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ENZYME-SUBSTRATE MOLECULAR MODELING AND DYNAMICS PROTOCOL

PROTOCOLO PARA EL MODELADO Y DINAMICA MOLECULAR DE LA INTERACCION ENZIMA-SUSTRATO

Juan Julián Santoyo-Flores, Mónica Noemí Jiménez-García and Mauricio Carrillo-Tripp

BioMolecular Diversity Laboratory (bmd)

CINVESTAV, México

1. Modelado del Sustrato

input: estructura química

output: estructura terciaria y potencial

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2. Modelado de la Enzima

input: secuencia de amino ácidos

output: estructura terciaria y potencial

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3. Modelado del complejo Enzima-Sustrato

input: estructuras tridimensionales independientes

output: estructura tridimensional del complejo

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4. Construcción del sistema complejo Enzima-Sustrato en solución

input: estructura tridimensional del complejo

output: estructura tridimensional del complejo en solución equilibrado termodinámicamente

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5. Dinámica Molecular del complejo Enzima-Sustrato y Análisis termodinámico

input: estructura tridimensional del complejo en solución

output: trayectoria de Dinámica Molecular