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Manual
古郡 まさき edited this page Mar 4, 2024
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4 revisions
Created by Kogoorimasaki on 2024.3.4
- 环境配置
- 同源重复序列注释
- denovo（从头）重复序列注释
- 重复序列库过滤（可选）
- 重复序列库合并
- 最终注释
以下说明均基于linux，window用户推荐安装wsl后使用
singularity pull EDTA.sif docker://quay.io/biocontainers/edta:2.2.0--hdfd78af_1
mv EDTA.pl Repeat.pl
检查容器是否拉取成功：
singularity exec Repeat.sif RepeatMasker -h
选用近缘种的重复序列库先进行注释，观察整体情况,并将输出结果作为参考输入EDTA。如选择大鼠（Rattus）:
singularity exec Repeat.sif RepeatMasker -pa 50 -pa 50 -nolow -norna -no_is -gff -species rattus $fasta
首先使用RepeatModeler做从头注释
singularity exec Repeat.sif BuildDatabase -name $name $fasta
singularity exec Repeat.sif RepeatModeler -pa 80 -database $name
再使用EDTA做从头注释
singularity exec Repeat.sif EDTA.pl --overwrite 0 --genome GSmole.fasta -t 40 --species others --sensitive 0 --rmout $fasta.out
$fasta.out为RepeatMasker的输出结果，用于EDTA做参考。
RepeatModerler和RepeatMasker对LINE和SINE的注释效果较好，EDTA对LTR、Helitron、TIR的注释效果较好。