v0.3.5 — Mini-table H_LDM(G) / H_Q(G) / H_S(G)

Petit tableau récapitulatif dédié aux trois valeurs entropiques globales (sur le sous-graphe des atomes lourds) : H_LDM(G), H_Q(G), H_S(G) avec leurs H_min, H_max et u %. Écrit deux fois dans le .arx : à la fin de la section ENTROPY FINAL SUMMARY et comme bloc [6] du GLOBAL RESULTS SUMMARY final. Les tableaux par cycle restent inchangés.

v0.3.4 — Drop CUSTOM, warn on negative delta_ij

Modifications

1. Mode CUSTOM supprimé

Le programme ne demande plus les paramètres ε_o / ε_p / ε_m. Ces valeurs étaient de toute façon ignorées dans le calcul (bug rapporté dans la revue précédente) : la matrice de référence est toujours dérivée topologiquement du cycle (formule Estrada-Goodman généralisée par taille). Suppression donc de fonctionnalité fantôme.

Le lancement se fait maintenant en 3 entrées au lieu de 6 :

• fichier géométrie/distances
• fichier LDM (optionnel)
• cycles manuels (optionnel, Entrée pour aucun)

2. Avertissement δ_ij < 0

Le cahier des charges v2.0 demandait un avertissement quand des indices de délocalisation sont négatifs (l'entropie de Shannon n'est plus bien définie). Désormais :

• `[WARN]` sur le terminal avec le nombre de paires concernées
• Bloc `WARNING : negative delocalization indices detected` en tête de la section ENTROPIE du .arx, listant jusqu'à 20 paires (i, j, δ_ij)

Sur les 15 PAH de référence, aucune paire négative n'est détectée (comme attendu pour des LDM issus de QTAIM).

v0.3.3 — D_Q/D_S, H_min column, GLOBAL RESULTS SUMMARY

Modifications d'affichage

• D_w renommé : la colonne `D_w` devient `D_Q` dans le tableau H_Q et `D_S` dans le tableau H_S. Lève l'ambiguïté quand on compare les 3 tableaux.
• Colonne H_min ajoutée aux tableaux H_Q et H_S (valeur = 0 par définition, cas "une paire concentre toute la délocalisation"). Symétrie visuelle avec la table H_LDM qui affiche H_min_chem et H_max_ref.
• Nouveau bloc GLOBAL RESULTS SUMMARY à la toute fin du .arx qui regroupe les 5 tableaux de résultats : LDM, HOMA, H_LDM, H_Q, H_S. Permet une lecture d'un coup d'œil sans naviguer dans les 3 sections dédiées.

Les summaries individuels à la fin de chaque section sont conservés à l'identique — le bloc global est un supplément qui les réassemble.

v0.3.2 — H per-cycle details + separated summary tables

Changement de format du rapport .arx

1. Détails par cycle

La section entropique du .arx contient désormais un bloc détaillé par cycle, au même style que les blocs LDM et HOMA existants :

• Header (numéro, type, origine, taille, atomes, N_loc, N_deloc)
• Décomposition H_LDM complète (L, D, T, w_loc, w_deloc, H_part, H_loc, H_deloc, H_LDM, H_min_chem, H_max_ref, u brut/clippé)
• Analyse H_Q (D_Q, H_Q, H_max_Q, u_Q %)
• Analyse H_S (D_S, H_S, H_max_S, u_S %)

Le bloc global (atomes lourds) apparaît en dernier avec la même mise en page.

2. Summary final : trois tableaux séparés

La section `ENTROPY FINAL SUMMARY` contient trois tableaux distincts au même style que le summary LDM :

• Table H_LDM — entropie complète et sa décomposition
• Table H_Q — séparée (avant elle était fusionnée avec H_S)
• Table H_S — séparée

Chaque tableau utilise le même en-tête : `No. / Type / Size / Indices / Origine` + colonnes numériques. Le summary contient uniquement les résultats alignés, sans détail de calcul.

3. Symbole u

Le symbole grec μ est remplacé par u partout (u_LDM, u_Q, u_S). Évite les problèmes d'encodage sur les consoles Windows et simplifie les noms de colonnes dans les tableaux exportés.

Fichiers

• `AroX.v0.3.1.py` → `AroX.v0.3.2.py`
• 15 rapports `.arx` de référence régénérés

v0.3.1 — Entropy: all-pairs convention (aligned with LDM)

Changement de convention

Les descripteurs entropiques locaux `H_LDM` / `H_Q` / `H_S` utilisent désormais la même convention de paires que les descripteurs LDM : toutes les paires atomiques i<j entre les atomes du cycle (cordes internes incluses), et non plus seulement les liaisons du contour.

Domaine	Atomes	Paires
Local (cycle)	atomes du cycle	toutes paires i<j du cycle
Global (G)	atomes lourds (Z>1) de la molécule	toutes paires i<j lourds

Impact numérique

• `N_deloc(cycle)` passe de n à n(n−1)/2. Exemple : cycle à 6 chaînons, N_deloc passe de 6 à 15.
• Pour un monocycle (benzène), les lignes cycle et global sont maintenant identiques (mêmes atomes, mêmes paires).
• Pour un polycycle, un cycle qui englobe tous les atomes lourds (ex. le cycle périphérique à 10 du naphtalène) coïncide aussi avec la ligne globale — check de cohérence utile.

Autres changements

• Suppression de la fonction `entropy_paires_contour_cycle` (inutilisée).
• Renommage `AroX.v0.3.0.py` → `AroX.v0.3.1.py`.
• Régénération des 15 rapports `.arx` de référence.

v0.3.0 — Entropy descriptors H_LDM / H_Q / H_S

Nouveautés — Descripteurs entropiques

Nouvelle famille de descripteurs entropiques (bits, Shannon) ajoutée au calcul,
sur deux domaines : local (par cycle) et global (sous-graphe des atomes lourds).

Descripteur	Nature	Domaine
H_LDM	Entropie complète (λ_ii + δ_ij), décomposée en H_part, H_loc, H_deloc, normalisée μ_LDM entre H_min_chem et H_max_ref = log₂(N_loc + N_deloc)	cycle + global
H_Q	Entropie de délocalisation pondérée δ_ij / R_ij (favorise les contributions courtes)	cycle + global
H_S	Entropie de délocalisation pondérée δ_ij · R_ij (favorise les contributions étendues)	cycle + global

Le résumé terminal contient désormais trois tableaux : LDM → H → HOMA. Une section ENTROPY_DESCRIPTORS est également écrite dans le fichier .arx.

Autres changements

• Cleanup global du code : table des matières en tête du fichier, entêtes de blocs unifiés avec descriptions courtes, doublon de BLOC 5 corrigé.
• Renommage : AroX.v0.2.0.py → AroX.v0.3.0.py.
• Régénération des 15 rapports .arx de référence dans examples/ pour inclure la section entropique.

Validation numérique

• Benzène (cycle) : H_loc = H_deloc = log₂(6) = 2.585 bits, μ_Q = μ_S = 100 % (paires de contour équivalentes). ✓
• Benzène (global) : H_max_ref = log₂(21) = 4.392 bits, μ_LDM ≈ 39 %. ✓
• Naphtalène : les deux cycles à 6 chaînons sont symétriques (H_LDM = 3.1795 bits identique). ✓