Awesome R 中文版(ZH_CN)

这里有很多非常不错的R包和工具. 该想法来自于awesome-machine-learning.

这里是包的导航清单，看起来更方便 https://awesome-r.com

for [Top 50](https://github.com/rstudio/RStartHere/blob/master/top_downloads_2016/top_packages) CRAN downloaded packages or repos with 400+

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Integrated Development Environments

集成开发环境

• RStudio - 一个非常强大高效的图形界面开发环境，可以在Windows, Mac, 和Linux运行.
• Emacs + ESS - ESS是一个emacs文本编辑器的一个统计分析的插件.
• Sublime Text + R-Box - 一个在Sublime 2/3中使用R语言编程的插件.
• TextMate + r.tmblundle - TextMate 1/2的插件.
• StatET - 一个基于Eclipse的R语言IDE.
• Revolution R Enterprise - 专注于大数据,大规模多处理器的功能,可以对学术用户免费提供和商业使用.
• R Commander - 一个包括基本图形用户界面的R包.
• IRkernel - Jupyter的R语言内核.
• Deducer - 一个菜单驱动的数据分析的GUI工具,类似电子表格数据编辑器.
• Radiant - 一个使用R语言，独立的基于浏览器接口的业务分析平台,基于Shiny。
• Vim-R - Vim中R语言插件.
• Nvim-R - Neovim中R语言插件.
• JASP - 一个完整的贝叶斯和概念论相关方法的R包,和使用SPSS非常相似。
• Bio7 - 一个包括创建,科学图像分析和统计分析的IDE.
• RTVS - Visual Studio中R开发工具.

Syntax

改变你使用R方式的包

• magrittr - 一个R语言高效的管道操作包.
• pipeR - 多泛型管道的实现.
• lambda.r - R语言中函数式编程和简单的模式匹配.
• purrr - 一个高级函数编程语言包.

Data Manipulation

数据处理相关的包

• dplyr - 快速数据操作和数据库查询.
• data.table - 使用短小灵活的语法操作数据.
• reshape2   - 灵活的数据排列,聚合处理.
• readr - 一个快速简单的读取表格数据到R中的包.
• haven - 对导入SPSS,STATA和SAS的文件进行改进.
• tidyr - 方便对数据进行整理、传播和收集.
• broom - 将统计分析对象转换成整齐的数据框(一种数据组织和呈现的方式).
• rlist - 一个操作非规范化数据的工具箱.
• jsonlite - 一个快速解析JSON文件的包.
• ff - 设计用来存储大型数据集的数据结构.
• lubridate - 一组日期和时间函数.
• stringi - 基于ICU的字符串处理方案.
• stringr - 基于stringi之上的对字符串处理API.
• bigmemory - 提供共享内存和内存映射矩阵,同时也包提供额外的工具,包括线性模型.(biglm) 和随机森林 (bigrf).
• fuzzyjoin - 使用不精确匹配的方式连接表数据.
• tidyverse - 简单从tidyverse下载和安装包.

Graphic Displays

Packages for showing data.

• ggplot2 - 强大的绘图统计和计算图形系统的实现.强烈推荐.
• ggfortify -一个ggplot2(流行的统计软件包)统一的接口(使用一行代码即可).A unified interface to ggplot2 popular statistical packages using one line of code.
• ggrepel - 排除重叠的文本标签.
• ggalt - ggplot2额外的坐标系统,几何和统计.
• ggtree - 可视化和注释的系统树.
• ggplot2 Extensions - ggplot2扩展显示例子.
• lattice - 一个强大优雅的高级数据可视化系统.
• corrplot - 图形显示相关矩阵或一般矩阵。它还包含一些矩阵重新排序算法.
• rgl - R中3D可视化系统.
• Cairo - 一个使用cairo组件创建高质量显示输出的R图形包.
• extrafont - 在R中图像中使用字体的工具.
• showtext - 让R图形设备显示文本的时候使用系统字体.
• animation - 一个使用 ImageMagick在R中产生动画图形的工具.
• gganimate - 用ggplot2创建简单的动画.
• misc3d - 强大的3D绘图工具.
• xkcd - 在图表中使用xkcd风格.
• imager - 一个基于CImg库的图像处理包.

HTML Widgets

Packages for interactive visualizations.

• d3heatmap - 使用D3绘制互动的热图.
• DataTables - 将R矩阵或数据框作为交互的HTML表
• DiagrammeR - 在R中创建JS图表和流程图.
• dygraphs - 在R中绘制时间序列数据图形.
• formattable - 可格式化的数据结构.
• ggvis - R中交互式的图形处理语法.
• Leaflet - 一个非常流行的交互式地图JavaScript组件.
• MetricsGraphics - 可以轻松创建D3散点图、折线图和直方图.
• networkD3 - D3 JavaScriptR网络图.
• scatterD3 - D3 互动散点图.
• plotly - 使用plot.ly进行交互式ggplot2和Shiny绘图.
• rCharts - 交互式JS绘图.
• rbokeh - Bokeh的R接口.
• threejs - 交互式3D散点图和地球仪.
• timevis - 创建完全交互式的时间轴可视化图形.
• visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.

Reproducible Research

Packages for literate programming.

• knitr - R中简单的动态报表生成工具.
• xtable - 将表格导出到LaTeX或者HTML.
• rapport - 一个R模版系统.
• rmarkdown - R动态文档工具.
• slidify - 创建和发布漂亮的html5展示效果.
• Sweave - 使用R创建LaTeX报表的R包.
• texreg - 在LaTex和HTML中格式化统计模型.
• checkpoint - 从检查点快照服务器安装包.
• brew - 报告模板的生成框架.可以和knitr合并.
• ReporteRs - 一个生成微软Word, PowerPoint和HTML报表的R包.
• bookdown - 使用R Markdown编写书籍.
• ezknitr - 避免使用'knitr'带来的工作目录的痛苦.

Web Technologies and Services

Packages to surf the web.

• Web Technologies List - 关于如何使用R和网络的相关信息.
• shiny - 使用R创建简单的Web交互应用.
• RCurl - 常规的网络客户端接口 (HTTP/FTP/...) .
• httr - 使用更加友好的RCurl封装.
• httpuv - HTTP和WebSocket服务程序.
• XML - R中生成和解析XML的工具.
• rvest - 简单的web信息抓取,使用CSSSelect 和 XPath 语法.
• OpenCPU - HTTP API.
• Rfacebook - Facebook API.
• RSiteCatalyst - Adobe 分析服务的R语言客户端.
• plumber - 一个将现有的R代码转换为API的包.

Parallel Computing

Packages for parallel computing.

• parallel - R语言高性能的并行计算平台. multicore and snow.
• Rmpi - Rmpi对MPI APIS提供了一个包装过的接口,它也提供一个交互式的R环境.
• foreach - 使用并行来执行循环.
• SparkR - R for Spark.
• DistributedR - 一个来自惠普Vertica Analytics团队的可伸缩的高性能平台.
• ddR - 提供分布式数据结构,简化了R中的分布式计算.
• sparklyr - 来自RStudio的Spark接口.

High Performance

Packages for making R faster.

• Rcpp - Rcpp在R中提供了一个高效的API,使得函数更快执行.
• Rcpp11 - Rcpp11完全重新设计,以C++11为目标.
• compiler - 使用JIT提高R代码的速度.

Language API

Packages for other languages.

• rJava - R语言对JAVE接口.
• jvmr - 集成了R, Java, and Scala.
• rJython - R语言对Python/Jython的接口.
• rPython - 允许R调用Python.
• runr - 在R中运行Julia和Bash.
• RJulia - R中调用Julia.
• RinRuby - 一个Ruby库,整合了R用Ruby解释器.
• R.matlab - 读写mat文件,将R和Matlab连接到一起.
• RcppOctave -Octave and Matlab的接口.
• RSPerl - 双向接口,R中调用Perl和在Perl中调用R.
• V8 - 嵌入JavaScript引擎.
• htmlwidgets - R中把JavaScript数据可视化的最好方法.
• rpy2 - Python对R的接口.

Database Management

Packages for managing data.

• RODBC - R中ODBC数据库范围.
• DBI - 在R和数据库管理系统之间定义一个公共的接口.
• elastic - Elasticsearch HTTP API的包装器.
• mongolite - R中Mongo客户端.
• RMySQL - R语言的MySQL数据库接口.
• ROracle - R中Oracle数据库的接口.
• RPostgreSQL - R语言的PostgreSQL数据库系统接口.
• RSQLite - R语言SQLite数据库接口.
• RJDBC - 通过JDBC接口访问数据库.
• rmongodb - R中MongoDB驱动.
• rredis - R中Redis驱动.
• RCassandra -Apache Cassanda直接接口(不是JAVA)，提供了最多的基本功能.
• RHive - 通过Apache Hive的R扩展促进分布式计算.
• RNeo4j - Neo4j图形数据库驱动.

Machine Learning

Packages for making R cleverer.

• AnomalyDetection - 来自Twitter的AnomalyDetection R包.
• ahaz - 半参数添加风险回归的正则化.
• arules - 挖掘关联规则和频繁项集.
• bigrf - 大随机森林:大型数据集的分类和回归森林.
• bigRR - 广义回归(特殊是在p >> n情况下).
• bmrm - 风险最小化方案的正规化方法.
• Boruta - 所有相关的特征选择算法的一个封装
• BreakoutDetection - Breakout Detection via Robust E-Statistics from Twitter.[暂时不明真相]
• bst - 梯度增加.
• CausalImpact - 利用贝叶斯时间序列结构模型进行因果推断.
• C50 - C5.0决策树和基于规则的模型.
• caret - 分类和回归训练.
• Clever Algorithms For Machine Learning
• CORElearn - 分类、回归、特征评价和排序.
• CoxBoost - Cox models by likelihood based boosting for a single survival endpoint or competing risks.
• Cubist - 规则和基于实例的回归建模
• e1071 - Misc统计函数 (e1071),主要功能有类别分析、傅里叶变换,模糊聚类,支持向量机,最短路径计算,朴素贝叶斯分类器等等.
• earth - 多元自适应回归模型.
• elasticnet - 稀疏估计和稀疏主成分分析.
• ElemStatLearn - 书籍"The Elements of Statistical Learning, Data Mining, Inference, and Prediction"中的数据集,函数和例子.
• evtree - 全局最优树的进化学习.
• forecast - 使用ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络进行时间序列预测.
• forecastHybrid - 使用"forecast"包对ARIMA, ETS, STLM, TBATS,和神经网络模型进行交叉检验.
• FSelector - 一个基于subset-search或特性排名方法的特征选择框架.
• frbs - 使用模糊规则系统处理分类和回归的任务.
• GAMBoost -　　基于广义线性和加法模型.
• gamboostLSS - GAMLSS方法的改善.
• gbm - 改善广义线性模型.
• glmnet - Lasso 和 elastic-net正规化广义线性模型.
• glmpath - L1 Regularization Path for Generalized Linear Models and Cox Proportional Hazards Model
• GMMBoost - 广义混合模型.
• grplasso - Fitting user specified models with Group Lasso penalty
• grpreg - Regularization paths for regression models with grouped covariates.
• h2o - Deeplearning, Random forests, GBM, KMeans, PCA, GLM
• hda - 异方差判别分析.
• ipred - 预测器改进.
• kernlab - kernlab: 基于内核学习的机器实验室.
• klaR - 分类和可视化.
• kohonen - 监督和非监督自组织映射.
• lars - Least Angle Regression, Lasso and Forward Stagewise
• lasso2 - L1 constrained estimation aka ‘lasso’
• LiblineaR - 基于C/C++库的线性预测模型.
• lme4 - Mixed-effects models
• LogicReg - 逻辑回归模型.
• maptree - 映射、修剪和图形树模型.
• mboost - Model-Based Boosting
• Machine Learning For Hackers
• mvpart - Multivariate partitioning
• MXNet - MXNet brings flexible and efficient GPU computing and state-of-art deep learning to R.
• ncvreg - Regularization paths for SCAD- and MCP-penalized regression models
• nnet - eed-forward Neural Networks and Multinomial Log-Linear Models
• oblique.tree - Oblique Trees for Classification Data
• pamr - Pam: 小矩阵预测分析.
• party - A Laboratory for Recursive Partytioning
• partykit - A Toolkit for Recursive Partytioning
• penalized - L1 (lasso and fused lasso) and L2 (ridge) penalized estimation in GLMs and in the Cox model
• penalizedLDA - Penalized classification using Fisher's linear discriminant
• penalizedSVM - 使用惩罚函数的特征选择支持向量机.
• quantregForest - quantregForest: Quantile Regression Forests
• randomForest - 随机森林: Breiman and Cutler's random forests for classification and regression.
• randomForestSRC - randomForestSRC: Random Forests for Survival, Regression and Classification (RF-SRC).
• rattle - 图形界面式的数据挖掘工具.
• rda - Shrunken Centroids Regularized Discriminant Analysis
• rdetools - Relevant Dimension Estimation (RDE) in Feature Spaces
• REEMtree - Regression Trees with Random Effects for Longitudinal (Panel) Data
• relaxo - Relaxed Lasso
• rgenoud - R version of GENetic Optimization Using Derivatives
• rgp - R基因编程框架.
• Rmalschains - 使用本地文化基因算法进行连续问题优化.[这里翻译不准]. Search Chains (MA-LS-Chains) in R
• rminer - 在分类和回归问题中简单的使用数据挖掘方法(如神经网络和支持向量机).
• ROCR - 可视化评分分类器的性能.
• RoughSets - 使用粗糙集和模糊粗糙集理论进行数据分析.
• rpart - Recursive Partitioning and Regression Trees
• RPMM - Recursively Partitioned Mixture Model
• RSNNS - Neural Networks in R using the Stuttgart Neural Network Simulator (SNNS)
• Rsomoclu - Parallel implementation of self-organizing maps.
• RWeka - Weka的R接口(Weka是基于JAVA环境下开源的机器学习以及数据挖掘软件).
• RXshrink - RXshrink: Maximum Likelihood Shrinkage via Generalized Ridge or Least Angle Regression
• sda - Shrinkage Discriminant Analysis and CAT Score Variable Selection
• SDDA - Stepwise Diagonal Discriminant Analysis
• SuperLearner and subsemble - Multi-algorithm ensemble learning packages.
• svmpath - svmpath: the SVM Path algorithm
• tgp - Bayesian treed Gaussian process models
• tree - 分类和回归树.
• varSelRF - 使用随机森林进行变量选择.
• xgboost - eXtreme Gradient Boosting Tree model, well known for its speed and performance.

Natural Language Processing

Packages for Natural Language Processing.

• text2vec - 一个快速文本挖掘框架。 Fast Text Mining Framework for Vectorization and Word Embeddings.
• tm - 一个全面的文本挖掘框架.
• openNLP - Apache OpenNLP工具接口.
• koRpus - 一个文本分析的R包.
• zipfR - 词频分布统计模型.
• NLP - 基本自然语言处理功能.
• LDAvis - 主题模型的交互式可视化.
• topicmodels - Topic modeling interface to the C code developed by by David M. Blei for Topic Modeling (Latent Dirichlet Allocation (LDA), and Correlated Topics Models (CTM)).
• syuzhet - Extracts sentiment from text using three different sentiment dictionaries.
• SnowballC - Snowball stemmers based on the C libstemmer UTF-8 library.
• quanteda - 文本数据的定量分析.
• Topic Models Resources - 主题模型的学习和R相关资源.
• NLP for - NLP related resources in R. @Chinese

Bayesian

Packages for Bayesian Inference.

• coda - 输出MCMC(马尔可夫链蒙特卡尔理论)的分析和诊断信息.
• mcmc - 马尔可夫链蒙特卡尔理论(MCMC).
• MCMCpack - 马尔可夫链蒙特卡尔理论 (MCMC).
• R2WinBUGS - 在在R/S-PLUS中打开WinBUGS 和 OpenBUGS.
• BRugs - OpenBUGS MCMC 软件的R接口.
• rjags - JAGS MCMC组件的R接口.
• rstan - Stan MCMC软件的R接口.

Optimization

Packages for Optimization.

• minqa - Derivative-free optimization algorithms by quadratic approximation.
• nloptr - 一个免费开源的非线性最优化程序包.
• lpSolve - Lp_solve解决线性和整形问题的R接口.

Finance

Packages for dealing with money.

• quantmod - 定量金融模型和交易框架.
• TTR - 技术交易规相关的数据和功能函数.
• PerformanceAnalytics - 计量经济学性能和风险分析工具.
• zoo - S3 Infrastructure for Regular and Irregular Time Series.
• xts - 可扩展的时间序列.
• tseries - 金融时间序列分析和计算.
• fAssets - 金融资产分析和建模.

Bioinformatics

Packages for processing biological datasets.

• Bioconductor - 用于分析和理解高通量基因组数据的工具.
• genetics - 处理基因数据的R包.
• gap - 一个人口家庭遗传数据分析的综合工具.
• ape - 分子系统学和进化分析.
• pheatmap - 一个使用简单的热图工具.
• ddpcr - Analysis and visualization of Droplet Digital PCR data.

Network Analysis

Packages to construct, analyze and visualize network data.

• Network Analysis List - 网络分析相关资源.
• igraph - 一个网络分析工具集合.
• network - 一个操作数据关系的基本工具.
• sna - 基本的网络测量和可视化工具.
• netdiffuseR - 网络扩散的分析工具.
• networkDynamic - 支持动态和时序网络.
• ndtv - 构建动画的可视化动态网络工具,支持多种数据格式.
• statnet - 大量网络数据的分析,仿真和可视化工具.
• ergm - 指数随机图模型.
• latentnet - Latent position and cluster models for network objects.
• tnet - Network measures for weighted, two-mode and longitudinal networks.
• rgexf - 从R导出网络对象到GEXF, for manipulation with network software like Gephi or Sigma.
• visNetwork - 使用vis.js类库进行网络可视化.

R Development

Packages for packages.

• Package Development List - 提高整体开发能力的包.
• devtools - 然R开发人员的生活变得更简单的工具.
• testthat - 一个R包测试工具.
• R6 - simpler, faster, lighter-weight alternative to R's built-in classes.
• pryr - Make it easier to understand what's going on in R.
• roxygen - 在函数定义中描述说明.
• lineprof - R中在线分析结果可视化.
• packrat - 让R项目更加简单,便携和可重构的工具.
• installr - R中按照软件的相关函数(Windows平台).
• import - R的导入机制.
• modules - 另外一个R模块系统(Python风格).
• Rocker - R configurations for Docker.
• RStudio Addins - RStudio插件列表.
• drat - Creation and use of R repositories on 使用R在GitHub或其他平台创建和使用仓储.
• covr - Test coverage for your R package and (optionally) upload the results to coveralls or codecov.
• lintr - R静态代码分析.
• staticdocs - 为一个R包生成静态html文档.

Logging

Packages for Logging

• futile.logger - R中类似log4j的日志记录包.
• log4r - R中的log4j接口
• logging - 一个在R中实现log4j的日志处理包.

Data Packages

Handy Data Packages

• engsoccerdata - 英国和欧洲联赛结果数据(1871-2016年).
• gapminder - 从Gapminder摘录的数据集.

Other Tools

Handy Tools for R

• git2r - 在R中使用git.

Other Interpreters

Alternative R engines.

• CXXR - Refactorising R into C++.
• fastR - FastR is an implementation of the R Language in Java atop Truffle and Graal.
• incanter - Clojure-based, R-like statistical computing and graphics environment for the JVM with Lisp spirit.
• pqR - 一个更快的R实现.
• renjin - 一个基于JVM的R编译器.
• rho - Refactor the interpreter of the R language into a fully-compatible, efficient, VM for R.
• riposte - 一个R快速编译和JIT工具.
• RRO - R革命性开放平台(Microsoft R Open).
• TERR - R的TIBCO企业运行环境.

Learning R

Packages for Learning R.

• swirl - 一个在R控制台中交互式学习指南.
• DataScienceR - 一个数据科学,神经网络,和机器学习的指南.

Resources

发现新的R资源的地方.

Websites

• R-project - R 项目的官方网站.
• R Bloggers - R语言的一个综合性博客网站.
• DataCamp - 在线学习R数据分析.
• Quick-R - 一个非常好的快速参考手册.
• Advanced R - 书籍高级R编程的在线版.
• Efficient R Programming - 书籍"Efficient R Programming"的在线主页.
• CRAN Task Views - CRAN包的任务列表.
• The R Programming Wikibook - 一个R协作手册
• R-users - R语言的求职板块.
• R Cookbook - 一个R问答网站,由[R Graphics Cookbook]进行支持(http://shop.oreilly.com/product/0636920023135.do).
• tryR - 快速开始使用R.
• RDocumentation - 使用RDocumentation搜索所有的CRAN, Bioconductor, Github包和文档.

Books

• R Books List - R相关书籍清单.
• The Art of R Programming - 一个很好的资源,可以系统地学习基础类型的对象,控制语句,变量的范围,以及调试等.
• Free Books - CRAN贡献的多种语言文档. Contributed Documentation in many languages.
• R Cookbook - 快速简单的介绍R及相关常见的统计任务.
• Johns Hopkins编写的数据科学专业的一部分教程:
  • Exploratory Data Analysis with R - 基本的各种数据分析技能.  * R Programming for Data Science - 依赖于R的一些高级数据分析.  * Report Writing for Data Science in R - R语言的报表生成和可重用组件研究.
• R Packages - 一个用R包编写的书籍 (有论文和网站2钟格式).
• R in Action - 一本旨在帮助所有级别R用户的书籍.
• Use R! - This series of inexpensive and focused books from Springer publish shorter books aimed at practitioners. Books can discuss the use of R in a particular subject area, such as Bayesian networks, ggplot2 and Rcpp.
• R for SAS and SPSS users - 一个对已经熟悉SAS和SPASS用户的资源库.
• An Introduction to R - 一个很好的介绍R的文章,也涵盖了一些高级主题.
• Introduction to Statistical Learning with Application in R - A simplified and "operational" version of The Elements of Statistical Learning. Free softcopy provided by its authors.
• The R Inferno - Patrick Burns gives insight into R's ins and outs along with its quirks!
• R for Data Science - Free book from RStudio developers with emphasis on data science workflow.

Podcasts

• Not So Standard Deviations - 数据科学博客
  • @Roger Peng and @Hilary Parker.
• R World News - R行业的社区新闻,可以让你与时俱进.
  • @Bob Rudis and @Jay Jacobs.
• The R-Podcast - 使用R的一些实践建议.
  • @Eric Nantz.
• R Talk - 关于R语言和统计软件的新闻和讨论.
  • @Oliver Keyes, @Jasmine Dumas, @Ted Hart and @Mikhail Popov.

Reference Cards

• R Reference Card 2.0 - Material from R for Beginners by permission of Emmanuel Paradis (Version 2 by Matt Baggott).
• Regression Analysis Refcard - R Reference Card for Regression Analysis.
• Reference Card for ESS - Reference Card for ESS.
• R Markdown Cheat sheet - Quick reference guide for writing reports with R Markdown.
• Shiny Cheat sheet - Quick reference guide for building Shiny apps.
• ggplot2 Cheat sheet - Quick reference guide for data visualisation with ggplot2.
• devtools Cheat sheet - Quick reference guide to package development in R.

MOOCs

Massive open online courses.

• The Analytics Edge - Hands-on introduction to data analysis with R from MITx.
• Johns Hopkins University Data Science Specialization - 9 courses including: Introduction to R, literate analysis tools, Shiny and some more.
• HarvardX Biomedical Data Science - Introduction to R for the Life Sciences.
• Explore Statistics with R - Covers introduction, data handling and statistical analysis in R.

Lists

Great resources for learning domain knowledge.

• Books - R书籍清单.
• DataScienceR - R数据科学、神经网络和机器学习的指南清单.
• ggplot2 Extensions - ggplot2扩展案例.
• Natural Language Processing - R. @Chinese中NLP 相关资源
• Network Analysis - 网络分析相关资源.
• Open Data - 使用R获取,转换,操作,创建和贡献数据.
• Posts - 创建R博客或者文章.
• Package Development - 提高包开发的资源工具.
• R Project Conferences - 使用R的相关信息,DSC会议.
• RStartHere - 一些非常有用的R包指南.
• RStudio Addins - RStudio插件清单.
• Topic Models - 主题模型的学习和R相关资源.
• Web Technologies - 如何使用R和万维网的信息.

Other Awesome Lists

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Contributing

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