BioXplorer

Es una aplicación de línea de comandos (CLI) que permite buscar secuencias biológicas en la base de datos NCBI y realizar análisis exploratorios básicos como transcripción, traducción y cálculo de contenido GC. También permite guardar los resultados en diferentes formatos.

Requisitos

• Python 3.x
• Biopython
• dotenv

Instalación

1. Clona el repositorio:

   git clone https://github.com/natayadev/bioxplorer.git
   cd bioxplorer

2. Crea un entorno virtual:

   python3 -m venv venv
   source venv/bin/activate  # En Linux/iOS
   venv\Scripts\activate  # En Windows

3. Instala las dependencias:

   pip install -r requirements.txt

4. Crea un archivo .env en el directorio raíz y agrega tu correo electrónico:

   EMAIL=tu_email@example.com

Instrucciones de uso:

1. Configuración inicial: Antes de ejecutar el programa, asegúrate de configurar un archivo .env en la carpeta raíz del proyecto con tu dirección de correo electrónico.

2. Ejecución del script: Para buscar secuencias por una palabra clave y realizar análisis, ejecuta el siguiente comando:

   python bioxplorer.py "melanogaster"

   Elige la secuencia que desees analizar de las opciones numéricas listadas y sigue las instrucciones en pantalla para realizar el análisis o guardar los resultados.

3. Guardar los resultados: Puedes elegir guardar los resultados en formato FASTA, FASTQ, JSON o CSV.