Aspera FastQ Downloader

这是一个用于从EBI数据库使用Aspera批量下载FastQ文件的Python脚本。

功能特点

• 支持并行下载多个FastQ文件
• 使用Aspera高速下载
• 可配置的下载参数
• 支持从TSV文件批量读取下载链接
• 自动创建输出目录
• 利用了ENA下载无需下载解压的特点

依赖要求

• Python 3.6+
• Aspera Connect
• 安装在conda环境中的ascp

安装

1. 克隆仓库

git clone https://github.com/thekingofall/ASCPdown.git

2. 确保已安装Aspera Connect并配置好环境

conda install rpetit3::aspera-connect

使用方法

基本用法

python Ascp_down.py

命令行参数

python Ascp_down.py [-h] [--input INPUT] [--output OUTPUT] [--workers WORKERS]
                    [--ascp-key ASCP_KEY] [--ascp-binary ASCP_BINARY] 
                    [--column COLUMN]

参数说明

参数	简写	默认值	说明
--input	-i	filereport_read_run_PRJNA727602_tsv.txt	输入的TSV文件路径
--output	-o	fastq_files	输出目录
--workers	-w	4	并行下载的线程数
--ascp-key	-	/data1/maolp/mamba/envs/py38/etc/asperaweb_id_dsa.openssh	Aspera密钥路径
--ascp-binary	-	/data1/maolp/mamba/envs/py38/bin/ascp	Aspera二进制文件路径
--column	-c	6	TSV文件中fastq_ftp列的索引（从0开始）

使用示例

1. 使用默认参数下载：

python Ascp_down.py

2. 指定自定义参数：

python Ascp_down.py -i my_data.tsv -o download_dir -w 8 --column 3

3. 使用不同的Aspera配置：

python Ascp_down.py --ascp-key /path/to/key --ascp-binary /path/to/ascp

输入文件格式

输入的TSV文件应包含fastq_ftp列，格式示例：

run_accession    fastq_ftp
SRR14355886      ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR143/086/SRR14355886/SRR14355886_1.fastq.gz;ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR143/086/SRR14355886/SRR14355886_2.fastq.gz