BIDS

BIDS

BIDS es un estándar de almacenamiento de datos, que mediante una jerarquía de carpetas y nomenclatura específica de archivos, permite la utilización transparente (y supestamente sencilla) de complicados pipelines de procesamiento de imágenes reunidos en contenedores tipo Docker y/o Singularity que facilitan la reproducibilidad de los resultados. Puede usarse para analizar fMRI, DWI, e imágenes anatómicas.

No es la intención de esta página el repetir lo que ya está dicho de cómo se organizan los datos en BIDS, pues para ésto hay tutoriales. Aquí están los tutoriales oficiales, pero una búsqued en Google revelará muchos más.

Una vez que organices tus datos, revisa que hayas hecho un buen trabajo, validando tu fólder bids mediante el bids validator.

Listo para correr un contenedor? Tenemos instalado Singularity en el cluster del laboratorio! De igual forma, está instalado en el LAVIS!

Como ejemplo, veamos cómo correr fmriprep. Sigue esta liga para un corto tutorial.