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tripplab edited this page Feb 7, 2017
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Aquí puedes encontrar los procedimientos utilizados para modelar el complejo enzima-sustrato
*Docking
*Parametrización del sustrato
input: secuencia de amino ácidos
output: estructura terciaria y potencial
input: estructura química
output: estructura terciaria y potencial
You will need (or similar):
- GROMACS
- VMD
- ROSETTA
- ROBETTA
- [Molden] (http://www.cmbi.ru.nl/molden/)
- [GAMESS] (http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/)
- [Autodock vina] (http://vina.scripps.edu/)
- [Autodock Tools] (http://mgltools.scripps.edu/)
- [Discovery Studio] (http://accelrys.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/)
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1. Sustrato
- 1.a 2D a 3D
- 1.b Minimización estructural
- 1.c Parametrización
2. Enzima
- 2.a Homología
- 2.b de novo
- 2.c loops
- 2.d Parametrización
3. Enzima-Sustrato
4. Enzima-Sustrato en Solución
- 4.a Solvatación
- 4.b Neutralización
- 4.c Minimización
- 4.d Equilibración NVT
- 4.e Equilibración NPT
5. Dinámica Molecular y Análisis Termodinámico