Master#1
Open
quantizedeli wants to merge 37 commits into
Open
Conversation
Yeni dosyalar: - src/models/multi_person_em_dynamics.py (N-kisi EM dinamigi, 5 topoloji) - tests/test_multi_person_em.py (19/19 test gec,iyor) - simulations/level11_topology.py (topoloji karsilastirmasi) - simulations/level12_seri_paralel_em.py (Seri/Paralel faz gecisi) - src/viz/animations.py (Plotly HTML animasyonlar) - matlab_scripts/matlab_pde_em_3d.m (MATLAB 3D harmonik Maxwell) - archive/old_py_notebooks/ (eski betikler arsivlendi) - README.md, CHANGELOG.md guncellendi Duzenlemeler: - src/matlab_bridge.py: bvt_pde_3d_solve, matlab_animate_N_person, matlab_symbolic_derivation fonksiyonlari eklendi - src/models/pre_stimulus.py: advanced_wave_modulation, monte_carlo_prestimulus_advanced eklendi - simulations/level6_hkv_montecarlo.py: --advanced-wave flag - simulations/level2_cavity.py: theta_mix dinamik deger - simulations/level7_tek_kisi.py: |alpha| etiket duzeltmesi - src/viz/plots_static.py: LogNorm log-olcek kontur grafigi - src/solvers/tise.py: Optional import eksikligi giderildi - old py/BVT_v2_kalibrasyon.py: N_c=0 hatasi duzeltildi (N_c=11) - old py/BVT_tek_kisi_tamamlama.py: aks etiketi duzeltildi Test: 118 passed, 6 pre-existing failures (unchanged) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- FAZ_BILGI'ye level11_topology ve level12_seri_paralel eklendi - Faz 6 args'a --advanced-wave flag eklendi - animasyon_uret() fonksiyonu eklendi (animations.py entegrasyonu) - --animasyon CLI flag'i eklendi (tek basina animasyon uretimi) - --html ile de animasyonlar otomatik uretilir - Docstring 10 Faz -> 12 Faz olarak guncellendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- sekil_topoloji_karsilastirma(): N_c_etkin, r_son, N olcekleme (3 panel) - sekil_seri_paralel_em(): r(t) faz gecisi, kolektif guc, C(t) (3 panel) - tum_sekilleri_kaydet() listesine eklendi (14 -> 16 sekil) - Docstring guncellendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- 10 simulasyon dosyasina write_image eklendi (level1-10) (her write_html cagrisinin ardindan PNG otomatik kaydedilir) - src/viz/animations.py: her iki animasyon fonksiyonuna PNG thumbnail eklendi - output/html/: 16 sekil yeniden uretildi (HTML + PNG) - output/level1/H1_em_radyal.png uretildi - output/level10/L10_3d_surfaces.png, L10_cevre_spektrum.png uretildi - output/animations/*.png thumbnail'leri uretildi - Sonuc: 29 HTML dosyasinin tumu icin PNG mevcut Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- level11_topology.py: --html argumani eklendi - level12_seri_paralel_em.py: --html argumani eklendi - main.py: level11 icin --N-max -> --N duzeltildi main.py artik 12/12 faz basarili calisiyor. Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Yeni ciktilar: - output/animations/kalp_koherant_vs_inkoherant.html+png (Plotly animasyon) - output/animations/halka_kolektif_em.html+png (N-kisi Plotly animasyon) - output/animations/kalp_em_zaman.gif + thumbnail (kalp EM video) - output/animations/n_kisi_em.gif + thumbnail (N-kisi EM video) - output/html/3d_kalp_isosurface.html+png (3D interaktif isosurface) - output/level11/L11_topology.html+png (Plotly interaktif) - output/level12/L12_seri_paralel.html+png (Plotly interaktif) Kaynak guncellemeleri: - level11_topology.py: Plotly HTML cikti eklendi - level12_seri_paralel_em.py: Plotly HTML cikti eklendi - animations.py: kalp_em_gif(), n_kisi_em_gif() fonksiyonlari eklendi - plots_interactive.py: sekil_3d_kalp_isosurface() eklendi (go.Isosurface) - main.py: animasyon_uret() GIF uretimini de kapsayacak sekilde genisledi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- animations.py: animasyon_psi_sonsuz_etkilesim() eklendi (3 panel: eta(t) overlap, Schumann harmonikler, domino kaskad) - animations.py: animasyon_rezonans_ani() eklendi (4 panel: frekans yakinsamasi, faz portresi, Rabi salınimi, C/eta) - main.py: 2 yeni animasyon animasyon_uret() icine eklendi (toplam 6) - main.py: MATLAB durum kontrolu matlab_durumu_kontrol() ile guncellendi - Tum write_image cagrilarindan once paper_bgcolor="white" eklendi (14 dosya: simulations/ + src/viz/ -- PNG arka plani beyaz) - MATLAB R2024a engine_aktif=True dogrulandi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- animations.py: _mp4_matlab_kaydet() yardimci fonksiyon eklendi (temp PNG frame -> MATLAB VideoWriter H.264 MPEG-4) - kalp_em_gif(): GIF + MP4 + beyaz thumbnail PNG uretir - n_kisi_em_gif(): N default 8->10, GIF + MP4 + beyaz thumbnail - animasyon_halka_kolektif_em(): N default 8->10 - main.py: N=6 (hizli) / N=10 (tam) olarak guncellendi - Uretilen: kalp_em_zaman.mp4 (310KB), n_kisi_em.mp4 (583KB) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- Baslik "10 Faz" -> "12 Faz" duzeltildi - animasyon_uret(): HTML/GIF/MP4 sayim raporu, list[str] donus - Animasyonlar her tam calistirmada otomatik uretiliyor - Ozet bolumu: HTML/GIF/MP4 dosya sayimi gosteriyor - output/ klasoru otomatik silme kaldirildi (veri kaybi riski) - --animasyon --hizli: 4 HTML + 2 GIF + 2 MP4 uretildi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
…leme - constants.py: Q_S1=4.0 eklendi (eski hardcode 3.5 yanlis, GCI literaturu) - level7-10 + plots_interactive: hardcode sabitler constants.py'den import - GAMMA_SCH: 14.06 -> 12.29 rad/s (Q_SCH duzeltmesi ile ~%14 sapma giderildi) - level7: panel baslik ve basari kriteri duzeltildi (termal sapma yonu) - uret_zaman_em_dalga.py: quasi-statik dipol (1/r^3), omega_kalp=0.628 rad/s - main.py: --html bug duzeltildi, --kontrol BVT sabitlerini gosteriyor, --zaman-em-dalga eklendi, HTML/animasyon koulllu, yorum 1..6->1..12 - docs/zaman_em_dalga_yorum.md: grafik formul ve fiziksel analiz Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Yeni modüller: - src/viz/theme.py: BVT gorsel tema sistemi (light/dark, WCAG kontrast) - src/models/population_hkv.py: analitik iki-populasyon HKV modeli - simulations/level13_uclu_rezonans.py: Kalp-Beyin-Schumann-Psi 4lu rezonans - simulations/level14_merkez_birey.py: halka+merkez birey senaryosu - simulations/level15_iki_kisi_em_etkilesim.py: mesafeye bagli EM etkilesim - scripts/bvt_literatur_karsilastirma.py: 19 ongorü vs literatur matrisi Guncellenen modüller: - pre_stimulus.py: monte_carlo_iki_populasyon() eklendi (KS testi, ES karsilastirma) - multi_person_em_dynamics.py: cooperative_robustness parametresi (Celardo 2014) - level6/11/12/level1/level9 simülasyonlari: 3-faz gecisi, r_max=3m, honestlik notu Yeni testler (22 test, tümü gecen): - test_theme.py (7), test_population_hkv.py (7), test_pre_stimulus.py (8 yeni) - test_multi_person_em.py: cooperative_robustness testleri eklendi Toplam: 142/148 test gecen (6 onceki oturumdan gelen, bu oturumda dokunulmadi) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- plots_interactive: overlap_evrimi BVT dogru yon (yuksek C -> hizli rise), eta_ss degerleri 0.85 vs 0.20, renk duzeltmeleri (gray->orangered), Rabi animasyon legend temizligi, Lindblad full_dim=False parametresi - uret_zaman_em_dalga: kalp+beyin ortak 3-panel EM grafigi (MU_BRAIN=1e-7) - animations.py: inkoherant frame 50 alt-dipol rastgele faz, PNG snapshot orta kareden alinir (ilk kare bos gorunmez) - tests/test_inkoherant_patern.py: 7 test (CV > 0.01, koherant > inkoherant, dinamik patern, oran kontrolleri) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
…calistirma - sonuc['N_c_etkin'] -> sonuc_s['N_c_etkin'] (NameError) - phi_0 = phi_0_paralel -> phi_full[:,0] (faz 2/3 modunda tanim hatasi) - --faz 1/2/3 ile her faz ayri calistirilabalir; durum L12_fazN_durum.npz olarak kaydedilir - Output dosyalari (HTML, PNG, animasyon, level ciktilari) guncellendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
…iyen FAZ 1.1: halka_kolektif_em N=11, t_end=60s (N_c süperradyans eşiği) FAZ 1.5: HTML→PNG write_image orta frame fix (3 animasyon fonksiyonu) FAZ 2: level16_girisim_deseni.py — yapıcı/yıkıcı/inkoherant girişim, frekans spektrumu FAZ 7.1: level7 kalp-anten koherant=faz kilidi, inkoherant=rastgele faz (mantık düzeltme) FAZ 9.H: level13 Hamiltoniyen + eta formülü yeniden türetme (eta artık dinamik) FAZ 9.J: level18_rem_pencere.py — REM/NREM/uyanık pre-stimulus HKV simülasyonu FAZ 10.1: level17_ses_frekanslari.py — 22 frekans (Tibet, şaman, antik, modern) FAZ 13: main.py 18 faz listesi, CLAUDE.md güncelleme Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
…rama, 3D isosurface, MT sentez, agent'lar FAZ kritik import: level13 F_SCH_S1 → F_S1 düzeltmesi FAZ 6.1-6.3: level6 KDE iki-mod görselleştirme + ES etiket fix + 17 yeni test (test_level6_tutarlilik.py) FAZ 7.2-7.3: level12 FAZ1 κ×0.1, level15 dipol bağlaşımı 1/(1+d) → (D_REF/d)³ FAZ 8.1: level4 N=[10..100] taraması, N≤25 ODE + N=50,100 Monte Carlo + sekil_n_tarama() FAZ 4.1-4.2: plots_interactive sekil_3d_kalp_isosurface 3m grid + beyaz eksen etiketleri; sekil_3d_iki_kisi_isosurface() 3 mesafe FAZ 5.2-5.3: sekil_3d_em_alan_volumetrik() (go.Volume) + animasyon_em_alan_zaman_etkilesim() eklendi FAZ 1.2: animations.py animasyon_kalp_em_zaman_multi() — 7-senaryo HTML+PNG FAZ 9.A: scripts/bvt_bolum14_mt_sentez.py — 5 makale (Wiest/Kalra/Babcock/Craddock/Burdick) sentez FAZ 12.1+12.3: .claude/agents/ (simulate/viz/literatur/fizik) + skills/README.md Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Marimo BVT Studio (bvt_studio/): - bvt_dashboard.py: Ana panel, 18 level + 9 NB özet tablosu - nb01: N-kişi halka topoloji (4 topoloji, Kuramoto) - nb02: İki kişi mesafe taraması (r⁻³ kuplaj) - nb03: N ölçekleme & süperradyans (progress_bar, log-log) - nb04: Üçlü rezonans ODE (3 pump profili, 6 panel) - nb05: Pre-stimulus iki popülasyon (KS testi, KDE dual-mode) - nb06: 22 enstrüman ses simülatörü (mo.audio, BVT koherans bonusu) - nb07: EM dalga girişim deseni (yapıcı/yıkıcı/inkoherant) - nb08: 3D EM alan — Three.js anywidget + Plotly Volume fallback - nb09: 40+ çalışma literatür explorer (filtre, arama, ES grafikleri) - README.md: Kurulum ve kullanım kılavuzu Agent/TODO dosyaları: - .claude/agents/bvt-marimo.md: Marimo reaktif DAG kuralları - BVT_ClaudeCode_TODO_v6/v7.md: Görev takip belgeleri - output/OTURUM_6_FINAL_RAPOR.md: Oturum özeti Test: 166 passed / 172 toplam (17 yeni level6 testi dahil) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
FAZ 1.1 — save_plotly_snapshot() utility (src/viz/animations.py): Animasyon frame orta/son/indeks secimi ile dogru PNG snapshot Animasyon kontrolleri kaldirilarak temiz cikti FAZ 9.2 — sekil_n_tarama 4-panel (simulations/level4_multiperson.py): Panel 1: r_final vs N (ODE + MC errorbar) Panel 2: I_super log-log (N / N^2 referans) Panel 3: Superradyans esik bar (N_c_etkin gosterimi) Panel 4: Kolektif guc C_kol(N) semi-log FAZ 9.3 — animasyon_halka_n_varyantlar() (src/viz/animations.py): N=11/19/50 icin halka_N11.html, halka_N19.html, halka_N50.html FAZ 11.3 — scripts/bvt_tutarlilik_denetimi.py (YENi): 18 level sabit deger + dosya varlik + sayisal testler 78/78 PASS, %100 basari orani output/BVT_Tutarlilik_Raporu.md FAZ 12.2 — CLAUDE.md agent tablosu: bvt-marimo agent eklendi (5. satir) Marimo BVT Studio bolumu gercek notebooklarla guncellendi Test: 166 passed / 172 toplam (6 eski hata degismedi) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- Başlık ve yorum "12 Faz" → "18 Faz" düzeltmesi (stale text fix) - animasyon_üret() genişletildi: animasyon_em_alan_zaman_etkilesim, animasyon_kalp_em_zaman_multi, animasyon_halka_n_varyantlar eklendi - animations.py: animasyon_halka_n_varyantlar output_dir parametresi hardcoded yerine doğru kullanılacak şekilde düzeltildi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- main.py: marimo_export() fonksiyonu + --marimo-export flag eklendi tüm 10 notebook'u output/marimo/*.html olarak statik export eder - nb08: _esm JS string'i ayrı @app.cell'e taşındı, BVT3DWidget._esm attribute sonradan set ediliyor; Marimo 0.9.14 IndentationError düzeltildi - Sonuç: python main.py --marimo-export → 10/10 notebook başarılı Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
…animasyonlar - Level 13-18 yeni output dizinleri: uclu_rezonans, merkez_birey, iki_kisi_em, girisim, ses_frekanslari, REM pencere - output/marimo/: 10 notebook HTML export (bvt_dashboard + nb01-nb09) - Yeni animasyonlar: halka_N11/N19/N50, em_alan_zaman_etkilesim, kalp_em_zaman_multi - Level 1-12 output'ları güncellendi (yeniden çalıştırma) - Silinen: 3d_kalp_isosurface, kalp_em_zaman.mp4, n_kisi_em.mp4, eski rapor MD'leri - marimo log.txt eklendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- CLAUDE.md: TODO v8 notları ve Marimo html-wasm düzeltme rehberi eklendi - main.py: faz yönetim ve export mantığı iyileştirildi - nb01_halka_topoloji.py: topoloji notebook güncellendi - level13/15/17 simülasyon düzeltmeleri (TODO v8 kapsamında) - multi_person_em_dynamics, animations, plots_interactive güncellendi - output/: tüm level çıktıları, HTML/PNG/animasyonlar yenilendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- BVT_Oturum6_Rapor_ve_TODO_v8.md: aktif görev listesi - bvt_studio/KEMAL_REHBER.md: kullanıcı rehberi - bvt_studio/run_marimo.py, serve_local.py: Marimo çalıştırma yardımcıları - nb01_halka_topoloji.py: kök dizine taşınan notebook kopyası - src/viz/mp4_exporter.py: Python tabanlı MP4 export modülü Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
…DO v9) FAZ A — MP4 Pipeline: - src/viz/mp4_ffmpeg_path.py: imageio-ffmpeg otomatik path (sistem PATH yok) - src/viz/mp4_exporter.py: 3-yöntem fallback (matplotlib/imageio/ffmpeg-cli) - scripts/mp4_olustur.py: 5 animasyon (rabi, lindblad, kalp_em, halka_n11, domino) - 8 MP4 output/animations/ altında (5×>100KB) FAZ B — Plotly Dash Dashboard: - bvt_dashboard/app.py: port 8050, otomatik tarayıcı açma - bvt_dashboard/layouts/sekmeler.py: 5 sekme (DARKLY tema) - bvt_dashboard/callbacks/: halka, iki_kisi, n_olcekleme, hkv, em_3d FAZ C — Fizik Düzeltmeleri: - L15: dipol r⁻³ cap kaldırıldı + omega_individual ±20% detuning - L13: C_KB cos(Δφ)→genlik overlap, y0 güncellendi (monoton ✓) - L17: Lorentzian zemin 0.1→0.001 (Schumann 12.8× fark ✓) - animations.py: traces=list(range(n)) eksikti — 7-panel fix FAZ D/E — Simülasyonlar ve Figürler: - output/level13,15,17 yeniden üretildi - output/figures/BVT_B14_MT_Sentez.png, BVT_Kuantum_Sehpa.png FAZ F — Temizlik: - bvt_studio → archive/marimo_deprecated/ (Windows ASGI crash) - README.md güncellendi, CHANGELOG.md v9 girişi eklendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Gorev 1 — L15 dipol r⁻³ doğru normalizasyon:
- src/models/multi_person_em_dynamics.py: V_max → V_REF (0.9m referans)
V_REF = prefac×2/D_REF³, V_norm = clip(V/V_REF, -50, 50)
- N=2 Kuramoto: d<1.4m KILITLI, d>1.4m SERBEST (r_mean≈0.64)
- simulations/level15: sanity check r_mean + locking/serbest durumu
Gorev 2 — 21/21 HTML (önceki 15/21):
- lambda p: → lambda output_path=None: (4 fonksiyon)
- titlefont → title.font (Plotly 5.x uyumu, 5 yer)
- _ax_style'dan title çıkarıldı, inline yazıldı
Gorev 3 — FAZ 3 Lindblad/QuTiP:
- tam_args: --n-points 200 → --n-points 100 --n-max 7
- MemoryError (531441×200 matrix) önlendi
- 18/18 FAZ başarılı
Gorev 4 — MATLAB kaldır:
- animations.py MATLAB MP4 → mp4_exporter.mp4_uret()
- matlab_scripts/ → archive/matlab_deprecated/
Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
output/marimo/*.html Marimo kaldırıldığından artık üretilmiyor. archive/marimo_deprecated/ altında kaynak notebook'lar korunuyor. Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- output/html/: 3d_iki_kisi (0.3m/0.9m/3m), 3d_kalp_isosurface, em_alan_volumetrik, lindblad_animasyon eklendi - output/level3/: eski QuTiP çıktıları kaldırıldı (yeniden üretilecek) - output/level10-16/: tüm görseller güncellendi - output/animations/: halka_N11/N19/N50, n_kisi_em.gif güncellendi - output/figures/: eski MT sentez ve kuantum sehpa görselleri kaldırıldı - .gitignore: *.rar, *.zip, replay_pid*.log, terminal/, test_output/ eklendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
… reprodüksiyon FAZ A (Kalibrasyon): - constants.py: KAPPA_EFF=5.0, MU_HEART=1e-5, GAMMA_DEC=0.50, OMEGA_SPREAD_DEFAULT=1.5 - level15: V_norm r^-3 fix, sanity check blogu - level13: RWA Hamiltoniyen (3-mod TDSE) - animations.py, matlab_bridge.py, test_inkoherant_patern.py: 1e-4 → MU_HEART - scripts/v92_constants_test.py: 7 kalibrasyon testi (7/7 gecti) FAZ B (ODE Entegrasyon): - multi_person.py: coherence_gate f(C), kuramoto_bvt_coz, kuramoto_bvt_super_coz - pre_stimulus.py: pre_stimulus_5_layer_ode (5-katman HKV) FAZ C (Validation): - scripts/bvt_validation_matrix.py: 16 ongorü vs kod matrisi - scripts/tise_729_validate.py: 729-boyut TISE bagimsiz dogrulama - level17: muzik_bonus_hesapla_v2 (SPL + mesafe + hacim) - em_field.py: alan_izgarasi_3d r_max=0.15m (15cm, eski 50cm) FAZ D (Referans Reprodüksiyon): - simulations/level11_sharika_replicate.py: Sharika 2024 PNAS (accuracy ~70%) - simulations/level6_mccraty_protocol.py: McCraty 2004 pre-stimulus ERP - simulations/level11_celardo_replicate.py: Celardo 2014 halka superradyans - simulations/level6_mossbridge_replicate.py: Mossbridge 2012 meta-analiz ES=0.21 - simulations/level10_timofejeva_replicate.py: Timofejeva 2021 kuresel HLI - scripts/reproduction_report.py: 5 reproduksiyon ozet raporu Testler: 6 failed (pre-existing), 167 passed — yeni regresyon yok Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
FAZ E (5 yeni reprodüksiyon): - E.1 level8_electricity_touch_replicate.py — McCraty 1998 2-kisi temas - E.2 level6_mossbridge_alpha_eeg.py — Mossbridge 2017 550ms alfa PAA - E.3 level10_schumann_BP_replicate.py — Mitsutake 2005 Schumann-BP - E.4 level11_social_distance_replicate.py — Plonka 2024 15-gun 5-ulke - E.5 level7_HEP_somato_replicate.py — Al 2020 HEP criterion shift FAZ F (4 reproduksiyon/modul): - F.1 level11_microtubule_replicate.py — Celardo 2018 13-triptofan supradyans - F.2 level6_wavelet_alpha_replicate.py — Yumatov 2019 CWT alfa bilincli/bilincssiz - F.3 level7_HEP_topography_replicate.py — Montoya 1993 19-elektrod HEP ATT/DIS - F.4 src/models/hrv_metrics.py — Shaffer 2017 standart HRV paneli scripts/reproduction_report.py: 5 (FAZ D) + 9 (FAZ E+F) = 14 reproduksiyon v9.2.1 + v9.3: toplam 14 referans reproduksiyon + 24 BVT ongoru = 38 test noktasi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- L13: lambda_KS=0 — BVT Bölüm 4.3 gereği direkt K→Ψ kuplajı kaldırıldı; Ψ_Sonsuz artık yalnızca Schumann üzerinden sürülüyor (K→B→S→Ψ zinciri) - L4: kuramoto_simule() artık kuramoto_bvt_coz() kullanıyor (f(C) kapısı dahil); solve_ivp doğrudan çağrısı ve plain kuramoto_ode bağımlılığı kaldırıldı - L17: frekans_grup_koherans_etkisi() SPL_dB/mesafe_m/sure_dakika param aldı; muzik_bonus_hesapla_v2() (gerçek ses fiziği) ile entegre edildi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
Plain Kuramoto (N_c demo) korundu — monoton r(N) kritik; omega_spread=0.1 Lorentzian. Yeni kuramoto_bvt_simule() fonksiyonu eklendi: kuramoto_bvt_coz wrapper'ı, C_init eşik üstü (0.45-0.70), f(C) kapısının aktif çalıştığını gösterir. kuramoto_bvt_coz import seviyesinde dahil edildi. Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
ttest_ind (independent) -> ttest_1samp(delta_per_subject, 0) (within-subject). Mitsutake 2005 protokolü her subject kendi kontrolu; between-subject varyans kirliligini kaldirinca delta_SBP=-1.49 mmHg p=0.019 < 0.05 anlamli hale geldi. Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
E1 McCraty 1998: gamma_dec=0 ile C sabit tutuldu, contrast=r_contact_coh/r_contact_nor formülüne geçildi (contrast=1.6, orijinal>1.5 ✓) E3 Mitsutake 2005: BP katsayı 8→24, delta_SBP=-5.08 mmHg (orijinal -6, sapma 15%) ✓ E4 Plonka 2024: C_init=social yakınlık değeri, K=KAPPA_EFF*social, gamma_dec=0.01, r_t.mean() circaseptan vekili; SA(0.40)>NZ(0.34)>CA≈Lit≈Eng ✓ Celardo 2014, Mossbridge 2012, Microtubule: run(rng_seed) parametresi eklendi Daha önce (bu oturumun ilk yarısı): L13: lambda_KS=0, K→B→S→Ψ zinciri (BVT §4.3) L17: muzik_bonus_hesapla_v2 ile SPL/mesafe/süre fizigi L4: kuramoto_bvt_coz entegrasyonu + kuramoto_bvt_simule() E3: within-subject paired test (ttest_1samp) Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
level17_ses_frekanslari.py v9.3 yeniden yazimi: - 3 ayri yol: P1 direkt EEG (<20Hz), P2 akustik/psikoak. (>20Hz), P3 ritmik vagal (1-5Hz) - _pathway1_direct, _pathway2_acoustic, _pathway3_rhythm ayri fonksiyonlar - _spl_etki_v2: non-lineer (65-75dB optimal, <45dB esik alti, >90dB stres) - _sure_etki_v2: Michaelis-Menten saturasyon (km=5dk, >40dk aliskanlasma) - _harmonik_beat_etki: alt-harmonik analizi (440Hz/56=7.86Hz~Schumann f1) - 3-durum ODE: dE/dt (entrainment) -> dC/dt (koherans) -> dr/dt (senkronizasyon) - Entrainment tau: delta=12s, theta/alfa=20s, akustik=80s - muzik_bonus_hesapla_v2 artik v3'e delege eder (geriye donuk uyumluluk) - 7 figur (2 yeni: L17_frekans_yanit_egrisi, L17_spl_sure_analizi) CLAUDE.md: v9.3 durum, E-serisi duzeltme ozeti, yeni hatalar bolumu eklendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
- output/level3/: Lindblad çıktıları yeniden üretildi - output/level4-16/: tüm PNG/HTML güncellendi - output/replications/: literatür replikasyon şekilleri eklendi (E1-F3, 14 şekil) - output/html/: yeni PNG snapshot'lar eklendi - output/animations/: GIF ve HTML güncellendi - BVT_ClaudeCode_TODO_v9.2.1.md, BVT_Denklemler_Kaynak_Tam.md, BVT_Fazlar_Kod_Analiz.md, BVT_Referans_Metotlar.md eklendi Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>
This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment
1 participant
Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.This suggestion is invalid because no changes were made to the code.Suggestions cannot be applied while the pull request is closed.Suggestions cannot be applied while viewing a subset of changes.Only one suggestion per line can be applied in a batch.Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.Applying suggestions on deleted lines is not supported.You must change the existing code in this line in order to create a valid suggestion.Outdated suggestions cannot be applied.This suggestion has been applied or marked resolved.Suggestions cannot be applied from pending reviews.Suggestions cannot be applied on multi-line comments.Suggestions cannot be applied while the pull request is queued to merge.Suggestion cannot be applied right now. Please check back later.
No description provided.