v1.1.0 — Changelog System & Skill Sync (SMD / US / PMF)

[2026-10-08] 参考库变更日志系统上线 & 技能同步更新
✨ 新增
变更日志铁律：新增「入库 / 改库必带时间戳」规则，所有归档入库和用户直接改库操作均记录到 logs/CHANGELOG.md（2026-10-08 20:50:36）

新建 logs/ 目录：CHANGELOG.md + log_change.sh + README.md

AGENTS.md 新增 §6，并把「写日志」写入 §1 触发条件

ARCHIVE.md 由 6 步改为 7 步，联动清单与示例同步补充

README.md 索引新增 logs/ 条目，铁律由两条改为三条

WORKFLOW.md §12 新增第 5 步及铁律提示

全局规则同步：将「归档触发 + 改库必记日志」同步至全局 ~/.dsh/AGENTS.md，任何工作区均生效（2026-10-08 20:56:08）

技能同步参考库改动（2026-10-08 21:03:46），来源项目 /home/dell/LBJ/WORKFLOW：

SMD 两步走：新增平衡阶段 free_energy/smd/eq.conf（minimize 5000 + 1 ns NVT，离子三维钉死）；run_smd.sh 串起 eq→smd，支持 SKIP_EQ / 断点续跑；smd.conf 改为从 eq_output.coor/.vel/.xsc 续跑

US 双窗口清单：windows.txt 改为窄量程 ±5 Å / 27 窗口（默认、含孔心 0.00）；新增 windows_bulk_to_tube.txt 宽量程 47 窗口

PMF 绘图：plot_pmf.py 新增 --bulk-z 体相参考点参数

文档可移植性：文档内 /home/dell/LBJ/WORKFLOW 自引用改为可移植写法，new_project.sh 注释同步上游措辞

🐛 修复
文件权限对齐：将 logs/ 下新建文件权限对齐库内惯例（md=644，sh=755），修正默认 600/711 不一致问题（2026-10-08 20:50:47）

📝 规则说明
记录范围：① 归档入库（ARCHIVE.md 流程）② 用户直接改库

时间戳格式：YYYY-MM-DD HH:MM:SS +0800

本日志只增不改（append-only），写错则追加「更正」条目，不删旧条目

不记录：new_project.sh 建的项目骨架、纯只读操作

📦 涉及文件
logs/CHANGELOG.md、logs/README.md、logs/log_change.sh、AGENTS.md、ARCHIVE.md、README.md、WORKFLOW.md、new_project.sh、SKILL.md、free_energy/README.md、free_energy/smd/、free_energy/pmf/plot_pmf.py、free_energy/us/、models/cnt_crown/0build/build_us_system.tcl