Release v1.2.0 —— 新增：机器自适应自检修复：路径去本机化 · Boki-Lee/MD-Master

新增 bench_namd.sh：首次使用本技能时跑一次，它会实测出这台机器最优的
NAMD 并行参数 —— 线程数扫描（8/16/24/32/40/48，自动按核数裁剪）→ 绑核验证
（+setcpuaffinity 到底快不快）→ 并发扫描（2、3 路的合计吞吐），
用的基准体系是自带示例模型 models/cnt_crown（23045 原子），每档 5000 步，
指标取 NAMD 日志里的 PERFORMANCE: ... ns/day。
结果写进全局记忆 ~/.config/md-master/machine.conf（纯 key=value，可被 source）。
全库脚本自动读它 —— 第一次测过之后不用再测，换项目也不用重测，换机器才需要。
命令行：bash bench_namd.sh（无配置自动开测 / 有配置只打印摘要）、
--show 看配置与推荐命令、--print single|conc 只输出可直接粘贴的命令、
--retest 重测（旧配置自动备份）、--env 只看环境探测、
--quick 省时间、--steps N 调精度、--cpu-only 兼容非 CUDA 版 NAMD、
--system a.psf a.pdb 换基准体系。
安全：全程在用户目录的临时目录里跑（~/.cache/md-master/bench.*），
不写项目目录、不碰任何现存 conf；没有可用 GPU 时报错退出且不写配置。
新增 machine.conf.example：全局记忆的样例与每个键的含义。

free_energy/extract/run_extract.sh：脚本定义了 VMD= 却仍然直接调用 vmd，
自定义路径从未生效 —— 现在真正使用 "$VMD"，且找不到 VMD 时给出明确报错。
bench_namd.sh 自测中修掉三个坑（对使用者是"开箱即对"，列在这里备查）：
NAMD 日志里性能行是全大写 PERFORMANCE:（原来的 [Pp]erformance: 只认驼峰写法）、
墙钟兜底公式的形参取错位、进度信息误写进 stdout 污染了函数返回值。

free_energy/us/run_all.sh、free_energy/smd/run_smd.sh、
free_energy/extract/run_extract.sh、free_energy/pmf/run_wham.sh、
analysis/calCurr.sh 全部改为读 machine.conf：
NTHREADS / MAX_JOBS / 绑核 / VMD / Python 都从全局记忆取，环境变量仍可临时覆盖。
缺配置时降级为保守默认值 + 醒目提示（第三方刚克隆下来也能跑），
设 MD_MASTER_STRICT=1 则改为硬报错。
us/run_all.sh 与 smd/run_smd.sh 新增 DRY_RUN=1：只打印将要执行的命令，不真跑。
「并发时严禁 +setcpuaffinity」这条经验保留并在注释里加粗警示。

路径去本机化：文档与脚本里的 /home/dell/...、/mnt/data2/...、
/mnt/share/free energy-Ca/... 全部换成变量、占位符或说明性文字，换机器不会撞路径。
文件权限归一：消除 4 个 600 文件，脚本一律 755、其余 644。
新增 VERSION（0.1.0）、LICENSE（MIT）、.gitattributes（仓库内统一 LF）；
.gitignore 增补 *.zip 与 machine.conf（机器记忆属本机，不进仓库）。
示例溶剂化日志 models/cnt_crown/1model/system_solv.log 里的本机项目路径已清洗
（-minmax 数值原样保留，盒子信息不丢）。

WORKFLOW.md §0 重写为「环境与首次自检」：0.1 自检怎么做/结果放哪/为什么必须做，
0.2 路径自动探测顺序，0.3 NAMD 运行规矩；§4/§5/§7 命令示例与 §8 坑、
§10 排错表（新增"未找到机器配置"一行）、§11 命令速查同步更新。
README.md 新增「三、怎么用 → 零、第一次用」与「五、安装与许可」，目录索引补新文件。
SKILL.md 新增首次自检说明与第 4 条铁律；AGENTS.md 新增 §4.1「首次自检」；
free_energy/README.md 并发说明改指 machine.conf；示例模型 conf 的头注释不再写死 +p32。
new_project.sh：新项目会一并复制 bench_namd.sh 与 machine.conf.example，
生成的 TODO.md 里命令改为读配置，第一步就是"先做机器自检"。

新增：bench_namd.sh、machine.conf.example、VERSION、LICENSE、.gitattributes
修改（本次）：README.md、WORKFLOW.md、SKILL.md、AGENTS.md、ARCHIVE.md、
new_project.sh、.gitignore、logs/README.md、logs/log_change.sh、logs/CHANGELOG.md、
free_energy/README.md、free_energy/us/run_all.sh、free_energy/us/template.conf、
free_energy/smd/run_smd.sh、free_energy/smd/smd.conf、
free_energy/extract/run_extract.sh、free_energy/extract/extract.tcl、
free_energy/pmf/run_wham.sh、analysis/calCurr.sh、
models/cnt_crown/0build/build_us_system.tcl、models/cnt_crown/1model/system_solv.log、
models/cnt_crown/2min/min.conf、models/cnt_crown/3eq/eq.conf
未动：../WORKFLOW（参考库，只读）；models/cnt_crown/1model/*.psf/pdb（结构数据）；
logs/CHANGELOG.md 的历史条目。

所有 *.sh 过 bash -n；所有 *.py 过 py_compile。
文件权限检查：只有 644 / 755，无 600。
隐私路径检查：grep -rn "/home/dell\|/mnt/data2\|/mnt/share" 只剩 logs/CHANGELOG.md 历史条目。
参考库只读校验：diff -rq ../WORKFLOW MD-Master 的差异全部是本侧的可移植化/新增内容，
WORKFLOW 内文件无任何新写入。
bench_namd.sh 用「假 NAMD」跑通了完整流程（冒烟 → 线程扫描 → 绑核 → 并发 →
写配置 → --show/--print/--retest/--env → 换主机名提醒），生成配置可被 source 且取值正确。
降级路径：用空 HOME/不存在的配置分别跑了 us/run_all.sh、smd/run_smd.sh、
run_extract.sh、calCurr.sh 的 DRY_RUN/报错分支，行为符合预期。
new_project.sh 冒烟：新项目里能看到 bench_namd.sh、machine.conf.example，
TODO.md 命令已为读配置写法。

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