v1.3.0 —— 新增: 新建项目自由能目录优化 + US 窗口清单规则更新 ｜ 修复: 不绑核时命令双空格、改名器外来路径判据

[2026-10-10] 同步参考库 10-10 改动：自由能目录带步骤号 & US 窗口规则②重写

✨ 新增

• 新建项目（new_project.sh --with-free-energy）里自由能四目录带步骤号：2smd/3extract/4us/5pmf，和 2min/3eq/4prod 对齐看；库里模板保持不编号（自由能四步是步骤 5 的子步骤）
• 生成时自动改写脚本内部的兄弟目录引用（../smd/→../2smd/、../us/→../4us/，注释里的 us/windows.txt、pmf/wham.py 一起改），并自检每个 ../xxx/ 是否都指到已建目录 —— 实测 5 个文件、10 行引用被改写，自检通过
• 只加 --with-free-energy 时不再建空的 2min/3eq：最小化+平衡本来就在 2smd/eq.conf 里（minimize 5000 + 1 ns NVT），产物 eq_output.coor/.vel/.xsc 直接交给 SMD 续跑；建空目录只会让人以为漏跑步骤
• new_project.sh 的 usage() 改用 awk 打印头部注释，以后加注释不会再错位

🔧 修复

• 并行参数在「不绑核」时命令行多出一个双空格（+p16 +devices 0 → +p16 +devices 0）—— 这是用户会照着抄的命令，显示要干净
• 改名器里写死的 "/mnt/share" 判据换成通用判断（行内出现绝对路径就整行跳过），行为不变，但库里不再残留任何外来路径

📖 规则说明

• US 窗口清单规则②重写：从「弹簧常数必须统一」改为「混用弹簧可以，但每个接头都要验算重叠」。必要判据是相邻两窗 ±3σ 相交（Δz ≤ 3(σi+σj)，σ = sqrt(RT/k)），但判据过了不代表采得到 —— 要按实测直方图数空隙区每 0.01 Å bin 还剩几个样本（≳5 才算稳）
• 实测反例（CNT5，2026-10-10）：孔区 k=50(σ=0.11) 接体相 k=10(σ=0.245)、间距 1.0 Å 时，±3σ 判据报「余量 6%、刚过」，但空隙区每 bin 只剩 1.6 个样本 → 约 40% 概率冒 1 个 NaN；改成 k=5(σ=0.346) + 间距 1.5 Å 后最薄接头 9.4 样本/bin，而且 5 个窗口就覆盖 +6~+12（比 k=10/步长 1.0 的 7 个更省）
• windows_bulk_to_tube.txt 的「已知脆弱点」补上同一条教训（那份 47 窗口方案正是强/弱弹簧混用的典型）
• 新增「版本号先问」铁律（AGENTS.md §7）：动手改库前先确认目标版本号，收尾更新 VERSION + 写台账 + 给 Release title/note

📦 涉及文件

• 修改：new_project.sh、free_energy/us/windows.txt、free_energy/us/windows_bulk_to_tube.txt、README.md、free_energy/README.md、WORKFLOW.md、AGENTS.md、VERSION（0.1.0 → 1.3.0）、bench_namd.sh、free_energy/us/run_all.sh、free_energy/smd/run_smd.sh、logs/CHANGELOG.md
• 未动：../WORKFLOW（参考库，只读）；上游自己的 logs/CHANGELOG.md 不复制（各记各的台账）

v1.2.0 —— 新增：机器自适应自检 修复：路径去本机化

✨ 新增：机器自适应自检（不再照抄别人的并行参数）

• 新增 bench_namd.sh：首次使用本技能时跑一次，它会实测出这台机器最优的
  NAMD 并行参数 —— 线程数扫描（8/16/24/32/40/48，自动按核数裁剪）→ 绑核验证
  （+setcpuaffinity 到底快不快）→ 并发扫描（2、3 路的合计吞吐），
  用的基准体系是自带示例模型 models/cnt_crown（23045 原子），每档 5000 步，
  指标取 NAMD 日志里的 PERFORMANCE: ... ns/day。
• 结果写进全局记忆 ~/.config/md-master/machine.conf（纯 key=value，可被 source）。
  全库脚本自动读它 —— 第一次测过之后不用再测，换项目也不用重测，换机器才需要。
• 命令行：bash bench_namd.sh（无配置自动开测 / 有配置只打印摘要）、
  --show 看配置与推荐命令、--print single|conc 只输出可直接粘贴的命令、
  --retest 重测（旧配置自动备份）、--env 只看环境探测、
  --quick 省时间、--steps N 调精度、--cpu-only 兼容非 CUDA 版 NAMD、
  --system a.psf a.pdb 换基准体系。
• 安全：全程在用户目录的临时目录里跑（~/.cache/md-master/bench.*），
  不写项目目录、不碰任何现存 conf；没有可用 GPU 时报错退出且不写配置。
• 新增 machine.conf.example：全局记忆的样例与每个键的含义。

🔧 修复

• free_energy/extract/run_extract.sh：脚本定义了 VMD= 却仍然直接调用 vmd，
  自定义路径从未生效 —— 现在真正使用 "$VMD"，且找不到 VMD 时给出明确报错。
• bench_namd.sh 自测中修掉三个坑（对使用者是"开箱即对"，列在这里备查）：
  NAMD 日志里性能行是全大写 PERFORMANCE:（原来的 [Pp]erformance: 只认驼峰写法）、
  墙钟兜底公式的形参取错位、进度信息误写进 stdout 污染了函数返回值。

♻️ 改造：脚本不再写死并行参数

• free_energy/us/run_all.sh、free_energy/smd/run_smd.sh、
  free_energy/extract/run_extract.sh、free_energy/pmf/run_wham.sh、
  analysis/calCurr.sh 全部改为读 machine.conf：
  NTHREADS / MAX_JOBS / 绑核 / VMD / Python 都从全局记忆取，环境变量仍可临时覆盖。
• 缺配置时降级为保守默认值 + 醒目提示（第三方刚克隆下来也能跑），
  设 MD_MASTER_STRICT=1 则改为硬报错。
• us/run_all.sh 与 smd/run_smd.sh 新增 DRY_RUN=1：只打印将要执行的命令，不真跑。
• 「并发时严禁 +setcpuaffinity」这条经验保留并在注释里加粗警示。

📦 发行化

• 路径去本机化：文档与脚本里的 /home/dell/...、/mnt/data2/...、
  /mnt/share/free energy-Ca/... 全部换成变量、占位符或说明性文字，换机器不会撞路径。
• 文件权限归一：消除 4 个 600 文件，脚本一律 755、其余 644。
• 新增 VERSION（0.1.0）、LICENSE（MIT）、.gitattributes（仓库内统一 LF）；
  .gitignore 增补 *.zip 与 machine.conf（机器记忆属本机，不进仓库）。
• 示例溶剂化日志 models/cnt_crown/1model/system_solv.log 里的本机项目路径已清洗
  （-minmax 数值原样保留，盒子信息不丢）。

📖 文档

• WORKFLOW.md §0 重写为「环境与首次自检」：0.1 自检怎么做/结果放哪/为什么必须做，
  0.2 路径自动探测顺序，0.3 NAMD 运行规矩；§4/§5/§7 命令示例与 §8 坑、
  §10 排错表（新增"未找到机器配置"一行）、§11 命令速查同步更新。
• README.md 新增「三、怎么用 → 零、第一次用」与「五、安装与许可」，目录索引补新文件。
• SKILL.md 新增首次自检说明与第 4 条铁律；AGENTS.md 新增 §4.1「首次自检」；
  free_energy/README.md 并发说明改指 machine.conf；示例模型 conf 的头注释不再写死 +p32。
• new_project.sh：新项目会一并复制 bench_namd.sh 与 machine.conf.example，
  生成的 TODO.md 里命令改为读配置，第一步就是"先做机器自检"。

涉及文件

• 新增：bench_namd.sh、machine.conf.example、VERSION、LICENSE、.gitattributes
• 修改（本次）：README.md、WORKFLOW.md、SKILL.md、AGENTS.md、ARCHIVE.md、
  new_project.sh、.gitignore、logs/README.md、logs/log_change.sh、logs/CHANGELOG.md、
  free_energy/README.md、free_energy/us/run_all.sh、free_energy/us/template.conf、
  free_energy/smd/run_smd.sh、free_energy/smd/smd.conf、
  free_energy/extract/run_extract.sh、free_energy/extract/extract.tcl、
  free_energy/pmf/run_wham.sh、analysis/calCurr.sh、
  models/cnt_crown/0build/build_us_system.tcl、models/cnt_crown/1model/system_solv.log、
  models/cnt_crown/2min/min.conf、models/cnt_crown/3eq/eq.conf
• 未动：../WORKFLOW（参考库，只读）；models/cnt_crown/1model/*.psf/pdb（结构数据）；
  logs/CHANGELOG.md 的历史条目。

已做验证

• 所有 *.sh 过 bash -n；所有 *.py 过 py_compile。
• 文件权限检查：只有 644 / 755，无 600。
• 隐私路径检查：grep -rn "/home/dell\|/mnt/data2\|/mnt/share" 只剩 logs/CHANGELOG.md 历史条目。
• 参考库只读校验：diff -rq ../WORKFLOW MD-Master 的差异全部是本侧的可移植化/新增内容，
  WORKFLOW 内文件无任何新写入。
• bench_namd.sh 用「假 NAMD」跑通了完整流程（冒烟 → 线程扫描 → 绑核 → 并发 →
  写配置 → --show/--print/--retest/--env → 换主机名提醒），生成配置可被 source 且取值正确。
• 降级路径：用空 HOME/不存在的配置分别跑了 us/run_all.sh、smd/run_smd.sh、
  run_extract.sh、calCurr.sh 的 DRY_RUN/报错分支，行为符合预期。
• new_project.sh 冒烟：新项目里能看到 bench_namd.sh、machine.conf.example，
  TODO.md 命令已为读配置写法。

v1.1.0 — Changelog System & Skill Sync (SMD / US / PMF)

[2026-10-08] 参考库变更日志系统上线 & 技能同步更新
✨ 新增
变更日志铁律：新增「入库 / 改库必带时间戳」规则，所有归档入库和用户直接改库操作均记录到 logs/CHANGELOG.md（2026-10-08 20:50:36）

新建 logs/ 目录：CHANGELOG.md + log_change.sh + README.md

AGENTS.md 新增 §6，并把「写日志」写入 §1 触发条件

ARCHIVE.md 由 6 步改为 7 步，联动清单与示例同步补充

README.md 索引新增 logs/ 条目，铁律由两条改为三条

WORKFLOW.md §12 新增第 5 步及铁律提示

全局规则同步：将「归档触发 + 改库必记日志」同步至全局 ~/.dsh/AGENTS.md，任何工作区均生效（2026-10-08 20:56:08）

技能同步参考库改动（2026-10-08 21:03:46），来源项目 /home/dell/LBJ/WORKFLOW：

SMD 两步走：新增平衡阶段 free_energy/smd/eq.conf（minimize 5000 + 1 ns NVT，离子三维钉死）；run_smd.sh 串起 eq→smd，支持 SKIP_EQ / 断点续跑；smd.conf 改为从 eq_output.coor/.vel/.xsc 续跑

US 双窗口清单：windows.txt 改为窄量程 ±5 Å / 27 窗口（默认、含孔心 0.00）；新增 windows_bulk_to_tube.txt 宽量程 47 窗口

PMF 绘图：plot_pmf.py 新增 --bulk-z 体相参考点参数

文档可移植性：文档内 /home/dell/LBJ/WORKFLOW 自引用改为可移植写法，new_project.sh 注释同步上游措辞

🐛 修复
文件权限对齐：将 logs/ 下新建文件权限对齐库内惯例（md=644，sh=755），修正默认 600/711 不一致问题（2026-10-08 20:50:47）

📝 规则说明
记录范围：① 归档入库（ARCHIVE.md 流程）② 用户直接改库

时间戳格式：YYYY-MM-DD HH:MM:SS +0800

本日志只增不改（append-only），写错则追加「更正」条目，不删旧条目

不记录：new_project.sh 建的项目骨架、纯只读操作

📦 涉及文件
logs/CHANGELOG.md、logs/README.md、logs/log_change.sh、AGENTS.md、ARCHIVE.md、README.md、WORKFLOW.md、new_project.sh、SKILL.md、free_energy/README.md、free_energy/smd/、free_energy/pmf/plot_pmf.py、free_energy/us/、models/cnt_crown/0build/build_us_system.tcl