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Plugin OPSIN Name to Structure JP

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Hiromichi Yokoyama edited this page Aug 26, 2026 · 3 revisions

Plugin: OPSIN Name to Structure（日本語）

OPSIN Name to Structure は、IUPAC 系統名をお使いのコンピュータ上で構造に変換し、2Dエディタに読み込むプラグインです。解析は OPSIN が行うため、ネットワーク通信もデータベース検索も発生しません。命名規則が許す名前であれば、どのデータベースにも収録されていない化合物名でも解釈できます。
リポジトリ moleditpy_opsin_name_to_structure
作者 HiroYokoyama
対応 OS Windows, macOS, Linux, WSL
対応 Python >=3.9, <3.15
メニュー位置 Plugins ▸ OPSIN Name to Structure...
追加の依存関係 py2opsin — 加えて Java ランタイム（JRE）が必要です。pip ではインストールできません

インストール方法については Official Plugins を参照してください。

1. Java が必要です

OPSIN は Java プログラムです。本プラグインは jar も Java ソースも同梱していません — jar は pip でインストールできる py2opsin パッケージに含まれており、他の依存関係と同様に Plugin Installer が導入します。

しかし Java ランタイムは pip ではインストールできないため、ご自身で導入する必要があります。

プラットフォーム JRE の入手方法
Windows Temurin または Microsoft OpenJDK
macOS Temurin、または brew install openjdk
Linux / WSL ディストリビューションの default-jre

ターミナルで java -version が動作することを確認してください。

Java が無い場合でもウィンドウは開きます。バッチ処理の途中で失敗するのではなく、Convert を無効化したうえで、何をインストールすべきかを表示します。あとから Java を入れた場合は、ウィンドウを開き直すだけで再判定されます（セッション中ずっと無効のままにはなりません）。

2. 名前の変換

入力欄に1行につき1つの名前を入力またはペーストします。空行と重複は無視されます。

Convert（または Ctrl+Enter。複数行入力欄では Enter は改行のままである必要があるため）を押すと、バッチ全体が JVM の1回の起動で処理されます。処理は GUI スレッドの外で実行されるため、長いリストでもエディタが固まりません。

(2R)-2-amino-3-phenylpropanoic acid
4-[(1E)-2-phenylethenyl]pyridine
2,4-dimethoxybenzaldehyde

3. 結果テーブルの読み方

成功・失敗にかかわらず、すべての名前が1行として表示されます。黙って消えるものはありません。

列 内容
# その名前が入力された行番号
Name 入力したままの名前
Formula 分子式（RDKit がローカルで計算）
SMILES 正規化 SMILES
InChIKey 標準 InChIKey
Status OK、または OPSIN 自身が示した却下理由

# 列があることで、入力順も他と同じ「並び替え条件のひとつ」になります。任意のヘッダをクリックして並び替え、# をクリックすれば入力した順序に戻ります。

失敗した行は理由を語ります

OPSIN は名前を却下した理由を出力します。本プラグインは汎用的な「解釈できませんでした」ではなく、その理由をそのまま行に表示します。多くの場合、どのオプションを有効にすべきかが分かります。

名前 Status
pyridin-2-yl could be parsed but OPSIN was unsure of the meaning of the words... if a name is just a substituent → Allow radicals を有効化
acetic "acid" not found after ic → Allow acids without "acid" を有効化
not-a-real-name-xyz is unparsable due to the following being uninterpretable... → 実際の誤字、または系統名でない名前

4. オプション

オプション 効果
Allow radicals pyridin-2-yl のような置換基のみの名前を受け付ける
Allow acids without "acid" acetic を acetic acid として受け付ける
Allow uninterpretable stereo OPSIN が解釈できない立体化学を、失敗扱いにせず無視する
Wildcard radicals 開いた原子価を * ワイルドカード原子として表現する

オプションは次回の Convert から適用されるため、失敗したバッチはスイッチを切り替えて再実行できます。

5. 結果の利用

  • Load to 2D Editor（または行のダブルクリック）で、その構造をキャンバスに読み込みます。
  • Copy SMILES / InChI / InChIKey は、選択中のすべての行について1行ずつコピーします。全選択すれば列としてまとめて取得できます。
  • Export CSV... はテーブル全体（名前、分子式、SMILES、InChIKey、InChI、ステータス）をファイルに書き出します。失敗した行とその理由も含まれます。
  • Clear は入力欄とテーブルの両方を空にします。

6. 典型的なワークフロー

  1. 論文、SI、表計算ソフトの列などから名前のリストをペーストします。
  2. Ctrl+Enter。
  3. Status 列を確認します。同じ理由でまとまって失敗している場合は、対応するオプションを有効にして再変換します。
  4. Name や Formula で並び替えてバッチ全体を確認し、# をクリックして入力順に戻します。
  5. 描画したい構造をダブルクリックするか、Export CSV... でバッチ全体を保存します。

7. 適用範囲

OPSIN は一方向のパーサーです：名前 → 構造。逆方向のモードはなく、現行の Python で動作する pip インストール可能な「構造 → 名前」エンジンも存在しません。

逆方向の変換や、文法ではなく検索が必要な商品名・CAS 番号については、PubChem にオンライン問い合わせを行う PubChem Name Resolver および PubChem Structure Identifier プラグインをご利用ください。本プラグインはそれらのオフライン版の補完にあたります。

8. See also

  • Official Plugins — プラグイン全カタログ
  • Using Plugins — プラグインのインストール・管理・信頼設定
  • OPSIN — パーサー本体（MIT ライセンス）

このページは OPSIN Name to Structure v1.0.1 を対象に、2026-08-26 に最終更新されました。最新のバージョンは REGISTRY/plugins.json を参照してください。

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