Bio-Audit v0.2.0 — 五阶段重构完成

Bio-Audit v0.2.0 — Scientific Decision CI for Bioinformatics AI Agents

五阶段重构完成：从四套分裂演示 demo → 单仓库可迭代产品。三价值层（lint / benchmark / reward）全部落地。

状态更新（2026-08-16，窗口 G-2 / H）：真实 Agent 评测链路已打通并重评——有效分数 30.0 needs_correction（L0=0 / L1×7 / L3×1 / L-1×12），总成本 ¥2.55；文档站上线（导航/双语/目录组织见 站点规范）。详细更新见 CHANGELOG。

核心能力

• 审计引擎：文献锚定规则引擎（43 规则文件 / 38 唯一），决策类型本体化（34 类型 + context schema），D5 bug 修复，分数单一事实源
• 采集（lint）：M1 主动上报 + M3 产物解析交叉验证（虚报/漏报检测），verdict 状态位（provisional/final/revoked），MCP server
• 评测（benchmark）：60 条任务集（3 范式 × 难度梯度），双标注 IRR（κ=0.8336），预注册协议（gap 区间/防泄漏/功效分析）
• 训练信号（reward）：映射宪法（非线性 0/0.30/0.60/0.85/1.00，-1 mask，L0 硬惩罚 γ=0.30），三配方消融，spike-in 强锚点

工程质量

• pytest 234/234 · CI 双版本矩阵（3.10/3.12）全绿 · golden 回归 0 差异
• 规则治理三闸 / benchmark 四闸 / reward 五闸门禁
• 三元组快照（engine + ruleset + ontology）——任何分数可复现

使用

pip install -e .[dev,ui]
bio-audit run <轨迹.json>      # 审计
bio-audit golden               # golden 回归
bio-audit benchmark-run        # 评测运行
bio-audit reward <轨迹.json>   # reward 信号
python -m mcp.server           # MCP server（Agent 接入）

文档（文档站：https://tubo2333.github.io/bio-audit/）

• 快速开始：中文 · English
• 真实评测：G-2 补充报告（重评 30.0） · G 主报告（旧版留档）
• API 契约：https://tubo2333.github.io/bio-audit/docs/api-contract.html · MCP 契约：https://tubo2333.github.io/bio-audit/docs/mcp-contract.html
• 窗口报告索引：https://tubo2333.github.io/bio-audit/docs/migration/
• Release notes（CHANGELOG）：https://tubo2333.github.io/bio-audit/CHANGELOG.html
• 里程碑总结 / 审计基线 / 设计定稿 / 执行方案：仓库外审计内存 docs/specs/（不进 Pages）