Echinochloa_genome

Welcome to the Echinochloa_genome wiki!

Global Echinochloa Genomes Project

scripts used in Global Echinochloa Genomes Project

• genome assembly
  • scaffolding of tetraploid E. oryzicola using DipHiC
  • scaffolding of hexaploid E. colona using DipHiC
  • scaffolding of hexaploid E. crus-galli using DipHiC
• population structure
  • variation calling
  • tree, pca and structure
• selection scan
• gene flow

For any questions or more details, please contact at wudongya@zju.edu.cn.

Cite: Wu, D., Shen, E., Jiang, B. et al. Genomic insights into the evolution of Echinochloa species as weed and orphan crop. Nat Commun 13, 689 (2022). https://doi.org/10.1038/s41467-022-28359-9

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28359-9/figures/1

Рис. 1: Сборки эталонных геномов и видообразование рода Echinochloa .

Источник: Геномный взгляд на эволюцию видов Echinochloa как сорняков и бесхозных культур.

рисунок 1

Обзор рабочего процесса метода построения каркасов с использованием диплоидов (DipHiC) при сборке гексаплоидов. В DipHiC реализованы два модуля: распознавание субгеномов и построение хромосом. Информация о глубине картирования 100-меров, полученных из диплоидной сборки, в сборку гексаплоидного черновика, аллелизма контигов и межконтиговых взаимодействий интегрирована в модуль различения субгеномов. Направленные взаимодействия между контигами в пределах одного субгенома и предварительное назначение групп хромосом определяются с использованием диплоидной сборки для закрепления контигов и построения хромосом. б Особенности эталонного генома Echinochloa Colona . Хромосомы показаны на дорожке i. На дорожках ii–v показаны плотности повторяющихся элементов (ii), Gypsy (iii), Copia (iv) и плотность генов (v). Трек vi показывает синтенические блоки. Серые ссылки показывают синтенные отношения между гомологичными субгеномами. Темно-синие и красные связи показывают синтенные отношения, возникшие в результате древнего события дупликации всего генома, присущего Poaceae. в Распределение размера семейства генов NB-ARC в разных геномах Poaceae. Полные названия видов см. в дополнительных данных 1. (Суб)геномы Echinochloa выделены пунктирным эллипсом. d Филогения Echinochloa путем интеграции однокопийных генных деревьев с помощью ASTRAL. Пунктирные ветви обозначают исчезновение или неизвестный статус. «T» и «H» в зеленом и красном узлах обозначают тетраплоидизацию и гексаплоидизацию соответственно. D. exilis -A и -B, субгеномы A и B у Digitaria exilis ; Ehap, Echinochloa haploclada ; АТ и ВТ — субгеномы А и В у тетраплоида E. oryzicola ; AH, BH и CH — субгеномы A, B и C у гексаплоидного E. crus-galli ; DH, EH и FH — субгеномы D, E и F у гексаплоидной E.colona ; aA и aB — предковые диплоидные геномы субгеномов A и B. Субгеномы одного и того же вида соединены линиями с цветовой кодировкой. e Частота квартета генного дерева вокруг узла дивергенции a в филогении Echinochloa . Красный (t1) представляет топологию АСТРАЛЬНЫХ и конкатенационных видов; синие (t2) и зеленые (t3) деревья представляют две альтернативные топологии. Цветные полосы на правой панели показывают частоты трех топологий. Исходные данные предоставляются в виде файла исходных данных.