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Paper2Read 将拥挤的论文 PDF 整理为带有研究问题、方法、发现和论证线索的精读文档

Paper2Read

把论文 PDF 变成适合精读的 Markdown 或 Notion 文档。

Zotero 里存了很多论文,不等于真正读过这些论文。双栏排版、密集文字和复杂结构会增加阅读负担;只看 AI 总结虽然快,却很难理解作者如何提出问题、使用证据并得出结论。

“古法”科研基本功仍然离不开系统阅读。先读懂单篇论文,才能逐步建立自己的知识网络;有了足够的理解和积累,才能进一步引发批判性思考。

Paper2Read 用来减少精读前的机械重复工作。它保留论文原文,整理版面和论证结构,再输出 Markdown 到 Notion。AI 负责整理,阅读和判断仍由你完成。

English

Validate GitHub Release GitHub Stars MIT License Agent Skill compatible

主要功能

  • 恢复 H1/H2/H3、列表、表格、公式、图表和阅读顺序。
  • 标出研究问题、假设、方法、关键发现、结论、局限和推理连接词。
  • 生成 Markdown;需要时写入 Notion,并保留页码供原文核对。

如何使用

把 PDF 上传给已经安装 Paper2Read 的 Agent,然后说:

使用 $paper2read 处理这篇论文。保留完整原文,整理标题、列表、表格、公式和图表;
标出研究问题、假设、方法、关键发现、结论、局限和推理连接词;
生成中文精读文档。若 Notion 已连接,再写入我的论文库并回读确认。

最终阅读文件是 report.md 或 Notion 页面。程序所需的中间数据保存在隐藏的 .paper2read/ 目录。

需要机构登录的 ScienceDirect、Web of Science 等页面,请先通过自己的合法权限下载 PDF,再上传给 Agent。本工具不会绕过登录或付费墙。

安装为 Agent Skill

将本仓库发布到 GitHub 后,可以让 Agent 安装:

使用 $skill-installer 安装 https://github.com/sylviahuang987/paper2read

也可以手动安装:

git clone https://github.com/sylviahuang987/paper2read.git ~/.codex/skills/paper2read

Claude Code plugin:

/plugin marketplace add https://github.com/sylviahuang987/paper2read
/plugin install paper2read@paper2read-tools

刷新 Agent 会话后,确认 $paper2read 可以被识别。

本地运行

需要 Python 3.10+。首次安装依赖:

python scripts/setup_environment.py --use-uv --install

处理 PDF:

.paper2read/.venv/bin/python scripts/process_paper.py paper.pdf --output paper-output

Windows:

.paper2read\.venv\Scripts\python.exe scripts\process_paper.py paper.pdf --output paper-output

完成后打开 paper-output/report.md

Notion

当 Agent 已连接 Notion 时,Paper2Read 会读取目标数据库的字段,按 DOI 或标题查重,写入页面后再回读确认。

如果只需要 Markdown,在指令中注明:

只生成 Markdown,不写入云端服务。

没有 Notion Connector 时,可以使用 REST fallback。密钥只应保存在本机环境变量中,并先运行预演:

.paper2read/.venv/bin/python scripts/publish_notion_payload.py \
  paper-output/.paper2read/notion_payload.json --dry-run

输出内容

  • 快速定位:研究问题、假设、研究目标和关键发现。
  • 论证主线:研究动机、问题、方法、发现、结论和边界。
  • 完整精排正文:保留原文、结构、重点和页码。

如果原文没有明确写出 research question 或 hypothesis,文档会标注“原文未明确陈述”,不会代替作者推断。

边界

  • 复杂多栏、异常字体、大型表格和低质量扫描件可能需要人工复核。
  • 当前只处理单篇论文的阅读整理,不负责文献搜索、跨论文综述或自动写作。
  • 飞书可以直接导入 report.md;只有运行环境提供可用连接器时,才会自动创建云文档。

开源与隐私

PDF 默认在本地处理。写入 Notion 或其他服务前,需要用户明确授权。

如果 Paper2Read 让你更愿意真正读完一篇论文,欢迎点一个 ⭐ Star。遇到识别错误或难处理的 PDF,可以提交 Issue

Paper2Read 基于 MIT 许可的 Guesswhat-Studio/paper-to-notion-skillDocling 构建,详细归属见 NOTICE.md。本仓库采用 MIT License。

About

Turn research PDFs into structured Markdown and Notion documents for close reading.

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