Algorytmika to dziedzina informatyki zajmująca się projektowaniem i analizą algorytmów, czyli skończonych ciągów jasno zdefiniowanych kroków prowadzących do rozwiązania danego problemu.
W kontekście nauk biologicznych, algorytmy można wykorzystać m.in. do:
- automatyzacji analiz bioinformatycznych,
- przetwarzania danych eksperymentalnych,
- projektowania procesów laboratoryjnych i technologicznych.
Algorytm to przepis na wykonanie zadania. Musi być:
- skończony (ma początek i koniec),
- jednoznaczny (każdy krok jest dokładnie określony),
- wykonywalny (można go wykonać krok po kroku).
Algorytm zaparzenia herbaty:
- Zagotuj wodę.
- Umieść torebkę herbaty w kubku.
- Zalej torebkę wrzątkiem.
- Odczekaj 3–5 minut.
- Wyjmij torebkę.
- (Opcjonalnie) Dodaj cukier lub cytrynę.
Flowchart (schemat blokowy) to graficzne przedstawienie algorytmu. Używa się w nim kształtów (np. prostokątów, rombów) do oznaczania poszczególnych kroków, decyzji, startu i końca.
📖 Wikipedia – Flowchart
🛠️ Narzędzie online: Google Draw.io (diagrams.net)
Programowanie to proces zamiany algorytmu na język zrozumiały dla komputera (czyli kod). Dzięki programowaniu możemy tworzyć automatyczne analizy, skrypty obliczeniowe i narzędzia wspierające prace laboratoryjne i technologiczne.
Najczęściej używanym językiem w naukach przyrodniczych jest Python – prosty, czytelny i bardzo wszechstronny.
- draw.io (diagrams.net)
- Flowchart → Kod (flowchart 2 code) – kurs
- Kod → Flowchart (code2flow)
- Tworzenie i uruchamianie kodu z poziomu flowcharta – Flowgorithm
- Podzielcie się na 2-osobowe zespoły.
- Wybierzcie dowolną procedurę laboratoryjną lub proces technologiczny, np.:
- PCR,
- projektowanie starterów,
- NGS,
- elektroforeza,
- ELISA,
- miareczkowanie,
- produkcja piwa lub jogurtu,
- badanie zawartości alkoholu w winie/piwie.
- Stwórzcie algorytm tej procedury w formie flowchartu (np. w Google Draw.io).
- Następnie zakodujcie algorytm w wybranym języku programowania, np. Python, Flowgorithm, itp.
- Udostępnijcie gotowy skrypt i flowchart w formie linku (np. Google Drive lub GitHub).
- Upewnijcie się, że kod można uruchomić (najlepiej w Google Colab).
💡 Tip: Używajcie narzędzi online jak draw.io do rysowania i Google Colab do pisania kodu – wszystko działa w przeglądarce!
**Tytuł procedury:** np. "Izolacja DNA"
**Cel:** Krótki opis celu procedury.
**Wejście (Input):**
- Lista potrzebnych danych lub materiałów.
**Wyjście (Output):**
- Oczekiwany rezultat (np. oczyszczone DNA).
**Kroki algorytmu:**
1. [Krok 1: np. Pobranie próbki]
2. [Krok 2: np. Liza komórek]
3. ...
n. [Zakończenie procedury]
**Decyzje w algorytmie (opcjonalne):**
- Czy jakość próbki jest odpowiednia? → Tak/Nie
- Czy objętość jest wystarczająca? → Tak/Nie
**Rysunek flowcharta:** [wklej link do pliku w draw.io lub screen]
# Tytuł: Algorytm procedury XYZ
# Autorzy: Imię i Imię
# Opis: Kodowanie procedury XYZ na podstawie stworzonego flowcharta
def procedura_xyz():
print("Start procedury XYZ")
# Krok 1
print("Krok 1: [opis kroku]")
# Krok 2
print("Krok 2: [opis kroku]")
# Decyzja
decyzja = input("Czy warunek X jest spełniony? (tak/nie): ")
if decyzja.lower() == "tak":
print("Wykonuję gałąź A algorytmu.")
else:
print("Wykonuję gałąź B algorytmu.")
# Krok końcowy
print("Procedura zakończona.")
# Uruchomienie procedury
procedura_xyz()Pytania można kierować bezpośrednio do prowadzącego: bioinformatyka@gmail.com. Powodzenia i miłego programowania! 👨🔬👩💻