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Modelado de la Enzima

input: secuencia de amino ácidos

output: estructura terciaria y potencial

por Homología

de novo

Reconstrucción de loops

Generación de valores para los parámetros del potencial: Cargas + LJ

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Modelado del Sustrato

input: estructura química

output: estructura terciaria y potencial

Estructura tridimensional: 2D a 3D

Minimización estructural: ab initio

Generación de valores para los parámetros del potencial: Cargas + LJ

Parametrización del sustrato

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Modelado del complejo Enzima-Sustrato

input: estructuras tridimensionales independientes

output: estructura tridimensional del complejo en solución

Acoplamiento Molecular Docking

Energía Libre de Afinidad

Construcción del sistema complejo Enzima-Sustrato en solución

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Dinámica Molecular del complejo Enzima-Sustrato en solución

input: estructura tridimensional del complejo en solución

output: trayectoria de Dinámica Molecular

Minimización

Equilibración NVT

Equilibración NPT

Producción