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dsh-bio-genie v0.1.0

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@moonbowterfly moonbowterfly released this 15 Aug 19:03
· 12 commits to master since this release
v0.1.0
d26db2f

dsh-bio-genie v0.1.0

🧬 生物信息学「许愿式分析」插件 for DeepSeek Harness — 说人话，出结果。

✨ 功能

  • bio_python 执行器：运行任意 Biopython 代码（比对/PDB/Phylo/motif/BLAST…），覆盖 100% 功能
  • 11 个语义化工具：GC 含量、翻译、限制酶、k-mer、文件 IO、Entrez 检索等高频操作
  • 15 个 Skill：主决策 skill + 14 领域配方（io/seq/align/blast/entrez/phylo/structure/motif/restriction…）
  • 零依赖自举：自动下载隔离 Python 环境（uv + Python 3.12 + venv + Biopython）到 $DSH_HOME/dsh-bio-genie/
  • 国内网络友好：DSH_BIO_UV_BASE 镜像加速开关
  • 环境隔离：-I isolated 模式，防宿主 PYTHONPATH 污染

📦 安装

dsh plugin add @dsh-bio/dsh-bio-genie   # 或 link: 本地路径

✅ 验证

  • 23/23 单元测试通过（含真实 NCBI 检索）
  • dsh 端到端验证：语义化工具 + 执行器双路径通过
  • workbuddy 两轮独立审查：P0 bug 修复 + IUPAC 回归修复 + CommOnly 酶库
Assets 2
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