Claude Code 学术研究环境

一套面向学术研究场景的 Claude Code 环境配置，覆盖论文搜索 → 批量下载 → 文献综述 → 论文撰写 → 润色发布的完整研究流水线。

项目概览

                    ┌──────────────────────────────────┐
                    │         DeepSeek V4 Pro          │
                    │   (Anthropic 兼容 API 后端)       │
                    └──────────────┬───────────────────┘
                                   │
                    ┌──────────────▼───────────────────┐
                    │          Claude Code CLI          │
                    └──────────────┬───────────────────┘
                                   │
          ┌────────────┬───────────┼───────────┬────────────┐
          ▼            ▼           ▼           ▼            ▼
   ┌──────────┐ ┌──────────┐ ┌──────────┐ ┌──────────┐ ┌──────────┐
   │   MCP    │ │   MCP    │ │   MCP    │ │   MCP    │ │   MCP    │
   │ alphaxiv │ │ arxiv-   │ │ chrome-  │ │ zotero   │ │ markit-  │
   │          │ │ latex    │ │ devtools │ │          │ │ down     │
   └──────────┘ └──────────┘ └──────────┘ └──────────┘ └──────────┘
                         │
          ┌──────────────┼──────────────┐
          ▼              ▼              ▼
   ┌──────────┐   ┌──────────┐   ┌──────────┐
   │ 官方市场  │   │ 独立     │   │ 自定义   │
   │ Skills   │   │ Skills   │   │ Skills   │
   │ (~100个) │   │ (3个)    │   │ (8个)    │
   └──────────┘   └──────────┘   └──────────┘

研究流水线

本环境将 Claude Code 从"编程助手"扩展为"学术研究工作站"。各组件串联形成完整的研究工作流：

academic-search ──→ paper-harvest ──→ literature-survey ──→ ml-paper-writing ──→ humanizer
   搜索+筛选           批量下载           对比+综述大纲           分节撰写            去AI味

                    WoS 工具链 (Web of Science 数据库):
                    wos-search ──→ wos-paper-detail ──→ wos-download
                        │                                    │
                        └──→ wos-navigate-pages              └──→ wos-export → Zotero

arXiv 路径: 适合快速获取 AI/CS/ML 领域最新论文
WoS 路径: 适合需要引用数据 (JIF/JCR/SCI分区) 的正式学术场景

📖 实操教程: 自动化科研教程：以蛋白质亚细胞定位为例

安装

前提

依赖	最低版本	用途
Node.js	18+	chrome-devtools MCP 运行环境
Python	3.9+	markitdown MCP 运行环境
uv / uvx	最新	arxiv-latex-mcp 运行环境
Git	2.x	克隆仓库与版本控制

一键安装

macOS / Linux:

git clone https://github.com/wanboyang/claude-code-setup.git
cd claude-code-setup

# 自动配置（含 API Key）
DEEPSEEK_API_KEY=sk-xxx bash setup.sh

# 或不含 API Key（脚本会打印配置指引）
bash setup.sh

Windows PowerShell:

git clone https://github.com/wanboyang/claude-code-setup.git
cd claude-code-setup

# 自动配置（含 API Key）
$env:DEEPSEEK_API_KEY = "sk-xxx"
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File setup.ps1

安装脚本执行 7 个步骤：

步骤	内容
1	安装 Claude Code CLI
2	配置 DeepSeek V4 API 后端
3	检查前置依赖 (Node.js, Python, uv)
4	添加官方插件市场
5	安装独立 Skills (15个)
6	配置 MCP 服务器 (6个)
7	配置工具权限

API 后端配置

本环境使用 DeepSeek V4 Pro 作为模型后端，通过 Anthropic 兼容 API 接入。在 DeepSeek Platform 获取 API Key。

环境变量

macOS / Linux (~/.bashrc 或 ~/.zshrc):

export ANTHROPIC_BASE_URL=https://api.deepseek.com/anthropic
export ANTHROPIC_AUTH_TOKEN=<你的 DeepSeek API Key>
export ANTHROPIC_MODEL=deepseek-v4-pro[1m]
export ANTHROPIC_DEFAULT_OPUS_MODEL=deepseek-v4-pro[1m]
export ANTHROPIC_DEFAULT_SONNET_MODEL=deepseek-v4-pro[1m]
export ANTHROPIC_DEFAULT_HAIKU_MODEL=deepseek-v4-flash
export CLAUDE_CODE_SUBAGENT_MODEL=deepseek-v4-flash
export CLAUDE_CODE_EFFORT_LEVEL=max

Windows PowerShell (系统环境变量或 $profile):

$env:ANTHROPIC_BASE_URL="https://api.deepseek.com/anthropic"
$env:ANTHROPIC_AUTH_TOKEN="<你的 DeepSeek API Key>"
$env:ANTHROPIC_MODEL="deepseek-v4-pro[1m]"
$env:ANTHROPIC_DEFAULT_OPUS_MODEL="deepseek-v4-pro[1m]"
$env:ANTHROPIC_DEFAULT_SONNET_MODEL="deepseek-v4-pro[1m]"
$env:ANTHROPIC_DEFAULT_HAIKU_MODEL="deepseek-v4-flash"
$env:CLAUDE_CODE_SUBAGENT_MODEL="deepseek-v4-flash"
$env:CLAUDE_CODE_EFFORT_LEVEL="max"

Windows 永久生效（管理员权限）:

setx ANTHROPIC_BASE_URL "https://api.deepseek.com/anthropic"
setx ANTHROPIC_MODEL "deepseek-v4-pro[1m]"
setx ANTHROPIC_DEFAULT_OPUS_MODEL "deepseek-v4-pro[1m]"
setx ANTHROPIC_DEFAULT_SONNET_MODEL "deepseek-v4-pro[1m]"
setx ANTHROPIC_DEFAULT_HAIKU_MODEL "deepseek-v4-flash"
setx CLAUDE_CODE_SUBAGENT_MODEL "deepseek-v4-flash"
setx CLAUDE_CODE_EFFORT_LEVEL "max"
setx ANTHROPIC_AUTH_TOKEN "<你的 DeepSeek API Key>"

如果使用 Anthropic 官方 API，只需设置 ANTHROPIC_AUTH_TOKEN 为 Anthropic API Key，删除 ANTHROPIC_BASE_URL 即可恢复默认。

模型说明

环境变量	值	说明
`ANTHROPIC_MODEL`	`deepseek-v4-pro[1m]`	默认模型
`ANTHROPIC_DEFAULT_OPUS_MODEL`	`deepseek-v4-pro[1m]`	对应 Claude Opus 级能力
`ANTHROPIC_DEFAULT_SONNET_MODEL`	`deepseek-v4-pro[1m]`	对应 Claude Sonnet 级能力
`ANTHROPIC_DEFAULT_HAIKU_MODEL`	`deepseek-v4-flash`	对应 Claude Haiku 级能力
`CLAUDE_CODE_SUBAGENT_MODEL`	`deepseek-v4-flash`	Sub-agent 使用轻量模型
`CLAUDE_CODE_EFFORT_LEVEL`	`max`	推理深度 (low/medium/high/xhigh/max)

MCP 服务器详解

MCP (Model Context Protocol) 服务器为 Claude Code 提供外部工具能力。本环境配置了 6 个 MCP 服务器：

1. alphaXiv — 学术论文检索

属性	值
类型	HTTP (云端服务)
连接	`https://api.alphaxiv.org/mcp/v1`
认证	OAuth (首次自动弹出浏览器)

功能：

搜索 arXiv 上 250 万+ 学术论文
获取论文的 AI 结构化摘要（比原始摘要更详细，包含方法/贡献/局限）
获取论文完整 PDF 文本（fullText=true）
查看论文引用关系和相关工作

典型用法：

帮我找 5 篇 RLHF 相关的最新论文
这篇论文 (2305.18290) 的主要贡献是什么？

2. arxiv-latex-mcp — arXiv LaTeX 源码工具

属性	值
类型	stdio (本地进程)
命令	`uvx arxiv-latex-mcp`

功能：

获取 arXiv 论文的 LaTeX 源码
提取特定章节内容（如 Method, Experiment）
在本地编译预览论文

典型用法：

提取 2305.18290 的 Method 章节
这篇论文的实验部分用了什么数据集？

3. chrome-devtools — 浏览器自动化

属性	值
类型	stdio (本地进程)
命令	`npx -y chrome-devtools-mcp@latest`

功能：

控制 Chrome 浏览器实现自动化操作
页面导航、表单填写、截图
JavaScript 注入执行（evaluate_script）
网络请求拦截和分析
配合 Web VPN 下载付费论文 PDF

典型用法：

打开 Web of Science 搜索 "value co-creation"
从这个出版商页面下载 PDF

4. Zotero — 文献管理集成

属性	值
类型	HTTP (本地服务)
连接	`http://127.0.0.1:23120/mcp`
前提	Zotero 客户端运行 + zotero-mcp 插件

功能：

将论文元数据直接推送到 Zotero 文献库
支持批量导入和去重（通过内容哈希）
自动映射 WoS 字段到 Zotero schema
保留引用次数、JIF、JCR 分区等 WoS 特有数据

典型用法：

把当前搜索结果导入 Zotero
导出这 10 篇论文到我的 Zotero 库

5. markitdown — 文件格式转换

属性	值
类型	stdio (本地进程)
命令	`python -m markitdown_mcp`

功能：

将各种文件格式转换为 Markdown
支持: PDF, DOCX, PPTX, XLSX, HTML, CSV, JSON, XML 等
保留文档结构（标题、列表、表格）

典型用法：

把这个 PDF 转成 Markdown
提取这个 Excel 表格的内容

6. office-mcp — Office 文件操作

属性	值
类型	stdio (本地进程)
命令	`node <path>/office-mcp/dist/index.js`

功能：

创建和编辑 Word 文档 (.docx)
创建和编辑 PowerPoint 演示文稿 (.pptx)
创建和编辑 Excel 电子表格 (.xlsx)
PDF 操作（合并、拆分、压缩、OCR、表单填写）
文件格式互转（MD↔DOCX, PDF↔DOCX, CSV↔XLSX 等）

典型用法：

根据这个 Markdown 生成 Word 文档
合并这些 PDF 文件
提取 PDF 中的表格数据

Skills 详解

Skills 是 Claude Code 的知识模块，每个 Skill 封装了特定领域的操作指南、工作流和工具使用方法。通过 /skill-name 调用。

学术研究工具链

academic-search — 学术论文搜索

属性	值
来源	`ustc-ai4science/academic-search`
调用	`/academic-search`

统一的学术论文搜索入口，整合多个数据源：

arXiv (物理/CS/数学)
Semantic Scholar (全学科)
Crossref / OpenAlex
Google Scholar, ACM DL, IEEE Xplore
CNKI (中国知网)

支持按关键词、作者、DOI、年份范围搜索，返回结构化论文列表（含引用数、OA 状态、PDF 可用性）。

paper-harvest — 大规模论文搜索与批量下载

属性	值
来源	`wanboyang/paper-harvest-skill`
调用	`/paper-harvest`

批量下载学术论文的完整解决方案：

arXiv 批量下载: paper-harvest pipeline "关键词" -n 100 直接搜索+下载
混合来源分流: 自动区分 arXiv 论文和出版商论文，分别处理
Web VPN 下载: 通过 chrome-devtools MCP 操控浏览器，经机构 VPN 下载付费论文
Zotero 集成: 下载后自动导入 Zotero 文献库

工作流:
paper-harvest search "RLHF" -n 50 → papers.json
paper-harvest split papers.json         → arxiv / vpn 分流
paper-harvest download papers-arxiv.json → 并发下载
→ chrome-devtools 逐篇下载 vpn 论文
→ 导入 Zotero

literature-survey — 文献综述向导

属性	值
来源	`wanboyang/literature-survey-skill`
调用	`/literature-survey`

将多篇论文进行结构化对比和综合分析，自动生成综述大纲。填补"搜索下载"和"论文撰写"之间的关键空白。

5 个阶段：

论文内容提取 — 通过 alphaxiv MCP 批量获取 AI 结构化报告
结构化信息抽取 — 提取 method/dataset/metrics/claims/limitations 等维度的统一 schema
对比矩阵生成 — 自动生成 CSV + Markdown 格式的跨论文对比表
趋势与空白分析 — 识别方法演化路径、研究热点、未被解决的空白点
综述大纲生成 — 输出包含 8 个章节的完整综述框架

输出目录 (survey-output/):

extraction/          # 每篇论文的结构化提取 (YAML)
comparison-matrix.csv  # Excel 对比矩阵
comparison-matrix.md    # Markdown 对比矩阵
gap-analysis.md         # 趋势 + 空白分析
survey-outline.md       # 综述大纲（含必引论文）
taxonomy.md             # 分类体系

academic-plotting — 论文图表生成

属性	值
来源	`zechenzhangAGI/AI-research-SKILLs`
调用	`/academic-plotting`

从研究上下文生成出版级图表：

架构图: 根据论文描述自动生成系统架构图
数据图: 根据实验数据自动选择图表类型并生成 (matplotlib/seaborn)
支持格式: PDF, PNG, SVG (适合 LaTeX 论文嵌入)

ml-paper-writing — 机器学习论文撰写

属性	值
来源	官方市场
调用	`/ml-paper-writing`

面向 NeurIPS / ICML / ICLR / ACL / AAAI 的论文撰写指南。从研究仓库生成论文草稿，结构化论证，验证引用完整性。

humanizer — 文本去 AI 味

属性	值
来源	`blader/humanizer`
调用	`/humanizer`

基于 Wikipedia "Signs of AI writing" 指南，检测并修复 AI 生成文本的典型模式：

夸张的象征性表达
过度营销化的语言
模板化的三段式结构
AI 高频词汇和短语
破折号滥用

Web of Science 工具链

针对 WoS 数据库的专属工具套件，通过 chrome-devtools MCP 操控浏览器自动化操作 WoS 网站。

wos-search — WoS 搜索

属性	值
来源	`wanboyang/wos-search-skill`
调用	`/wos-search`

通过 WoS 内部 API 搜索论文，支持：

按主题/作者/标题/DOI/期刊/年份/基金号搜索
数据库选择 (Core Collection / All / MEDLINE / Preprint)
版本过滤 (SCI / SSCI / CPCI-S)
排序 (引用次数/日期/相关性)
中文关键词自动翻译为英文

wos-paper-detail — WoS 论文详情

属性	值
来源	`wanboyang/wos-paper-detail-skill`
调用	`/wos-paper-detail`

提取论文的完整元数据：

标题、作者、摘要、关键词
期刊来源、卷/期/页码
引用次数 (WoS Core / All DB)
JIF (影响因子)、JCR 分区
研究领域和 WoS 分类
全文链接

wos-navigate-pages — WoS 翻页

属性	值
来源	`wanboyang/wos-navigate-pages-skill`
调用	`/wos-navigate-pages`

浏览 WoS 搜索结果的多页数据。支持 API 翻页（1 次工具调用）和 URL 翻页（2 次工具调用）。

wos-parse-results — WoS 结果解析 (内部 skill)

属性	值
来源	`wanboyang/wos-parse-results-skill`
用户可调用	否 (被其他 skill 自动使用)

从 WoS 搜索结果页面或 API 响应中提取结构化数据。Mode A (API 解析) 和 Mode B (DOM 提取) 两种方式。

wos-download — WoS 论文 PDF 下载

属性	值
来源	`wanboyang/wos-download-skill`
调用	`/wos-download`

通过 WoS 的出版商链接下载 PDF 全文：

自动跟随 DOI 链接到出版商页面
检测 PDF 可用性（直接 PDF / 需点击下载按钮 / 登录墙 / 付费墙）
智能处理 Wiley / Elsevier / Springer / IEEE 等不同出版商的 PDF 查找策略
文件命名: {第一作者}_{年份}_{短标题}.pdf

wos-export — WoS 导出

属性	值
来源	`wanboyang/wos-export-skill`
调用	`/wos-export`

两种导出模式：

Mode A — 推送到 Zotero (推荐): 直接从对话上下文中的论文数据推送到 Zotero，无需浏览器交互。自动去重，支持批量导入。
Mode B — 文件导出: 通过 WoS 网页 UI 导出为 RIS / BibTeX / Excel / 纯文本。

附带 push_to_zotero.py 脚本：通过 Zotero Connector API 将 WoS 论文元数据自动映射到 Zotero schema。

wos-reference — WoS 参考文档

属性	值
来源	`wanboyang/wos-reference`
调用	无 (被 WoS skills 依赖)

WoS 网站的 DOM 结构和 API 参考文档。包含：URL 模式、CSS 选择器、内部 API 端点和参数说明、字段标签映射。是 WoS 工具链的共享知识库。

wos-researcher — WoS 研究助手 Agent

属性	值
来源	`wanboyang/wos-researcher-agent`
类型	Agent (协调多个 skills)

协调所有 WoS skills 的 Agent，封装了完整的 WoS 研究流程：

搜索 → 浏览结果 → 查看详情 → 下载 PDF → 导出
自动注入反爬虫脚本
维护 API 优先、DOM 回退的执行原则
最小化工具调用次数

文档与演示工具

pptx — PowerPoint 操作

属性	值
来源	官方市场
调用	`/pptx`

创建、读取、编辑 .pptx 文件。支持：模板填充、幻灯片生成、文本提取、备注编辑。

docx — Word 文档操作

属性	值
来源	官方市场
调用	`/docx`

创建、读取、编辑 .docx 文件。支持：模板填充、格式保留、内容提取、注释/修订。

pdf — PDF 操作

属性	值
来源	官方市场
调用	`/pdf`

PDF 文件的全套操作：读取/提取文本和表格、合并/拆分、旋转页面、添加水印、OCR 扫描件、加密/解密。

xlsx — Excel 操作

属性	值
来源	官方市场
调用	`/xlsx`

读取和创建 .xlsx 文件，支持公式、图表、数据透视表。

frontend-design — 前端设计

属性	值
来源	官方市场
调用	`/frontend-design`

创建高质量的前端界面：网页、仪表盘、HTML 邮件、React 组件等。

其他 Skills (来自官方市场)

安装官方市场后可用 100+ skills，覆盖 ML 训练、部署、多模态、语音等方向。常用部分：

Skill	用途
`llamaindex`	构建 RAG 应用
`langchain`	LLM 应用开发框架
`transformers`	HuggingFace 模型训练/推理
`vllm`	高性能 LLM 推理部署
`peft`	LoRA/QLoRA 参数高效微调
`trl-fine-tuning`	RLHF / DPO 对齐训练
`deepseek`	DeepSeek 模型训练指南
`pytorch-lightning`	PyTorch 训练框架
`tensorboard`	训练指标可视化
`stable-diffusion`	文生图模型
`whisper`	语音识别
`mcp-builder`	开发自定义 MCP 服务器
`skill-creator`	开发和优化 Skills

手动配置项

配置	说明
DeepSeek API Key	在 platform.deepseek.com 获取，设置为 `DEEPSEEK_API_KEY` 或直接配置 `ANTHROPIC_AUTH_TOKEN`
alphaXiv OAuth	首次使用 alphaXiv MCP 时自动弹出浏览器完成认证
Zotero 客户端	安装 Zotero + zotero-mcp 插件，运行后 MCP 端口 23120 自动开启
Chrome 浏览器	chrome-devtools MCP 需要 Chrome 运行。如需 VPN 下载论文，提前在 Chrome 中登录机构 Web VPN

验证安装

# 检查 MCP 服务器状态
claude mcp list
# 应显示 6 个服务器均为 ✓ Connected

# 检查已安装的插件
claude plugins list

# 测试一个 skill
# 在 Claude Code 中输入: /literature-survey

注意事项

跨平台: MCP 配置使用 claude mcp add 命令，自动适配 Windows/macOS/Linux 路径差异
代理: 如果使用代理访问 GitHub，设置 HTTP_PROXY 和 HTTPS_PROXY 环境变量
首次运行: Claude Code 首次启动会自动同步插件市场，Skills 在首次 /skill-name 调用时自动安装
权限: 脚本配置了全部 MCP 工具的 Auto-Allow 权限。如需更严格策略，手动编辑 ~/.claude/settings.json

Name		Name	Last commit message	Last commit date
README.md		README.md
README_EN.md		README_EN.md
setup.ps1		setup.ps1
setup.sh		setup.sh
tutorial.md		tutorial.md
tutorial_EN.md		tutorial_EN.md

Latest commit

History

Folders and files

Repository files navigation

Claude Code 学术研究环境

项目概览

研究流水线

安装

前提

一键安装

API 后端配置

环境变量

模型说明

MCP 服务器详解

1. alphaXiv — 学术论文检索

2. arxiv-latex-mcp — arXiv LaTeX 源码工具

3. chrome-devtools — 浏览器自动化

4. Zotero — 文献管理集成

5. markitdown — 文件格式转换

6. office-mcp — Office 文件操作

Skills 详解

学术研究工具链

academic-search — 学术论文搜索

paper-harvest — 大规模论文搜索与批量下载

literature-survey — 文献综述向导

academic-plotting — 论文图表生成

ml-paper-writing — 机器学习论文撰写

humanizer — 文本去 AI 味

Web of Science 工具链

wos-search — WoS 搜索

wos-paper-detail — WoS 论文详情

wos-navigate-pages — WoS 翻页

wos-parse-results — WoS 结果解析 (内部 skill)

wos-download — WoS 论文 PDF 下载

wos-export — WoS 导出

wos-reference — WoS 参考文档

wos-researcher — WoS 研究助手 Agent

文档与演示工具

pptx — PowerPoint 操作

docx — Word 文档操作

pdf — PDF 操作

xlsx — Excel 操作

frontend-design — 前端设计

其他 Skills (来自官方市场)

手动配置项

验证安装

注意事项

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