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#Guıa para realizar Docking proteina-sustrato utilizando autodock vina
Juan Juli ́an Santoyo Flores
February 2, 2016

Instrucciones de preparacion

1. En primer lugar se tiene que tener la estructura de la enzima y el sustrato que se pretenden estudiar en formato pdb.

2. Una vez que se tienen las estructuras en formato pdb, se abren los archivos utilizando el programa AutodockTools este programa permite la preparaci ́on de los archivos de entrada para poder realizar el docking molecular.

3. Se va a trabajar primero con la enzima, se abre el archivo pdb que corresponde a esta y enseguida se le agregan los hidrogenos polares utilizando el menu
   Edit → hidrogens → add → polar only

3.1 Si no se sabe el sitio activo de la enzima con hidrógenos polares, esta se carga y se manda a CASTp de donde se seleccionará el poket con más volúmen.

4. Si se tienen previamente identificados los residuos que corresponden al sitio activo o que sean de importancia para la formacion del complejo enzima-sustrato se seleccionan utilizando AutodockTools. Con el prop osito de permitir su movimiento si es de nuestro interes.

5. Para seleccionar los residuos se utiliza el menu
   select → select from string→ en la seccion de residuo se coloca el nombre y el numero de residuo(ej.SER80 todo en mayuscula).

6. Una vez que se tienen seleccionados todos los residuos se procede a generar el grid donde el sustrato va a buscar unirse. Esto se hace en el menu grid→ Macromolecule → my enzyme
   ah ı se selecciona la mol ecula que corresponde a la enzima. Una vez que se selecciona la enzima se abre entra al submenu grid box, aparece un cubo el cual se debe utiliza como el espacio tridimensional donde el residuo va a buscar unirse a la enzima.

7. En ese menu el spacing se pone en 1.000A° y a partir de ahı se va cambiando el tamaño de la caja en los 3 ejes y tambi ́en se puede centrar la caja en los tres ejes. Al final la caja debe incluir dentro de ella todos los residuos seleccionados como importantes. Se recomienda que el tamaño de la caja no exceda los 30x30x30. view-> show box as lines La caja debe envolver todos los residuos marcados si no es así debe moverse hasta que esto suceda.

8. Se recomienda guardar los datos que se generar en el submenu grid box que corresponde al tamaño de la caja y la orientacion de esta, se van a necesitar mas tarde. (X_center, y_Center, Z_center). Esta información se guarda en un archivo de configuración.

receptor = 10712.pdbqt ## Enzyme
ligand = PRA_polar.pdbqt ##Substrate
out = out.pdbqt ## out file

center_x = 55.78
center_y = 48.973
center_z = 43.816

size_x = 30
size_y = 30
size_z = 30

exhaustiveness = 100
num_modes = 20

9. Ahora vamos a trabajar con el sustrato, se abre el sustrato en formato pdb y se visualiza para estudiar que sea quımicamente coherente. File->readMolecule->mysubstrate

10. Enseguida se le agregan los hidrogenos polares como se hizo en el caso de la enzima.

11. Una vez que se tienen los hidr ́ogenos polares entramos al menu ligand y ahı en la opcion input se escoge la molecula que corresponde al sustrato. ligand->input->chose->select->add

12. Ya que se escogio el sustrato se escoge la opcion 1 ligand-> torsion tree → set number of torsions->dismiss y ahı el programa escoge un numero de torsiones automaticamente, en este caso es suficiente para nosotros.

13. Finalmente se guarda el sustrato como un archivo pdbqt.