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Plugin CIF Viewer JP

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Hiromichi Yokoyama edited this page Aug 11, 2026 · 2 revisions

Plugin: CIF Viewer（日本語）

CIF Viewer は .cif ファイル専用の可視化ビューアです：単位格子/スーパーセルのレンダリング、熱楕円体表示、ディスオーダーを考慮した結合判定を備え、パースには pymatgen を使用します（pymatgen が無い場合は内蔵パーサーにフォールバックします）。
リポジトリ moleditpy_cif_viewer
作者 HiroYokoyama
対応 OS Windows, macOS, Linux, WSL
対応 Python >=3.9, <3.15
メニュー位置 View ▸ CIF Viewer Panel（ドックパネル）+ .cif ファイルオープナー + Thermal Ellipsoids 3D スタイル
追加の依存関係 pymatgen, RDKit, PyQt6, PyVista, NumPy

インストール方法については Official Plugins を参照してください。

1. 概要

.cif ファイルを開く、またはドラッグ&ドロップすると、Structure、Info、Supercell、Ellipsoids、Cell / Axes の5つのタブを持つコントロールパネルがドッキングされます。プラグインは独自の3Dスタイル（"Thermal Ellipsoids"）を登録するため、メインアプリのスタイルセレクタから通常のボール&スティック表示と楕円体表示を切り替えられます。

2. Structure タブ

  • 現在のファイル名を表示するファイルローダー。
  • 複数の構造を含む CIF 用の構造選択テーブル。
  • サマリーボックス：単位格子の原子数、現在レンダリングされている原子数、推定結合数、現在のスーパーセルの繰り返し数。
  • Export CIF — 現在レンダリングされているスーパーセル（複製/結合修正された原子を含む）を新しい .cif ファイルとして書き出します。

3. Info タブ

CIF ファイルからパースされた読み取り専用・選択可能な結晶学的メタデータで、3つのボックスにグループ分けされています。

グループ 項目
Crystal & Unit Cell 空間群（名前と番号）、結晶系、格子定数 a/b/c/α/β/γ、体積、Z、Z'、密度、μ、F(000)
Data Collection 温度、波長、結晶サイズ、θ 範囲、hkl 範囲、収集/独立反射数、R(int)、完全性
Refinement 精密化手法、反射/パラメータ/拘束の数、GOOF、R1、wR2、R1（全データ）、wR2（全データ）、最大シフト、Flack パラメータ、差フーリエピーク/ホール

CIF に無い項目は N/A と表示されます。Simulate Powder Pattern (XRD)... ボタン（構造が読み込まれると有効化）をクリックすると、現在の構造からシミュレートした粉末X線回折パターンを計算・プロットする別のダイアログが開きます — Structure タブでディスオーダーの変種が選択されている場合は、その変種を使ってシミュレーションします。

4. Supercell タブ

  • a/b/c の繰り返し数用の3つのスピンボックス（範囲 0.1–8、デフォルト 1）で、それぞれ独立した +1/-1/+0.1/-0.1 ステップボタンを持ちます。小数の繰り返し数を指定すると、両端の面で断ち切られた形状のスラブが生成されます — これはレンダリングのバグではなく意図的な挙動で、切断面をまたぐ分子はそのまま切断されます。
  • Keep Molecules Connected — セル境界をまたいで分割されてしまう分子を自動的に補完します。
  • Show Bonds と Show Hydrogen Atoms のトグル。
  • Reset Supercell（1×1×1 に戻す）とワンクリックの 2×2×2 / 3×3×3 プリセット。

結合判定には、固定の距離上限ではなく上限なしのカットオフ（共有結合半径の和 + 許容誤差、デフォルト 0.45 Å）を使用するため、重元素からなる固体でも結合が見つからないということがなくなりました。異なるディスオーダーグループを持つサイト（例：混合 Fe/Co 占有サイト）は互いに結合しません。結合推定は各原子の occupancy/disorder_group/disorder_assembly を明示的にチェックしてからペアリングするためです。

5. Ellipsoids タブ

Thermal Ellipsoids レンダリングスタイルのコントロール：

  • Show Circles トグル。楕円体の輪郭円のカラーピッカー（デフォルト黒）と幅スピンボックス（1–10、デフォルト 2）付き。
  • Probability % スピンボックス（1.0–99.9%、デフォルト 50.0%）— 標準的な結晶学的変位楕円体の確率レベルです。
  • Fix Hydrogen Atom Size トグルと H Scale (%VDW) スピンボックス（1–100%、デフォルト 20%）— CIF ファイルは水素の異方性変位パラメータを精密化しないことが多いためです。
  • Switch to Ellipsoids Style ボタン。メインツールバーのスタイルチェックマークも更新します。

Thermal Ellipsoids スタイルが選択されている状態で CIF 以外の分子がアクティブになった場合、ビューアはエラーにせず自動的に Ball-and-Stick にフォールバックします。

6. Cell / Axes タブ

  • Show Unit Cell トグルと、オプトインの Scale Cell Box to Supercell チェックボックス（デフォルトでは、スーパーセルが大きくても描画される箱は常に単一の 1×1×1 セルを表します）。
  • a/b/c 個別の Axes トグル、軸の太さ（1–12、デフォルト 5）、フォントのドロップダウン（arial/courier/times）、フォントサイズ（8–48、デフォルト 20）。
  • 5つのカラーピッカー：軸 A、軸 B、軸 C、セルの辺、原点の球。
  • 結晶軸方向へのワンクリックカメラ整列のための、2×3 の視点方向ボタングリッド（a, b, c, -a, -b, -c）。

7. 典型的なワークフロー

  1. .cif ファイルを開く（File ▸ Import またはドラッグ&ドロップ — .cif オープナーは自動登録されています）— CIF Viewer パネルが自動的にドッキングされます。
  2. Info タブでパースされた空間群、格子定数、精密化統計を確認する。
  3. Supercell タブで必要な a/b/c の繰り返し数を設定し、高分子や拡張構造を扱う場合は Keep Molecules Connected を切り替え、結合/水素の表示を調整する。
  4. 変位楕円体レンダリングが必要なら Ellipsoids タブから Thermal Ellipsoids スタイルに切り替え、確率レベルと水素スケールを調整する。
  5. Cell / Axes で単位格子の箱を表示し、公表用のビューのために結晶軸に沿ってカメラを整列する。
  6. 現在レンダリングされているスーパーセルを新しいファイルとして保存したい場合は Export CIF を、回折パターンを比較したい場合は Info タブから Simulate Powder Pattern (XRD) を使用する。

8. See also

このページは CIF Viewer v1.3.0 を対象に、2026-08-05 に作成されました。最新のバージョンは REGISTRY/plugins.json を参照してください。

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