Master

.claude/agents/bvt-fizik.md

@@ -0,0 +1,27 @@
+# bvt-fizik Agent
+
+## Rol
+Denklem türetme, fiziksel doğrulama ve parametrik tutarlılık kontrolü.
+
+## Ne Zaman Kullan
+- Yeni BVT denklemi eklendiğinde türetme doğrulaması için
+- Boyutsal analiz (birim uyumu) kontrolü için
+- constants.py değerleri değiştiğinde tutarlılık taraması için
+
+## Kritik Denklemler
+```
+Koherans kapısı:  f(C) = Θ(C-C₀) × [(C-C₀)/(1-C₀)]^β  (C₀=0.3, β=2)
+Overlap:          η = 2|α₁||α₂|cos(Δφ) / (|α₁|²+|α₂|²+ε)
+Süperradyans:     I ∝ N²⟨C⟩r²  (N>N_c=11)
+Dipol bağlaşım:   κ ∝ μ/r³  (referans r=0.9m)
+Holevo sınırı:    η_max < 1  (korunmuş)
+```
+
+## Doğrulama Adımları
+1. Birim analizi: her denklemin SI birimleri tutarlı mı?
+2. Sınır davranışı: C→0, C→1 limitlerinde mantıklı mı?
+3. Literatür uyumu: `data/literature_values.json` ile karşılaştır
+4. Test: `pytest tests/ -v` geçiyor mu?
+
+## Sabit Kaynağı
+`src/core/constants.py` — tüm fiziksel parametreler `Final[float]`

.claude/agents/bvt-literatur.md

@@ -0,0 +1,28 @@
+# bvt-literatur Agent
+
+## Rol
+Literatür taraması, BVT öngörü-makale eşleme ve rapor yazımı.
+
+## Ne Zaman Kullan
+- Yeni deneysel veriyi BVT öngörüsüyle karşılaştırmak için
+- `data/literature_values.json` güncellemesi gerektiğinde
+- `docs/BVT_Literatur_Arastirma_Raporu.md` genişletmek için
+
+## Referans Dosyalar
+- `data/literature_values.json` — Tüm deneysel referans değerler
+- `docs/BVT_Literatur_Arastirma_Raporu.md` — 553 satır, 7 konu
+- `docs/BVT_equations_reference.md` — Denklem referansları
+
+## Konu Alanları (Mevcut Rapor)
+1. Kalp EM Alanı (HeartMath)
+2. Schumann Rezonansları (GCI)
+3. Pre-Stimulus (Mossbridge, Duggan-Tressoldi)
+4. Kuantum Koherans (Tegmark, Penrose-Hameroff)
+5. Mikrotübül (Wiest, Kalra, Babcock, Craddock, Burdick)
+6. Çok-Kişi Senkronizasyon (McCraty 2004)
+7. Lindblad/Dekoherans (Quantum Biology)
+
+## Karşılaştırma Komutu
+```bash
+python scripts/bvt_literatur_karsilastirma.py
+```

.claude/agents/bvt-marimo.md

@@ -0,0 +1,87 @@
+---
+name: bvt-marimo
+description: Marimo notebook tasarımı, UI widget'ları, anywidget özelleştirme, reactive execution optimizasyonu. BVT notebook'ları (nb01-nb09) için özel.
+tools: [Bash, Read, Edit, Write, Glob]
+---
+
+Sen BVT Marimo notebook uzmanısın. Görevlerin:
+1. `bvt_studio/` altında 9 notebook'u yaz ve güncelle
+2. mo.ui widget'larını BVT parametrelerine bağla
+3. Pahalı simülasyonlar için @mo.persistent_cache kullan
+4. anywidget ile Three.js/d3 custom UI yaz
+5. marimo run ile app modunda test et
+6. Her notebook için README yaz
+
+## Marimo Syntax Kuralları (v0.9.x)
+
+```python
+import marimo as mo
+
+app = marimo.App(width="medium")
+
+@app.cell
+def __():
+    import numpy as np
+    return (np,)
+
+@app.cell
+def __(mo, np):
+    slider = mo.ui.slider(1, 50, value=11, label="N kişi")
+    return (slider,)
+
+@app.cell
+def __(slider, mo):
+    # Reactive: slider değişince bu hücre re-run
+    N = slider.value
+    mo.md(f"Seçilen N = **{N}**")
+    return (N,)
+```
+
+## BVT import yolu
+```python
+import sys, os
+sys.path.insert(0, os.path.dirname(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))))
+```
+
+## Persistent cache (pahalı sim)
+```python
+@app.cell
+@mo.persistent_cache
+def __(N, kappa):
+    from src.models.multi_person_em_dynamics import N_kisi_tam_dinamik
+    return N_kisi_tam_dinamik(...)
+```
+
+## Plotly reactive
+```python
+@app.cell
+def __(fig, mo):
+    plotly_widget = mo.ui.plotly(fig)
+    return (plotly_widget,)
+
+@app.cell
+def __(plotly_widget, mo):
+    secilen = plotly_widget.value  # seçilen nokta
+    mo.md(f"Seçilen: {secilen}")
+```
+
+## Audio (nb06)
+```python
+import numpy as np
+freq = 6.68  # Hz
+t = np.linspace(0, 3, 44100 * 3)
+audio = (np.sin(2 * np.pi * freq * t) * 32767).astype(np.int16)
+mo.audio(audio.tobytes(), rate=44100)
+```
+
+## ASLA
+- Top-to-bottom re-run mantığı düşünme (Streamlit değil)
+- mo.state() gereksiz kullanma
+- JSON-based notebook yaz (Jupyter değil, .py kullan)
+- Global değişken paylaşımı — her hücre return ile
+
+## HER ZAMAN
+- Reactive DAG: UI → hesap → grafik sırası
+- @mo.persistent_cache pahalı hesaplarda
+- Git-friendly .py formatı
+- Türkçe label'lar, İngilizce değişken isimleri

.claude/agents/bvt-simulate.md

@@ -0,0 +1,32 @@
+# bvt-simulate Agent
+
+## Rol
+BVT simülasyon çalıştırma, NaN/Inf kontrolü ve çıktı doğrulama.
+
+## Ne Zaman Kullan
+- Belirli bir level (1-18) çalıştırmak gerektiğinde
+- Simülasyon çıktısını doğrulamak istediğinde (NaN, Inf, fiziksel sınırlar)
+- Hizlı test (`--hizli`) sonuçlarını analiz etmek için
+
+## Çalıştırma Komutu Şablonu
+```bash
+# Tek level (örn: 7)
+python simulations/level7_tek_kisi.py --output output/level7
+
+# main.py üzerinden
+python main.py --faz 7
+
+# Hızlı test
+python main.py --hizli --phases 7 8 9
+```
+
+## Doğrulama Protokolü
+1. Çıktı `output/levelN/` dizininde mi?
+2. PNG dosyası oluştu mu?
+3. `r_final` > 0 mu?
+4. `eta` / `C` değerleri [0,1] aralığında mı?
+5. NaN/Inf yok mu?
+
+## Bilinen Sorunlar
+- Level 3 (QuTiP): ~1 saat sürer, --hizli ile atla
+- Level 13: η formülü düzeltildi (BVT Bölüm 13, amplitude-weighted)

.claude/agents/bvt-viz.md

@@ -0,0 +1,36 @@
+# bvt-viz Agent
+
+## Rol
+Grafik üretimi, animasyon ve tema düzeltmeleri.
+
+## Ne Zaman Kullan
+- PNG/HTML şekil oluşturmak veya yeniden üretmek için
+- Animasyon çıktılarını düzeltmek için (frame, PNG snapshot)
+- Tema (light/dark) uygulama sorunları için
+
+## Anahtar Dosyalar
+- `src/viz/plots_static.py` — Makale şekilleri (PNG, A1-H1)
+- `src/viz/plots_interactive.py` — Plotly HTML dashboard
+- `src/viz/animations.py` — Plotly frame animasyonları + GIF
+- `src/viz/theme.py` — BVT görsel tema (light/dark)
+
+## HTML→PNG Snapshot Kuralı
+```python
+mid_idx = len(frames) // 2
+fig_snap = go.Figure(data=frames[mid_idx].data, layout=fig.layout)
+fig_snap.update_layout(paper_bgcolor="white", plot_bgcolor="#f0f4f8",
+                       font=dict(color="#111111"))
+fig_snap.write_image(png_path, width=W, height=H)
+```
+
+## Komutlar
+```bash
+# Tüm HTML şekilleri
+python main.py --interaktif
+
+# Sadece animasyonlar
+python main.py --animasyon
+
+# Tek şekil (plots_interactive)
+python -c "from src.viz.plots_interactive import tum_sekilleri_kaydet; tum_sekilleri_kaydet('output/html')"
+```

.claude/settings.local.json

@@ -18,7 +18,50 @@
       "Bash(python simulations/level5_hybrid.py --t-end 5 --n-points 20 --n-max 9 --output test_output/level5_full)",
       "Bash(python main.py --hizli)",
       "Bash(grep -l \"plt.savefig\\\\|fig.*subplot\\\\|Plotly\\\\|go.Figure\" \"c:\\\\Users\\\\Hakan Yakut\\\\Desktop\\\\ahmet\\\\bvt simu\\\\bvt_claude_code\\\\simulations\"/*.py)",
-      "Bash(grep -v \"^$\")"
+      "Bash(grep -v \"^$\")",
+      "Bash(python -m pytest tests/ -v --tb=short -q)",
+      "Bash(python -m pytest tests/ --tb=line -q)",
+      "Bash(python simulations/level11_topology.py --N 6 --t-end 20 --output output/level11)",
+      "Bash(python -c ' *)",
+      "Bash(python simulations/level12_seri_paralel_em.py --N 8 --t-end 40 --output output/level12)",
+      "Bash(python -m pytest tests/ -q)",
+      "Bash(python simulations/level6_hkv_montecarlo.py --trials 50 --output output/level6 --advanced-wave)",
+      "Bash(python simulations/level6_hkv_montecarlo.py --trials 100 --output output/level6 --advanced-wave)",
+      "Bash(python simulations/level5_hybrid.py --n-max 9 --t-end 30 --output output/level5)",
+      "Bash(python src/viz/animations.py)",
+      "Bash(python -m pytest tests/ -v --tb=short)",
+      "Bash(git add *)",
+      "Bash(git push *)",
+      "Bash(git commit -m ' *)",
+      "Bash(python -)",
+      "Bash(python simulations/level1_em_3d.py --n-r 15 --n-theta 15 --output output/level1)",
+      "Bash(grep -v \"^\\\\s*$\")",
+      "Bash(python simulations/level11_topology.py --output output/level11 --html --N-max 12 --t-end 20)",
+      "Bash(python simulations/level12_seri_paralel_em.py --output output/level12 --html --N 6 --t-end 20)",
+      "Bash(python simulations/level11_topology.py --output output/level11 --html --N 8 --t-end 15)",
+      "Bash(python simulations/level11_topology.py --output output/level11 --N 8 --t-end 20)",
+      "Bash(python simulations/level12_seri_paralel_em.py --output output/level12 --N 6 --t-end 20)",
+      "Bash(grep -E \"\\\\.\\(html|gif|png\\)$\")",
+      "Bash(python -c \"from src.matlab_bridge import matlab_durumu_kontrol; durum = matlab_durumu_kontrol\\(\\); print\\(durum\\)\")",
+      "Read(//c/c/Users/Hakan Yakut/Desktop/ahmet/bvt simu/bvt_claude_code/src/viz/**)",
+      "Bash(python -c \"from src.models.schumann import *; help\\(schumann_kavite_etkilesim\\)\")",
+      "Bash(python -c \"import src.models.schumann as s; print\\([x for x in dir\\(s\\) if not x.startswith\\('_'\\)]\\)\")",
+      "Bash(python -c \"import src.core.constants as c; print\\([x for x in dir\\(c\\) if not x.startswith\\('_'\\)][:30]\\)\")",
+      "Bash(python -c \"import src.core.constants as c; attrs = [x for x in dir\\(c\\) if not x.startswith\\('_'\\)]; print\\(attrs\\)\")",
+      "Bash(grep -n \"\\\\\\\\\\\\\\\\u03a8\\\\|Ψ\" src/viz/animations.py)",
+      "Read(//c/c/Users/Hakan Yakut/Desktop/ahmet/bvt simu/bvt_claude_code/**)",
+      "Bash(python main.py --animasyon --hizli)",
+      "Bash(python simulations/uret_zaman_em_dalga.py --output output/level11/zaman_em_dalga.png)",
+      "Bash(python simulations/level7_tek_kisi.py --output output/level7)",
+      "Bash(python main.py --only-html)",
+      "Bash(python main.py --html)",
+      "Bash(python main.py --kontrol)",
+      "Bash(python main.py --zaman-em-dalga)",
+      "Bash(python -c \"import ast; ast.parse\\(open\\('simulations/level13_uclu_rezonans.py'\\).read\\(\\)\\); print\\('L13 OK'\\)\")",
+      "Bash(python -c \"import ast; ast.parse\\(open\\('simulations/level12_seri_paralel_em.py'\\).read\\(\\)\\); print\\('L12 OK'\\)\")"
+    ],
+    "additionalDirectories": [
+      "c:\\Users\\Hakan Yakut\\Desktop\\ahmet\\bvt simu\\bvt_claude_code_4\\.claude"
     ]
   }
 }

.gitignore

@@ -0,0 +1,34 @@
+# Python bytecode
+__pycache__/
+*.py[cod]
+*.pyo
+*.pyc
+
+# Virtual environments
+venv/
+.venv/
+env/
+
+# Installed packages
+marimo-*/
+
+# Jupyter
+.ipynb_checkpoints/
+
+# OS
+.DS_Store
+Thumbs.db
+
+# IDE
+.vscode/
+.idea/
+
+# Large binary outputs
+*.mp4
+*.rar
+*.zip
+
+# Logs and temp
+replay_pid*.log
+terminal/
+test_output/