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Gu ́ıa para realizar Docking prote ́ına-sustrato utilizando autodock vina Juan Juli ́an Santoyo Flores February 2, 2016 1 Instrucciones de preparaci ́ on Instrucciones de preparaci ́ on

1. En primer lugar se tiene que tener la estructura de la enzima y el sustrato que se pretenden estudiar en formato pdb.

2. Una vez que se tienen las estructuras en formato pdb, se abren los archivos utilizando el programa AutodockTools este programa permite la preparaci ́on de los archivos de entrada para poder realizar el docking molecular.

3. Se va a trabajar primero con la enzima, se abre el archivo pdb que corre- sponde a esta y enseguida se le agregan los hidr ́ogenos polares utilizando el men ́ u Edit −→ hidrogens −→ add y se selecciona la opci ́on polar only.
   3.1 La enzima con hidrógenos polares se carga y se manda a [CASTp,http://sts.bioe.uic.edu/castp/].

4. Si se tienen previamente identificados los residuos que corresponden al sitio activo o que sean de importancia para la formaci ́on del complejo enzima- sustrato se seleccionan utilizando AutodockTools. Con el prop ́osito de permitir su movimiento si es de nuestro inter ́es.

5. Para seleccionar los residuos se utiliza el men ́ u select −→ select from string −→ en la secci ́ on de residuo se coloca el nombre y el n ́ umero de residuo(ej. SER80 todo en may ́ uscula).

6. Una vez que se tienen seleccionados todos los residuos se procede a generar el grid donde el sustrato va a buscar unirse. Esto se hace en el men ́ u grid −→ Macromolecule −→ ah ́ı se selecciona la mol ́ecula que corresponde a la enzima. Una vez que se selecciona la enzima se abre entra al submen ́ u grid box, aparece un cubo el cual se debe utiliza como el espacio tridimensional donde el residuo va a buscar unirse a la enzima.

7. En ese men ́ u el spacing se pone en 1.000 y a partir de ah ́ı se va cambiando el tama ̃ no de la caja en los 3 ejes y tambi ́en se puede centrar la caja en los tres ejes. Al final la caja debe incluir dentro de ella todos los residuos seleccionados como importantes. Se recomienda que el tama ̃ no de la caja no exceda los 30x30x30.

8. Se recomienda guardar los datos que se generar en el submen ́ u grid box que corresponde al tama ̃ no de la caja y la orientaci ́on de esta, se van a necesitar mas tarde.

Una vez que se genero el grid se procede a guardar los residuos selecciona- dos como flexibles esto se hace en el men ́ u flexible residues y ah ́ı se escoge la opci ́ on choose torsions in currently selected residues, esto le dice al pro- grama que los residuos seleccionados van a ser flexibles. Una vez que se hizo esto en el mismo men ́ u se escoge la opci ́on output y ah ́ı se selecciona guardar la parte flexible que corresponde a los residuos seleccionados y la parte r ́ıgida que corresponde al resto de la enzima. 10. Ahora vamos a trabajar con el sustrato, se abre el sustrato en formato pdb y se visualiza para estudiar que sea qu ́ımicamente coherente. 11. Enseguida se le agregan los hidr ́ogenos polares como se hizo en el caso de la enzima. 12. Una vez que se tienen los hidr ́ogenos polares entramos al men ́ u ligand y ah ́ı en la opci ́ on input se escoge la mol ́ecula que corresponde al sustrato. 13. Ya que se escogi ́ o el sustrato se escoge la opci ́on torsion tree −→ set number of torsions y ah ́ı el programa escoge un n ́ umero de torsiones au- tom ́ aticamente, en este caso es suficiente para nosotros. 14. Finalmente se guarda el sustrato como un archivo pdbqt. u grid box que corresponde al tam