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v0.3.1 — Entropy: all-pairs convention (aligned with LDM)

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@ariaX1973 ariaX1973 released this 06 Jul 22:17

Changement de convention

Les descripteurs entropiques locaux `H_LDM` / `H_Q` / `H_S` utilisent désormais la même convention de paires que les descripteurs LDM : toutes les paires atomiques i<j entre les atomes du cycle (cordes internes incluses), et non plus seulement les liaisons du contour.

Domaine Atomes Paires
Local (cycle) atomes du cycle toutes paires i<j du cycle
Global (G) atomes lourds (Z>1) de la molécule toutes paires i<j lourds

Impact numérique

  • `N_deloc(cycle)` passe de n à n(n−1)/2. Exemple : cycle à 6 chaînons, N_deloc passe de 6 à 15.
  • Pour un monocycle (benzène), les lignes cycle et global sont maintenant identiques (mêmes atomes, mêmes paires).
  • Pour un polycycle, un cycle qui englobe tous les atomes lourds (ex. le cycle périphérique à 10 du naphtalène) coïncide aussi avec la ligne globale — check de cohérence utile.

Autres changements

  • Suppression de la fonction `entropy_paires_contour_cycle` (inutilisée).
  • Renommage `AroX.v0.3.0.py` → `AroX.v0.3.1.py`.
  • Régénération des 15 rapports `.arx` de référence.