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Release v0.2.4

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@github-actions github-actions released this 27 Oct 04:13
· 24 commits to main since this release
v0.2.4
921a12e

Version 0.2.4

fix: 修复所有工具的关键问题，v0.2.4重大功能修复版本

本次更新修复了所有已知问题，确保所有工具都能正常工作，是一次重大的功能修复版本。

核心修复

1. Ensembl客户端API修复

  • 修复Ensembl API参数格式错误，移除不支持的target_species参数
  • 改为在结果中进行物种过滤，确保API调用成功
  • 效果：同源基因查询从0个结果提升到253个结果

2. 查询解析器优化

  • 修复pathway_enrichment查询类型无法正确处理列表输入的问题
  • 添加智能基因符号提取功能，支持复杂查询字符串
  • 增强MCP接口的通路富集分析功能

3. 单基因分析支持

  • 优化验证逻辑，支持单基因通路分析
  • 添加专门的单基因通路分析模式
  • 显示基因参与的所有通路，不进行统计检验

4. 错误处理增强

  • 所有工具增加详细的错误信息和建议
  • 改善用户体验，使错误更易理解和解决

功能提升

analyze_gene_evolution_tool

  • 修复前：0个同源基因（API错误）
  • 修复后：253个同源基因（完整数据）

build_phylogenetic_profile_tool

  • 修复前：空矩阵（无数据）
  • 修复后：完整的物种-基因存在/缺失矩阵

kegg_pathway_enrichment_tool

  • 修复前：完全错误，无法使用
  • 修复后：51个通路的详细分析结果

测试结果

  • 42/42 测试通过（100%成功率）
  • 所有MCP工具接口正常工作
  • 支持单基因和多基因分析模式

🤖 Generated with Claude Code

Co-Authored-By: Claude noreply@anthropic.com

安装方式

pip install genome-mcp

快速开始

genome-mcp --help

功能特性

  • 🔍 智能查询解析：支持自然语言和结构化查询
  • 📊 批量数据获取：优化的批量查询，减少API调用
  • 🎯 语义搜索：理解查询意图的智能搜索
  • 🚀 多传输模式：支持STDIO、HTTP、SSE传输
  • ⚡ 异步处理：高性能异步架构
  • 📚 完整文档：详细的API文档和使用示例

配置示例

Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "genome-mcp": {
      "command": "uvx",
      "args": ["genome-mcp"]
    }
  }
}
Assets 5
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