2405.10478 (sn-jnl) perd la moitié de son contenu, par blocs entrelacés

[tannevaled]

Trouvé par le recensement à deux côtés (nos glyphes dessinés contre les caractères
extraits du PDF de référence) : 2405.10478 (classe sn-jnl, deux colonnes)
dessine 35 330 glyphes contre 75 018 caractères de référence — 0,47 et sort
15 pages contre 27. Ce n'est pas de la pagination : la moitié du contenu n'est
pas là.

Ce qui manque, et ce qui reste

La perte est entrelacée, pas terminale — relevé sur la sortie complète :

passage (ligne source)	état
\section{Numerical examples} (418)	présent
\section{Benchmarks} (954)	présent
légende de la dernière figure* — « single-iteration benchmarks » (967)	absent
paragraphe suivant — « communication overhead » (971)	absent
\section{Conclusions} (973)	absent
corps des conclusions — « open-source computational toolbox »	absent
\bmhead{Acknowledgments} + son corps	absent
\bmhead{Conflict of interest}	absent
\bmhead{Replication of Results}	présent
\section{Thermal compliance…} dans appendices (991)	présent
son corps — « In this appendix »	absent
bibliographie : 71 \bibitem de main.bbl	absent

Les mots les plus fréquents de la référence absents chez nous sont les auteurs de
la bibliographie (Allaire ×41, Osher, Badia, Fedkiw…) et les noms de revues.

Ce qui est déjà écarté

• figure* seul n'est pas en cause : un cas minimal avec deux figure* et du
  texte entre elles sort correctement (les deux légendes, les trois blocs de texte).
• \bibliography marche en général : un main.tex + main.bbl minimal imprime
  bien ses items ; c'est dans le contexte de ce préambule qu'il ne produit rien.
• jlcode (28 blocs) n'est pas le trou : ses corps sont composés, en prose
  plutôt qu'en code, et ne pèsent que 406 mots.
• \Verb vient d'être corrigé (fancyvrb's \Verb keeps the code it is given #224) et rend 822 glyphes à ce papier — sans
  changer le compte de pages.

Piste

L'alternance présent/absent autour de \bmhead et à l'entrée des appendices
ressemble à une capture de corps qui avale jusqu'au mauvais terminateur — la même
famille que #205/#214, mais déclenchée par autre chose. Le papier bundle son
sn-jnl.cls et un minted.sty, donc les deux sont exécutés tels quels.

[tannevaled]

Cause racine probable, trouvée sur un papier voisin : manyfoot n'est pas fourni

En diagnostiquant 2311.02037 (classe arxiv.cls, qui est une sn-jnl modifiée), qui s'effondre à 19 → 2 pages, la cause est apparue dès qu'on relance sans -lenient :

gotex: texengine: 54:16: Undefined control sequence \SetFootnoteHook

La ligne 54 est \begin{document} : la classe pose un \AtBeginDocument qui appelle des commandes de manyfoot (bundle ncctools) :

\AtBeginDocument{%
\SetFootnoteHook{\hspace*{-8pt}}%
\DeclareNewFootnote{A}[gobble]%
\setlength{\skip\footinsA}{0pt}}

Non définies ⇒ le mode indulgent avale leurs arguments ⇒ le corps du document part avec — c'est le mécanisme de #178.

Le lien avec ce ticket : sn-jnl.cls (celle de 2405.10478) fait exactement la même chose — \usepackage{manyfoot} (l. 306) et le même bloc \SetFootnoteHook / \DeclareNewFootnote / \skip\footinsA (l. 129-131). 2405.10478 bute d'ailleurs encore plus tôt, toujours en mode strict :

gotex: texengine: 17:43: Undefined length \stripsep

⇒ l'hypothèse à tester pour la perte entrelacée ici : ce ne sont pas des blocs perdus au hasard, mais ce que le mode indulgent avale après chaque symbole manyfoot non défini.

Correctif borné suggéré : bouchonner manyfoot — \SetFootnoteHook (1 argument, no-op), \DeclareNewFootnote[opt]{arg}[opt] (no-op), \stripsep, et allouer \footinsA comme \footins l'est déjà (classkernel.go:180, \newcount\footins \footins=255), pour que \setlength{\skip\footinsA} reste valide.

⚠ Méthode : relancer sans -lenient est le premier geste, pas le dernier — le mode indulgent CACHE la cause. L'indice était qu'un rendu effondré sortait rc=0 en 0,0 s : le moteur ABANDONNE, il ne tasse pas.

Je ne touche pas au dépôt (il est sous ton bail) — ceci est passé en relais.

[tannevaled]

Le déclencheur est identifié : un $ seul dans un bloc jlcode

Bissection sur le papier (préambule + queue, puis sections, puis sous-sections,
puis lignes) : la perte commence à \subsection{Minimum thermal compliance},
et dans cette sous-section à la ligne

path = "$write_dir/therm_comp_MPI/"

C'est le seul bloc jlcode du papier dont le corps porte un nombre IMPAIR de
$ (vérifié : tous les autres en ont zéro). jlcode étant un environnement
indéfini, son corps est composé avec les catcodes ordinaires : ce $ ouvre le mode
mathématique, et le balayage passe au-delà du \end{jlcode} en cherchant le $
fermant — il emporte les conclusions, les remerciements, les corps d'annexe et les
71 entrées de bibliographie. D'où l'alternance présent/absent : ce qui survit est ce
qui tombe entre deux $.

Ce qui est corrigé, et ce qui ne l'est pas

PR #226 pose la défense générale : un environnement indéfini dont le corps porte un
nombre impair de $ est lu brut et composé en verbatim. Cas minimal reproduit et
corrigé.

⚠ Elle ne corrige pas ce papier-ci. Instrumenté sur place, à l'instant du
\begin{jlcode} : \end{jlcode} n'est pas dans le tampon de caractères
(idx: -1) et une liste de jetons en attente porte déjà un \end. Autrement dit
le corps arrive ici par une liste de jetons, pas par le fichier — les deux
garde-fous de #226 refusent donc d'agir, à raison.

Reste à trouver par quel chemin ces corps deviennent des jetons dans ce papier
(le \jl du préambule ? une capture englobante ? minted.sty qu'il embarque ?).
C'est la question suivante, et elle est maintenant précise.

[tannevaled]

Par quel chemin : jlcode est créé par minted, pas manquant

Le papier embarque minted.sty et écrit, ligne 55 :

\newminted{jl}{fontsize=\footnotesize,breaklines}

\newminted{jl}{…} définit l'environnement jlcode (minted nomme <nom>code).
Ce n'est donc pas un paquet absent : c'est le vrai minted.sty, chargé, qui
construit l'environnement par la machinerie fancyvrb — laquelle capture le corps en
jetons. D'où ce que l'instrumentation montrait : au \begin{jlcode} le
\end{jlcode} n'est pas dans le tampon (idx: -1) et une liste en attente porte
déjà un \end.

Le moteur a par ailleurs son propre minted.go. La question devient donc précise :
que fait l'engin quand un papier embarque le vrai minted.sty et appelle
\newminted — l'environnement produit passe-t-il par le chemin verbatim du
moteur, ou par la capture fancyvrb qui laisse le $ s'échapper ?

C'est là qu'il faut reprendre. Le déclencheur ($ impair), le passage exact
(\subsection{Minimum thermal compliance}, le bloc path = "$write_dir/…") et la
défense générale (#226, qui ne mord pas ici car le corps n'est pas dans le tampon)
sont désormais tous établis.