[Paper/M3][P0] Integrate immutable snapshot lifecycle with Libra/Orion and add a tree correctness oracle

[Ivanbeethoven]

Parent research epic: #39

背景

ScorpioFS 只负责 projection、lower 和 upper；Libra 负责 refs、HEAD、index、commit 和 conflict stages。论文需要证明两者的状态不会漂移，并提供真实 Agent/Build 使用路径。

目标工作流

Attach

Libra resolves commit/tree
→ ScorpioFS creates snapshot-pinned workspace
→ readiness
→ process access enabled

Status

ScorpioFS delta manifest
→ Libra compares only candidate paths against index

Clean checkout/fast-forward

Libra resolves target
→ refresh preflight
→ transactional lower-generation switch
→ update HEAD/index

Commit

Libra builds commit C
→ ScorpioFS prepares snapshot C
→ transactional switch
→ selectively clear committed delta entries

Tasks

• version control protocol 增加 SnapshotId/generation；
• Libra/Orion 创建 mount 时传递 immutable revision；
• 使用实际 refresh API，不再只调用 plan；
• 处理 generation mismatch；
• commit 成功后选择性清理 manifest；
• crash 后由唯一 state owner 进行 reconciliation；
• 外部 state ownership 模式不允许 ScorpioFS 与 Libra 双写 desired state；
• 增加 capability negotiation；
• 建立 reference-tree oracle；
• oracle 可从 Git/Libra object tree materialize 期望文件树；
• 对可见 path、type、mode、content digest 做比较；
• 添加 attach/status/checkout/commit/unmount E2E；
• 添加多个 Agent 基于同一 revision 的并行工作区；
• CL build view 与 Libra worktree 模式继续保持语义隔离；
• 记录 scripted Agent workload trace。

Acceptance Criteria

• ScorpioFS active SnapshotId 与 Libra HEAD/index metadata 可验证一致；
• reference oracle 在每次 attach/refresh/commit 后通过；
• dirty workspace 不会被静默切换；
• commit/refresh 任一阶段失败都不丢失 upper 修改；
• restart 后可由 state owner 恢复或明确拒绝不一致状态；
• 32 个并行 worktree 可独立修改和运行测试；
• status 不需要扫描完整 monorepo；
• E2E 测试能够在公开仓库/fixture 上运行。

Dependencies

Issue 3–8。Issue 6 对高效 status 和安全 cleanup 必需。

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