeddingFailed→502 分支不一致；本次补 "502: 上游服务错误（vendor / Embedding 等外部依赖）" 一行，避免后续维护者按旧映射加分支。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(wiki-favicon): 修复 negentropy-wiki 站点 favicon.ico 单分辨率畸形导致浏览器回落默认地球图标; (#423) - 根因：apps/negentropy-wiki/src/app/favicon.ico 是单分辨率畸形 ICO（file 输出 256x-1，高度字节 0xFF），且源图 logo.png 为非方形 800x798，导致 Chrome/Firefox/Safari 解析失败、tab 回落默认地球图标； - 修复：用 Pillow 对 logo.png 做透明 padding 至 800x800 方形，再生成多分辨率 ICO（16/32/48/64/128/256 共六档）覆盖原文件；体积从 269KB 降至 118KB； - 验证：file 输出 6 icons; pnpm build 后 .next/standalone 内 favicon route + body + meta 完整；pnpm start 后 curl /favicon.ico 返回 200 image/x-icon，HTML 自动注入 <link rel="icon">； - 防范：docs/issue.md 追加 ISSUE-027，沉淀「ICO 必须方形 + 多分辨率」工程约束与 Pillow 流水线模板，禁止「原图直裹 ICO 头」反模式； - 不动：layout.tsx / next.config.ts / start-production.mjs，保留 App Router metadata 自动注入路径，最小干预。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(mcp-resources): 接入 Resource Templates 并贯通 PDF 图片到 Wiki Markdown (#422) * feat(mcp-client): 接入 MCP Resource Templates 与同会话动态资源拉取; 新增 McpResourceTemplate 模型与 Alembic migration 0012，扩展 McpClientService 在 连接发现阶段并发调用 list_resource_templates（旧 server 不支持时静默兜底，不 阻断 tools 发现），新增 call_tool_and_resolve_resources：在同一 ClientSession 内 完成工具调用与所有 resource_link URI 的并发拉取（Semaphore 限流 4，return_exceptions 保证单条失败不击穿主流程）。这是接入 Negentropy Perceives 动态 FileResource （perceives://pdf/<job_id>/<filename>）的协议层基石——动态实例的生命周期与工具 会话强绑定，必须在 session 关闭前完成 resources/read 才能避免事后失链。 Interface API 同步：load_mcp_server_tools 端点扩展为 capability 全量同步（tools + resource_templates，软删除已下线的 templates），LoadToolsResponse 新增 resource_templates 字段（向后兼容），新增 GET /mcp/servers/{id}/resource-templates 端点；list_mcp_servers 拆解为分段计数避免 JOIN 笛卡尔积；McpServerResponse 暴露 resource_template_count 给前端展示。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(perceives-resources): PDF 图片资源端到端贯通到 GCS 与 Wiki Markdown; 把 Perceives MCP 工具调用返回的 ResourceLink 接入既有提取流水线（Ingest 与 Re-Parse from GCS），让 PDF 图片资源在主仓 ↔ Perceives 之间通过 MCP 协议 完整贯通： - 提取层（extraction.py）：新增 _extract_resource_link_assets 把 ResourceLink 与同会话 read_resource 拉取的 base64 配对为 ExtractionAsset；_call_tool_with_plan 改用 resolve_resource_links=True 路径，确保动态 URI 不会因会话关闭失链； _build_success_result 接收 resolved_resources / resource_errors，按 "warn + 占位" 容错策略合并 assets 并标记 partial_failure 不阻断主入库；新增 _rewrite_markdown_image_links 在 Markdown 写入 GCS 之前把相对路径图片引用 重写为 /api/documents/{doc_id}/assets/{filename}，重写采用 capture group 偏移 以避免 alt 文本含同名 src 时误替换。 - Knowledge API：新增 GET /knowledge/wiki/documents/{document_id}/assets/{filename} 公开端点，filename 严格白名单 ^[A-Za-z0-9._-]+$ 与 180 字符上限；鉴权策略与 既有 wiki entry content 端点对齐——仅放通至少被一条 WikiPublicationEntry 引用的 document，避免持任意 doc_id 拖走未发布文档资产。 - 前端 MCP 卡片（negentropy-ui）：新增 Resource Templates 折叠区与 ResourceDetailPanel， 视觉与 Tools 区完全镜像；page.tsx 在 tools:load 响应中同步消费 resource_templates 段，状态合并到 ServerWithTools；动态实例（带 job_id） 按设计不入卡片。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(mcp-client): Resource Templates 同步加 capability flag,避免静默兜底误清空模板表; `_discover_on_transport` 对 `list_resource_templates` 的所有异常都会静默兜底返回空列表(兼容旧 server 与瞬态错误),但 `load_mcp_server_tools` 会把空列表当作权威结果裁剪 stale 行,导致一次网络抖动或 server bug 即抹掉全部模板;同时与 tools 同步"只增量更新、不裁剪"的语义不对称。 - `McpConnectionResult` 新增 `resource_templates_listed: bool`,仅在 `list_resource_templates` 成功返回时为 True; - `load_mcp_server_tools` 仅在该 flag 为 True(权威空列表)时才裁剪 stale 模板,未支持/错误场景保留既有 DB 行; - 单元测试覆盖 flag 在权威空列表与异常兜底两种路径下的取值。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * test(mcp-card): 单测 server fixture 补 resource_template_count 修 UI Type Checks; `McpServer` 类型新增的必填字段 `resource_template_count` 未同步到 `McpServerCard.test.tsx` 的 server 固件，导致 ui-quality / UI Type Checks 在 5 处 `<McpServerCard server={...}>` 调用上报 TS2741。 - 在 server 固件加 `resource_template_count: 0`，spread 派生用例自动获得新字段。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(knowledge): 查询时 honor Corpus 自配 embedding 模型，修复 query/index 模型不一致 (ISSUE-028) (#424) search() 原直接使用实例化时锁定的 self._embedding_fn（全局默认 gemini/text-embedding-004）， 未读 corpus.config.models.embedding_config_id；而 _attach_embeddings 索引侧已按 corpus pin 走 专属 fn。两侧不对称导致：用户在 Corpus Settings 已切到 openai/text-embedding-3-small（1536 维）， 索引按 OpenAI 生成，查询仍走 Gemini 全局默认经 localhost:3392 翻译代理报 400。 修复： - 新增 _resolve_embedding_fn(corpus_config) 助手，corpus pin 优先 → 退回 service 默认 fn； - search() 入口加载 corpus_config + embedding_fn 本地变量，rrf/hybrid/semantic 三分支替换； - ISSUE-026 keyword 兜底 + 502 映射 + 诊断日志原样保留，零回归； - 新增 5 例单元测试覆盖 corpus pin 命中/落空/兜底/rrf/semantic 上抛，577 全绿。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(agent-llm): 修复 Home Send 时 LLM 凭证未从 DB 读取导致 AuthenticationError (#425) * fix(docs): 同步文档启动命令与 cli.py 修复，消除 Home Send 500 复发路径; cli.py 的 agents_dir 已在 35204ff 从 src/negentropy 修正为 src， 但 README / docs 下 4 个文件 7 处仍写 --reload_agents src/negentropy， 用户照文档启动复现 ValueError: Agent not found 500。 统一替换为 uv run negentropy serve（SSOT）， 追加 ISSUE-029（文档漂移）与 ISSUE-030（SubAgents root Agent 防回归）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(agent-llm): 修复 Home Send 时 LLM 凭证未从 DB 读取导致 AuthenticationError; DynamicRootLiteLlm/DynamicSubagentLiteLlm 在 ContextVar 或 sub_agents.model 为空时直接返回 None，回退到构造时无 api_key 的硬编码实例，绕过了 DB 中 已配置的 vendor_configs 凭证。现在始终通过 resolve_llm_config() 从 DB 解析默认模型的完整凭证（含 api_key）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复长耗时回复双气泡 + 首条未格式化 (ISSUE-031); (#426) ADK 仅持久化 partial=false 终态事件，realtime 与 hydration 在 同一逻辑消息上派出不同的 messageId（首个 partial id vs 终态 id）。 isSemanticEquivalentEntry 的 8s 时间窗在长耗时回复下硬拒绝，导致 ledger 双 entry → events 过滤失败 → conversation tree 双节点 → UI 渲染双气泡（首条因 streaming-markdown 尾部判定走 raw text 分支）。 修复 (最小干预 + 正交分解)： - message-ledger.ts: 内容严格相等时跳过 8s 时间窗硬拒绝。 - conversation-tree.ts: assistant 已收尾节点在内容严格相等时 也允许 findMatchingTextNodeId 命中复用，作为防御性收敛。 - 三层回归测试覆盖 ">8s 跨度 + messageId 不同 + 内容严格相等"。 UI 全量 70 文件 396 测试通过；typecheck/typecheck:test/eslint 零报错。 docs/issue.md 沉淀 ISSUE-031；CHANGELOG.md 同步条目。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 Home 对话 title 凭证缺失与 OTLP logs/metrics 404 双联缺陷 (#427) * fix(home-chat): 修复 Home 对话 title 凭证缺失 + OTLP logs/metrics 404 双联缺陷; (1) SessionSummarizer 同步 __init__ 在 60s 缓存 miss 时回退到无 api_key 硬编码默认， 导致 LiteLLM AuthenticationError；改为 async classmethod create() 经 resolve_llm_config() 从 DB 读取完整凭证（与 commit 8ce35d5 修复 DynamicRootLiteLlm 同 SoT），调用方 session_service._generate_title_for_session 切换为 await SessionSummarizer.create()， 对 resolver 返回 kwargs 做防御性浅拷贝避免与 60s 缓存层耦合。 (2) ADK 上游 _get_otel_exporters() 把 OTEL_EXPORTER_OTLP_ENDPOINT 视为 OTLP 三件套 总开关，无差别注册 OTLPSpanExporter / OTLPMetricExporter / OTLPLogExporter；后两者 对 Langfuse 不存在的 /v1/metrics、/v1/logs 上报触发 SPA 404 SSR 错误页（每次对话 反复输出大段 HTML）。bootstrap.py 新增 _install_noop_otel_logs_metrics_providers() 在 OTel env var 设置后立即抢注无 processor / 无 reader 的 SDK Logger/Meter Provider， 利用 OTel SDK Once-lock 让 ADK 后续 set_*_provider 静默 no-op，从而阻断 logs/metrics 上报；TracerProvider 链路与 OTEL_EXPORTER_OTLP_HEADERS 不动，traces 仍正常进入 Langfuse。 新增 tests/unit_tests/engine/test_summarization.py（3 例）+ tests/unit_tests/observability/test_otel_noop_providers.py（3 例，子进程隔离 OTel 全局 状态）锁定回归。CHANGELOG / docs/issue.md 沉淀 ISSUE-031（title 凭证缺失）与 ISSUE-032（OTLP logs/metrics 404）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * test(otel-noop): 移除 _sdk_config hasattr 兜底，让 SDK 私有属性变更显式触发回归; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * test(session-title): 修复 DummySummarizer 缺失 async create() 导致集成测试 AttributeError; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(bootstrap-otel): 消除 ADK Web 启动期 OTel Override Provider 双 WARNING (ISSUE-034); (#428) 将 ISSUE-033 的「抢占式 set_logger_provider/set_meter_provider」改为 patch `google.adk.telemetry.setup._get_otel_exporters`，让其只返回 traces 的 span_processors，metric_readers/log_record_processors 永久置空。ADK maybe_set_otel_providers 的 if 分支由此天然短路，set_*_provider 根本不被 调用，从源头消除 OTel SDK 的 "Overriding of current ... is not allowed" WARNING；traces 链路、ADK ApiServerSpanExporter、TracingManager、LiteLLM "otel" callback 行为完全不变。配套更新 3 个子进程隔离单测验证新语义， 并在 docs/issue.md 追加 ISSUE-034 完整记录。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(e2e-auth): 浏览器验证协议落地 + Playwright 会话复用贯通 Google OAuth (#429) * docs(browser-validation): 落地浏览器验证协议并补 ISSUE-034 - AGENTS.md（即 CLAUDE.md symlink）新增"Browser Validation Protocol"子节， 约定登录态浏览器验证必须复用用户常用 Chrome 会话，禁止 sandbox 浏览器 通过 Google 同意屏，明确凭证守则与三步连通性自检； - 新建 docs/agents/browser-validation.md：含三种 MCP 浏览器工具能力对照、 Mermaid 选型决策图、storageState 工作时序、风控应对、IEEE 引用； 实测附注 chrome-devtools MCP 在 macOS 默认即可复用用户主 profile 登录态； - docs/issue.md 追加 ISSUE-034，记录 sandbox 浏览器走 Google OAuth 被拦 的表因/根因/处理方式/防范，便于跨上下文复用。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * test(e2e-auth): Playwright 会话复用以贯通 Google OAuth E2E - playwright.config.ts 在 PLAYWRIGHT_AUTH=1 时启用两个项目： * setup（headless: false，匹配 *.setup.ts），让用户在弹出窗手动登录； * chromium-authenticated（dependencies: ['setup']），使用 storageState 复用一次性人工登录的会话； 支持 PLAYWRIGHT_STORAGE_STATE 与 PLAYWRIGHT_USER_DATA_DIR 覆盖默认； 现有 chromium project 加 testIgnore 排除 .setup.ts，CI/默认行为零变； - 新增 tests/e2e/auth.setup.ts：打开 /auth/google/login，5 分钟内允许 用户在 Google 同意屏中手动完成登录，回跳后断言 /api/auth/me 2xx， 写入 storageState； - .gitignore 追加 apps/negentropy-ui/.auth/ 与 .userdata/， 防止会话凭证随分支推送外泄。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(e2e-auth): 修复 OAuth setup 早退与 authed spec 双跑; - auth.setup.ts: waitForURL 谓词追加 host 约束，避免在跳往 accounts.google.com 瞬间因 pathname 已离开 /auth/google 而误判完成，导致 /api/auth/me 在用户登录前 失败、storageState 永不写出。 - playwright.config.ts: 基础 chromium project 的 testIgnore 追加 /.*\.authed\.spec\.ts$/，防止 PLAYWRIGHT_AUTH=1 时同一份认证 spec 在 chromium-authenticated 与 chromium 中各跑一次（后者无 storageState 必失败）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡复发与 LLM 模型未 Send 即刷新丢失 (ISSUE-032/033); (#430) ISSUE-032 (双气泡复发，与 ISSUE-031 正交)： - 根因：root agent prompt 主动导航 + log_activity tool 让 ADK 走双轮 LLM 调用， 两轮各自带独立 messageId 走完整 TEXT_MESSAGE_* 三件套，UI 在同一 assistant-reply bubble 内并列渲染两段近重复文本。 - 修复：utils/chat-display.ts::dedupeRedundantTextSegments 在 buildAssistantReplyBlock 出口对同一 reply 内的 text segment 做字符二元组 Jaccard 相似度计算，相似度 ≥ 0.5 且双方长度 ≥ 30 时丢弃前段、保留信息更 完备的最终段。tool-group / reasoning / error 顺序不动。 - assistant-reply.message.content 联动重组，复制时也拿到折叠后的内容。 ISSUE-033 (LLM 模型未 Send 即刷新丢失)： - 根因：后端事实源 session.state.selected_llm_model 仅在 /run_sse 时随 state_delta 写入，未 Send 时不更新；前端 perThreadLlmRef 是 useRef 刷新即丢；snapshotForDisplay 也无值，回退到 default。 - 修复：app/home-body.tsx 顶部新增 readPersistedLlmModel / writePersistedLlmModel (typeof window 守卫 + try/catch SSR 安全)； handleSelectedLlmModelChange 即时落盘到 localStorage；Effect 1 优先 从 localStorage 还原；Effect 2 命中 snapshot 时同步回写 localStorage， 让「后端 state ↔ localStorage」互为镜像。既有 forwardedProps.selected_llm_model 在 Send 时仍写后端 state，跨设备一致性最终收敛。 测试： - 新增 2 例 chat-display.test.ts 用例：折叠近重复段 + 差异度大不被折叠 - UI 全量 70 文件 398 测试通过；typecheck/typecheck:test/eslint 零报错 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(bootstrap-otel): 消除被丢弃 PeriodicExportingMetricReader 守护线程的周期 WARNING (ISSUE-038) (#431) * fix(bootstrap-otel): 消除被丢弃 PeriodicExportingMetricReader 守护线程的周期 WARNING (ISSUE-038); ISSUE-034 的 patch 调用 original() 后再丢弃 metric_readers / log_record_processors，但上游 _get_otel_exporters 已构造 PeriodicExportingMetricReader 并启动 60s 守护线程——reader 未注册 到 MeterProvider 导致每 tick 触发 "Cannot call collect on a MetricReader ..." WARNING。改为绕过 original()，直接复用 _get_otel_span_exporter() 仅构造 traces span processor，根源 避免 OTLP metrics/logs exporter 被实例化。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * docs(bootstrap-otel): 修正 _disable_adk_otel_logs_metrics_exporters docstring 中的过期 hooks 引用; 旧 docstring 沿用重构前 `hooks = original()` 的中间变量术语，但新实现已不再调用 `original()`，函数体内也没有 `hooks` 绑定。 更新指引为「恢复 _get_otel_exporters 原函数闭包」或「直接构造完整 OTelHooks」，避免误导后续维护者寻找已不存在的对象。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡盲区与刷新后消息乱序 (ISSUE-039) (#432) * fix(home-chat): 修复 Home 双气泡盲区与刷新后消息乱序 (ISSUE-038); - chat-display: dedupeRedundantTextSegments 增加四层判定（精确匹配 / 严格前缀 / 等价内容 / Jaccard），覆盖 ADK 双轮 LLM 短回复（如 "Pong!"）的双气泡盲区。 - session-hydration: mergeEventsWithRealtimePriority 交换参数顺序，让 realtime 事件覆盖 hydrated；TEXT_MESSAGE_CONTENT 的 eventKey 时间戳改用 toFixed(3) 消除浮点抖动导致的同一事件重复保留。 - message-ledger: MessageLedgerEntry 新增可选 sourceOrder 作 createdAt 相同时的稳定 tiebreaker，替代 UUID localeCompare 的随机字典序；抽出 compareLedgerEntriesByTime 复用，类型保持向后兼容（缺省回退 Number.MAX_SAFE_INTEGER）。 - 新增 5 项单元测试覆盖：短回复精确匹配、前缀含尾部追加、Jaccard 长文本、eventKey 浮点稳定、sourceOrder 稳定排序；docs/issue.md 增补 ISSUE-038 摘要。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * test(home-chat): 补 mergeEventsWithRealtimePriority 生命周期事件覆盖回归用例; 针对 ISSUE-039 第 3 项修复（mergeEventsWithRealtimePriority 参数顺序交换） 原有 RUN_STARTED 类生命周期事件用例缺位——之前的 messageId 重叠用例在 step 3 即被过滤为 filteredHydratedEvents=[]，无法验证 step 4 mergeEvents 入参顺序对 key 冲突归并的影响。 补一条 RUN_STARTED 用例：realtime / hydrated 同 threadId/runId/timestamp （eventKey 字节级一致）→ 用对象引用断言保留的是 realtime 版本，作为参数 顺序交换的最直接证据。该用例在交换前会失败、交换后通过，形成有效回归网。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 消除 LLM 思考独白溢出 / 推理头常驻 / 刷新乱序残留 (ISSUE-040) (#433) * fix(home-chat): 消除 LLM 思考独白溢出 / 推理头常驻 / 刷新乱序残留 (ISSUE-040); - 过滤 ADK Part 中 thought=true 与 type=thinking|thought|reasoning 系列推理字段，避免 reasoning_content 溢出到 TEXT_MESSAGE_CONTENT；推理文本改路由为 ne.a2ui.thought 自定义事件保留可观测性。 - createStepFinishedEvent 同步透出 stepName，AdkMessageStreamNormalizer 持有 stepId→stepName 映射，根治 ag-ui v0.0.47 校验器 "Cannot send 'STEP_FINISHED' for step \"undefined\"" 中断 run 导致的推理头永驻 started 现象。 - conversation-tree fallback 段重建消息节点时优先复用 ledger 已有 sourceOrder，避免被推到 events 末尾破坏 compareLedgerEntriesByTime tiebreaker。 - session-hydration eventKey 全事件类型统一走 toFixed(3) 毫秒级时间戳，并为 STEP_STARTED/STEP_FINISHED 显式按 (threadId, runId, stepId) 作 key，覆盖 STEP_*/CUSTOM/STATE_*/RAW 在浮点抖动下的去重盲区。 - 新增 9 例单元回归覆盖 thought part 过滤 / STEP_FINISHED stepName / fallback sourceOrder / eventKey 浮点抖动；docs/issue.md 追加 ISSUE-040 全栈解析。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 消除 hydration sort 字典序污染 lifecycle 顺序导致的多消息刷新乱序 (ISSUE-040 Q3 长尾); - hydrateSessionDetail 引入 WeakMap<BaseEvent, emitOrder>，sort tiebreaker 用 normalizer 推入顺序代替 eventKey().localeCompare，保留 TEXT_MESSAGE_* 三件套 START→CONTENT→END 与跨 messageId 的 turn 边界。 - mergeEvents 同步改为按首次出现位置记录 insertionOrder 作 tiebreaker，避免最后一步 mergeEvents([], normalizedEvents) 再把刚排好的事件按字典序乱序。 - 新增同 timestamp 下 lifecycle 顺序断言用例；多轮真实后端 events fixture 经修复链路输出 user(R1)→assistant(R1)→user(R2)→assistant(R2) 完全符合时间线。 - docs/issue.md 在 ISSUE-040 末尾追加 Q3 长尾闭环（H5 字典序污染根因与最小干预修复）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * test(home-chat): 强化 ISSUE-040 H3 fallback sourceOrder 回归用例; - 旧用例与单 snapshot 单条消息时新旧公式恰巧同值，断言无差异，无法拦截 H3 退化； - 新用例构造「snapshot 数组顺序 vs ledger 时间序」错位场景：让 sourceOrder 在两条消息间发生互换，对回滚 H3 修复有强差异断言（已本地反向核验：回滚 conversation-tree.ts 修复后断言失败）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(wiki-header): catalog 第一层提升为顶部 Header 导航 tabs (#434) * feat(wiki-header): catalog 第一层提升为顶部 Header 导航 tabs; 将 publication catalog 的第一层 CONTAINER 节点（如 Harness-Engineering） 从左侧 Sidebar 迁移为顶部 Header tabs；第二层及以下保留于 Sidebar，整树向上提升一档。 设计参考 GitHub Docs / Stripe Docs / Docusaurus 的"顶 tabs + 左 sidebar 子树"模式。 主要变更： - lib/wiki-api.ts 追加 findFirstDocumentSlug / findActiveTopLevelSlug / resolveSectionView 纯函数，作为 Header tabs 与 Sidebar 切片的单一事实源。 - 新增 WikiHeader Server Component（仅 <Link>，SSG 友好）：渲染品牌 + 水平 tabs； CONTAINER tab 跳转 DFS 首个后代 DOCUMENT；无文档则禁用 span。 - WikiLayoutShell 增加 header? prop，渲染于 .wiki-layout 之外作为兄弟节点， 避免触动既有 3 列 Grid 与 data-toc 三态。 - /{pubSlug} 与 /{pubSlug}/{...entrySlug} 两条路由共用 resolveSectionView 派生视图： pub 根页默认激活首项；entry 页按 slug 反查所属一级。 - globals.css 引入 --wiki-header-height 并把 sidebar / toc-aside 的 sticky top 改为 var 引用，确保滚动时 Header 常驻不挡 sidebar。 - 新增 wiki-section-view.test.ts 12 用例覆盖空树 / 单 / 多 / 深路径 / DOCUMENT-only / 无后代 DOCUMENT 等边界。 回归保障：home / 不变；既有 WikiNavTree / WikiToc 测试 API 未变；47/47 单测全绿。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(wiki-header): Header 缺失时 sidebar/toc 不再残留偏移; 通过 data-header 属性标记 Header 是否存在，CSS 侧条件生效 --wiki-header-height 偏移，避免空导航树时出现 56px 空白间隙。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * refactor(config): 废弃 .env*，统一 YAML 三级配置（local > user > default） (#436) * refactor(config): 废弃 .env* 加载链路，引入 config.local.yaml 统一 YAML 三级配置; - 移除 10 个 Python 配置模块中的 env_file / _get_env_files 逻辑 - yaml_loader 新增 config.local.yaml 作为最高优先级 YAML 来源 - config.default.yaml 合并 .env 全部非机密差异值（含 OAuth 端口 6600→3292 校正） - 新增 3 例 config.local.yaml 优先级测试 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * docs(config): 同步 .env 废弃后的文档与 CHANGELOG; - development.md / sso.md / framework.md / user-guide.md / zh-CN/README.md 中 .env 引用替换为 config.local.yaml - CHANGELOG 新增 ISSUE-041 变更记录 - docs/issue.md 新增 ISSUE-041 经验沉淀 - .gitignore 新增 apps/negentropy/config.local.yaml 排除规则 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(config): 放宽 .gitignore 中 config.local.yaml 匹配规则，覆盖任意 cwd 场景; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041) (#435) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041); - 新增 isSyntheticRunId 共享识别函数（覆盖 runId 缺失 / DEFAULT_RUN_ID / runId === threadId 三类合成回退标记），三层 dedup 一致放宽： 1. message-ledger.ts::isSemanticEquivalentEntry：runId 不等时若任一侧 synthetic 则放行，threadId + role + 内容前缀 + origin 多元仍是必要约束； 2. conversation-tree.ts fallback 段 runMatches：识别合成 runId 兼容分支，避免同内容 fallback message 被强制重建为重复节点； 3. conversation-tree.ts collapseDefaultTurnDuplicates → collapseSyntheticTurnDuplicates：扩展为识别 runId === threadId 的合成 turn；时间窗判定改为 per-child timestamp vs concrete turn timeRange，多轮场景下不再误放过期 concrete turn。 - session-hydration.ts::fallbackRunId 注释 ISSUE-041 契约（保留兜底防御，等 Phase 2 后端代理层注入 runId 后再渐进移除）。 - 新增 16 例自动化回归（含 1 例反向回滚断言）： · message-ledger A1-A5 + isSyntheticRunId 单元 + 端到端 ledger merge（共 7 例）； · conversation-tree C1/C2/C3/C5 + D4 反向回滚（共 5 例）； · session-hydration D1/D1+/D2/D3 端到端（共 4 例）。 - docs/issue.md 追加 ISSUE-041 全栈解析（含 refresh 自愈非对称的根因证据、多轮二阶恶化、Phase 2-4 路线图、诊断抓手与同类问题影响），闭环 ISSUE-040 Q3 长尾自识别。 回归状态：482 测试全绿 + tsc 0 错误；浏览器实机 5 场景 × 3 次验证清单见 .context/issue-041/validation-protocol.md，待用户已登录态 Chrome 桥接就绪后执行。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * docs(rfcs): 新增 Phase 3 / Phase 4 架构 RFC 草稿（ISSUE-041 后续路线图）; - docs/rfcs/0001-conversation-architecture-refactor.md：Phase 3 架构重塑 RFC（Codex Thread→Turn→Item 数据模型 / 6 层去重金字塔精简到 3 层 / 抽象 utils/dedup/ + config/projection-thresholds.ts / 投影缓存 / 8 sub-PR 渐进迁移路线 / 兼容性回归与风险评估）。 - docs/rfcs/0002-ui-interaction-enhancements.md：Phase 4 UI 交互能力 backlog（Reasoning Panel + Sub-Agent 嵌套 / 工具进度 + 中断审批 / Conversation Branching + Timeline 增强；按用户优先级 1/2/3 分组，附实施依赖图与 Acceptance Criteria）。 均为 Draft 状态，待团队评审通过后启动多 PR 渐进迁移。本 commit 仅文档先行，不动代码。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 增强 synthetic turn 折叠相似度判定与时间窗整体吸收 (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 双层防御消除跨 runId 三气泡——泛化 turn 折叠 + 跨 block 去重 (ISSUE-041); 将 collapseSyntheticTurnDuplicates 泛化为 collapseOverlappingTurns：按 threadId 分组， 对 synthetic turn 与同组 concrete turn 时间重叠+内容覆盖的进行折叠（双 concrete turn 保留以防误折叠合法多 run）；新增 chat-display 层 dedupeAdjacentAssistantBlocks 作为安全网，对时间窗内内容高度相似的相邻 assistant-reply block 保留更完整的一个。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(test): 补充 message-ledger 测试 fixture 缺失的 id 字段 (ISSUE-041) tsconfig.vitest.json 类型检查报 TS2741：baseRealtime 对象缺少 MessageLedgerEntry 必需的 id 属性。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(chat-display): 修复跨 block 去重时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); - CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_MS=120000 误将毫秒值与秒级时间戳比较，实际窗口约 33 小时 而非预期的 2 分钟；改为 CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_SEC=120（秒） - 移除 chat-display.ts 私有的 computeCharBigrams / bigramJaccard，统一从 message.ts 导入 bigramJaccardSimilarity，避免两处实现分叉 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041) (#437) * fix(home-chat): 修复 realtime + hydration 跨 runId 双气泡复发 (ISSUE-041); - 新增 isSyntheticRunId 共享识别函数（覆盖 runId 缺失 / DEFAULT_RUN_ID / runId === threadId 三类合成回退标记），三层 dedup 一致放宽： 1. message-ledger.ts::isSemanticEquivalentEntry：runId 不等时若任一侧 synthetic 则放行，threadId + role + 内容前缀 + origin 多元仍是必要约束； 2. conversation-tree.ts fallback 段 runMatches：识别合成 runId 兼容分支，避免同内容 fallback message 被强制重建为重复节点； 3. conversation-tree.ts collapseDefaultTurnDuplicates → collapseSyntheticTurnDuplicates：扩展为识别 runId === threadId 的合成 turn；时间窗判定改为 per-child timestamp vs concrete turn timeRange，多轮场景下不再误放过期 concrete turn。 - session-hydration.ts::fallbackRunId 注释 ISSUE-041 契约（保留兜底防御，等 Phase 2 后端代理层注入 runId 后再渐进移除）。 - 新增 16 例自动化回归（含 1 例反向回滚断言）： · message-ledger A1-A5 + isSyntheticRunId 单元 + 端到端 ledger merge（共 7 例）； · conversation-tree C1/C2/C3/C5 + D4 反向回滚（共 5 例）； · session-hydration D1/D1+/D2/D3 端到端（共 4 例）。 - docs/issue.md 追加 ISSUE-041 全栈解析（含 refresh 自愈非对称的根因证据、多轮二阶恶化、Phase 2-4 路线图、诊断抓手与同类问题影响），闭环 ISSUE-040 Q3 长尾自识别。 回归状态：482 测试全绿 + tsc 0 错误；浏览器实机 5 场景 × 3 次验证清单见 .context/issue-041/validation-protocol.md，待用户已登录态 Chrome 桥接就绪后执行。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * docs(rfcs): 新增 Phase 3 / Phase 4 架构 RFC 草稿（ISSUE-041 后续路线图）; - docs/rfcs/0001-conversation-architecture-refactor.md：Phase 3 架构重塑 RFC（Codex Thread→Turn→Item 数据模型 / 6 层去重金字塔精简到 3 层 / 抽象 utils/dedup/ + config/projection-thresholds.ts / 投影缓存 / 8 sub-PR 渐进迁移路线 / 兼容性回归与风险评估）。 - docs/rfcs/0002-ui-interaction-enhancements.md：Phase 4 UI 交互能力 backlog（Reasoning Panel + Sub-Agent 嵌套 / 工具进度 + 中断审批 / Conversation Branching + Timeline 增强；按用户优先级 1/2/3 分组，附实施依赖图与 Acceptance Criteria）。 均为 Draft 状态，待团队评审通过后启动多 PR 渐进迁移。本 commit 仅文档先行，不动代码。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 增强 synthetic turn 折叠相似度判定与时间窗整体吸收 (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 双层防御消除跨 runId 三气泡——泛化 turn 折叠 + 跨 block 去重 (ISSUE-041); 将 collapseSyntheticTurnDuplicates 泛化为 collapseOverlappingTurns：按 threadId 分组， 对 synthetic turn 与同组 concrete turn 时间重叠+内容覆盖的进行折叠（双 concrete turn 保留以防误折叠合法多 run）；新增 chat-display 层 dedupeAdjacentAssistantBlocks 作为安全网，对时间窗内内容高度相似的相邻 assistant-reply block 保留更完整的一个。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(test): 补充 message-ledger 测试 fixture 缺失的 id 字段 (ISSUE-041) tsconfig.vitest.json 类型检查报 TS2741：baseRealtime 对象缺少 MessageLedgerEntry 必需的 id 属性。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(chat-display): 修复跨 block 去重时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); - CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_MS=120000 误将毫秒值与秒级时间戳比较，实际窗口约 33 小时 而非预期的 2 分钟；改为 CROSS_BLOCK_TIME_WINDOW_SEC=120（秒） - 移除 chat-display.ts 私有的 computeCharBigrams / bigramJaccard，统一从 message.ts 导入 bigramJaccardSimilarity，避免两处实现分叉 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(home-chat): 修复跨 runId 双气泡时间窗单位错误 + 消除 bigramJaccard 重复实现 (ISSUE-041); fallback 路径从无条件移除改为内容覆盖检查——跨所有同 threadId keeper 逐 child 匹配，避免含独特历史内容的 synthetic turn 被误折叠。加强 C3 断言为 toHaveLength(2) + synthetictoBeDefined。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(conversation-tree): isSyntheticTurnNode 补充 "default" runId 识别对齐 isSyntheticRunId (ISSUE-041); 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(ctl): 新增全套服务一键启停脚本 (#438) * feat(ctl): 新增全套服务一键启停脚本 scripts/ctl.sh 支持 start/stop/restart/status/logs/build 子命令，覆盖依赖安装、 数据库迁移、前端构建、健康检查的完整生命周期。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(ctl): 修复 is_running 变量泄漏与并行 wait 退出码丢失; - is_running() 中 pid_file 添加 local 声明，防止全局作用域污染 - 三处并行 wait 改为逐个检查退出码，任一子进程失败即报错中止 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(ctl): 修复健康检查不感知进程崩溃、路径逻辑重复与服务名校验缺失; - wait_for_health 在 HTTP 轮询间隔中加入 is_running 检查，进程崩溃时立即返回失败 - is_running 改用 pid_file() 函数获取路径，消除硬编码重复 - cmd_logs 入口校验服务名是否属于 ALL_SERVICES，非法名称给出明确提示 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(ctl): 使用 exec 替代 eval 确保进程 PID 精确追踪与信号直达; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(kg): 知识图谱模块生产就绪改造 — 实体管理、混合检索、路径探索、统计面板 (#439) * feat(kg): 知识图谱模块生产就绪改造 — 语料库级图谱、实体管理、混合检索、路径探索、统计面板 后端变更: - 新增 GET /graph/entities 实体分页列表（类型筛选+名称搜索） - 新增 GET /graph/entities/{id} 实体详情含出/入关系 - 新增 GET /graph/stats 图谱统计（实体数/类型分布/置信度/密度/度数） - 重写 find_neighbors: 递归 CTE 在 kg_relations 上实现多跳遍历 - 重写 find_path: 递归 CTE BFS 在 kg_relations 上查找最短路径 前端变更: - 重写 graph/page.tsx: 语料库选择器 + 构建/浏览全流程 - 新增 EntityListPanel: 表格视图+类型筛选+分页 - 新增 EntityDetailPanel: 实体详情+关系列表(出边/入边) - 新增 SearchBar: 混合检索(语义+图结构) - 新增 PathExplorer: 双实体选择+BFS路径查找 - 新增 NeighborExplorer: 1/2/3跳邻居展开 - 新增 GraphStatsPanel: 实体数/类型分布/置信度/密度/度数 - 新增 BuildHistoryList: 结构化构建历史卡片(状态徽章+统计+耗时) 文档变更: - 扩展 user-guide.md §4.5 为完整知识图谱用户指引 - 更新 knowledge-graph.md §3 新增架构模式精炼(Cognee ECL/Graphiti 双时态) - 更新 knowledge-graph.md §4 交付物清单 测试变更: - 新增 test_graph_entity_service.py: 9 项单元测试覆盖实体列表/详情/Schema 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(kg): 修复知识图谱模块 CI 失败 — 类型错误、ID 前缀、测试 mock; - 移除 NeighborExplorer 组件调用中不存在的 entityName prop（TS2322） - 为 find_neighbors 返回的 GraphNode.id 补齐 entity: 前缀 - 重写 find_path 测试，mock session.execute 而非 find_neighbors 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(kg): 修复审查发现的 7 项问题 — 安全编码、状态管理、双向路径搜索; - 路由 path params 加 encodeURIComponent 防路径遍历（3 个 route 文件） - EntityDetailPanel: 用 loadedEntityId 派生 loading 状态，切换实体时正确展示加载态并清除旧数据 - EntityListPanel: 搜索输入 300ms 防抖，用 completedKey 派生 loading 状态 - GraphStatsPanel: 用 result 组合状态区分加载中/失败/成功 - NeighborExplorer: entityId 变更时重置 expanded/neighbors - graph_repository find_path: 递归 CTE 增加反向遍历分支，与 find_neighbors 双向语义对齐 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(kg): 修复审查发现的遗留问题 — 常量提取、路径搜索、会话管理; - 前端：提取 ENTITY_TYPE_COLORS 至 constants.ts，消除三处 TYPE_COLORS 残留引用（会导致运行时崩溃） - 后端：修复 find_path 递归 CTE 中 path 追加错误（r.target_id → ps.target_id） - 后端：get_stats 改为接收外部 db 会话，消除自建会话 - 后端：get_entity_detail 增加 corpus_id 可选过滤，增强数据隔离 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(memory): 记忆模块生产就绪化 — 巩固管线重构 + 事实提取 + 上下文集成 + 文档完善 (#440) * feat(memory): 重构记忆巩固管线为三阶段智能架构并增强核心模块 - 重构 _simple_consolidate 为三阶段管线（分段→去重→存储），借鉴 Claude Code AutoDream 四阶段范式 - 新增 PatternFactExtractor 基于正则模式的对话事实自动提取（preference/profile/rule/custom） - 新增 ContextAssembler 记忆上下文组装器，管理 token 预算分配（30%记忆/50%历史/20%系统） - 新增 AsyncScheduler 应用层调度器回退，当 pg_cron 不可用时提供等效定时任务能力 - 增强 search_memory API 支持分页（limit/offset）和过滤（memory_type/date_from/date_to） - 集成 ContextAssembler 到 perception.py 记忆搜索回退路径 - 新增 34 条单元测试覆盖事实提取和调度器（全部通过） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * docs(memory): 补充工业框架对标分析与用户操作指南 - docs/memory.md §2.4 新增 Claude Code 记忆架构深度对标（AutoDream 四阶段整理、三重门控调度、四类型分类法、三层上下文压缩、漂移防御） - docs/memory.md §2.5 新增 Agent Harness 设计模式对标（三层压缩管线、Skill 按需加载、Task Graph 持久化） - docs/memory.md §2.6 新增 Negentropy 差异化定位总结表 - docs/user-guide.md §5.8-§5.12 新增记忆形成机制、保留分数解读、搜索最佳实践、自动化配置指南、故障排除 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(memory): 恢复巩固管线 metadata 中遗漏的 event_count 字段 三阶段管线重构后 metadata 字典遗漏了原有的 event_count 字段， 导致 test_memory_service_lifecycle 集成测试 KeyError 失败。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 7 项问题 1. search_memory 的 memory_type/date_from/date_to/offset 过滤参数现在在 vector_search 和 ilike_search 中实际生效 2. context_assembler 的 lazy import 移至文件顶部，与同文件风格一致 3. _simple_consolidate docstring 从「三阶段」更正为「四阶段」（含事实提取） 4. api.py search_memories 的 total 字段添加 TODO 标记（需独立 COUNT 查询） 5. AsyncScheduler 失败时回退 last_run_at，允许尽快重试而非等完整 interval 6. PatternFactExtractor 三段重复遍历提取为 _match_patterns 辅助方法 7. _consolidate SQL 拼接改为参数化绑定 :lookback::interval，消除注入风险 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 3 项问题 - offset 分页参数未透传到底层搜索方法，现已正确传递 - datetime.fromisoformat() 缺少校验，非法日期返回 400 而非 500 - AsyncScheduler 派发任务未被追踪，stop() 时一并取消在途任务 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(memory): 修复 Code Review 反馈的 2 项问题 - 巩固管线阶段 4 事实提取调用包裹 try/except，防止导入或工厂失败中断管线 - 搜索接口 total 字段改为 -1 标记"未知"，避免分页客户端误读 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(memory): 记忆模块 Phase 2 — LLM 事实提取 + 摘要生成 + Token 精确计数 + 检索反馈闭环 (#442) * feat(memory): 记忆模块 Phase 2 — LLM 事实提取 + 摘要生成 + 精确 Token 计数 + 检索反馈闭环 - TokenCounter: 基于 tiktoken cl100k_base 编码器精确计数，替代 LENGTH/4 粗略估算 - LLMFactExtractor: LLM 结构化输出事实提取，PatternFactExtractor 作为降级后备 - MemorySummarizer: LLM 生成结构化用户画像摘要，缓存至 memory_summaries 表（TTL 24h） - SummaryService: memory_summaries 表 CRUD（upsert 语义） - RetrievalTracker: 检索效果反馈闭环，记录检索事件 + 显式反馈 API - ContextAssembler: 优先注入摘要，tiktoken 精确 token 计数 - 新增 Alembic migration 0013/0014（memory_summaries + memory_retrieval_logs） - 新增 MemorySummary + MemoryRetrievalLog ORM 模型 - 11 条新增单元测试，62 条全部通过，零回归 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * docs(memory): Phase 2 文档沉淀 — 两级提取策略 + 摘要巩固 + 精确计数 + 检索反馈 + 新增文献 - §4.2 扩展为两级事实提取策略说明（LLMFactExtractor + PatternFactExtractor） - §5.4.1 新增摘要巩固策略（记忆再巩固理论 + 5 项工程对标） - §6.3 更新 Token 估算为 tiktoken BPE 精确计数 - §6.5 新增检索效果反馈闭环（Rocchio + LTR + LongMemEval 评估维度） - §15 新增 6 篇参考文献（Sennrich 2016, Sara 2015, Rocchio 1971, Burges 2005, Mem0, Letta） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(memory): 修复 LLM 事实提取 prompt 类型名不匹配 + 检索指标 SQL 聚合优化; - prompt 模板中 "pref" 改为 "preference"，与 _VALID_FACT_TYPES 验证器对齐，避免 LLM 输出被静默降级为 "custom" - get_effectiveness_metrics 改用 SQL COUNT+CASE 聚合，避免将全量日志行加载到 Python 内存 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * refactor(memory): Review 反馈修复 — 检索日志可观测性 + query 透传 + 模型配置去重; 1. 检索追踪 except 从 silent pass 改为 logger.debug，使故障可诊断 2. _record_access 新增 query 参数并从所有调用点透传，消除空 query 问题 3. 提取 _resolve_model_config 为共享工具 engine/utils/model_config.py， LLMFactExtractor 和 MemorySummarizer 统一引用，消除 DRY 违规 4. 同步更新单元测试 mock 路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(kg): 修复图谱双写数据流断链 — 一等公民表对齐 (#441) * fix(kg): 修复图谱双写数据流断链 — 一等公民表对齐 - create_relation() 新增写入 kg_relations 一等公民表，保留 JSONB 过渡兼容 - get_graph() 优先从 kg_entities + kg_relations 读取，空时回退 JSONB - clear_graph() 增加 kg_entities/kg_relations 表清理 - build_graph() 完成后调用 KgEntityService.batch_sync_from_graph_build() - 更新 test_graph_repository 适配新读写路径 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(kg): 新增 PageRank 实体重要性评分与 RRF 混合检索 - 新增 graph_algorithms 模块，基于 NetworkX 实现 PageRank (Brin & Page, 1998) 计算， 结果持久化至 kg_entities.importance_score - 混合检索支持 Reciprocal Rank Fusion (Cormack et al., SIGIR 2009) 模式， 可通过 GraphQueryConfig.use_rrf / rrf_k 配置，向后兼容线性加权模式 - 图谱构建完成后自动触发 PageRank 计算 - 实体列表支持按重要性排序（sort_by=importance） - 统计面板展示 Top 5 PageRank 实体 - 图谱可视化节点半径映射 PageRank 分数，突出重要实体 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(kg): 新增 Louvain 社区检测与图谱可视化增强 - 新增 compute_louvain() 算法，基于 NetworkX 内置 Louvain (Blondel et al., 2008) 在无向投影图上运行社区检测，结果持久化至 kg_entities.community_id - 图谱构建完成后自动触发 Louvain 计算（紧接 PageRank 之后） - 统计面板新增社区分布（community_count + community_distribution） - 实体列表和详情响应包含 community_id 字段 - 图谱可视化节点按社区着色（Tableau 10 色盲友好调色板） - 统计面板展示 Top 8 社区分布柱状图 - 实体表格新增社区列，显示色块标识 - 显式声明 networkx>=3.0 依赖（此前为隐式运行时导入） 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(kg): 新增 Alembic migration 0015 — 添加 importance_score 和 community_id 列 CI 集成测试失败根因：ORM 模型新增了 importance_score (PageRank) 和 community_id (Louvain) 列，但缺少对应的 Alembic migration，导致测试数据库 schema 不匹配。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(kg): 修复 Review 反馈的三个问题 1. RRF 搜索 graph_score 恒为 0 — 将 importance_score 写入 entity_data 2. PageRank/Louvain 逐条 UPDATE — 改为 VALUES CTE 批量更新 3. 一等公民表路径缺 app_name 过滤 — 文档明确 corpus 级去重设计意图 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(memory): Phase 2+ 增强 — 反馈闭环闭合 + Query-Aware 组装 + 近重复检测 + 测试覆盖 (#443) * test(memory): Phase 2 组件测试覆盖 — TokenCounter / SummaryService / RetrievalTracker / MemorySummarizer; 新增 39 个单元测试用例，覆盖 Phase 2 四个核心组件： - TokenCounter: 精确计数、空输入、幂等性、异步一致性、单调性（蜕变测试） - SummaryService: upsert/get/delete CRUD 路径 - RetrievalTracker: 检索日志、引用标记、反馈记录、效果指标计算 - MemorySummarizer: 摘要生成、TTL 缓存命中/过期、LLM 失败降级、重试 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(memory): Phase 2+ 增强 — 反馈闭环闭合 + Query-Aware 组装 + 近重复检测 + 文档沉淀; Gap 1 反馈闭环: - _record_access 修复 user_id/app_name 透传（此前始终为空字符串） - PostgresMemoryService 存储 _last_retrieval_log_id 供下游消费 - ContextAssembler 注入 mark_referenced 隐式反馈信号（RLHF[33]） - API 新增 POST /memory/retrieval/feedback 和 GET /memory/retrieval/metrics Gap 2 Query-Aware: - assemble() 新增 query/query_embedding 可选参数 - _call_get_context_window 传递 7 个参数（含 p_query, p_query_embedding） - SQL 函数 NULL safe 退化：无 query 时保持纯 retention_score 排序 - 隐式反馈标记在上下文组装成功后触发 Gap 3 近重复检测: - _is_duplicate 阈值从 0.9 降至 0.85（Henzinger[40]） - 新增 Jaccard 词重叠二次校验（0.80-0.85 区间，Broder[37]） - FactService 新增 merge_similar_facts() 语义去重方法 文档沉淀: - docs/memory.md 权威源文件索引扩充 Phase 2 组件 - §15 追加 13 篇参考文献 [31]–[43] 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * fix(memory): 修复 merge_similar_facts 过度删除 + retrieval_log_id 并发安全问题; - merge_similar_facts: 锚点事实被删除后立即 break 内层循环，避免基于已删除 embedding 继续比对导致误删 - _record_access: 移除 _last_retrieval_log_id 实例属性，改为返回 log_id，消除共享可变状态的并发竞态 - ContextAssembler.assemble: memory_service 参数改为显式 retrieval_log_id，调用方直接传入 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) * feat(kg): Phase 3 生产就绪增强 — 增量构建 + 语义去重 + 管线健壮性 + 查询缓存 (#444) * feat(kg): Phase 3 生产就绪增强 — 增量构建 + 语义去重 + 管线健壮性 + 查询缓存 Gap 3 [P1] 构建管线健壮性 (Nygard, 2018; Majors, 2022): - Migration 0016: kg_build_runs 增加 progress_percent + warnings 列 - build_graph: 批处理循环进度上报、LLM 提取失败… Co-authored-by: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>
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Jun 8, 2026
…is_default + 创建期固化绑定); (#895) 根因: model_resolver._resolve 的回退链「缓存→vendor_configs→硬编码」从未查询 model_configs.is_default, 直接采用硬编码 _DEFAULT_EMBEDDING_MODEL(gemini/text-embedding-004), 违反该模块自身声明的解析链契约。与 ISSUE-028 互补: 028 修好「有 corpus pin」时索引/查询对称, 本缺陷是「无 pin」时双方都回退到忽略全局默认的 resolve_embedding_config()。 Fix #1 (model_resolver.py): 抽取共享 _build_resolved_config(复用 vendor 凭证/kwargs 构建); 新增 _load_default_model_config_row(is_default=True AND enabled=True) 与 _resolve_from_default_model_config; _resolve 在缓存命中后、vendor_configs 回退前插入 is_default 分支(独立 try/except, DB 异常降级不冒泡), 对 llm/embedding 对称生效。 Fix #2 (_shared.py + routes/corpus.py): 新增 resolve_default_model_config_id 与 _pin_default_embedding_config, create_corpus 序列化前将当前全局默认的 embedding_config_id 固化进 corpus.config.models, 使语料创建即绑定具体模型, 免疫日后全局默认变更; 后续改模型走 update_corpus 既有的维度比对 + 重建保护。 订正 model_resolver.py 陈旧注释(向量列固定 1536 维, 硬编码值仅末位回退)。 新增 7 例解析器单测 + 3 例固化单测; 连同既有相关单测 140 全过; ruff lint/format 全过。 记录于 docs/.agents/issue.md ISSUE-135。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist)
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Jul 1, 2026
…ne公式） (#1032) * fix(perceives/cli): parse-pdf 图片资产补齐 auto pipeline 路径，修复候选 md 全量图片死链 CLI `_copy_image_assets` 此前仅处理传统（非 auto）路径——从 `result.enhanced_assets.output_directory` 拷图；对 auto pipeline 路径误判 no-op （注释假设其「自带正确落盘」）。实则 auto pipeline 落盘约定 `_resolve_images_dir` 在未透传 output_dir 时回退到 `<cwd>/output/<stem>/images/`，与用户 `-o` 输出路径 不一致，导致候选 md 中全部 `./images/<filename>` 引用死链（本轮文档 21 图全断）。 扩展 `_copy_image_assets` 兼容两种结构： - auto：从 `result.image_assets`（List[ImageAsset]，含绝对 image_path）逐图收集； - 传统：保留 `enhanced_assets.output_directory` 目录收集。 统一拷到 `Path(output).parent / "images"`，按 filename 去重、源/目标同文件跳过、 单图 OSError 不中断。改动局部于 CLI 边界，不影响 pipeline 行为。 验证：perceives parse-pdf --method auto 重转后 21 图引用 0 缺失，候选渲染图由 全破图恢复为正常嵌入。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> * fix(perceives/pdf): assembly figure-region 抑制改为内容实质性区分，恢复图边界标题/段落 assembly 的 ``_block_overlaps_special`` 命中后此前对非 caption 文本块一律抑制（为滤 除图周矢量标签），但 layout ``figure`` region 常过大，把紧随图表的真实内容一并吞没： 如 ``4 Corroborating Claims with the OLMo Pretraining Pipeline`` 标题 + 导言段落被 Fig 6 region 吞没致整段结构性丢失。 改为按内容实质性三段式区分： 1. ``Figure N:`` / ``Table N:`` caption 恒保留； 2. 实质文本块（标题/段落）放行至通用处理（含 byline/table-caption/metadata 守卫）； 3. 仅抑制低内容碎片——新增 ``_is_low_content_figure_label`` 双信号判定： - 信号 A：< 2 个 ≥3 字母英文词（轴刻度 ``10 3 10 2 10 1``、面板 ``(a)(b)``）； - 信号 B：≥3 个相邻纯数字 token（刻度序列 ``1 2 4 8 16 32 Feature index j``）。 要求"相邻 ≥3"避免误伤正文散落章节引用（``Sec. 3 ... Sec. 3``、``sections 3, 4``） 与型号（``4M``/``210B``/``GPT-4``）。 验证：perceives parse-pdf --method auto 重转，sec4 标题+导言（含两次 Sec.3 与 4M to 4B/210B/50K）稳定复现并与 PDF p7 源文本一致；全部章节标题（1-5、3.x、4.x、 A-F）干净无刻度噪声；21 图引用仍 0 缺失。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> * fix(perceives/markdown): formatter Jaccard 去重保护 <img> 段，修复图被误删 ``_deduplicate_approximate_paragraphs`` 按词级 Jaccard>0.6 去除跨引擎近似重复段。 HTML ``<img alt="Figure N: ...">`` 段的 alt 文本与独立文本 caption 段高度重合， 当文本 caption 段排在 <img> 之前时，<img> 段被误判为"跨引擎重复段"删除，致整张图 从 Markdown 消失（实测本文档 Fig 15/16 因此丢失，img_count 23→21，仅这两图 caption 恰为前置文本段）。 修复：去重循环中含 ``<img>`` 的段落始终保留（结构性内容不应被文本相似度删除）； 仍把其指纹加入 seen，使后续冗余文本 caption 段被正常去重（避免 caption 重复）。 与 ``_strip_running_headers`` 已有的 "<" 起首段保护（L1356）一致。 验证：perceives parse-pdf --method auto 重转，Fig 15（Complexity Residual）/ Fig 16（Complexity Retention Phases）图+完整 caption 复现；23 图引用 0 缺失、 <img> 总数 23（原 21）；Figure 15/16 caption 各仅 1 次无重复；sec4 标题+导言与 全部章节标题不受影响。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> * fix(perceives/pdf): assembly figure-label 判别增信号 C 覆盖 2 词轴标题与刻度/图例噪声 _is_low_content_figure_label 此前双信号（A：<2 个 ≥3 字母英文词；B：≥3 相邻纯数字 token）未覆盖三类图周碎片，致其泄漏为裸行/标题： - 2 词轴标题（Training Step / Train Loss / Eval Loss / Training Step Δ）——2 词、无 编号前缀、无句末标点，A/B 均不命中； - 数字刻度（10 −1）、单字图例（1 B 300 M 20 M 4 M、1 K 10 K）——原章节编号守卫 ``^(?:\d+...|[A-Z])\s+\S`` 的 ``\S`` 把 ``−1``/``B`` 误判为 section 编号后缀放行。 重构为 A+C 合并判定 + 精化守卫： - ≤2 个 ≥3 字母英文词且**无**章节编号前缀（要求编号后跟 ≥2 字母英文词，``4.2 Behavioral Evidence``/``A Related Work`` 放行，``10 −1``/``1 B 300 M`` 不放行）、**无**句末标点 → 判为碎片抑制； - 信号 B（≥3 相邻纯数字）保留。 真实短标题（4.1 Setup / 4.2 Behavioral Evidence / 5 Discussion / A Related Work / C Proofs）三信号均不命中，予以保留。 验证：21 例单元用例全通过；perceives parse-pdf --method auto 重转，轴标题裸行清零、 #### / ## 刻度图例噪声标题全清除、全部 ## 与 ###/#### 标题为真实章节；sec4 标题+导言、 Fig15/16、23 图 0 缺失均不受影响。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> * fix(perceives/cli): parse-pdf markdown 文件输出剥离 format_result 元数据 chrome parse-pdf 的 ``-o <file>`` 经 ``format_result``(_output.py) 在 ``result.content`` 外 包裹了 CLI 展示元数据：``## <source>`` 路径头 + ``**Status**: Success`` + 末尾 ``### Statistics``。这些是展示 chrome、非文档内容，混入 .md 文件污染下游消费 （保真度比对、知识库灌库等）。 修复：``parse_pdf._run`` 在 **markdown 文件输出** 时直接写 ``result.content``（纯 文档 Markdown），剥离头尾 chrome；stdout（交互展示）与 ``--format json/plain`` 仍走 ``format_result`` 行为不变，控制爆炸半径。 验证：perceives parse-pdf --method auto 重转，md 头现为文档标题（``# Why Larger Models Learn More...``）、尾为正文 F.2 段，无 ## source.pdf / **Status** / ### Statistics 残留（计数 0）；sec4 标题+导言、Fig15/16、23 图 0 缺失、全部章节标题、 轴噪声清零均不受影响。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> * fix(perceives/pdf): assembly orphan 公式策略2 扩展 inline 独立短块的 LaTeX 还原 引擎（MinerU/Docling）为本文档抽取了 270 个 inline 公式且带 LaTeX，但 orphan 匹配此前 仅经策略1（等式编号）放置 inline——绝大多数 inline 公式无编号 → 全被丢弃，md 中 inline ``$...$`` 为 0、退化为扁平 unicode（``s̃ r``、``7.8 × 10 −3``）。 扩展策略2 覆盖 inline 独立短块（整段文本即公式，≤ 40 字符），并新增 LaTeX→unicode 希腊字母/运算符字形映射（``\alpha``↔α、``\theta``↔θ、``\approx``↔≈、``\times``↔×）。 inline 短块仅需"字形匹配"；block 仍维持数学符号+名称双条件。 关键安全点：``_name_in_text`` **仅认 unicode 字形**、丢弃 ascii 名 substring 路径—— 否则 ``\in``→"in" 会误匹配 "Introduction"/"training" 等通用子串，致短文本元素 （含 "## 1 Introduction"、"#### B Experimental Details"）被整段替换为公式而丢失 （首版即犯此回归，本版用 ``glyph is not None`` 收窄类型并修正）。 验证：inline ``$...$`` 由 0 → 10（均为 greek 字形匹配的真实公式：``$\Delta \tilde{s_r}$``、 ``$U \in \mathbb{R}^{d×N}, U^\top U = I$``、``$\{\lambda_{k,j}\}$`` 等）；display ``$$`` 仍 70 无回归；## 1 Introduction / #### B Experimental Details / 全部章节标题 / 23 图 / sec4 / 轴噪声清零均不受影响。剩余 ~260 inline 公式嵌入散文段落（非独立短块），需 span 级字号分析方可还原，超出一处定点范围。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> * fix(perceives/pdf): assembly orphan inline 公式放置扩展中长独立块（高数学密度） attempt #2：上轮 inline 独立短块放置（≤40 字符）放置了 10 个，剩余嵌入 prose 的无法 整段替换。本轮扩展 is_inline_short：40 < len ≤ 60 字符的独立块，若数学字形密度 ≥ 2 （α/θ/Δ/×/≈/≤ 等 greek/运算符特征字形）也判为公式独立块予以放置——密度门槛确认 整段确为公式而非散文片段。仅作用于独立块、不触 prose 段落，零损坏风险。 验证：inline ``$...$`` 由 10 → 13（新增 ``$\lambda_{k,1} \geq \lambda_{k,2} \geq \cdots``、 ``$y_k = \Lambda_k^{1/2} B_k^\top x$``、``$D_k^* = \Lambda_k^{1/2} B_k^\top U$`` 等独立 公式定义行）；display ``$$`` 仍 70；全部章节标题/Introduction/B Experimental/23 图/ sec4/轴噪声清零均无回归。剩余 ~257 inline 公式嵌入散文段落，需 span 级字号分析（重大 特性），独立块放置已尽。 Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com> --------- Co-authored-by: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>
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Jul 2, 2026
- decision 增 improvement_efficiency（SI #4：单位成本增益，cost_units 以 Judge 调用数代理； 真实 $-成本待 LLM usage 提取后续）+ decide_safety_nonregression（SI #6：安全套件零回退硬前置）； - SkillTemplateHandler.advance_shadow 记录 improvement_efficiency 到 shadow_eval_result； advance_canary 在能力 holdout 门通过后增跑安全套件（is_safety=True）零回退门——任一安全套件 回归即阻断自动晋升（pending_approval 交人审），active_version 不翻； - 迁移 0086：eval_suites.is_safety 标志；_find_suite 收紧为非安全（is_safety=False）主能力套件， 安全套件由 _check_safety_nonregression 独立处理； - 单测 +9（longitudinal/safety/efficiency 纯函数）+ 安全门集成测试 1（能力过、安全回归→阻断）。 至此综述 §8 SI 六目标全部落地：#1 backward retention / #2 held-out gain / #3 longitudinal stability / #4 improvement efficiency / #5 path attribution / #6 safety non-regression。 合并分支共 103 测试全绿；alembic head=0086；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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Jul 3, 2026
针对评审 fix #2 / #4 此前零覆盖路径补 2 项回归测试（test_agent_loop_executor.py）： - test_v3_tool_budget_break_no_orphan：mock acompletion 返 2 个 tool_calls + max_tool_calls=1， 断言 acompletion 仅调 1 次（撞预算退出外层 turn 循环，不产生残缺 tool_calls 历史）。 - test_v4_save_to_memory_is_ephemeral：直接驱动 _dispatch_tool，断言写 EvalToolContext.state、 返回 saved_ephemeral（不落生产 Memory 表）。 两测试在 buggy 代码上失败、fixed 代码上通过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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Jul 3, 2026
…ary / 第三面 memory_pipeline_prompt） (#1038) * feat(eval): 离线评测基座——eval 四表+held-out 双相门+反事实归因; - 新增 eval 四表 ORM + 迁移 0083（EvalSuite/EvalCase/EvalRun/EvalResult， is_frozen holdout 分区 + 反事实 attribution JSONB +全过程审计 judge_raw）； - evaluator 增 judge_once 非锚定复用方法（routine 路径逐字节不变，供 SuiteRunner 复用）； - decision 增 skill 双相门 decide_skill_shadow/canary + compute_run_regression （综述 §8 held-out gain + backward retention / §9.4 防 Goodhart 双轨）； - 新增 engine/eval 包：SuiteRunner + SkillExecutor（judge-the-prompt 模式）+ CounterfactualAttributor（Skill Influence Pattern）+ visible_results_query （结构性排除 partition=holdout，防 Goodhart 不回流）+ seed（create_suite/harvest）； - 单测 19 + 集成测试 4 全绿；既有 evolution 60 测试无回归。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * refactor(evolution): TargetHandler 抽象——按 target_kind 分派进化面（retrieval 零行为差）; - 新增 handlers/ 子包：TargetHandler ABC（advance_shadow/advance_canary/rollback/maybe_spawn） + RetrievalConfigHandler（原 orchestrator 的 retrieval 硬编码逻辑原样迁入）+ _shared 共享辅助； - orchestrator 退化为薄分派层（reap + 按 target_kind 分派 advance + 遍历 spawn），re-export 共享辅助保持单测兼容；第二面（skill_template）接入只需注册一个新 handler； - 新增 golden 集成测试 test_evolution_orchestrator_state_machine（首次经 inspect_once 覆盖 shadow→canary→promote/rollback 全路径，作 byte-equivalence 回归网）； - 顺带修 _td 潜在 bug（_td(days=1) 旧实现只收 seconds，致 spawn 路径 TypeError）； - 既有 evolution 60 单测 + 4 集成 + 3 golden 全绿，retrieval 进化路径逐字节等价。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): Skill 进化消费者——SkillTemplateHandler 闭环（GEPA proposer + active_version 发布）; 综述 §3.5（Skill Evolution）+ §7（meta-layer）第二进化面落地，闭 PR1+PR2 的环： - 新增 handlers/skill.py：SkillProposer（GEPA 式有界变异 prompt_template，复用 _ProposerBase， 失败 case 反思驱动，长度/ noop 硬约束）+ SkillTemplateHandler（shadow 在可见集跑 SuiteRunner + decide_skill_shadow 增益门 + 反事实归因；canary 在冻结 holdout 跑 + decide_skill_canary 零回归门； promote 翻 skills.active_version，rollback 保持基线）； - 迁移 0084：skills.active_version 指针（区分「最新」与「已晋升」）；Skills 无 sync 覆写，免 ADR-3； - skills_injector：未显式锁版本（spec=="*"）且 active_version 已晋升 → 解析 promoted 快照（~3 行）； - skill_template 入 ALLOWED_TARGET_KINDS；orchestrator 注册 SkillTemplateHandler；decision 增 is_noop_template；config 增 skill_enabled 子开关（默认关）； - canary 用离线 eval-suite holdout 门（综述 §8 强调离线 held-out 优于噪声在线 canary），runtime 按 thread 分桶注入候选版本留作后续； - 集成测试 2（promote 路径翻 active_version + 创建候选 SkillVersion；rollback 路径不翻）。 合并分支共 92 测试全绿；ruff lint/format 全过；alembic head=0084。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(evolution): Skill 进化闭环 × SI 度量调研沉淀 + 设计文档 ADR-5/进度更新; - 新增 docs/research/141-skills-evolution-and-si-measurement.md：综述 §3（Skills 三阶段 Evolution 缺口）/ §7（Meta-Evolving 三体制）/ §8（SI 六目标 + SIP-Bench + 反事实归因）/ §9.4 （防 Goodhart）/ §10.3（信用分配）映射到本切片实现（eval 四表 + held-out 双相门 + TargetHandler + SkillTemplateHandler），含数据流 Mermaid + 开放问题对应 + 后续方向 + IEEE 引用； - 更新设计文档 self-evolving-agents.md：第三迭代注记（P3 target_kind 分派 + P4 frozen holdout 已落地） + ADR-5（TargetHandler 抽象决策）； - 更新 knowledge-map.md 索引 141 号调研。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): 纵向 SIP-Bench T0/T1/T2 复评——已晋升对象 drift 回退（综述 §8 #3 + §10.5 + §9.3）; 已晋升对象不会自动再验证——流量漂移/依赖变更/模型升级都可能让一次通过晋升门的对象静默退化 （综述 §10.5「experience→capability 无 scaling-law」、§9.3「安全评估须与改进环并行常驻」）。 - decision 增 decide_longitudinal_drift（复评 holdout 均值 < 晋升均值 − drift_max → rollback）+ SKILL_LONGITUDINAL_DRIFT_MAX；config 增 longitudinal_recheck_interval_seconds / drift_max； - TargetHandler 增 recheck_longitudinal 默认 no-op（无 eval 基座的面跳过）；SkillTemplateHandler 实现：复跑 holdout 集 vs canary_metrics.candidate_mean，drift 则回退 skills.active_version 到 base_version + 发 longitudinal_revert 事件； - orchestrator 增 recheck_promoted（due-check + 分派 handler.recheck_longitudinal）；新增 longitudinal_recheck scheduler handler（cron 每日）+ 迁移 0085 seed（默认 enabled=False）； - 集成测试 2（drift→回退 active_version + 落 scheduled recheck run；stable→hold 不变）。 合并分支共 94 测试全绿；alembic head=0085；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): SI #4 效率 + #6 安全非回归——完成自我改进评测六目标（综述 §8）; - decision 增 improvement_efficiency（SI #4：单位成本增益，cost_units 以 Judge 调用数代理； 真实 $-成本待 LLM usage 提取后续）+ decide_safety_nonregression（SI #6：安全套件零回退硬前置）； - SkillTemplateHandler.advance_shadow 记录 improvement_efficiency 到 shadow_eval_result； advance_canary 在能力 holdout 门通过后增跑安全套件（is_safety=True）零回退门——任一安全套件 回归即阻断自动晋升（pending_approval 交人审），active_version 不翻； - 迁移 0086：eval_suites.is_safety 标志；_find_suite 收紧为非安全（is_safety=False）主能力套件， 安全套件由 _check_safety_nonregression 独立处理； - 单测 +9（longitudinal/safety/efficiency 纯函数）+ 安全门集成测试 1（能力过、安全回归→阻断）。 至此综述 §8 SI 六目标全部落地：#1 backward retention / #2 held-out gain / #3 longitudinal stability / #4 improvement efficiency / #5 path attribution / #6 safety non-regression。 合并分支共 103 测试全绿；alembic head=0086；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(evolution): doc 141 更新——SI 六目标完成度 + 能力扩展项延期理由/recipe; - §4 增「SI 六目标完成度」表（#1-#6 全落地）+ §10 开放问题状态刷新（10.5 纵向 ✅）； - §5 重构：Round 1+2 已完成评测层；剩余为能力扩展（runtime canary / agent-loop / 第三进化面 / 真实 $-cost / 持续红队），各附前置条件 + 成本 + 边际价值评估 + 接入 recipe，按 YAGNI 留 dedicated round。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): SkillExecutor agent-loop 模式——AgentLoopExecutor + execution_mode 路由（综述 §3）; - 新增 AgentLoopExecutor：skill prompt 作 system instruction + case task 作 user，单轮 LLM 生成， Judge 评**生成产出**而非评 prompt 文本（v1 单轮 skill-conditioned generation，已比 judge-the-prompt 进一步；完整多轮+工具+沙箱是下一步）； - SuiteRunner 增 execution_mode 路由：scoring_config.execution_mode="agent_loop" → agent_executor， 否则默认 SkillExecutor（judge-the-prompt）；agent_executor 可注入（扩展点保持）； - 集成测试 2（agent_loop→走 agent_executor 高分；默认→走 SkillExecutor 低分，由产出标记证明路由）。 零改 handler / 零迁移；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): runtime canary 分桶注入——受控灰度发布窗口（综述 §9.3，R3-b）; 离线 eval 门验证正确性后，插入在线分桶灰度窗口再全量晋升——捕捉部署期问题（真实分布漂移、 集成缺陷），与离线 held-out 门互补（综述 §8 离线验证 + §9.3 受控发布）。 - 新增 STATUS_RUNTIME_CANARY；迁移 0087 重建 uq_evolution_proposals_one_inflight 部分唯一索引 （WHERE 纳入 runtime_canary，保单在途不变量）；config 增 runtime_canary_enabled（默认关）+ runtime_canary_window_seconds； - SkillTemplateHandler.advance_canary：离线门 + 安全门通过后，runtime_canary_enabled → 进 runtime_canary 灰度窗口而非立即晋升；advance_runtime_canary 窗口到期 → 全量翻 active_version （ABC 默认 no-op，retrieval 不用）；orchestrator _advance/reap 纳入新状态； - 分桶路由：queries.fetch_active_skill_canary（TTL 缓存）+ resolve_skills 增 bucket_key 参数 + _maybe_runtime_canary_override（命中桶→解析候选 version）+ expand_skill 从 session.id 透传 bucket_key；显式 name@semver 锁定不被灰度覆盖； - 集成测试 3（状态机 canary→runtime_canary→promoted；disabled 向后兼容即晋升；分桶路由命中候选/active）； - 顺带补 3 个 skill handler 测试 fixture 的新 settings 字段。 v1 在线信号为窗口到期；error-rate 门待 tool_invocations.canary_assignment 标记接入（doc 141 已记）。 evolution/eval 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): 第三进化面 memory_pipeline_prompt——TargetHandler 第三子类（综述 §7，R3-c）; 把综述 §3.5 Evolution 范式从 skill 推广到记忆管线 prompt（extractor/reflection/summarizer）， 证明 TargetHandler 抽象 + eval 基座 target-agnostic：第三面接入零改 orchestrator，仅一个 handler 子类。 - 新增 MemoryPipelinePromptHandler（advance_shadow/canary 复用 SuiteRunner + decide_skill_* 双相门； promote 翻 memory_config_versions is_active 指针）+ PipelinePromptProposer（GEPA 有界变异 prompt） + PromptExecutor（跑候选 prompt 在 sample_text 上，Judge 评产出）； - target_kind=memory_pipeline_prompt 入 ALLOWED_TARGET_KINDS + eval_suite 白名单；orchestrator 注册 第三 handler；config 增 memory_pipeline_enabled（默认关）；版本基座复用 memory_config_versions（无新表）； - 运行时消费（consolidator 读 active prompt）是后续接线——promote 已翻指针； - 集成测试 1（propose→shadow→canary→promote 翻 memory_config_versions active 到候选 v0.2.0）。 TargetHandler 三面齐备（retrieval / skill / memory_pipeline_prompt）。eval+evolution 108 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(evolution): doc 141 §5 更新——Round 3 三项能力扩展已落地（runtime canary / agent-loop / 第三面）; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): memory_pipeline 运行时消费接线——consolidator 读 active 进化 prompt（R4-a）; 闭环第三面：进化产物（pipeline prompt）不再止步于"翻指针"，consolidator 实际消费。 - weights.resolve_active_pipeline_prompt(scope, fallback)：读 memory_config_versions active snapshot.prompt + 30s 缓存 + 代码常量兜底（冷启/无 active/表不存在）；invalidate 同步清 prompt 缓存； - llm_fact_extractor._extract_batch 接线：base_prompt 经 resolve_active_pipeline_prompt 解析 （FACT_EXTRACTOR_SCOPE="fact_extractor"），active 进化 prompt 优先、回退 _EXTRACTION_PROMPT 代码常量； - memory_pipeline handler _promote 调 weights.invalidate(scope) 强一致刷新（consolidator 立即读到新 prompt）； - 集成测试 2（promote 后 resolve_active_pipeline_prompt 读到 "improved-prompt"；无 active→回退 fallback）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): runtime canary 窗口末复评门——发布前自验证（综述 §9.3，R4-c）; advance_runtime_canary 窗口到期不再直接全量晋升，先复跑 holdout + decide_longitudinal_drift 对比晋升时均值（canary_metrics.candidate_mean）：drift → rollback（灰度期已暴露退化）， 否则翻 active_version 全量发布。复用纵向复评基座，使受控灰度发布 self-validating。 集成测试 1（窗口末复评 drift 60 vs 晋升 72 → rollback，不翻 active_version）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): SI #4 真实 $-cost 执行侧提取——litellm.completion_cost（R4-b，scoped）; - CaseOutput 增 cost_usd；_conditioned_generate 经 litellm.completion_cost 提取 → AgentLoopExecutor / PromptExecutor 写入 CaseOutput.cost_usd（模型不在定价表 → None，不阻塞）； - SuiteRunner 累积 per-case cost_usd → eval_runs.cost_total；SkillTemplateHandler.shadow_eval_result 记 candidate_cost_usd（SI #4 真实 $-cost 观测）； - 集成测试 1（executor 返回 cost_usd=0.05/case → run.cost_total == 6×0.05）； - doc 141 §5 更新：R4-a/b/c 落地；judge 侧 $-cost（_judge 重构，触 routine 热路径）+ 其余第三面 + 红队列为后续。 improvement_efficiency 仍以 n_cases 代理（保持跨 run 单位一致）；$-cost 作单独可观测量。 eval+evolution 108 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): judge 侧 $-cost _judge 重构——完整 SI #4 真实成本（R5）; _judge 返回 8 元组（+cost_usd/token_total），EvaluationResult 增 cost_usd/token_total， evaluate + judge_once 透传 → SuiteRunner 累积 executor + judge 全成本进 eval_runs.cost_total。 litellm.completion_cost 提取；模型不在定价表/Faculty 路径 → (None,None) 静默降级不阻塞。 - evaluator._judge 重构（8 元组）；_extract_cost helper；EvaluationResult.cost_usd/token_total； - evaluate()（routine 热路径）/ judge_once() unpack 8 + 设 cost（routine 路径除新增字段外逐字节不变）； - SuiteRunner 累积 = executor cost + judge cost（res.cost_usd）→ run.cost_total 全成本； - 更新 3 个 _judge 测试桩（gate/anchor/judge_once）为 8 元组；新增 judge_once cost 透传单测。 至此 SI #4 efficiency 真实 $-cost 端到端（执行侧 R4-b + 判定侧 R5）。eval+evolution+evaluator 共 138 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(evolution): doc 141 §5 更新——R5 judge 侧 $-cost 完整化，SI #4 端到端; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): builtin_tool_config 第四进化面——TargetHandler 第四子类（综述 §7，R6-a）; 把综述 §3.5 Evolution 范式推广到内置工具参数级配置（top_k / timeout / prompt 片段等），证明 TargetHandler 抽象扩到第四面——接入零改 orchestrator，仅一个 handler 子类。 - 迁移 0088：builtin_tools.active_version 指针 + builtin_tool_versions 快照表（镜像 skill_versions）； - BuiltinToolConfigHandler（advance_shadow/canary 复用 SuiteRunner + decide_skill_* 双相门；promote 翻 builtin_tools.active_version，候选 BuiltinToolVersion 缺失则从 payload 建）；maybe_spawn gated by builtin_tool_enabled（proposer 留后续：参数搜索/OPRO；本切片验证闭环）； - BuiltinToolExecutor（judge-the-config v1：载候选 snapshot.config 交 Judge 评合理性；真实工具执行留后续）； - target_kind=builtin_tool_config 入 ALLOWED_TARGET_KINDS + eval_suite 白名单（builtin_tool）； orchestrator 注册第四 handler；config 增 builtin_tool_enabled（默认关）； - 集成测试 1（propose→shadow→canary→promote 翻 builtin_tools.active_version 到候选 0.2.0）。 TargetHandler 四面齐备（retrieval / skill / memory_pipeline_prompt / builtin_tool_config）。 eval+evolution 110 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): runtime canary 在线 error-rate 门——受控发布在线信号（综述 §9.3，R6-b）; advance_runtime_canary 全量发布前增「在线 error-rate 门」：聚合 runtime_canary 窗口内 expand_skill 真实生产调用（按 canary_assignment 分候选桶 vs 基线桶），候选 error-rate 较基线退化 → rollback （捕捉离线 eval 套件漏掉的真实分布问题）。与 R4-c 离线复评门双保险。 - tool_telemetry callback 对 expand_skill 调用打 skill_ref + canary_assignment（同步缓存读 queries.get_cached_skill_canary + bucket_index，不触 DB，热路径安全）； - queries.get_cached_skill_canary（同步读 _skill_canary_cache，供热路径）； - decision.decide_runtime_canary_online（候选桶样本不足→hold 交离线门；error-rate 退化→rollback）； - SkillTemplateHandler.advance_runtime_canary 在离线复评门前先跑在线门；_runtime_canary_online_gate 聚合 tool_invocations（expand_skill AND skill_ref AND created_at>=started_at）； - 单测 3（在线门 hold/rollback/promote）+ 集成测试 1（候选桶 error-rate 退化 → rollback 不全量发布）。 eval+evolution 114 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(evolution): doc 141 §5 更新——R6 第四面 + 在线 error-rate 门落地; TargetHandler 四面齐备; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): knowledge_strategy 第五进化面——TargetHandler 第五子类（综述 §7，R7-a）; TargetHandler 五面齐备（retrieval / skill / memory_pipeline_prompt / builtin_tool_config / knowledge_strategy）。eval+evolution 115 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): agent-loop v2 多轮推理 + 预算框架（综述 §3，R7-b）; AgentLoopExecutorV2（execution_mode="agent_loop_v2"）：多轮 skill-conditioned 推理循环——每轮 LLM 看前轮产出 + critique-and-refine 指令，逐步改进；max_turns 预算控制（默认 3）；[FINAL] 收敛检测； 累积 cost_usd。比 v1 单轮更贴近综述 §3「skill 指导真实多步任务行为」语义。 - SuiteRunner 增 agent_v2_executor + execution_mode="agent_loop_v2" 路由； - v2 仍为纯推理（无工具调用）；完整 agent-loop（多轮 + 工具 + MicroSandbox）是 further step—— tool_executor 注入点已预留（execute 接 case_input.get("tools")）； - 集成测试 1（agent_loop_v2→路由到 v2 executor，cost_usd 记录证明）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * docs(evolution): doc 141 §5 更新——R7 第五面 + agent-loop v2; TargetHandler 五面齐备; 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(evolution): pre_propose_check cost_today_usd D7 绕过——聚合 eval_runs.cost_total（R8-c）; D7（tool_invocations.cost_usd 恒 NULL）是架构正确的——函数调用无 LLM usage。 进化子系统的主导成本是 eval suite 运行，其 $-cost 已由 R4-b+R5 写入 eval_runs.cost_total。 - queries.fetch_today_eval_cost：SUM eval_runs.cost_total WHERE today AND completed； - retrieval.py maybe_spawn 替换 cost_today_usd=0.0 stub → max_cost_usd_daily 现生效。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): 安全红队 seed + 持续安全复评（综述 §9.3 + SI #6，R8-d）; - safety_seed.py：综述 §9.2 Table 6 五类威胁代表性 seed case → create_safety_suite(is_safety=True)； - recheck_longitudinal 增持续安全复评：drift 未退化时复跑 is_safety suite → 安全退化回退 active_version； SI #6 从静态安全门升级为持续动态安全复评（综述 §9.3）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(evolution): agent_prompt 第六面 + ADR-3 Sync——TargetHandler 六面齐备（综述 §7，R8-b） - 迁移 0089 agents.active_version + agent_versions；_load_subagent_row ADR-3 拦截； AgentPromptHandler + AgentExecutor + register + config。 sync 无需改（不设 active_version）。97 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): agent-loop v3 多轮+execute_code MicroSandbox（综述 §3，R8-a）; AgentLoopExecutorV3（execution_mode="agent_loop_v3"）：多轮 litellm tool calling loop + execute_code via MicroSandbox（microVM 隔离）→ 结果回灌 → 继续推理。最贴近综述 §3 「skill 指导真实多步任务行为」语义。agent-loop 三级齐备（v1 单轮 / v2 多轮推理 / v3 多轮+代码执行）。 - litellm tools=[execute_code] + tool_choice="auto"；response.tool_calls → MicroSandbox execute_safe → stdout/stderr 回灌 → 下一轮； - 预算：max_turns（默认 3）+ max_tool_calls（默认 5）+ max_cost_usd_per_case（可选 cap）； - 成本：per-turn litellm.completion_cost 累积； - 完整 ADK 工具集（search/save 等，需 mock ToolContext）= further step。 4 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): agent-loop v4 完整 ADK 工具集——EvalToolContext mock + 多工具 dispatch（R9-a） agent-loop 四级齐备（v0→v1→v2→v3→v4）。4 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * feat(eval): AutoRedTeamer 自动攻击生成——LLM 驱动红队 case 发现（综述 §9.3，R9-b）; AttackGenerator：基于 skill 防御 prompt + 综述 §9 五类威胁分类法 + 近期成功攻击记忆，LLM 生成新的对抗输入 → generate_and_add_attacks 加入 is_safety suite（source=synthetic）→ 下次 longitudinal_recheck 自动发现新漏洞。与静态 safety_seed（R8-d）互补。 - 综述 §9.3 末段「红队自身 agent 化」（AutoRedTeamer 20% higher ASR / 46% less cost）； - GeneratedAttack dataclass + _parse 容错 + generate_and_add_attacks 入 suite_id； - fail-soft：LLM 失败/解析失败 → 空列表，不阻塞安全复评。 35 测试全绿；ruff 全过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(eval): V3/V4 tool 预算残缺 + V4 save_to_memory 隔离 + 演化 prompt 花括号安全; 评审缺陷修复（eval 子系统 3 项）： - runner.py AgentLoopExecutorV3/V4：撞 max_tool_calls 时设 cap_reached 并退出外层 turn 循环， 避免 assistant 消息携带全部 tool_calls 但只补部分 tool 响应、下一轮 acompletion 必 400 被吞。 - runner.py AgentLoopExecutorV4 _dispatch_tool：save_to_memory 改写 EvalToolContext.state ephemeral， 不再调用真实 save_to_memory 落生产 Memory 表（守住 ephemeral 文档承诺，堵红队 attack_generator 对抗 case 污染生产记忆）。 - llm_fact_extractor.py：.format(turns=…) → .replace("{turns}", …)，演化 prompt（DB memory_config_versions） 含字面 {} 不再 KeyError 致整批静默降级 PatternFactExtractor。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * fix(evolution): 评审缺陷修复——spawn 崩溃/失败信号/缓存失效/回退一致性 6 项; 评审缺陷修复（evolution handlers 6 项）： - memory_pipeline.py _spawn_bg：读 draft.prompt 致 AttributeError（SkillProposalDraft 字段实为 prompt_template, slots=True）→ 改读 draft.prompt_template；memory_pipeline 面 spawn 不再必崩。 - skill.py _fetch_failing_cases：join EvalCase.input 取 task 文本（EvalResult 无 task 字段）， proposer 反思拿到具体失败场景而非仅 score。 - skill.py _promote/_rollback：调 invalidate_canary_cache(proposal.target_ref)，回滚后 queries._skill_canary_cache 15s TTL 内不再把 expand_skill 流量分到已拒 proposed_version。 - skill.py _spawn_bg：抽 _spawn_one + per-iteration try/except + db.rollback()，单 skill 异常 （proposer 失败 / uq_skill_version 冲突）不中断同 tick 其余 skill。 - skill.py recheck_longitudinal：纵向 drift 回退与安全回退设 proposal.status=STATUS_ROLLED_BACK， proposal 行与 live active_version 不再自相矛盾，recheck_promoted 不再持续复评已下线版本。 - agent_prompt.py _promote：翻 agents.active_version 后调 invalidate_cache(prefix="subagent:")， evolved system_prompt 立即生效（对齐 MemoryPipelinePromptHandler 姊妹 handler invalidate 语义）。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(eval): 补 V3 tool 预算残缺 + V4 save_to_memory ephemeral 回归测试; 针对评审 fix #2 / #4 此前零覆盖路径补 2 项回归测试（test_agent_loop_executor.py）： - test_v3_tool_budget_break_no_orphan：mock acompletion 返 2 个 tool_calls + max_tool_calls=1， 断言 acompletion 仅调 1 次（撞预算退出外层 turn 循环，不产生残缺 tool_calls 历史）。 - test_v4_save_to_memory_is_ephemeral：直接驱动 _dispatch_tool，断言写 EvalToolContext.state、 返回 saved_ephemeral（不落生产 Memory 表）。 两测试在 buggy 代码上失败、fixed 代码上通过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com> * test(evolution): 补 spawn 崩溃/失败信号/batch 隔离回归测试; 针对评审 fix #1 / #3 / #8 此前零覆盖路径补 3 项回归测试： - test_spawn_bg_uses_proposer_draft_prompt_template_field（memory_pipeline）：注入返 SkillProposalDraft 的 fake proposer，断言 _spawn_bg 落 EvolutionProposal.payload['prompt'] = prompt_template（buggy 读 draft.prompt 致 AttributeError，0 提案）。 - test_fetch_failing_cases_includes_task（eval_skill_gate）：seed case.input.task，断言返回的 失败 case dict 含 task 文本（buggy 仅 score/verdict，proposer 反思无失败场景）。 - test_spawn_one_failure_isolates_batch（skill_evolution）：mock _find_spawning_candidates + _spawn_one，单 skill 抛异常，断言三 skill 均被尝试（buggy 整批单 try/except 首异常即中断）。 三测试在 buggy 代码上失败、fixed 代码上通过。 🤖 Generated with [Claude Code](https://github.com/claude), [CodeX](https://openai.com), [Gemini](https://github.com/apps/gemini-code-assist) Co-Authored-By: Aurelius Huang<threefish.ai@gmail.com>
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