Barcoding_invertebrate_biodiversity

Вычислить оценки видового богатства

Выборка 1 Всего наблюдаемых видов, R1 = 55 Частота наблюдений, f(i) = 13 18 9 6 9 Наблюдаемых видов, n(i) = 26 36 26 29 28 Оценка видового богатства, N1 = 63 SE(N1) = 4,45 M( h) Тест GOF: Хи-квадрат = 5,7143 df = 4 Вероятность = 0,2215

Доступ к альтернативным последовательностям в организме человека

Åtkomst till alternativa sekvenser hos människor

Åtkomst till alternativa sekvenser hos människor 20 MAJ 2011AV BRONWEN · 3 KOMMENTARER Har du lagt märke till några konstiga kromosomnamn när du tittar på de mänskliga uppgifterna? Du kanske till exempel ser ut som namn på sekvensregioner som ”Kromosom HSCHR17_2_CTG4: 68,302,419-68,526,413 ” eller ”Kromosom HG75_PATCH: 34,442,621-34,976,908 ”.

Namnen hänvisar till genomsekvenser som skiljer sig från det genomiska DNA:t i den primära sammansättningen. Dessa alternativa sekvenser finns i två typer: allelsekvenser (haplotyper och nya patchar) och fixa patchar. Haplotyper är kända variationer av den primära sammansättningen, på grund av variationer i den mänskliga genomsekvensen (t.ex. det mycket variabla MHC-locuset som innehåller halpotyperna HSCHR6_MHC_COX, HSCHR6_MHC_SSTO, HSCHR6_MHC_APD, HSCHR6_MHC_DBB, HSCHR6_MHC_MANN, HSCHR6_MHC_MCF och HSCHR6_MHC_QBL). Nya patchar representerar också nya alleliska loci men de är inte nödvändigtvis haplotyper. Fixa patchar är där den primära sammansättningen visade sig vara felaktig, och patchen återspeglar den korrigerade sekvensen. Haplotyper, nya patchar och fixa patchar bestäms av GRC , inte av Ensembl.

I Ensembl-webbläsaren, som i figuren nedan, är allelsekvensen (haplotypiska regioner och nya fläckar) färgad röd och fixeringsfläckarna är färgade gröna . Om du tittar på den översta bilden i Region In Detail för kromosom 17 ser du exempel på båda typerna av alternativ sekvens.

Det finns flera sätt att visa alternativa sekvenser i Ensembl:

Om du vet namnet på sekvensen du letar efter kan du hitta den genom att söka i vår sökfält. Du kan visa alternativa sekvensregioner i den översta bilden på valfri platssida, t.ex. Region i detalj, Regionöversikt, Kromosomsammanfattning. Några alternativa sekvenser finns tillgängliga via BioMart. Om du är van vid att använda MySQL kan du komma åt listan via tabellen assembly_exception enligt följande: mysql -uanonymous -hensembldb.ensembl.org -P5306 -Dhomo_sapiens_core_62_37g -e “välj sr2.name som chr_name, exc_seq_region_start,exc_seq_region_end,exc_type,sr1.name som alternate_seq_name,seq_region_start, seq_region_end från assembly_exception ae, seq_region sr1, seq_region sr2 där sr1.seq_region_id=ae.seq_region_id och sr2.seq_region_id=ae.exc_seq_region_id sorterade efter chr_name,exc_seq_region_start”

Klicka här för en fullständig lista över alternativa e62-sekvenser Det är också enkelt att hämta de alternativa sekvenserna med hjälp av vårt API . Klicka här för ett exempelskript . $slices = $slice_adaptor->fetch_all( 'översta nivå', undef, 1 );

eller

$assembly_exception_features = $assembly_exception_feature_adaptor->fetch_all_by_Slice($slice);

När API:et används kallas den primära sammansättningen för "referens"-sekvensen och de alternativa sekvenserna kallas för "icke-referens"-sekvens.

Njuta!

Inläggsnavigering Tidigare Föregående inlägg:Bindningsställen för transkriptionsfaktorer i ensemble Nästa Nästa inlägg:BLAST-underhåll – 22 maj