Bash: Loops

Iteración de comandos con for

for es un comando poderoso que permite repetir un comando en varios archivos. La traducción de for sería:

Definiendo <mi_variable> como <mis_archivos>; se debe de <usar_comando> <mi_variable>; terminado

for var in .; do $var; done

<mi_variable> puede ser cualquier letra que se quiera asignar

En el siguiente ejemplo se imprimira en la pantalla todos los archivos dentro de una carpeta escribiendo antes la palabra "hola"

for i in $( ls ); do echo hola: $i; done

• i: es mi variable que defino y comprende a todos los archivos que se mencionan en $(ls )
• echo hola: es el comando que quiero repetir.

hola archivo1.txt
hola archivo1.txt
hola archivo2.txt
hola archivo3.txt
hola archivo4.txt

Otro ejemplo de un uso de for es el siguiente para subir al cluster la realización de una mascara binaria con bet en todos los archivos nii.gz que comienzan con t1_ y tienen 4 caracteres más.

for x in $(ls t1_????.nii.gz); do fsl_sub -N $x bet $x $x -m -n -B -f 0.35; done

Leer lineas de un archivo de texto con while read

Si tengo un archivo de texto (txt) y quiero realizar una acción con cada linea puedo usar:

while read linea; do
echo $linea; 
done < miTexto.txt

lo anterior imprimira el contenido de cada linea:

3 GCC Genu of corpus callosum
4 BCC Body of corpus callosum
5 SCC Splenium of corpus callosum

Crear condicionales con break y continue

Si bien el for nos hace la vida más fácil al ejecutar una gran cantidad de tareas, puede tambien quedarse atorado en un loop "infinito", es asi que break resulta bastante útil. Aquí es una sintaxis de vainilla:

nombres=("Maria" "Luisa" "Carla" "Mariana" "Flor")

for n in "${nombres[@]}"; do
   echo "Nombre: $n"

  if [ "$n" == "Mariana" ]; then
      echo "Encontré a Mariana. Para aquí"
      break

  fi

done

## output
Nombre: Maria
Nombre: Luisa
Nombre: Carla
Nombre: Mariana
Encontré a Mariana. Para aquí

Donde el script hará la iteraciones necesarias hasta llegar al nombre de Mariana (en este caso) y ahí es donde terminará el loop.

Ahora, si cambiamos el break por el continue, hará que las iteraciones sigan corriendo aunque haya encontrado la variable:

nombres=("Maria" "Luisa" "Carla" "Mariana" "Flor")

for n in "${nombres[@]}"; do
    echo "Nombre: $n"

    if [ "$n" == "Mariana" ]; then
        echo "Ignora que encontramos a Mariana"
        continue
    fi
done

## output
Nombre: Maria
Nombre: Luisa
Nombre: Carla
Nombre: Mariana
Ignora que encontramos a Mariana
Nombre: Flor

Vuelve a hacer la iteración, pero aun que haya encontrado a "Mariana", va a continuar el loop hasta que acabe todas las iteraciones.