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Official Plugins JP
このページは、MoleditPy の公式プラグインコレクション — moleditpy-plugins（REGISTRY/plugins.json が、ブラウザ版 Plugin Explorer と Plugin Installer プラグインの両方が参照する権威あるインデックスです）に含まれるすべてのプラグインをカタログ化したものです。インストール方法は Using Plugins を参照してください。
大型プラグインのうち7つには、それぞれ専用の解説ページがあり、以下のエントリからリンクされています。
- ORCA Input Generator Pro
- ORCA Result Analyzer
- PySCF Calculator
- Gaussian Input Generator Pro
- CIF Viewer
- PMEFF
- Job Manager
特に断りのない限り、以下のすべてのプラグインは Windows、macOS、Linux、WSL および Python >=3.9, <3.15 に対応しており、作者は HiroYokoyama です。
| プラグイン | カテゴリ | メニューの場所 | 備考 |
|---|---|---|---|
| Paste XYZ | File | File ▸ Paste XYZ... |
|
| Paste from ChemDraw | File | Edit ▸ Paste from ChemDraw |
Ctrl+Shift+V |
| OpenBabel Conversion Tool | File | フォールバックのファイルインポーター + Export ▸ Export via OpenBabel...
|
|
| Cube File Viewer | File |
.cube/.cub ファイルオープナー |
|
| Cube File Viewer Advanced | File |
.cube/.cub ファイルオープナー |
PBR/SSAO レンダリング |
| Mapped Cube Viewer | File, Analysis | Plugins メニュー（レガシー） | 1つの cube をもう1つの等値面にマッピング |
| Orbital Comparator | Analysis, Visualization | Plugins メニュー（レガシー） | cube を最大4つまで同時表示 |
| Encrypted Project | File |
.pmeenc オープナー + Export ▸ Export Encrypted (.pmeenc)...
|
AES-128 |
| Gaussian FCHK Loader | File, DFT |
.fchk/.fck/.fch オープナー（ディスパッチャー） |
メニュー項目なし |
| Gaussian Freq Analyzer | Analysis, DFT, File |
.fchk オープナー（FCHK Loader経由） |
IR + 基準振動 |
| Gaussian MO Analyzer | Analysis, DFT, File, Visualization |
.fchk オープナー |
zip パッケージとして配布 |
| ORCA Freq Analyzer | Analysis, DFT, File |
.out/.log オープナー |
IR + 基準振動 |
| Blender Export | File, Visualization | Export ▸ Export to Blender Script... |
素の bpy スクリプト |
| POV-Ray Export | File, Visualization | Export ▸ Export to POV-Ray Scene... |
|
| xTB Optimizer | Optimization | 3D Edit ▸ xTB Optimizer… |
tblite 経由の GFN2/GFN1-xTB |
| All-Trans Optimizer | Optimization | 3D Edit ▸ All-Trans Optimizer |
|
| Complex Molecule Untangler | Optimization | Plugins メニュー（レガシー） | モンテカルロ法による立体障害解消 |
| Conformational Search | Optimization | 3D Edit ▸ Conformational Search... |
ETKDG サンプリング |
| Step Optimizer | Optimization | 3D Edit ▸ Step Optimizer... |
1ステップごとのライブアニメーション |
| PMEFF | Optimization | Optimize 3D の選択可能な手法 + Analysis/Settings/3D Edit
|
全周期表対応のフォースフィールド — 詳細ページ |
| Symmetry Analyzer | Analysis | 3D Edit ▸ Symmetrize... |
点群 + 対称化 |
| Compound Info Report | Analysis | Analysis ▸ Compound Info Report... |
|
| MS Spectrum Simulation Neo | Analysis | Analysis メニュー（add_analysis_tool） |
|
| Molecule Comparator | Analysis, Visualization | Plugins メニュー（レガシー） | 複数分子の RMSD/アラインメント |
| Atom Colorizer | Utility, Visualization | Plugins メニュー（レガシー） | |
| Bond Colorizer | Utility, Visualization | Plugins メニュー（レガシー） | |
| VDW Radii Overlay | Visualization | 3D スタイルセレクター | 結合された VDW サーフェス |
| Vector Viewer | Utility, Visualization | Plugins メニュー（レガシー） | 例：双極子モーメント |
| Advanced Rendering | Visualization |
Settings ▸ Advanced Graphics Settings + 3D スタイル |
ライティング/SSAO/EDL/PBR |
| High Resolution Imager | Utility, Visualization | Export ▸ High Resolution Screenshot... |
|
| Dark Mode Theme | Visualization | なし — 自動適用 | autorun() |
| MOPAC Input Generator | DFT, Generator | Plugins メニュー（レガシー） | |
| GAMESS Input Generator | DFT, Generator | Plugins メニュー（レガシー） | |
| PySCF Input Generator | DFT, Generator, Utility | Plugins メニュー（レガシー） | |
| Psi4 Input Generator | DFT, Generator | Plugins メニュー（レガシー） | |
| NWChem Input Generator | DFT, Generator | Plugins メニュー（レガシー） | |
| ORCA xyz2inp GUI | DFT, File, Generator | Plugins メニュー（レガシー） | XYZ + テンプレート |
| ORCA Input Generator Pro | DFT, Generator | Export ▸ ORCA Input... |
詳細ページ |
| ORCA Result Analyzer | Analysis, DFT, File |
.out オープナー + Extensions ▸ ORCA Result Analyzer
|
詳細ページ |
| Gaussian Input Generator Pro | File, Generator | Export ▸ Gaussian Input... |
詳細ページ |
| PySCF Calculator | DFT, Optimization, Visualization | Extensions ▸ PySCF Calculator... |
macOS/Linux/WSL のみ — 詳細ページ |
| CIF Viewer | File |
View ▸ CIF Viewer Panel + .cif オープナー |
詳細ページ |
| Metadata Saver | Utility | Settings ▸ Metadata Saver... |
デバッグ/トレース用メタデータ |
| Settings Saver | Utility | Settings ▸ Presets... |
キー単位のプリセット編集 |
| Structural Updater | Utility | Settings ▸ Structural Updater... |
|
| Dummy Atom Mode | Utility | 2D エディタのツールバートグル |
* プレースホルダー原子 |
| Plugin Installer | Utility | Plugin ▸ Plugin Installer... |
|
| Python Console | Utility | Plugins メニュー（レガシー） |
mw/mol がバインド済み |
| XYZ Editor | Utility, Visualization | 3D Edit ▸ XYZ Editor... |
|
| Bond Editor | Utility | 3D Edit ▸ Bond Editor... |
|
| Charge Editor | Utility | 3D Edit ▸ Charge Editor... |
|
| PubChem Name Resolver | Utility | Plugins メニュー（レガシー） | |
| PubChem Structure Identifier | Utility | Plugins メニュー（レガシー） | |
| Chat with Molecule Neo (Gemini) | AI | Plugins メニュー（レガシー） | |
| Chat with Molecule Neo (ChatGPT) | AI | Plugins メニュー（レガシー） | |
| Chat with Molecule Neo (Local) | AI | Plugins メニュー（レガシー） | ローカルの OpenAI 互換サーバー |
| MCP Server | AI | バックグラウンドサービス | Model Context Protocol |
| NICS Placer | Analysis, DFT |
3D Edit ▸ NICS Placer... / NICS Grid (2D, 3D)...
|
|
| Molibrary Browser | File | — | 社内ネットワーク化学データベースクライアント |
| Animated XYZ Giffer | File, Visualization | Plugins メニュー（レガシー） | マルチフレーム XYZ の再生と GIF 録画 |
| Rotation Giffer | File | Export ▸ Generate Rotation GIF... |
|
| Auto Rotator | Visualization | View ▸ Auto Rotator... |
カメラのライブ回転 |
| 3D Molecule on 2D | File, Visualization | Settings ▸ 3D Molecule on 2D... |
2D キャンバス上の奥行き表現 |
| Reaction Sketcher | File, Utility, Visualization | 2D キャンバスのツールバー | 反応式描画ツール |
| DECIMER Image Importer | File, Visualization | File ▸ Import from Image (DECIMER)... |
|
| Blender Export Pro | Visualization | Extensions ▸ Blender Export Pro... |
36種類のスタイライズプリセット |
| NMR Predictor (nmrshiftdb2) | Analysis | Analysis ▸ NMR Prediction (nmrshiftdb2) |
JRE が必要 |
| VASP Input Generator | DFT, Generator | Export ▸ VASP Input (POSCAR/INCAR)... |
周期系 |
| Quantum ESPRESSO Input Generator | DFT, Generator | Export ▸ Quantum ESPRESSO Input (pw.x)... |
周期系 |
| CP2K Input Generator | DFT, Generator | Export ▸ CP2K Input (Quickstep)... |
周期系 |
| Slab Builder | Utility | Structure ▸ Slab Builder... |
(hkl) 面のスラブを切り出して CIF で出力 |
| Job Manager | Utility |
Plugins ▸ Job Manager ▸ Job Monitor / Submit Job...
|
SSH でのクラスタ投入 + .pmejbs オープナー — 詳細ページ
|
| ORCA NICS Analyzer | Analysis, Visualization | Extensions ▸ ORCA NICS Analyzer... |
ORCA の .out から NICS を読み取り |
| Strain Homodesmotic Reaction Generator | DFT | Analysis メニュー（add_analysis_tool） |
|
| Group Template | Editing | プラグインツールバー（Groups）＋ Plugins ▸ Group Template...
|
310種の置換基パレット |
クリップボードの XYZ 形式座標を、そのまま新しい3D分子としてペーストします。依存関係なし。メニュー：File ▸ Paste XYZ...。
ChemDraw のクリップボードデータ形式（MDLCT/MDLSK）を解析し、ChemDraw からコピーした構造をそのまま MoleditPy にペーストできるようにします。ChemDraw 25.5 で開発・検証済み。依存関係：RDKit。メニュー：Edit ▸ Paste from ChemDraw（Ctrl+Shift+V）。
Open Babel が理解できるあらゆる形式に対応する、優先度の低いフォールバックファイルインポーター（register_file_opener(..., priority=-1)）として登録され、複数分子のインポートにも対応します。加えて Export ▸ Export via OpenBabel... アクションも提供します。依存関係：openbabel-wheel。
Gaussian Cube ファイル（軌道、密度、その他の体積データ）を可視化します。.cube/.cub をファイルオープナーとして登録します — メニュー項目はなく、cube ファイルを開くかドラッグするだけです。依存関係：RDKit、PyVista、NumPy。
基本版の Cube Viewer と同じ cube 可視化の役割を持ちますが、Advanced Rendering と同じ PBR/SSAO その他のポストプロセッシングパイプラインで描画します。こちらも .cube/.cub ファイルオープナーです。依存関係：RDKit、PyVista、NumPy、PyQt6。
あるスカラー特性（例：ESP）を、別の cube ファイル（例：電子密度）から生成した等値面上にマッピングします — いわゆる「ESP マッピング密度サーフェス」プロットの定番手法です。レガシーの run(mw) プラグインとして Plugins メニューに自動登録されます。依存関係：NumPy、PyVista、PyQt6、RDKit。
最大4つの .cube ファイルを並べて読み込み・比較します — それぞれに独自の色、等値、不透明度、レンダリングスタイルを設定可能です。レガシーの run(mw) プラグイン（Plugins メニュー）で、条件付きで cube ファイルオープナーも登録します。依存関係：PyQt6、NumPy、PyVista。
分子/プロジェクトデータを AES-128 パスワード保護付きで .pmeenc ファイルに保存します — .pmeenc ファイルオープナーと Export ▸ Export Encrypted (.pmeenc)... アクションの両方を登録します。依存関係：cryptography。
ビューアそのものではなく、賢いディスパッチャーです。.fchk/.fch/.fck を高優先度（100）のファイルオープナーとして登録し、ファイルの内容に応じて Gaussian Freq Analyzer か Gaussian MO Analyzer のどちらかに処理を引き渡します。メニュー項目なし。依存関係：PyQt6。
Gaussian FCHK ファイルの振動数を解析します：IR スペクトル表示、アニメーション付き基準振動、アニメーションの GIF エクスポート。上記の FCHK Loader を通じた .fchk 拡張子の関連付け、またはレガシーの Plugins メニューエントリから開きます。自身の直接的なメニューアクションは、そのディスパッチに一本化するため無効化されています。依存関係：RDKit、PyQt6、NumPy、Pillow。
Gaussian FCHK ファイルから分子軌道を可視化するために、その場で Cube ファイルを生成します。S、P、D、F、球面調和の G 殻に対応 — 特筆すべきは、正確にレンダリングできない基底関数を持つファイルは、誤った曲面を黙って表示するのではなく 拒否する 点です。ほとんどの同梱プラグインが単一の .py ファイルであるのに対し、複数ファイルの zip パッケージ（gaussian_fchk_mo_analyzer/）として配布されます。.fchk/.fch/.fck（優先度10）とドラッグ&ドロップハンドラーを登録します。依存関係：RDKit、NumPy、PyVista、PyQt6。
Gaussian Freq Analyzer の ORCA 出力版です：ORCA の .out/.log ファイルから IR スペクトル、アニメーション付き基準振動、GIF エクスポートを提供します。依存関係：RDKit、PyQt6、NumPy、Pillow。
現在の分子を、素の Blender Python（bpy）スクリプトとしてエクスポートします。Blender 内で実行すると3Dシーンを再現できます — MoleditPy 側のマシンに Blender をインストールする必要はありません。Export ▸ Export to Blender Script...。依存関係：RDKit、NumPy、PyQt6。（より高機能な別プラグイン Blender Export Pro とは別物です。下記「AI 関連のスタンドアロンプラグイン」の節を参照。）
現在のシーンを、MoleditPy 外部でのプロフェッショナルなレイトレーシングレンダリング用に POV-Ray シーンファイルとしてエクスポートします。Export ▸ Export to POV-Ray Scene...。依存関係：RDKit、NumPy、PyQt6。
マルチフレームの XYZ ファイル（軌跡、IRC 経路、構造最適化の履歴など）を 3D ビューアーでフレームごとに再生し、そのアニメーションを GIF に録画します。引退した Animated XYZ Player の後継プラグインです。レガシーの run(mw) プラグイン（Plugins メニュー）。依存関係：Pillow。
tblite パッケージ経由の半経験的 xTB 手法（GFN2-xTB、GFN1-xTB）による構造最適化を、バックグラウンドスレッドで実行します。3D Edit ▸ xTB Optimizer…。依存関係：tblite、ase。Windows での注意： tblite は conda-forge からインストールしてください（mamba install -c conda-forge tblite-python ase）— PyPI には Windows 用ホイールがありませんが conda-forge チャンネルにはあるため、レジストリ上ではこのプラグインは OS 制限なしとして扱われています。
フォースフィールドによる緩和を行わず、純粋に幾何学的にアルキル鎖をオールトランス配座に伸展させるツールです。3D Edit ▸ All-Trans Optimizer。依存関係：RDKit。
複雑な、あるいはおおまかに描かれた分子の立体的な衝突を解消する、モンテカルロ法ベースのツールです — ペーストまたは生成された構造で原子が重なってしまっている場合に有用です。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：RDKit。
RDKit の ETKDG ベースのコンフォメーションサンプリングとエネルギー最小化を実行し、低エネルギーのコンフォマーを探索します。3D Edit ▸ Conformational Search...。依存関係：RDKit。
各最小化ステップをライブ3Dアニメーションで表示する、インタラクティブなステップごとのフォースフィールド最適化ツールです。構造がリアルタイムで緩和していく様子を見ることができ（おかしいと思えば早期に停止できます）。3D Edit ▸ Step Optimizer...。依存関係：RDKit。
全周期表（Z=1〜118）をカバーする、自己完結型の汎用フォースフィールドです — 全項目の詳細な内訳、Metal Geometry Override ツール、2つの Analysis メニュー診断機能については、専用の PMEFF プラグインページ を参照してください。
分子の点群対称性を解析し、構造を理想的なジオメトリに対称化できます。3D Edit ▸ Symmetrize...。依存関係：RDKit、PyQt6、pymatgen。
化合物情報レポート（物性、アダクト、構造）を生成します — 合成した化合物を記録するのに便利です。Analysis ▸ Compound Info Report...。依存関係：RDKit、PyQt6。
RDKit の記述子を使って現在の分子のマススペクトルをシミュレートし、ガウス関数によるピークのブロードニングと、インタラクティブなズーム/パンに対応します。add_analysis_tool 経由で登録されるため、Analysis メニューに置かれます。依存関係：RDKit、NumPy、PyQt6。
複数の分子を3Dで比較し、RMSD を計算してアラインメントします — 右クリックの「Export Coordinates as MOL/XYZ」アクションも追加します。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：RDKit、PyQt6。
3Dビューアで原子を選択し、色を適用します。設定はプロジェクトとともに保存されます。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：NumPy、PyVista、PyQt6。
Atom Colorizer の結合版です — 3Dビューアでインデックスや原子ペアによって結合を選択し、色付けします。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：NumPy、PyVista、PyQt6。
ファンデルワールス半径を、原子ごとの球ではなく PyVista を使って1つの結合されたサーフェスとして可視化します。選択可能な 3D レンダリングスタイル として登録され、独自のメニュー項目はありません。依存関係：PyVista、NumPy、PyQt6。
分子に付随するベクトル（例：双極子モーメント）を3Dで可視化し、その表示を PNG としてエクスポートできます。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：NumPy、PyQt6、PyVista。
シーンのライティング、影、ポストプロセッシングエフェクト（SSAO、Depth Peeling、EDL）、原子/結合のレンダリング（PBR、シルエット）をきめ細かく制御できます。選択可能な複数の3Dスタイルと Settings ▸ Advanced Graphics Settings を登録します。依存関係：PyVista、PyQt6、NumPy。
モニタのサイズに関係なく、任意の解像度で3Dビューの高解像度スクリーンショットを撮影します。Export ▸ High Resolution Screenshot...。依存関係：PyVista、PyQt6。
読み込み時にアプリケーション全体にダークモードのスタイルシートを自動適用します — メニュー項目のない autorun() プラグインで、インストールして再起動するだけです。依存関係：PyQt6。
5つのプラグインが同じ設計を共有しています：レガシーの run(mw) ダイアログ（Plugins メニューに自動登録、initialize() なし）、「分子が読み込まれていません」という共通の警告ガード、そして特定の量子化学パッケージ向けのプレーンな入力テキスト作成に特化している点です。それぞれ依存関係は RDKit、PyQt6。
| プラグイン | 対象パッケージ |
|---|---|
| MOPAC Input Generator | MOPAC 半経験的計算 |
| GAMESS Input Generator | GAMESS (US) |
| PySCF Input Generator | 計算を直接実行するのではなく、スタンドアロンの PySCF Python スクリプトを生成します（実際に計算を実行したい場合は PySCF Calculator 参照） |
| Psi4 Input Generator | Psi4 |
| NWChem Input Generator | NWChem |
ORCA Input Generator Pro の、よりシンプルで古い兄弟分です：テンプレートを使って XYZ データから ORCA 入力ファイルを生成します。moleditpy-plugins 自体ではなく独自のリポジトリ（orca_xyz2inp）から配布されていますが、そのダウンロードは同梱スタイルの単一 .py ファイルとしてレジストリに登録されています。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：RDKit、PyQt6。MoleditPy 3.0.0 まで互換性があります。
周期系 DFT 向けに、それぞれ独立したリポジトリで配布される 4 つのプラグインがあります。入力ジェネレーター 3 つは共通の設計です：構造の入力元は 3 種類 — MoleditPy で開いている分子（直方体の真空ボックスに入れる）、ディスク上の .cif（非対称単位をファイル自身の対称操作で展開）、または CIF Viewer パネルに読み込まれている構造 — に加えて、a/b/c を個別に指定するスーパーセル、スラブ用の軸ごとの真空層、逆格子空間の目標間隔から求める k 点メッシュを備えています。依存関係はいずれも NumPy、PyVista、RDKit。
POSCAR/INCAR/KPOINTS を出力します。タスクプリセット（一点計算、イオン緩和、イオン＋セル緩和、DOS、非 SCF バンド構造、NVT MD）、汎関数（PBE/PBEsol/RPBE/LDA）、ENCUT、EDIFF/EDIFFG、スメアリング、MAGMOM の初期推定を伴うスピン分極、分散力補正（D2/D3/D3-BJ/TS）、PREC/ALGO/LREAL/NELM/NCORE などの INCAR 設定、そして自由記述ブロックをサポートします。MoleditPy で選択中の原子は selective dynamics で固定できます。POTCAR は VASP のライセンスデータなので生成せず、推奨 PAW セットを POSCAR の元素順に連結する cat コマンドを提示します。孤立分子に密な k メッシュ、スラブの真空方向の k 点、真空層不足といった典型的なミスを警告バーが指摘します。Export ▸ VASP Input (POSCAR/INCAR)...。
全ランタイプ（scf、nscf、bands、relax、vc-relax、md、vc-md）の pw.x 入力を生成し、&IONS/&CELL は必要なランタイプのときだけ書き出します。ecutwfc（ecutrho = 8 × ecutwfc を自動設定）、occupations とスメアリング、タイプごとの starting_magnetization を伴う nspin = 2、input_dft の上書き、vdw_corr（D2/D3/XDM/TS）、&ELECTRONS の各設定に対応。ATOMIC_SPECIES には IUPAC 原子量と、擬ポテンシャルフォルダを走査して見つけた UPF ファイル名が入ります（見つからない元素は {El}/{el}/{EL} のファイル名パターンにフォールバック）。電荷と開殻状態は分子から読み取ります。Export ▸ Quantum ESPRESSO Input (pw.x)...。
ENERGY_FORCE、GEO_OPT、CELL_OPT、MD 向けの Quickstep 入力を生成します。&KIND ごとの MOLOPT 基底関数と対応する GTH 擬ポテンシャル（擬ポテンシャルは汎関数に追従 — GTH-PBE、GTH-BLYP、GTH-PADE）、電荷と多重度（必要に応じて UKS を強制）、&MGRID カットオフ、&QS EPS_DEFAULT、PBE/BLYP/BP/PADE/PBE0/B3LYP と DFT-D2/D3/D3(BJ) 分散力補正に対応。SCF は 2 通りで、絶縁体や分子向けの &OT（&OUTER_SCF 付き）と、金属向けの Fermi-Dirac &SMEAR・ADDED_MOS・Broyden 混合による対角化を選べます（OT は分数占有を扱えないため）。Export ▸ CP2K Input (Quickstep)...。
バルク結晶から表面スラブを切り出し、P1 の CIF として書き戻します — 上記 3 つのジェネレーターがそのまま読み込めます。表面の基底は (hkl) ミラー指数から構成され、a/b が表面内、c が積層方向になります。六方晶のミラー・ブラベー指数 (hkil) も受け付け、(hkl) に折りたたみます。層数、両面に均等に振り分けられる真空層の厚さ、一定厚さの切り出し窓をバルクセル内でスライドさせる終端シフト（終端を走査しても原子数は変わりません）、でき上がったスラブの a/b/c スーパーセルを指定できます。バルクはディスク上の .cif または CIF Viewer パネルから取得します。Structure ▸ Slab Builder...。
デバッグ/トレース用のメタデータ（タイムスタンプ、ファイルパス、ユーザー名、OS 情報など）を .pmeprj プロジェクトファイルに保存し、デバッグやトレースに利用します。プラグイン自身の説明文でも警告されている通り、このデータを含むプロジェクトファイルを匿名のユーザーと共有しないでください。Settings ▸ Metadata Saver...。依存関係なし。
1つの統合ダイアログで設定プリセットの保存、読み込み、編集、管理ができます。Settings ▸ Presets...。Edit... ではプリセットをキー単位で編集でき、値の変更、名前の変更、キーの追加・削除に加えて、読み込み時に適用するキーをチェックボックスで選べます。チェックを外したキーは適用されず、現在の値がそのまま保持されます。値が空のキー、および値を持たないキーはスキップされます。依存関係：PyQt6。
完全な再エンベッディングを行わずに、既存の3Dコンフォメーションに2D構造編集を反映させます — 置換基の追加など、最適化済みジオメトリの残りの部分を失いたくない小さな編集に便利です。Settings ▸ Structural Updater...。依存関係：RDKit、PyQt6。
メニューアクションではなくツールバートグルとして、2Dエディタにダミー原子（*）配置モードを追加します。依存関係：RDKit、PyQt6。
公式レジストリに対する更新確認、新規プラグインのインストール、手動での再インストールを、すべて MoleditPy の中から行えます。Plugin ▸ Plugin Installer...。全体のインストールフローの中での位置づけは Using Plugins §7 を参照してください。依存関係：PyQt6。
アプリケーションに組み込まれたインタラクティブな Python インタープリタで、実行時のスクリプティング用に名前空間に mw（MainWindow）と mol（現在の分子）がバインドされています。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。サンドボックス化されていません — 入力した任意のコードを実行できます。依存関係：RDKit、PyQt6。
原子座標と元素記号のテーブルベースエディタで、ゴースト原子や、テーブル上での原子の直接的な追加/削除に対応しています。3D Edit ▸ XYZ Editor...。依存関係：RDKit、PyQt6。
テーブルベースの結合エディタです：結合の追加/削除、結合次数の変更、結合の片側をドラッグすることによる結合長の設定に加え、クリックで既存の結合を選択する、または2つの原子を順番にクリックして新しい結合を作成する3Dピックモードも備えています。3D Edit ▸ Bond Editor...。依存関係：RDKit、PyQt6、PyVista、NumPy。
原子ごとの形式電荷とラジカル電子数を編集できるテーブルベースエディタです。3Dビューで原子をクリックして選択し、結果としての全体の電荷とスピン多重度を確認できます — DFT の入力を正しく設定するのに便利です。3D Edit ▸ Charge Editor...。依存関係：RDKit、PyQt6、PyVista、NumPy。
PubChem PUG REST API 経由で、化学物質名や識別子を構造に解決します。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：requests、RDKit。
化学物質名を解決し、PubChem から分子特性（名称、分子式、分子量）を取得します。レガシーの run(mw)（Plugins メニュー）。依存関係：RDKit、PyQt6。
同一ツールの3つのバリエーションです — 現在読み込まれている分子について LLM とチャットでき、SMILES のコンテキストが会話に自動的に注入されます。3つとも独自のメニューアクションを持たないレガシーの run(mw) プラグイン（Plugins メニュー）で、依存関係として RDKit、PyQt6、markdown、matplotlib を共有しています。
| バリアント | バックエンド | 追加の依存関係 |
|---|---|---|
| Chat with Molecule Neo (Gemini) | Google Gemini | google-genai |
| Chat with Molecule Neo (ChatGPT) | OpenAI ChatGPT | openai |
| Chat with Molecule Neo (Local) | 任意のローカル OpenAI 互換サーバー |
openai（クライアントライブラリのみ — OpenAI 自体へのクラウド呼び出しはありません。ただし PubChem 検索ステップで使う InChIKey は、ローカルモデルではなく PubChem へ送信される点に注意） |
MoleditPy を Model Context Protocol 経由で公開し、AI アシスタント（Claude Desktop など）がアプリケーションを直接操作できるようにします — ファイル/プラグインの検出、分子の検査、編集ツールなど。ダイアログベースのプラグインではなく、独自のリポジトリ（moleditpy-mcp_server）から配布されるバックグラウンドサービスです。ホストアプリ自体を超える Python の依存関係はありません。
現在の3D構造中の環（芳香族・非芳香族の両方）を検出し、NICS(0)/NICS(1)± のプローブ位置に Bq ゴースト原子を配置します — NICS(1)± は SVD による最良適合環平面を使用し、NICS(0.5)/NICS(2) のようなバリアント用にプローブの高さを調整可能です。custom_symbol プロパティを通じて ORCA Input Generator Pro と互換性があり、プローブが生成される .inp にそのまま引き継がれます。付随する Grid モードでは、2D/3D スキャン用に矩形の平面/ボックス状のプローブを配置できます。3D Edit ▸ NICS Placer... と 3D Edit ▸ NICS Grid (2D, 3D)...。依存関係：RDKit、PyQt6。
NICS 検討の「読み側」を担うプラグインです：NICS Placer などでゴーストプローブを配置し、ORCA の NMR ジョブを実行したあと、その .out をここで開きます。得られるものはプローブの配置に応じて変わります — 少数のプローブなら NICS(0)/NICS(1)、NICS_zz、環平面からの距離、芳香性／反芳香性の判定を並べた Probes テーブル、直線状なら極値をマークした 1D Scan プロファイル、平面状なら分子を重ね描画した 2D Map の塗り分け等高線、箱状なら MoleditPy の 3D ビューアーに描かれる 3D ICSS の ± 等値面です。プローブ／スキャン／グリッドの CSV、プロット画像（PNG/PDF/SVG）、Gaussian .cube、テキストサマリを、タブごとにも一括でもエクスポートできます。matplotlib と PyVista は実行時オプションで、無い場合はそれを使うタブが不足を説明し、他はそのまま動作します。独自のリポジトリ（moleditpy_orca_nics_analyzer）から配布されます。Extensions ▸ ORCA NICS Analyzer...。依存関係：PyQt6、NumPy、matplotlib、PyVista。
MoleditPy をローカルの Molibrary サーバー — スタンドアロンの社内ネットワーク化学構造・プロトコルデータベース — に接続し、構造の検索とインポートを行います。moleditpy_* という名前のリポジトリではなく、chem_db_web リポジトリから配布されています。依存関係：RDKit、PyQt6。
グローバル軸（X/Y/Z）またはローカルなビュー軸（Roll/Pitch/Yaw）を中心にカメラを周回させて、回転する GIF をエクスポートします。逆回転トグル、設定可能な合計角度（10°〜3600°）、フレーム数、FPS、透過背景でのエクスポート、GIF のカラーバンディングを避けるための SSAA と適応的なカラー量子化に対応しています。Export ▸ Generate Rotation GIF...。依存関係：PyVista、PyQt6。Pillow はオプションですが強く推奨されます（透過エクスポートと量子化パイプラインに必要）。
選択した軸 — グローバル X/Y/Z、またはビュー相対の Roll/Elevation/Azimuth — を中心にカメラを周回させ続けることで、3Dビューアを連続的に回転させます。調整可能で符号反転もできる °/s 単位の速度で、ライブプレゼンテーション向けです（Rotation Giffer の、記録を行わない対になるツールです）。View ▸ Auto Rotator...。依存関係：PyVista、PyQt6、NumPy。
3Dの奥行き表現、回転、3D対応のエクスポートを2Dエディタに持ち込みます：距離に基づく2D原子/結合の奥行きフェード着色、2Dキャンバス上で原子や結合をドラッグして分子全体を重心周りに回転させる機能、「Clean Up 3D」スマート同期アクション（位置のみ変わっていれば高速な再アラインメント、トポロジーが変わっていれば完全な再エンベッディング）、そして実際の Z 座標を平坦化せずに保持する .mol エクスポーターです。Settings ▸ 3D Molecule on 2D...。依存関係：RDKit、PyQt6、NumPy。
メインキャンバス上に、反応式描画専用の2Dツールセットを直接追加します：反応矢印（順方向、平衡、共鳴、逆合成、破線、反応なし）、単/二電子の巻き矢印、テキスト/プラス/マイナスの注釈、括弧（角括弧/丸括弧/波括弧）と円/楕円、グルーピング（Ctrl+G/Ctrl+U）と整列/分布ツール、化学記法の自動下付き文字対応の書体ツールバー（H2O と入力すると H₂O と表示される）、完全な Undo/Redo 統合、Shift+右クリックのコンテキストメニュー、15°角度スナップ（Alt 押下でバイパス可能）に対応しています。依存関係：RDKit、PyQt6。
2Dエディタ向けに、310種の置換基略号（Me、Ph、Boc、Ts、TBS、Bpin、アミノ酸側鎖、核酸塩基など）を検索可能なパレットとして提供します。配置は MoleditPy 自身のユーザーテンプレートモードを通して行われるため、ホバープレビューも Undo もエディタ本来のものがそのまま働きます。組み込みの User Templates が「クリックした原子をテンプレートの先頭原子で置き換える」のに対し、本プラグインの各エントリは * の結合点を持ち、既存の原子をクリックするとその原子の元素を保ったまま結合されます（窒素をクリックして Ph を選べば N–Ph になります）。空白をクリックした場合は * を残したまま配置されます。検索は大文字小文字・ハイフン・下付き文字を無視し、複数語も扱えるので tert butyl で tBu、cf3 で CF₃ が見つかり、クエリと完全一致する略号が先頭に来ます。キーボード操作にも対応し（Enter で最有力候補を選択、矢印キーでグリッドを移動）、Recently used フィルタが直近12件を保持します。この履歴をセッションをまたいで保存するのは Save history にチェックを入れたときだけで、既定ではオフです。サムネイルはエディタ自身の原子/結合アイテムで描画されるため、タイルの見た目がそのまま配置結果になります。独自リポジトリ（moleditpy_group_template）から配布されます。プラグインツールバーの Groups ボタン、または Plugins ▸ Group Template...。依存関係：PyQt6、RDKit。MoleditPy 3.0.0 まで対応。
化学構造の描画（PNG/JPG/JPEG）から、DECIMER ディープラーニングモデルを使って SMILES 構造を予測します。推論はバックグラウンドスレッドで実行され（通常10〜30秒）UI の応答性は保たれます。画像ファイルをメインウィンドウにドラッグ&ドロップしても予測がトリガーされます。File ▸ Import from Image (DECIMER)...。依存関係：DECIMER（TensorFlow を引き込みます）と Pillow — Windows では DECIMER より 先に tensorflow-cpu をインストールしてください。また、このプラグインは PyQt6/PyVista との DLL 競合を避けるため、TensorFlow の推論を隔離されたサブプロセスで実行します。
ライブ3Dプレビュー付きの、スタイライズ/デフォルメされた Blender エクスポーターです：タブ形式のダイアログ（Presets、Atoms、Bonds、Deformation、Material、Scene、Export）、36種類の同梱プリセット（Classic Ball-and-Stick、CPK、Cute Cartoon、Glass Sculpture、Claymation、Neon Glow、Chrome Showroom など）、カスタム JSON プリセットの保存/読み込み、環パネル・環アウトラインのレンダリング（塗りつぶされた六角形プレート、または個別スタイル設定可能な外周チューブ）、そしてプレビューが生成されるスクリプトの結果をそのまま反映する、ワンクリックの bpy スクリプト生成に対応しています。Extensions ▸ Blender Export Pro... に加え、「Blender Export Pro (Preview)」という3Dスタイルも登録します。追加の Python 依存関係はなく、MoleditPy 側のマシンに Blender 自体は不要です。上記のよりシンプルな同梱プラグイン Blender Export とは別物です。
nmrshiftdb2 予測エンジンを使って 1H と 13C の NMR シフトを予測し、インタラクティブなスティックスペクトルとして表示します。ピークやテーブル行にホバーすると、3Dビューの対応する原子がハイライトされます。Analysis ▸ NMR Prediction (nmrshiftdb2)。依存関係：RDKit、PyVista、NumPy、matplotlib、PyQt6 — さらに PATH 上に Java 実行環境（JRE 8+） が必要です。予測エンジン自体が Python パッケージではなく nmrshiftdb2 の Java ライブラリ（同梱の .jar ファイル）だからです。これは Python 以外のランタイム要件を持つ唯一の公式プラグインです。
歪んだ、あるいは束縛された分子に典型的な結合環境（ケトン、アルデヒド、第一/第二/第三アミン、伸長したアルカン）を検出し、MILP ソルブによってホモデスモティック/等デスミック反応のバランスの草案を構築します（SciPy が利用できない場合は単純な元素バランスにフォールバック）。インタラクティブな色分けされた反応式表示、参照種を MoleditPy に直接読み込み直す機能、CSV/HTML/TXT エクスポートに対応しています。生のメニューパスではなく add_analysis_tool 経由で登録されるため、Analysis メニューに「Homodesmotic Reaction」として表示されます。依存関係：NumPy、SciPy。MoleditPy 3.0.0 まで互換性があります（他のほとんどのプラグインが要求する 4.0.0 より古いフロアです）。
SSH 経由でリモートの HPC クラスタに計算を投入し、キューの状態を追跡し、結果を MoleditPy に回収します。ORCA、Gaussian、CP2K、GAMESS、MOPAC、NWChem、Psi4、PySCF、Quantum ESPRESSO、VASP、xTB 向けのコマンドラインがあらかじめ用意されています。SSH を使わずローカルマシンで実行することもでき、各スケジューラー固有の依存フラグでジョブを連鎖させたり、指定時刻までジョブを保留したりできます。すでにクラスタ上にある作業はアップロード不要です。あらかじめ用意したディレクトリとコマンドを指定すれば、そこにある入力ファイルを名前で指定しても、入力ファイルなしでも投入できます。ディレクトリは作成されるのではなく存在確認され、ラッパーがそこに書き込むファイルはすべてジョブ ID を含むため、1 つのディレクトリを複数のジョブで共有できます。同じホスト上の別ジョブが作ったファイルを再利用することもできます — 入力ファイルに書いた [prevfile:.ext] タグ（例：ORCA の * xyzfile や Gaussian の %oldchk）が、投入時に実際のファイル名へ解決され、ホスト上でそのままコピーされます。まだ完了していないジョブを選んだ場合は、そのジョブが成功するまで新しいジョブの開始を待たせます。このプラグインが入っていると、ORCA Input Generator Pro と Gaussian Input Generator Pro の両方にこのタグを書き込むチェックボックスと Submit to Cluster... ボタンが現れます。モニターに複数ファイルをドロップするとそれぞれが個別のジョブとして投入され（バッチ）、Shift を押しながらドロップすると1つのジョブにまとめて投入できます。ジョブテーブルは列ヘッダーのクリックで並べ替え、入力するとその場でフィルタできます。ジョブリストは CSV または .pmejbs に書き出しでき、ドラッグ＆ドロップで開き直せます（.pmejbs はファイルオープナーとして登録されます）。独自のリポジトリ（moleditpy_job_manager）から配布されます。Plugins ▸ Job Manager ▸ Job Monitor および ▸ Submit Job...。追加の依存関係はありません。
以下のプラグインは moleditpy-plugins/plugins/_old/ に凍結されており（レジストリエントリは "visible": false で、古いダウンロードリンクが壊れないようにするためだけに保持されています）、現行のカタログには含まれません：Animated XYZ Player、Chat with Molecule（Neo 以前）、Gaussian Input Generator、Gaussian Input Generator Neo、Hello World、Hello World Folder Plugin、MS Spectrum Simulation（Neo 以前）、ORCA Input Generator、ORCA Input Generator Neo、Version Checker。
- Using Plugins — プラグインのインストール、管理、信頼性について
- Plugin: ORCA Input Generator Pro
- Plugin: ORCA Result Analyzer
- Plugin: PySCF Calculator
- Plugin: Gaussian Input Generator Pro
- Plugin: CIF Viewer
- Plugin: PMEFF
- Plugin: Job Manager
このカタログは 2026-08-22 時点の内容です。各プラグインの最新バージョンは REGISTRY/plugins.json または Plugin Explorer を参照してください。