当前状态：本项目已于 2026-07-14 完成 ISA 边迁移。所有 has 边已清零（384→0），isa 边由 0 增至 356。详见 ADR-0001 与 migration-report。
| 规则 | 适用范围 | 文档 |
|---|---|---|
| 节点拆分 | 把每张手绘思维导图转写为新增节点 | SPLIT-RULES.md |
| 节点合并 / 重构 | 在已有图谱上清理零入度节点、补骨架边、修 schema | REFACTOR-RULES.md |
| 层级关系方向 | isa / prerequisite / mechanism 等边的方向约定 | ADR-0001 |
药学知识图谱（pharma-graph）是一个基于知识图谱可视化技术，帮助药学学习者整理、关联和记忆药学专业知识的工具。
核心思路：用 Markdown 写笔记，用图谱看知识。
每个药学概念、药物名称、术语、方法等，都对应图谱中的一个节点。
节点的元数据定义在 Markdown 文件的 frontmatter 里（数据统一放在 data: 块下）：
---
data:
id: # 唯一标识，英文/拼音，全局唯一
label: # 显示名称，中文
essence: # 节点本质，决定节点形状（basic/drug/disease/...）
field: # 学科领域，决定边框色（pharmaceutics/pharmacology/...）
tier: # 自然分层，决定背景色（basic/drug/system/...）
location: # 位置信息（所属教材章节）
book: # 书名（=根文件名）
part: # 篇（第一级子目录，有则写）
chapter: # 章（第二级子目录或文件名，必须）
section: # 节（第三级子目录）
subsection: # 子节（第四级子目录）
item: # 知识点名（叶子节点用）
tags: # 自由标签列表
summary:
short: # 一句话定义（悬停显示）
full: # 详细解释（点击弹出）
edges_out: # 从本节点出发的所有边（列表）
- target: # 目标节点id
type: # 关系类型（见下方关系类型表）
reason: # 为什么我要指向它
---
正文：听课笔记...边代表两个节点之间的关系。
- source：起始节点（即当前 Markdown 文件对应的节点）
- target：目标节点（由
edges_out[].target指定） - type：关系类型
- reason：这条边为什么存在（可选）
只需要在发起关系的节点里写 edges_out，不需要两边都写。
按语义分组：
| 组 | type | 含义 | 方向 | 示例 |
|---|---|---|---|---|
| A. 层级与组成 | isa |
层级归属/概念归类 | 子 → 父 | 节 → 章、美托洛尔 → β受体阻滞剂 |
has |
物理/组合组成 | 整体 → 部分 | 制剂 → 辅料、人体 → 器官 | |
| B. 药理机制 | activates |
激活 | 因 → 果 | 药物 → 受体 |
inhibits |
抑制 | 因 → 果 | 药物 → 酶 | |
metabolizes |
代谢 | 底物 → 产物 | 药物 → 代谢物 | |
mechanism |
作用机制 | 因 → 果 | 药物 → 靶点通路 | |
| C. 临床应用 | treats |
治疗 | 药 → 病 | 苯二氮卓类 → 失眠 |
causes |
导致 | 因 → 果 | 巴比妥类 → 宿醉效应 | |
interacts |
相互作用 | 双向 | 阿司匹林 ↔ 华法林 | |
contraindicates |
禁忌 | 药/情况 → 禁用 | 某药 → 妊娠 | |
| D. 学习导航 | prerequisite |
前置依赖 | 先 → 后 | 中枢肌松药 ← 大脑和脊髓 |
relates |
相关/横切 | 双向 | 口服吸收 ↔ 首过效应 | |
sibling |
同级 | 双向 | 同章并列节 |
核心规则：
- 层级关系一律用
isa（子→父），不要用has表达"属于"。详见 ADR-0001。has只用于物理/组合组成（整体→部分）。本项目当前没有这种用例，类型规范中保留定义以备后用。- 禁止双向书写同一对层级关系（不要同时写
A isa B和B isa A）。
每种关系类型在图谱中通过颜色 + 线型 + 箭头形状三维度区分（参见 DEVELOP.md §5.3）：
| 关系 | 颜色 | 线型 | 箭头 |
|---|---|---|---|
isa |
蓝色 | 实线 | 三角 |
has |
青色 | 实线 | 三角 |
prerequisite |
橙色 | 点线 | 菱形 |
relates |
灰色 | 虚线 | 圆点 |
sibling |
黄色 | 虚线 | 圆点 |
activates |
绿色 | 实线 | 三角 |
inhibits |
红色 | 实线 | T形 |
metabolizes |
紫色 | 实线 | 三角 |
mechanism |
紫色 | 实线 | 三角 |
treats |
绿色 | 实线 | 三角 |
causes |
红色 | 虚线 | T形 |
interacts |
黄色 | 虚线 | 圆点 |
contraindicates |
红色 | 实线 | T形 |
| essence | 形状 | 适用场景 |
|---|---|---|
module |
圆角矩形（大） | 章/篇级容器 |
section |
圆角矩形（中） | 节级容器 |
basic |
圆角矩形（小） | 定义/理论/概念 |
drug |
椭圆 | 药物名称 |
disease |
菱形 | 疾病名称 |
process |
六边形 | 体内过程/方法 |
target |
桶形 | 受体/酶/离子通道 |
management |
圆角矩形（高亮） | 临床管理/用药监护 |
service |
圆角矩形（高亮） | 药学服务 |
foundation |
圆角矩形（基础） | 学科基础 |
完整 essence/field/tier 取值集合见 frontmatter.md §一/二/三。
编写 Markdown 笔记（public/content/**/*.md）
↓
frontmatter (data: 块) 定义节点元数据
edges_out 定义关系
↓
vite 在 buildStart 生成 content-manifest.json
↓
浏览器 fetch manifest → 并行 fetch 每个 .md
↓
parseFrontmatter → buildGraph
↓
Cytoscape.js 渲染知识图谱
↓
交互探索：点击、缩放、搜索、布局切换
将教材考点写成卡片笔记，通过图谱直观看到知识点之间的关联，找出自己的薄弱环节。
听完课后整理笔记，梳理概念之间的 isa / prerequisite / relates 关系，加深理解。
通过图谱快速浏览全章知识结构，聚焦高频考点。
| 术语 | 说明 |
|---|---|
| frontmatter | Markdown 文件顶部的 YAML 元数据区域 |
| node（节点） | 图谱中的圆点，代表一个知识点 |
| edge（边） | 图谱中的连接线，代表两个知识点之间的关系 |
| layout（布局） | 节点在画布上的排列方式（环形、树状、力导引等） |
| highlight（高亮） | 选中节点后，与它关联的节点/边高亮显示 |
| location | 节点在教材中的路径（book → part → chapter → section → ...） |
| manifest | vite 生成的 public/content-manifest.json，列出所有可加载的 markdown |
- DEVELOP.md — 开发者指南：项目结构、运行、构建、调优
- frontmatter.md — 完整字段参考、13 种关系判定规则
- ADR-0001 — 层级关系改为 isa（子→父）的决策记录
- migration-report.md — ISA 迁移执行的详细报告
- Cytoscape.md — Cytoscape.js 渲染层笔记
- all-frontmatter-extracted.md — 全部 223 个文件 frontmatter 的可读快照（自动生成）